ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52828

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.019, 0.043, 0.066, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.043 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.025, 0.061, 0.098, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.061 std_dev=0.036
N1 A 0, 0.010, 0.047, 0.085, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.047 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.003, 0.044, 0.084, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.044 std_dev=0.040
C4 A 0, 0.006, 0.047, 0.088, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.047 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.018, 0.078, 0.138, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.078 std_dev=0.060
N6 A 0, 0.014, 0.076, 0.137, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.061
C8 A 0, 0.015, 0.087, 0.160, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.087 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.047, 0.209, 0.372, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.209 std_dev=0.162
C2' A 0, 0.040, 0.234, 0.429, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.234 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.231, 0.500, 0.769, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.500 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.229, 0.545, 0.861, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.545 std_dev=0.316
P B 0, 0.202, 0.589, 0.976, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.589 std_dev=0.387
C5' A 0, 0.470, 0.969, 1.468, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.969 std_dev=0.499
OP2 B 0, 0.384, 0.898, 1.413, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.898 std_dev=0.514
O2' A 0, 0.247, 0.804, 1.362, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.804 std_dev=0.557
O5' A 0, 0.553, 1.162, 1.771, 1.643 max_d=1.643 avg_d=1.162 std_dev=0.609
C3' A 0, 0.313, 0.956, 1.598, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.956 std_dev=0.642
O5' B 0, 0.545, 1.225, 1.905, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.225 std_dev=0.680
O3' A 0, 0.537, 1.798, 3.060, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.798 std_dev=1.262
OP1 A 0, 0.995, 2.262, 3.530, 3.835 max_d=3.835 avg_d=2.262 std_dev=1.268
P A 0, 1.219, 2.610, 4.001, 3.744 max_d=3.744 avg_d=2.610 std_dev=1.391
O4' B 0, 0.845, 2.529, 4.212, 4.332 max_d=4.332 avg_d=2.529 std_dev=1.684
C5' B 0, 1.030, 2.788, 4.545, 4.356 max_d=4.356 avg_d=2.788 std_dev=1.758
C4' B 0, 0.608, 2.605, 4.602, 4.308 max_d=4.308 avg_d=2.605 std_dev=1.997
O2' B 0, 1.692, 4.046, 6.400, 5.941 max_d=5.941 avg_d=4.046 std_dev=2.354
OP2 A 0, 1.613, 3.976, 6.338, 6.220 max_d=6.220 avg_d=3.976 std_dev=2.362
C1' B 0, 1.338, 3.728, 6.118, 6.126 max_d=6.126 avg_d=3.728 std_dev=2.390
C2' B 0, 1.415, 4.400, 7.386, 7.018 max_d=7.018 avg_d=4.400 std_dev=2.986
C3' B 0, 1.003, 4.293, 7.583, 7.046 max_d=7.046 avg_d=4.293 std_dev=3.290
N1 B 0, 1.840, 5.331, 8.823, 8.717 max_d=8.717 avg_d=5.331 std_dev=3.491
O3' B 0, 1.699, 5.389, 9.079, 8.413 max_d=8.413 avg_d=5.389 std_dev=3.690
C6 B 0, 1.931, 5.707, 9.483, 9.266 max_d=9.266 avg_d=5.707 std_dev=3.776
O2 B 0, 2.353, 6.346, 10.339, 10.388 max_d=10.388 avg_d=6.346 std_dev=3.993
C2 B 0, 2.324, 6.565, 10.806, 10.728 max_d=10.728 avg_d=6.565 std_dev=4.241
C5 B 0, 2.489, 7.316, 12.142, 11.757 max_d=11.757 avg_d=7.316 std_dev=4.827
N3 B 0, 2.822, 8.133, 13.443, 13.211 max_d=13.211 avg_d=8.133 std_dev=5.310
C4 B 0, 2.964, 8.653, 14.342, 13.935 max_d=13.935 avg_d=8.653 std_dev=5.689
O4 B 0, 3.471, 10.188, 16.905, 16.342 max_d=16.342 avg_d=10.188 std_dev=6.717

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.20 0.00 0.08 0.21 0.30 0.32
C2 0.07 0.00 0.05 0.04 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.30 0.38 0.12 0.21 0.56 0.74 0.73
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.12 0.05 0.09 0.04 0.06 0.07 0.08 0.03 0.01 0.05 0.03 0.10 0.13 0.13 0.13
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.11 0.26 0.05 0.06 0.14 0.24 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.16 0.04
C4 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.26 0.20 0.06 0.16 0.38 0.76 0.61
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.08 0.11 0.05 0.09 0.05 0.21 0.00 0.01 0.03 0.07 0.14 0.08
C5 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.29 0.10 0.01 0.18 0.35 0.97 0.63
C5' 0.04 0.13 0.12 0.02 0.11 0.02 0.13 0.00 0.12 0.17 0.12 0.13 0.14 0.17 0.10 0.11 0.16 0.03 0.01 0.09 0.10 0.02
C6 0.01 0.02 0.05 0.11 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.32 0.15 0.03 0.17 0.39 1.01 0.69
C8 0.02 0.04 0.09 0.26 0.03 0.10 0.02 0.17 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.19 0.18 0.07 0.28 0.32 0.90 0.49
N1 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.28 0.09 0.17 0.49 0.90 0.74
N3 0.08 0.01 0.06 0.06 0.01 0.11 0.03 0.13 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.28 0.38 0.13 0.21 0.52 0.63 0.67
N6 0.03 0.03 0.07 0.14 0.03 0.05 0.03 0.14 0.01 0.06 0.02 0.04 0.00 0.07 0.04 0.34 0.11 0.03 0.20 0.36 1.12 0.70
N7 0.02 0.03 0.08 0.24 0.02 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.26 0.15 0.04 0.27 0.35 1.07 0.58
N9 0.01 0.03 0.03 0.12 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.17 0.08 0.02 0.16 0.28 0.67 0.48
O2' 0.01 0.30 0.01 0.02 0.26 0.21 0.29 0.11 0.32 0.19 0.32 0.28 0.34 0.26 0.17 0.00 0.11 0.11 0.25 0.34 0.12 0.28
O3' 0.20 0.38 0.05 0.01 0.20 0.00 0.10 0.16 0.15 0.18 0.28 0.38 0.11 0.15 0.08 0.11 0.00 0.11 0.14 0.09 0.41 0.11
O4' 0.00 0.12 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.09 0.13 0.03 0.04 0.02 0.11 0.11 0.00 0.08 0.20 0.33 0.34
O5' 0.08 0.21 0.10 0.03 0.16 0.03 0.18 0.01 0.17 0.28 0.17 0.21 0.20 0.27 0.16 0.25 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.56 0.13 0.08 0.38 0.07 0.35 0.09 0.39 0.32 0.49 0.52 0.36 0.35 0.28 0.34 0.09 0.20 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.30 0.74 0.13 0.16 0.76 0.14 0.97 0.10 1.01 0.90 0.90 0.63 1.12 1.07 0.67 0.12 0.41 0.33 0.02 0.04 0.00 0.02
P 0.32 0.73 0.13 0.04 0.61 0.08 0.63 0.02 0.69 0.49 0.74 0.67 0.70 0.58 0.48 0.28 0.11 0.34 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.81 0.54 1.74 2.08 0.15 1.32 0.26 1.17 0.27 0.53 0.27 0.79 1.88 2.96 0.33 0.52 0.73 0.25 0.14 0.21
C2 0.40 0.53 1.17 1.38 1.43 0.93 1.48 0.66 1.02 0.53 0.96 0.30 1.66 2.26 1.74 0.31 0.65 0.29 0.16 0.10
C2' 1.08 0.97 2.05 2.38 0.51 1.48 0.48 1.33 0.66 0.91 0.77 1.17 2.07 3.23 0.37 0.72 0.79 0.18 0.16 0.21
C3' 0.96 0.93 1.91 2.19 0.49 1.29 0.42 1.12 0.58 0.83 0.76 1.13 1.92 3.00 0.37 0.58 0.55 0.30 0.22 0.08
C4 0.58 0.23 1.44 1.75 0.61 1.16 0.69 0.97 0.38 0.24 0.26 0.47 1.70 2.62 0.84 0.36 0.68 0.26 0.12 0.15
C4' 0.86 0.69 1.78 2.08 0.23 1.29 0.27 1.16 0.41 0.65 0.46 0.91 1.85 2.90 0.21 0.56 0.66 0.21 0.09 0.15
C5 0.49 0.20 1.21 1.52 0.61 1.04 0.68 0.91 0.39 0.21 0.29 0.39 1.42 2.25 0.81 0.31 0.66 0.27 0.12 0.14
C5' 0.94 0.82 1.77 2.06 0.43 1.30 0.45 1.18 0.58 0.78 0.63 1.00 1.80 2.80 0.35 0.65 0.69 0.20 0.13 0.20
C6 0.30 0.42 0.89 1.12 1.13 0.81 1.21 0.64 0.85 0.43 0.75 0.27 1.23 1.80 1.35 0.24 0.63 0.28 0.15 0.09
C8 0.77 0.60 1.51 1.86 0.19 1.23 0.18 1.18 0.32 0.57 0.40 0.77 1.53 2.54 0.18 0.54 0.70 0.26 0.16 0.23
N1 0.36 0.70 0.89 1.07 1.58 0.76 1.65 0.54 1.20 0.69 1.13 0.41 1.38 1.84 1.86 0.34 0.63 0.29 0.17 0.10
N3 0.52 0.23 1.43 1.70 0.98 1.11 1.04 0.86 0.65 0.28 0.55 0.35 1.82 2.63 1.27 0.32 0.68 0.27 0.13 0.13
N6 0.27 0.58 0.49 0.65 1.22 0.52 1.31 0.44 1.00 0.59 0.88 0.37 0.80 1.15 1.40 0.28 0.60 0.28 0.15 0.10
N7 0.63 0.43 1.27 1.60 0.18 1.10 0.23 1.07 0.21 0.42 0.24 0.60 1.32 2.20 0.30 0.45 0.67 0.26 0.14 0.20
N9 0.74 0.47 1.60 1.94 0.21 1.26 0.30 1.13 0.22 0.45 0.21 0.70 1.73 2.77 0.40 0.49 0.71 0.25 0.14 0.20
O2' 1.48 1.34 2.52 2.82 0.85 1.88 0.83 1.65 1.03 1.29 1.12 1.56 2.59 3.72 0.68 1.11 1.14 0.30 0.46 0.53
O3' 1.13 1.11 2.12 2.36 0.64 1.43 0.54 1.21 0.71 0.99 0.93 1.34 2.16 3.19 0.51 0.72 0.63 0.25 0.25 0.05
O4' 0.76 0.50 1.65 1.97 0.23 1.26 0.30 1.15 0.25 0.48 0.24 0.73 1.77 2.80 0.43 0.50 0.71 0.25 0.21 0.24
O5' 0.87 0.67 1.67 1.96 0.42 1.29 0.47 1.19 0.52 0.67 0.48 0.84 1.75 2.71 0.49 0.64 0.81 0.33 0.34 0.37
OP1 0.54 0.39 1.22 1.48 0.73 0.90 0.77 0.79 0.55 0.42 0.47 0.47 1.35 2.20 0.97 0.40 0.57 0.31 0.34 0.32
OP2 0.58 0.70 0.76 0.88 1.20 0.39 1.30 0.29 1.05 0.75 0.90 0.59 0.89 1.58 1.40 0.71 0.75 1.21 1.17 1.17
P 0.41 0.42 1.04 1.28 0.84 0.63 0.89 0.48 0.65 0.43 0.57 0.43 1.16 2.01 1.05 0.35 0.32 0.54 0.41 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.01 0.18 0.29 0.42 0.17
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.04 0.05 0.05 0.09 0.03 0.02 0.02 0.02 0.12 0.09 0.05 0.06 0.21 0.37 0.69 0.27
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.01 0.13 0.02 0.05 0.19 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.26 0.30 0.05
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.20 0.02 0.21 0.07 0.07 0.16 0.03 0.02 0.14 0.02 0.17 0.28 0.26 0.10
C4 0.05 0.04 0.04 0.13 0.00 0.17 0.01 0.27 0.04 0.03 0.02 0.07 0.05 0.13 0.01 0.11 0.22 0.61 0.90 0.30
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.19 0.07 0.09 0.08 0.09 0.03 0.19 0.01 0.04 0.28 0.20 0.05
C5 0.05 0.05 0.11 0.20 0.01 0.21 0.00 0.31 0.01 0.03 0.03 0.07 0.09 0.22 0.04 0.10 0.24 0.65 0.91 0.29
C5' 0.03 0.09 0.01 0.02 0.27 0.01 0.31 0.00 0.24 0.11 0.17 0.06 0.09 0.02 0.31 0.02 0.01 0.23 0.26 0.01
C6 0.05 0.03 0.13 0.21 0.04 0.19 0.01 0.24 0.00 0.02 0.02 0.04 0.11 0.22 0.05 0.08 0.24 0.52 0.81 0.26
N1 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.11 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03 0.22 0.38 0.65 0.24
N3 0.04 0.02 0.05 0.07 0.02 0.09 0.03 0.17 0.02 0.03 0.00 0.06 0.11 0.07 0.03 0.08 0.22 0.48 0.81 0.29
O2 0.07 0.02 0.19 0.16 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.23 0.20 0.09 0.08 0.19 0.30 0.58 0.24
O2' 0.03 0.12 0.01 0.03 0.05 0.09 0.09 0.09 0.11 0.03 0.11 0.23 0.00 0.09 0.06 0.08 0.19 0.23 0.41 0.15
O3' 0.05 0.09 0.05 0.02 0.13 0.03 0.22 0.02 0.22 0.08 0.07 0.20 0.09 0.00 0.14 0.04 0.40 0.38 0.30 0.29
O4 0.05 0.05 0.04 0.14 0.01 0.19 0.04 0.31 0.05 0.04 0.03 0.09 0.06 0.14 0.00 0.12 0.22 0.69 0.95 0.31
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.10 0.02 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.04 0.12 0.00 0.27 0.28 0.40 0.20
O5' 0.18 0.21 0.05 0.17 0.22 0.04 0.24 0.01 0.24 0.22 0.22 0.19 0.19 0.40 0.22 0.27 0.00 0.01 0.02 0.02
OP1 0.29 0.37 0.26 0.28 0.61 0.28 0.65 0.23 0.52 0.38 0.48 0.30 0.23 0.38 0.69 0.28 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.42 0.69 0.30 0.26 0.90 0.20 0.91 0.26 0.81 0.65 0.81 0.58 0.41 0.30 0.95 0.40 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.17 0.27 0.05 0.10 0.30 0.05 0.29 0.01 0.26 0.24 0.29 0.24 0.15 0.29 0.31 0.20 0.02 0.01 0.01 0.00