ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52827

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 4, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.034 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.045, 0.115, 0.184, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.115 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.030, 0.122, 0.214, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.122 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.078, 0.201, 0.324, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.201 std_dev=0.123
C4' A 0, 0.096, 0.231, 0.367, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.231 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.122, 0.268, 0.414, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.268 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.136, 0.340, 0.544, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.340 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.182, 0.456, 0.729, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.456 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.259, 0.533, 0.807, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.533 std_dev=0.274
P B 0, 0.123, 0.452, 0.780, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.452 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.317, 0.685, 1.054, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.685 std_dev=0.369
C4' B 0, 0.160, 0.582, 1.004, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.582 std_dev=0.422
O5' A 0, 0.404, 0.845, 1.285, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.845 std_dev=0.441
OP2 B 0, 0.347, 0.845, 1.344, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.845 std_dev=0.499
C6 B 0, 0.312, 0.820, 1.327, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.820 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.227, 0.776, 1.325, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.776 std_dev=0.549
N1 B 0, 0.441, 0.996, 1.552, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.996 std_dev=0.555
O5' B 0, 0.473, 1.055, 1.637, 1.719 max_d=1.719 avg_d=1.055 std_dev=0.582
C4 B 0, 0.390, 1.000, 1.610, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.000 std_dev=0.610
C5 B 0, 0.249, 0.864, 1.480, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.864 std_dev=0.615
C1' B 0, 0.428, 1.049, 1.670, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.049 std_dev=0.621
C5' B 0, 0.441, 1.123, 1.805, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.123 std_dev=0.682
O4 B 0, 0.346, 1.049, 1.752, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.049 std_dev=0.703
N3 B 0, 0.496, 1.233, 1.969, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.233 std_dev=0.737
O3' B 0, 0.416, 1.160, 1.903, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.160 std_dev=0.743
P A 0, 0.305, 1.056, 1.807, 1.786 max_d=1.786 avg_d=1.056 std_dev=0.751
C2 B 0, 0.489, 1.287, 2.085, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.287 std_dev=0.798
OP1 A 0, 0.574, 1.378, 2.182, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.378 std_dev=0.804
OP2 A 0, 0.582, 1.477, 2.372, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.477 std_dev=0.895
C2' B 0, 0.397, 1.313, 2.230, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.313 std_dev=0.917
O2 B 0, 0.496, 1.625, 2.753, 4.222 max_d=4.222 avg_d=1.625 std_dev=1.129
O2' B 0, 0.310, 1.914, 3.517, 4.897 max_d=4.897 avg_d=1.914 std_dev=1.603

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.21 0.18 0.14
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.05 0.07 0.22 0.24 0.23 0.19
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.22 0.19 0.13
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.26 0.32 0.19 0.16
C4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.31 0.27 0.29 0.26
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.22 0.26 0.08
C5 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.44 0.34 0.43 0.37
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.14 0.09 0.07 0.12 0.14 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.35 0.35 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.42 0.33 0.44 0.36
C8 0.02 0.03 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.08 0.06 0.53 0.42 0.46 0.44
N1 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.06 0.31 0.26 0.34 0.26
N3 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.05 0.07 0.19 0.24 0.19 0.17
N6 0.02 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.04 0.49 0.39 0.54 0.43
N7 0.02 0.04 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.14 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05 0.56 0.44 0.54 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.35 0.30 0.29 0.28
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.18 0.21 0.12
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.05 0.09 0.09 0.02 0.05 0.00 0.03 0.16 0.31 0.20 0.10
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.00 0.12 0.25 0.22 0.15
O5' 0.16 0.22 0.21 0.26 0.31 0.02 0.44 0.01 0.42 0.53 0.31 0.19 0.49 0.56 0.35 0.05 0.16 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.24 0.22 0.32 0.27 0.22 0.34 0.35 0.33 0.42 0.26 0.24 0.39 0.44 0.30 0.18 0.31 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.23 0.19 0.19 0.29 0.26 0.43 0.35 0.44 0.46 0.34 0.19 0.54 0.54 0.29 0.21 0.20 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.13 0.16 0.26 0.08 0.37 0.02 0.36 0.44 0.26 0.17 0.43 0.48 0.28 0.12 0.10 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.37 0.21 0.14 0.38 0.08 0.53 0.45 0.41 0.29 0.28 0.59 0.44 0.14 0.46 0.37 0.27 0.10 0.31 0.10
C2 0.53 0.50 0.31 0.15 0.35 0.13 0.56 0.53 0.43 0.35 0.35 0.78 0.69 0.15 0.42 0.33 0.38 0.18 0.25 0.16
C2' 0.43 0.37 0.17 0.12 0.33 0.10 0.48 0.43 0.37 0.28 0.26 0.61 0.52 0.18 0.41 0.40 0.27 0.05 0.32 0.07
C3' 0.39 0.35 0.25 0.16 0.35 0.07 0.47 0.36 0.35 0.27 0.26 0.55 0.42 0.15 0.43 0.40 0.27 0.08 0.25 0.04
C4 0.42 0.38 0.21 0.11 0.36 0.06 0.53 0.46 0.41 0.29 0.28 0.60 0.45 0.09 0.43 0.36 0.30 0.12 0.25 0.09
C4' 0.36 0.33 0.28 0.19 0.42 0.07 0.55 0.40 0.41 0.27 0.28 0.52 0.35 0.14 0.52 0.37 0.25 0.08 0.26 0.07
C5 0.37 0.33 0.24 0.14 0.36 0.07 0.50 0.43 0.39 0.27 0.27 0.50 0.33 0.11 0.41 0.37 0.28 0.12 0.23 0.08
C5' 0.32 0.33 0.44 0.29 0.49 0.06 0.59 0.40 0.45 0.30 0.35 0.46 0.35 0.15 0.59 0.34 0.28 0.15 0.22 0.12
C6 0.39 0.36 0.23 0.10 0.35 0.08 0.51 0.46 0.40 0.29 0.28 0.54 0.39 0.08 0.40 0.35 0.32 0.17 0.21 0.12
C8 0.32 0.30 0.31 0.23 0.36 0.12 0.47 0.39 0.37 0.26 0.26 0.43 0.25 0.19 0.42 0.39 0.23 0.10 0.31 0.11
N1 0.50 0.46 0.27 0.13 0.35 0.14 0.55 0.52 0.43 0.34 0.33 0.71 0.60 0.14 0.41 0.33 0.38 0.20 0.24 0.17
N3 0.49 0.46 0.25 0.11 0.36 0.08 0.56 0.51 0.43 0.33 0.32 0.73 0.62 0.11 0.44 0.34 0.34 0.14 0.25 0.12
N6 0.32 0.30 0.29 0.14 0.35 0.11 0.48 0.44 0.39 0.26 0.27 0.41 0.28 0.10 0.38 0.35 0.31 0.19 0.18 0.13
N7 0.30 0.28 0.34 0.23 0.35 0.12 0.45 0.37 0.36 0.26 0.26 0.40 0.23 0.18 0.40 0.39 0.23 0.10 0.27 0.09
N9 0.38 0.35 0.23 0.16 0.36 0.08 0.51 0.44 0.39 0.28 0.27 0.54 0.37 0.13 0.44 0.37 0.27 0.10 0.29 0.09
O2' 0.48 0.41 0.14 0.12 0.35 0.15 0.53 0.49 0.41 0.31 0.28 0.68 0.64 0.23 0.44 0.40 0.26 0.08 0.38 0.12
O3' 0.41 0.35 0.22 0.14 0.34 0.09 0.46 0.34 0.34 0.27 0.26 0.57 0.48 0.17 0.43 0.41 0.30 0.13 0.22 0.05
O4' 0.36 0.33 0.28 0.19 0.42 0.08 0.56 0.44 0.42 0.27 0.29 0.52 0.33 0.15 0.52 0.35 0.24 0.10 0.29 0.10
O5' 0.73 0.58 0.28 0.40 0.40 0.59 0.50 0.37 0.53 0.57 0.44 0.72 0.51 0.56 0.41 0.85 0.66 0.70 0.75 0.69
OP1 0.63 0.60 0.45 0.32 0.54 0.42 0.53 0.20 0.49 0.54 0.56 0.73 0.52 0.35 0.61 0.70 0.58 0.61 0.63 0.58
OP2 0.76 0.68 0.58 0.51 0.59 0.61 0.63 0.43 0.66 0.68 0.61 0.75 0.60 0.54 0.58 0.89 0.73 0.79 0.81 0.76
P 0.68 0.60 0.44 0.35 0.48 0.48 0.50 0.24 0.51 0.56 0.51 0.72 0.53 0.40 0.50 0.77 0.63 0.64 0.64 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.28 0.03 0.01 0.30 0.15 0.36 0.27
C2 0.02 0.00 0.16 0.18 0.02 0.07 0.03 0.20 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.17 0.03 0.11 0.29 0.23 0.33 0.27
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.02 0.16 0.21 0.20 0.02 0.10 0.30 0.00 0.02 0.05 0.01 0.65 0.66 0.80 0.76
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.32 0.01 0.34 0.04 0.30 0.18 0.25 0.14 0.03 0.01 0.34 0.03 0.40 0.47 0.62 0.49
C4 0.02 0.02 0.05 0.32 0.00 0.21 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.04 0.33 0.15 0.01 0.06 0.23 0.34 0.13 0.14
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.21 0.00 0.27 0.01 0.25 0.11 0.13 0.09 0.27 0.02 0.22 0.01 0.04 0.22 0.20 0.06
C5 0.02 0.03 0.16 0.34 0.01 0.27 0.00 0.44 0.01 0.01 0.02 0.05 0.41 0.22 0.01 0.13 0.20 0.38 0.10 0.13
C5' 0.07 0.20 0.21 0.04 0.38 0.01 0.44 0.00 0.38 0.20 0.28 0.15 0.09 0.21 0.42 0.01 0.01 0.30 0.22 0.04
C6 0.02 0.03 0.20 0.30 0.02 0.25 0.01 0.38 0.00 0.01 0.02 0.04 0.38 0.18 0.02 0.16 0.21 0.33 0.11 0.14
N1 0.01 0.02 0.02 0.18 0.02 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.04 0.18 0.12 0.02 0.02 0.28 0.24 0.27 0.23
N3 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.13 0.02 0.28 0.02 0.02 0.00 0.03 0.26 0.10 0.02 0.08 0.27 0.28 0.25 0.22
O2 0.05 0.01 0.30 0.14 0.04 0.09 0.05 0.15 0.04 0.04 0.03 0.00 0.37 0.29 0.04 0.19 0.32 0.20 0.42 0.33
O2' 0.03 0.23 0.00 0.03 0.33 0.27 0.41 0.09 0.38 0.18 0.26 0.37 0.00 0.09 0.35 0.19 0.44 0.47 0.68 0.64
O3' 0.28 0.17 0.02 0.01 0.15 0.02 0.22 0.21 0.18 0.12 0.10 0.29 0.09 0.00 0.17 0.19 0.23 0.32 0.34 0.26
O4 0.03 0.03 0.05 0.34 0.01 0.22 0.01 0.42 0.02 0.02 0.02 0.04 0.35 0.17 0.00 0.06 0.23 0.36 0.11 0.13
O4' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.06 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.08 0.19 0.19 0.19 0.06 0.00 0.32 0.24 0.16 0.24
O5' 0.30 0.29 0.65 0.40 0.23 0.04 0.20 0.01 0.21 0.28 0.27 0.32 0.44 0.23 0.23 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.15 0.23 0.66 0.47 0.34 0.22 0.38 0.30 0.33 0.24 0.28 0.20 0.47 0.32 0.36 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.33 0.80 0.62 0.13 0.20 0.10 0.22 0.11 0.27 0.25 0.42 0.68 0.34 0.11 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.27 0.76 0.49 0.14 0.06 0.13 0.04 0.14 0.23 0.22 0.33 0.64 0.26 0.13 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00