ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52826

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.020, 0.059, 0.097, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.059 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.026, 0.065, 0.104, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.065 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.037, 0.080, 0.124, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.080 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.027, 0.135, 0.243, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.135 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.013, 0.139, 0.264, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.139 std_dev=0.126
C3' A 0, 0.077, 0.230, 0.383, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.230 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.125, 0.281, 0.437, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.281 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.030, 0.208, 0.387, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.208 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.020, 0.203, 0.386, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.203 std_dev=0.183
OP2 B 0, 0.180, 0.459, 0.738, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.459 std_dev=0.279
P B 0, 0.140, 0.422, 0.703, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.422 std_dev=0.282
C5' A 0, 0.013, 0.304, 0.595, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.304 std_dev=0.291
O5' B 0, 0.190, 0.521, 0.853, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.521 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.303, 0.638, 0.973, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.638 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.037, 0.416, 0.794, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.416 std_dev=0.378
P A 0, 0.190, 0.575, 0.961, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.575 std_dev=0.386
OP1 A 0, 0.186, 0.633, 1.081, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.633 std_dev=0.448
C4' B 0, 0.283, 0.748, 1.212, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.748 std_dev=0.464
C6 B 0, 0.318, 0.822, 1.326, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.822 std_dev=0.504
O4' B 0, 0.286, 0.808, 1.329, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.808 std_dev=0.521
C3' B 0, 0.299, 0.835, 1.372, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.835 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.391, 0.937, 1.483, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.937 std_dev=0.546
C5 B 0, 0.340, 0.894, 1.448, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.894 std_dev=0.554
O3' B 0, 0.324, 0.898, 1.472, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.898 std_dev=0.574
O5' A 0, -0.141, 0.469, 1.079, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.469 std_dev=0.610
N1 B 0, 0.360, 1.006, 1.652, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.006 std_dev=0.646
C1' B 0, 0.343, 0.992, 1.642, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.992 std_dev=0.650
C2' B 0, 0.360, 1.048, 1.737, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.048 std_dev=0.689
C4 B 0, 0.426, 1.132, 1.837, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.132 std_dev=0.705
O4 B 0, 0.491, 1.234, 1.978, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.234 std_dev=0.744
O2' B 0, 0.403, 1.191, 1.980, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.191 std_dev=0.789
N3 B 0, 0.448, 1.286, 2.123, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.286 std_dev=0.838
C2 B 0, 0.415, 1.260, 2.106, 2.603 max_d=2.603 avg_d=1.260 std_dev=0.845
O2 B 0, 0.438, 1.485, 2.531, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.485 std_dev=1.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.29 0.36 0.07
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.15 0.10 0.11 0.23 0.22 0.41 0.09
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.24 0.32 0.10
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.34 0.25 0.10
C4 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.06 0.05 0.28 0.18 0.43 0.07
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.29 0.05
C5 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.04 0.04 0.32 0.10 0.47 0.09
C5' 0.05 0.16 0.05 0.01 0.13 0.01 0.15 0.00 0.17 0.13 0.17 0.14 0.17 0.15 0.10 0.04 0.02 0.03 0.01 0.36 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.05 0.06 0.30 0.10 0.46 0.10
C8 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.13 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.37 0.08 0.49 0.09
N1 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.02 0.17 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.15 0.08 0.09 0.26 0.16 0.44 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.14 0.10 0.11 0.22 0.25 0.40 0.08
N6 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.06 0.02 0.17 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.13 0.05 0.05 0.34 0.07 0.47 0.11
N7 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.15 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.37 0.05 0.51 0.11
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.30 0.18 0.43 0.06
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.11 0.02 0.10 0.04 0.12 0.04 0.15 0.14 0.13 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.24 0.22 0.30 0.13
O3' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.05 0.07 0.40 0.21 0.10
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.18 0.35 0.33 0.06
O5' 0.24 0.23 0.26 0.06 0.28 0.02 0.32 0.01 0.30 0.37 0.26 0.22 0.34 0.37 0.30 0.24 0.07 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.22 0.24 0.34 0.18 0.38 0.10 0.36 0.10 0.08 0.16 0.25 0.07 0.05 0.18 0.22 0.40 0.35 0.02 0.00 0.03 0.03
OP2 0.36 0.41 0.32 0.25 0.43 0.29 0.47 0.31 0.46 0.49 0.44 0.40 0.47 0.51 0.43 0.30 0.21 0.33 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.07 0.09 0.10 0.10 0.07 0.05 0.09 0.02 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.11 0.06 0.13 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.19 0.22 0.23 0.09 0.25 0.10 0.23 0.07 0.16 0.13 0.27 0.25 0.28 0.14 0.24 0.17 0.07 0.15 0.06
C2 0.20 0.17 0.21 0.20 0.07 0.20 0.10 0.17 0.09 0.14 0.10 0.24 0.25 0.26 0.11 0.21 0.18 0.15 0.16 0.08
C2' 0.18 0.13 0.19 0.21 0.12 0.22 0.14 0.21 0.07 0.11 0.08 0.19 0.22 0.27 0.21 0.20 0.16 0.10 0.17 0.06
C3' 0.17 0.12 0.18 0.20 0.12 0.21 0.15 0.20 0.07 0.10 0.07 0.20 0.21 0.26 0.21 0.20 0.12 0.09 0.18 0.05
C4 0.19 0.15 0.19 0.20 0.07 0.21 0.11 0.18 0.07 0.13 0.08 0.22 0.23 0.26 0.13 0.21 0.17 0.08 0.17 0.07
C4' 0.17 0.15 0.17 0.19 0.10 0.20 0.14 0.19 0.07 0.11 0.09 0.24 0.20 0.25 0.18 0.19 0.09 0.06 0.17 0.04
C5 0.17 0.13 0.19 0.20 0.08 0.20 0.11 0.18 0.07 0.11 0.07 0.19 0.22 0.27 0.13 0.19 0.17 0.09 0.16 0.07
C5' 0.07 0.05 0.07 0.11 0.19 0.10 0.24 0.12 0.17 0.06 0.07 0.12 0.09 0.18 0.27 0.08 0.10 0.14 0.25 0.14
C6 0.15 0.11 0.18 0.19 0.08 0.18 0.10 0.15 0.07 0.10 0.06 0.17 0.21 0.26 0.12 0.16 0.19 0.16 0.14 0.07
C8 0.19 0.16 0.20 0.22 0.11 0.23 0.12 0.22 0.08 0.14 0.12 0.22 0.22 0.28 0.16 0.21 0.15 0.07 0.16 0.07
N1 0.18 0.14 0.19 0.19 0.08 0.18 0.10 0.16 0.08 0.13 0.09 0.21 0.23 0.26 0.11 0.19 0.19 0.18 0.14 0.09
N3 0.20 0.17 0.20 0.20 0.07 0.21 0.11 0.18 0.08 0.14 0.10 0.25 0.25 0.26 0.11 0.22 0.17 0.11 0.17 0.08
N6 0.12 0.08 0.16 0.18 0.07 0.15 0.10 0.12 0.05 0.07 0.04 0.12 0.19 0.27 0.12 0.12 0.21 0.21 0.12 0.08
N7 0.17 0.14 0.19 0.22 0.10 0.22 0.12 0.21 0.08 0.12 0.10 0.19 0.21 0.28 0.15 0.19 0.16 0.06 0.16 0.06
N9 0.21 0.17 0.21 0.22 0.08 0.23 0.10 0.22 0.07 0.15 0.11 0.24 0.24 0.28 0.14 0.23 0.17 0.06 0.15 0.07
O2' 0.20 0.14 0.22 0.24 0.15 0.25 0.16 0.23 0.10 0.14 0.11 0.20 0.25 0.31 0.23 0.23 0.22 0.15 0.18 0.11
O3' 0.19 0.14 0.20 0.22 0.12 0.23 0.14 0.21 0.07 0.11 0.09 0.23 0.24 0.29 0.20 0.21 0.16 0.10 0.17 0.05
O4' 0.24 0.23 0.23 0.24 0.10 0.26 0.09 0.24 0.08 0.18 0.18 0.32 0.26 0.29 0.14 0.26 0.15 0.05 0.11 0.06
O5' 0.48 0.45 0.51 0.55 0.30 0.54 0.26 0.55 0.32 0.42 0.39 0.52 0.52 0.60 0.27 0.50 0.44 0.49 0.33 0.41
OP1 0.08 0.16 0.07 0.10 0.39 0.10 0.41 0.13 0.29 0.17 0.26 0.10 0.07 0.18 0.52 0.08 0.13 0.13 0.35 0.15
OP2 0.46 0.49 0.42 0.40 0.62 0.38 0.65 0.38 0.59 0.51 0.54 0.44 0.41 0.37 0.68 0.43 0.48 0.39 0.64 0.49
P 0.12 0.14 0.07 0.08 0.31 0.06 0.34 0.08 0.26 0.17 0.21 0.11 0.07 0.15 0.39 0.10 0.14 0.13 0.30 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.17 0.16 0.19 0.04
C2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.03 0.27 0.15 0.18 0.08
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.19 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.08 0.25 0.07
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.08 0.16 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.08 0.26 0.12
C4 0.04 0.02 0.05 0.06 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.31 0.17 0.21 0.16
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.17 0.20 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.30 0.15 0.21 0.16
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.07 0.04 0.02 0.03 0.13 0.01 0.00 0.23 0.16 0.01
C6 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.08 0.28 0.13 0.20 0.10
N1 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.25 0.14 0.18 0.07
N3 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.04 0.02 0.29 0.15 0.20 0.11
O2 0.06 0.01 0.19 0.16 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.18 0.19 0.05 0.06 0.26 0.18 0.16 0.08
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.18 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04 0.10 0.24 0.07
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.19 0.04 0.00 0.08 0.01 0.27 0.08 0.29 0.20
O4 0.05 0.04 0.07 0.07 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.08 0.00 0.06 0.33 0.20 0.23 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.21 0.22 0.15 0.09
O5' 0.17 0.27 0.04 0.11 0.31 0.01 0.30 0.00 0.28 0.25 0.29 0.26 0.04 0.27 0.33 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.16 0.15 0.08 0.08 0.17 0.17 0.15 0.23 0.13 0.14 0.15 0.18 0.10 0.08 0.20 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.18 0.25 0.26 0.21 0.20 0.21 0.16 0.20 0.18 0.20 0.16 0.24 0.29 0.23 0.15 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.07 0.12 0.16 0.03 0.16 0.01 0.10 0.07 0.11 0.08 0.07 0.20 0.20 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00