ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52825

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.022, 0.049, 0.077, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.031
O4' A 0, -0.003, 0.129, 0.261, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.129 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.012, 0.162, 0.312, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.162 std_dev=0.150
OP2 B 0, 0.086, 0.256, 0.426, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.256 std_dev=0.170
C2' A 0, -0.049, 0.159, 0.367, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.159 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.107, 0.356, 0.605, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.356 std_dev=0.249
O2' A 0, -0.108, 0.231, 0.570, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.231 std_dev=0.339
C3' A 0, -0.089, 0.251, 0.591, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.251 std_dev=0.340
C5' A 0, -0.067, 0.293, 0.653, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.293 std_dev=0.360
P B 0, -0.077, 0.288, 0.654, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.288 std_dev=0.365
O3' A 0, -0.191, 0.345, 0.880, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.345 std_dev=0.535
O5' A 0, -0.328, 0.567, 1.462, 3.181 max_d=3.181 avg_d=0.567 std_dev=0.895
O5' B 0, -0.545, 0.579, 1.703, 3.924 max_d=3.924 avg_d=0.579 std_dev=1.124
OP2 A 0, -0.576, 0.777, 2.131, 4.786 max_d=4.786 avg_d=0.777 std_dev=1.354
P A 0, -0.545, 0.829, 2.202, 4.870 max_d=4.870 avg_d=0.829 std_dev=1.373
O4' B 0, -0.704, 0.869, 2.443, 5.530 max_d=5.530 avg_d=0.869 std_dev=1.573
C5' B 0, -0.822, 0.842, 2.506, 5.792 max_d=5.792 avg_d=0.842 std_dev=1.664
N1 B 0, -0.943, 0.986, 2.916, 6.724 max_d=6.724 avg_d=0.986 std_dev=1.929
C6 B 0, -1.012, 0.954, 2.921, 6.811 max_d=6.811 avg_d=0.954 std_dev=1.967
C2 B 0, -0.907, 1.102, 3.111, 7.045 max_d=7.045 avg_d=1.102 std_dev=2.009
O2 B 0, -0.840, 1.203, 3.245, 7.198 max_d=7.198 avg_d=1.203 std_dev=2.042
C1' B 0, -1.018, 1.046, 3.110, 7.185 max_d=7.185 avg_d=1.046 std_dev=2.064
C4' B 0, -1.030, 1.042, 3.114, 7.207 max_d=7.207 avg_d=1.042 std_dev=2.072
OP1 A 0, -0.911, 1.178, 3.268, 7.353 max_d=7.353 avg_d=1.178 std_dev=2.090
N3 B 0, -1.064, 1.197, 3.458, 7.899 max_d=7.899 avg_d=1.197 std_dev=2.261
C5 B 0, -1.201, 1.114, 3.429, 8.005 max_d=8.005 avg_d=1.114 std_dev=2.315
C4 B 0, -1.286, 1.252, 3.790, 8.801 max_d=8.801 avg_d=1.252 std_dev=2.538
C3' B 0, -1.392, 1.280, 3.953, 9.241 max_d=9.241 avg_d=1.280 std_dev=2.672
C2' B 0, -1.477, 1.245, 3.967, 9.370 max_d=9.370 avg_d=1.245 std_dev=2.722
O4 B 0, -1.563, 1.484, 4.531, 10.554 max_d=10.554 avg_d=1.484 std_dev=3.047
O2' B 0, -1.689, 1.431, 4.551, 10.741 max_d=10.741 avg_d=1.431 std_dev=3.120
O3' B 0, -1.620, 1.622, 4.864, 11.264 max_d=11.264 avg_d=1.622 std_dev=3.242

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.20 0.26 0.41 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.03 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.08 0.49 0.84 0.21 0.44
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.05 0.09 0.03 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.14 0.53 0.19
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.12 0.19 0.07 0.02 0.15 0.19 0.10 0.01 0.01 0.02 0.06 0.28 0.45 0.25
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.04 0.48 0.69 0.28 0.35
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.03 0.08 0.04 0.00 0.02 0.10 0.26 0.09
C5 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.02 0.57 0.81 0.25 0.45
C5' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.07 0.10 0.10 0.07 0.05 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.23 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04 0.61 0.93 0.19 0.53
C8 0.01 0.01 0.10 0.19 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.22 0.07 0.50 0.53 0.39 0.29
N1 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.03 0.06 0.57 0.94 0.18 0.52
N3 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.08 0.09 0.43 0.71 0.26 0.35
N6 0.02 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.04 0.66 1.01 0.16 0.60
N7 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.06 0.58 0.72 0.30 0.42
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.41 0.50 0.37 0.23
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.12 0.08 0.08 0.07 0.12 0.05 0.19 0.21 0.09 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.17 0.43 0.17
O3' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.04 0.04 0.12 0.03 0.09 0.22 0.03 0.08 0.14 0.22 0.08 0.02 0.00 0.05 0.22 0.54 0.32 0.35
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.09 0.04 0.06 0.01 0.04 0.05 0.00 0.21 0.42 0.25 0.12
O5' 0.20 0.49 0.08 0.06 0.48 0.02 0.57 0.02 0.61 0.50 0.57 0.43 0.66 0.58 0.41 0.04 0.22 0.21 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.84 0.14 0.28 0.69 0.10 0.81 0.23 0.93 0.53 0.94 0.71 1.01 0.72 0.50 0.17 0.54 0.42 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.21 0.53 0.45 0.28 0.26 0.25 0.09 0.19 0.39 0.18 0.26 0.16 0.30 0.37 0.43 0.32 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.44 0.19 0.25 0.35 0.09 0.45 0.02 0.53 0.29 0.52 0.35 0.60 0.42 0.23 0.17 0.35 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.84 1.83 2.44 1.95 1.77 1.20 1.77 0.70 1.83 1.84 1.80 1.82 2.78 1.91 1.71 1.16 0.86 0.16 0.09 0.17
C2 1.12 1.61 1.43 0.72 2.14 0.19 2.11 0.25 1.79 1.53 1.90 1.43 1.57 0.42 2.31 0.46 0.29 0.11 0.14 0.09
C2' 1.97 1.87 2.58 2.19 1.72 1.45 1.73 0.97 1.83 1.90 1.80 1.90 2.90 2.17 1.64 1.35 1.06 0.22 0.10 0.33
C3' 2.28 2.07 2.92 2.63 1.74 1.87 1.74 1.33 1.93 2.10 1.91 2.16 3.25 2.73 1.60 1.68 1.30 0.38 0.26 0.51
C4 1.50 1.70 1.97 1.33 1.88 0.71 1.90 0.30 1.82 1.69 1.80 1.60 2.17 1.11 1.90 0.84 0.62 0.14 0.10 0.10
C4' 2.18 2.00 2.82 2.49 1.68 1.67 1.67 1.08 1.85 2.01 1.85 2.10 3.24 2.67 1.55 1.52 1.06 0.26 0.08 0.28
C5 1.33 1.55 1.75 1.10 1.72 0.59 1.75 0.23 1.68 1.54 1.65 1.45 1.85 0.82 1.73 0.74 0.57 0.13 0.11 0.10
C5' 2.31 2.05 2.93 2.68 1.57 1.87 1.53 1.22 1.77 2.05 1.82 2.22 3.38 3.01 1.38 1.67 1.08 0.28 0.05 0.27
C6 0.98 1.41 1.25 0.55 1.81 0.14 1.82 0.24 1.58 1.34 1.63 1.25 1.29 0.21 1.90 0.41 0.27 0.10 0.14 0.09
C8 1.73 1.63 2.32 1.85 1.47 1.23 1.49 0.81 1.62 1.68 1.56 1.65 2.49 1.69 1.37 1.16 0.94 0.16 0.06 0.22
N1 0.90 1.45 1.13 0.41 2.03 0.12 2.01 0.41 1.65 1.35 1.77 1.25 1.19 0.08 2.21 0.31 0.17 0.10 0.15 0.12
N3 1.39 1.73 1.80 1.14 2.08 0.51 2.07 0.14 1.87 1.68 1.92 1.59 2.02 0.90 2.18 0.70 0.49 0.13 0.12 0.07
N6 0.67 1.16 0.82 0.14 1.59 0.19 1.57 0.46 1.29 1.06 1.41 1.02 0.80 0.24 1.70 0.22 0.09 0.09 0.16 0.14
N7 1.49 1.50 1.98 1.44 1.43 0.95 1.45 0.59 1.53 1.52 1.48 1.48 2.05 1.20 1.36 0.96 0.82 0.15 0.08 0.19
N9 1.73 1.75 2.30 1.76 1.73 1.08 1.74 0.62 1.79 1.77 1.74 1.72 2.56 1.62 1.68 1.08 0.82 0.16 0.08 0.17
O2' 1.86 1.82 2.45 2.04 1.74 1.28 1.75 0.79 1.80 1.83 1.79 1.83 2.77 2.03 1.70 1.20 0.92 0.14 0.06 0.23
O3' 2.32 2.08 2.96 2.74 1.72 1.97 1.73 1.44 1.93 2.11 1.90 2.19 3.27 2.90 1.57 1.74 1.38 0.43 0.35 0.58
O4' 1.98 1.91 2.60 2.14 1.74 1.34 1.73 0.78 1.83 1.92 1.84 1.94 3.03 2.22 1.65 1.27 0.85 0.19 0.13 0.15
O5' 3.03 2.68 3.67 3.47 2.09 2.68 2.06 2.01 2.38 2.70 2.40 2.87 4.03 3.79 1.86 2.45 1.83 0.94 0.73 0.99
OP1 3.81 3.55 4.17 3.85 2.76 3.22 2.62 2.42 2.95 3.46 3.21 3.86 4.60 4.32 2.50 3.18 2.15 1.32 1.07 1.32
OP2 2.63 2.28 3.06 3.00 1.46 2.39 1.33 1.63 1.69 2.20 1.91 2.62 3.38 3.58 1.20 2.16 1.23 0.22 0.13 0.33
P 3.27 2.88 3.75 3.62 2.10 2.93 2.01 2.17 2.37 2.84 2.52 3.17 4.07 4.15 1.83 2.73 1.85 0.92 0.74 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.19 0.02 0.00 0.11 0.53 0.21 0.23
C2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.01 0.07 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.14 0.17 0.91 0.32 0.42
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.13 0.16 0.02 0.10 0.28 0.00 0.02 0.05 0.01 0.29 0.56 0.26 0.36
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.23 0.00 0.24 0.01 0.21 0.14 0.19 0.11 0.03 0.00 0.23 0.03 0.07 0.14 0.05 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.23 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.07 0.00 0.05 0.13 0.95 0.24 0.29
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.18 0.05 0.05 0.16 0.26 0.02 0.10 0.01 0.02 0.08 0.23 0.04
C5 0.02 0.02 0.13 0.24 0.01 0.18 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.42 0.13 0.01 0.15 0.19 0.82 0.43 0.21
C5' 0.05 0.16 0.13 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.18 0.06 0.14 0.26 0.12 0.14 0.13 0.02 0.01 0.19 0.27 0.02
C6 0.01 0.02 0.16 0.21 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.09 0.02 0.18 0.18 0.72 0.33 0.19
N1 0.01 0.02 0.02 0.14 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.05 0.02 0.02 0.10 0.75 0.16 0.28
N3 0.02 0.00 0.10 0.19 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.09 0.15 1.00 0.23 0.40
O2 0.04 0.00 0.28 0.11 0.01 0.16 0.02 0.26 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.15 0.01 0.27 0.25 0.92 0.52 0.51
O2' 0.03 0.06 0.00 0.03 0.28 0.26 0.42 0.12 0.41 0.14 0.09 0.30 0.00 0.07 0.32 0.18 0.19 0.50 0.21 0.28
O3' 0.19 0.08 0.02 0.00 0.07 0.02 0.13 0.14 0.09 0.05 0.03 0.15 0.07 0.00 0.08 0.14 0.18 0.38 0.12 0.24
O4 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.32 0.08 0.00 0.06 0.14 0.96 0.30 0.27
O4' 0.00 0.14 0.01 0.03 0.05 0.01 0.15 0.02 0.18 0.02 0.09 0.27 0.18 0.14 0.06 0.00 0.05 0.31 0.26 0.12
O5' 0.11 0.17 0.29 0.07 0.13 0.02 0.19 0.01 0.18 0.10 0.15 0.25 0.19 0.18 0.14 0.05 0.00 0.04 0.03 0.00
OP1 0.53 0.91 0.56 0.14 0.95 0.08 0.82 0.19 0.72 0.75 1.00 0.92 0.50 0.38 0.96 0.31 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.32 0.26 0.05 0.24 0.23 0.43 0.27 0.33 0.16 0.23 0.52 0.21 0.12 0.30 0.26 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.42 0.36 0.08 0.29 0.04 0.21 0.02 0.19 0.28 0.40 0.51 0.28 0.24 0.27 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00