ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52829

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O3' A 0, 0.139, 0.341, 0.544, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.341 std_dev=0.203
P B 0, 0.143, 0.347, 0.550, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.347 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.074, 0.279, 0.484, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.279 std_dev=0.205
OP1 B 0, 0.154, 0.368, 0.582, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.368 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.222, 0.528, 0.834, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.528 std_dev=0.306
C3' A 0, 0.166, 0.507, 0.847, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.507 std_dev=0.341
C5' B 0, 0.251, 0.596, 0.941, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.596 std_dev=0.345
C4' A 0, 0.191, 0.567, 0.944, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.567 std_dev=0.377
C2' A 0, 0.125, 0.508, 0.892, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.508 std_dev=0.384
O3' B 0, 0.277, 0.668, 1.058, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.668 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.273, 0.671, 1.070, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.671 std_dev=0.399
C4' B 0, 0.277, 0.678, 1.078, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.678 std_dev=0.401
O4' A 0, 0.112, 0.514, 0.917, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.514 std_dev=0.402
O4' B 0, 0.281, 0.723, 1.165, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.723 std_dev=0.442
O5' A 0, 0.329, 0.784, 1.239, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.784 std_dev=0.455
P A 0, 0.312, 0.777, 1.243, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.777 std_dev=0.466
C6 B 0, 0.280, 0.778, 1.275, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.778 std_dev=0.497
C2' B 0, 0.313, 0.818, 1.322, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.818 std_dev=0.505
OP1 A 0, 0.357, 0.865, 1.372, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.865 std_dev=0.508
C1' B 0, 0.298, 0.810, 1.321, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.810 std_dev=0.511
N1 B 0, 0.313, 0.842, 1.372, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.842 std_dev=0.529
OP2 A 0, 0.358, 0.900, 1.442, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.900 std_dev=0.542
C5 B 0, 0.320, 0.866, 1.412, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.866 std_dev=0.546
O2' B 0, 0.338, 0.909, 1.479, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.909 std_dev=0.570
C2 B 0, 0.372, 0.974, 1.576, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.974 std_dev=0.602
C4 B 0, 0.407, 1.030, 1.654, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.030 std_dev=0.624
N3 B 0, 0.418, 1.056, 1.694, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.056 std_dev=0.638
O2' A 0, 0.174, 0.815, 1.456, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.815 std_dev=0.641
O2 B 0, 0.384, 1.034, 1.685, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.034 std_dev=0.650
C5' A 0, 0.437, 1.124, 1.810, 1.858 max_d=1.858 avg_d=1.124 std_dev=0.687
O4 B 0, 0.488, 1.201, 1.914, 1.866 max_d=1.866 avg_d=1.201 std_dev=0.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.16 0.33 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.12 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.10 0.38 0.26 0.16 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.13 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.25 0.12 0.19
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.09 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.27 0.07 0.10
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.05 0.33 0.28 0.07 0.08
C4' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.12 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.30 0.10 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.34 0.24 0.06 0.06
C5' 0.05 0.30 0.13 0.01 0.20 0.00 0.18 0.00 0.22 0.11 0.27 0.28 0.20 0.14 0.12 0.07 0.13 0.01 0.00 0.11 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.36 0.22 0.10 0.09
C8 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.06 0.26 0.25 0.05 0.03
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.07 0.38 0.23 0.14 0.13
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.12 0.36 0.29 0.12 0.13
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.35 0.20 0.09 0.08
N7 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.05 0.30 0.23 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.26 0.29 0.06 0.04
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.27 0.10 0.22
O3' 0.13 0.14 0.02 0.00 0.12 0.01 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11 0.02 0.00 0.10 0.14 0.29 0.13 0.12
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.12 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.51 0.23 0.25
O5' 0.16 0.38 0.27 0.10 0.33 0.01 0.34 0.00 0.36 0.26 0.38 0.36 0.35 0.30 0.26 0.27 0.14 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.26 0.25 0.27 0.28 0.30 0.24 0.11 0.22 0.25 0.23 0.29 0.20 0.23 0.29 0.27 0.29 0.51 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.16 0.12 0.07 0.07 0.10 0.06 0.04 0.10 0.05 0.14 0.12 0.09 0.03 0.06 0.10 0.13 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.19 0.10 0.08 0.10 0.06 0.00 0.09 0.03 0.13 0.13 0.08 0.03 0.04 0.22 0.12 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.11 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.07 0.10 0.11 0.18 0.13 0.12 0.05 0.11 0.06 0.05 0.03 0.03
C2 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.09 0.07
C2' 0.06 0.06 0.08 0.09 0.03 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.03 0.11 0.12 0.14 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.03 0.09 0.07 0.09 0.05 0.03 0.03 0.08 0.06 0.04
C4 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.10 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05
C4' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.04 0.09 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.08 0.04 0.03
C5 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05
C5' 0.12 0.16 0.14 0.16 0.13 0.13 0.09 0.12 0.09 0.12 0.16 0.19 0.14 0.19 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13
C6 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07
C8 0.10 0.12 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.15 0.11 0.11 0.05 0.11 0.06 0.05 0.03 0.04
N1 0.08 0.07 0.05 0.05 0.10 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.08 0.06 0.07 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08
N3 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.05 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06
N6 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.09 0.07 0.06 0.08 0.11 0.12 0.09 0.12 0.08 0.08
N7 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10 0.05 0.10 0.06 0.05 0.03 0.04
N9 0.10 0.10 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.14 0.11 0.11 0.04 0.10 0.05 0.06 0.04 0.04
O2' 0.22 0.22 0.27 0.28 0.09 0.26 0.04 0.22 0.09 0.17 0.17 0.29 0.33 0.34 0.08 0.21 0.15 0.08 0.04 0.07
O3' 0.15 0.21 0.16 0.17 0.15 0.16 0.09 0.15 0.09 0.15 0.20 0.26 0.18 0.19 0.15 0.15 0.13 0.05 0.08 0.10
O4' 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.04 0.08 0.06 0.12 0.06 0.06
O5' 0.23 0.28 0.26 0.28 0.26 0.25 0.24 0.25 0.23 0.25 0.28 0.29 0.25 0.30 0.27 0.23 0.26 0.27 0.29 0.28
OP1 0.18 0.18 0.15 0.14 0.21 0.18 0.22 0.21 0.21 0.19 0.19 0.17 0.15 0.12 0.22 0.21 0.21 0.20 0.20 0.21
OP2 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.13 0.12 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08
P 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.12 0.12 0.12 0.06 0.08 0.07 0.04 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02
O2 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.09 0.05 0.04
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.09 0.03 0.05 0.08 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.14 0.09 0.10
O4 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05
O5' 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.07 0.09 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.14 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.10 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00