ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52831

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.004, 0.035, 0.066, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.010, 0.043, 0.076, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.043 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.012, 0.061, 0.111, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.016, 0.068, 0.120, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.068 std_dev=0.052
OP1 B 0, 0.127, 0.488, 0.848, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.488 std_dev=0.361
C2' A 0, 0.205, 0.701, 1.196, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.701 std_dev=0.495
P B 0, 0.147, 0.660, 1.173, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.660 std_dev=0.513
O4' A 0, 0.220, 0.758, 1.296, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.758 std_dev=0.538
OP2 B 0, 0.206, 0.799, 1.392, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.799 std_dev=0.593
C4' A 0, 0.250, 0.853, 1.456, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.853 std_dev=0.603
C3' A 0, 0.291, 0.994, 1.697, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.994 std_dev=0.703
O2' A 0, 0.330, 1.127, 1.924, 1.695 max_d=1.695 avg_d=1.127 std_dev=0.797
O3' A 0, 0.472, 1.614, 2.755, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.614 std_dev=1.142
C5' A 0, 0.586, 2.003, 3.420, 3.037 max_d=3.037 avg_d=2.003 std_dev=1.417
O5' A 0, 0.708, 2.427, 4.146, 3.753 max_d=3.753 avg_d=2.427 std_dev=1.719
OP1 A 0, 0.719, 2.456, 4.192, 3.710 max_d=3.710 avg_d=2.456 std_dev=1.736
O5' B 0, 0.730, 2.543, 4.357, 4.098 max_d=4.098 avg_d=2.543 std_dev=1.813
P A 0, 0.771, 2.654, 4.538, 4.172 max_d=4.172 avg_d=2.654 std_dev=1.883
OP2 A 0, 0.855, 2.953, 5.051, 4.680 max_d=4.680 avg_d=2.953 std_dev=2.098
O4 B 0, 0.888, 3.130, 5.372, 5.134 max_d=5.134 avg_d=3.130 std_dev=2.242
C4 B 0, 0.989, 3.421, 5.853, 5.436 max_d=5.436 avg_d=3.421 std_dev=2.432
C5 B 0, 0.988, 3.428, 5.868, 5.481 max_d=5.481 avg_d=3.428 std_dev=2.440
C6 B 0, 1.085, 3.714, 6.342, 5.705 max_d=5.705 avg_d=3.714 std_dev=2.628
C5' B 0, 1.159, 4.018, 6.876, 6.415 max_d=6.415 avg_d=4.018 std_dev=2.858
N3 B 0, 1.254, 4.288, 7.323, 6.581 max_d=6.581 avg_d=4.288 std_dev=3.035
N1 B 0, 1.317, 4.499, 7.682, 6.853 max_d=6.853 avg_d=4.499 std_dev=3.183
C2 B 0, 1.469, 5.017, 8.565, 7.561 max_d=7.561 avg_d=5.017 std_dev=3.548
O4' B 0, 1.484, 5.109, 8.735, 8.032 max_d=8.032 avg_d=5.109 std_dev=3.625
C4' B 0, 1.508, 5.191, 8.874, 8.152 max_d=8.152 avg_d=5.191 std_dev=3.683
C1' B 0, 1.521, 5.210, 8.898, 8.040 max_d=8.040 avg_d=5.210 std_dev=3.688
C2' B 0, 1.570, 5.377, 9.183, 8.291 max_d=8.291 avg_d=5.377 std_dev=3.806
C3' B 0, 1.587, 5.445, 9.303, 8.467 max_d=8.467 avg_d=5.445 std_dev=3.858
O2' B 0, 1.732, 5.918, 10.104, 9.024 max_d=9.024 avg_d=5.918 std_dev=4.186
O2 B 0, 1.818, 6.210, 10.602, 9.401 max_d=9.401 avg_d=6.210 std_dev=4.392
O3' B 0, 2.065, 7.067, 12.069, 10.879 max_d=10.879 avg_d=7.067 std_dev=5.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.00 0.11 0.05 0.10 0.13
C2 0.04 0.00 0.15 0.09 0.01 0.10 0.03 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.33 0.37 0.16 0.08 0.07 0.27 0.22
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.11 0.06 0.08 0.12 0.14 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.19 0.20 0.05 0.05
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.06 0.09 0.02 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.46 0.34 0.25
C4 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.24 0.08 0.10 0.10 0.28 0.25
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.17 0.11 0.05
C5 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.15 0.03 0.15 0.22 0.38 0.35
C5' 0.04 0.14 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.18 0.11 0.13 0.03 0.15 0.06 0.05 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.20 0.06 0.13 0.22 0.39 0.35
C8 0.01 0.03 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.24 0.27 0.37 0.41
N1 0.05 0.00 0.12 0.06 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.28 0.30 0.13 0.11 0.15 0.35 0.29
N3 0.04 0.01 0.14 0.09 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.31 0.37 0.16 0.07 0.06 0.23 0.19
N6 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.16 0.16 0.03 0.13 0.30 0.42 0.39
N7 0.01 0.04 0.05 0.10 0.02 0.05 0.01 0.15 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.22 0.33 0.46 0.45
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.14 0.01 0.14 0.10 0.24 0.26
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.19 0.05 0.14 0.05 0.19 0.04 0.28 0.31 0.16 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.18 0.30 0.06 0.04
O3' 0.19 0.37 0.04 0.01 0.24 0.03 0.15 0.09 0.20 0.01 0.30 0.37 0.16 0.02 0.14 0.05 0.00 0.14 0.15 0.81 0.56 0.48
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.11 0.13 0.16 0.03 0.07 0.01 0.02 0.14 0.00 0.04 0.03 0.09 0.13
O5' 0.11 0.08 0.19 0.04 0.10 0.01 0.15 0.01 0.13 0.24 0.11 0.07 0.13 0.22 0.14 0.18 0.15 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.07 0.20 0.46 0.10 0.17 0.22 0.03 0.22 0.27 0.15 0.06 0.30 0.33 0.10 0.30 0.81 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.10 0.27 0.05 0.34 0.28 0.11 0.38 0.03 0.39 0.37 0.35 0.23 0.42 0.46 0.24 0.06 0.56 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.13 0.22 0.05 0.25 0.25 0.05 0.35 0.01 0.35 0.41 0.29 0.19 0.39 0.45 0.26 0.04 0.48 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.49 1.53 1.42 1.28 0.62 1.63 0.40 1.48 0.72 1.25 1.21 1.98 1.46 1.41 0.36 1.70 0.91 0.21 0.24 0.26
C2 0.83 0.83 0.84 0.61 0.35 0.93 0.29 0.99 0.49 0.73 0.67 0.98 0.94 0.64 0.10 0.99 0.66 0.08 0.15 0.16
C2' 1.74 1.84 1.65 1.49 0.92 1.77 0.65 1.52 0.96 1.51 1.54 2.34 1.71 1.69 0.68 1.88 0.93 0.23 0.29 0.24
C3' 1.70 1.78 1.58 1.44 0.84 1.74 0.54 1.47 0.85 1.44 1.47 2.31 1.64 1.64 0.60 1.85 0.85 0.25 0.38 0.20
C4 1.20 1.22 1.18 0.98 0.44 1.31 0.29 1.28 0.59 1.02 0.95 1.53 1.22 1.03 0.14 1.38 0.82 0.12 0.21 0.20
C4' 1.62 1.60 1.52 1.42 0.59 1.80 0.34 1.60 0.71 1.31 1.23 2.13 1.56 1.59 0.33 1.85 0.95 0.29 0.26 0.34
C5 1.09 1.02 1.13 0.92 0.25 1.23 0.20 1.23 0.48 0.88 0.72 1.30 1.15 0.94 0.07 1.26 0.81 0.10 0.21 0.20
C5' 1.75 1.67 1.64 1.57 0.57 1.96 0.32 1.71 0.74 1.38 1.25 2.24 1.69 1.75 0.30 2.00 1.02 0.39 0.21 0.45
C6 0.76 0.64 0.86 0.62 0.12 0.89 0.19 0.96 0.34 0.59 0.38 0.80 0.92 0.61 0.30 0.90 0.68 0.07 0.16 0.16
C8 1.42 1.35 1.42 1.29 0.40 1.62 0.24 1.50 0.60 1.13 0.97 1.78 1.41 1.37 0.10 1.64 0.92 0.23 0.29 0.29
N1 0.63 0.55 0.70 0.46 0.17 0.75 0.20 0.85 0.34 0.52 0.36 0.65 0.81 0.46 0.27 0.78 0.60 0.08 0.15 0.14
N3 1.08 1.13 1.04 0.83 0.49 1.17 0.34 1.17 0.59 0.94 0.93 1.38 1.12 0.89 0.21 1.25 0.75 0.10 0.18 0.18
N6 0.48 0.25 0.69 0.44 0.34 0.64 0.37 0.76 0.19 0.28 0.02 0.41 0.75 0.40 0.56 0.59 0.59 0.08 0.14 0.14
N7 1.25 1.12 1.30 1.14 0.24 1.46 0.19 1.42 0.50 0.96 0.75 1.48 1.29 1.17 0.07 1.45 0.89 0.17 0.28 0.26
N9 1.40 1.41 1.36 1.20 0.51 1.54 0.32 1.44 0.66 1.16 1.08 1.82 1.38 1.29 0.22 1.61 0.89 0.18 0.25 0.25
O2' 1.85 2.03 1.76 1.57 1.22 1.80 0.95 1.54 1.19 1.69 1.79 2.47 1.85 1.79 1.01 1.93 1.01 0.22 0.17 0.27
O3' 1.77 1.93 1.67 1.49 1.08 1.78 0.76 1.52 1.02 1.57 1.68 2.42 1.73 1.69 0.88 1.89 0.93 0.23 0.26 0.25
O4' 1.47 1.42 1.39 1.29 0.44 1.69 0.23 1.56 0.60 1.16 1.06 1.91 1.42 1.41 0.19 1.73 0.93 0.29 0.23 0.35
O5' 1.92 1.83 1.81 1.73 0.71 2.09 0.45 1.77 0.86 1.53 1.40 2.42 1.85 1.91 0.41 2.14 1.07 0.39 0.17 0.46
OP1 2.11 1.89 2.08 2.08 0.74 2.39 0.54 2.08 0.99 1.65 1.41 2.46 2.11 2.30 0.41 2.32 1.36 0.70 0.18 0.79
OP2 2.21 2.02 2.16 2.12 0.89 2.38 0.64 1.93 1.07 1.76 1.54 2.60 2.21 2.38 0.59 2.36 1.25 0.47 0.20 0.62
P 2.18 2.00 2.12 2.08 0.86 2.41 0.62 2.06 1.07 1.74 1.53 2.58 2.15 2.28 0.53 2.39 1.35 0.65 0.13 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.21 0.05 0.00 0.08 0.12 0.12 0.14
C2 0.07 0.00 0.12 0.15 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.21 0.04 0.14 0.36 0.30
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.17 0.12 0.01 0.09 0.22 0.00 0.03 0.03 0.01 0.34 0.58 0.34 0.34
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.30 0.02 0.36 0.04 0.33 0.19 0.22 0.18 0.01 0.02 0.31 0.03 0.12 0.49 0.15 0.22
C4 0.03 0.00 0.03 0.30 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.18 0.01 0.05 0.26 0.45 0.68 0.59
C4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.10 0.00 0.25 0.01 0.28 0.06 0.06 0.32 0.22 0.05 0.09 0.00 0.02 0.13 0.06 0.07
C5 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.25 0.00 0.37 0.00 0.01 0.02 0.01 0.39 0.26 0.02 0.12 0.46 0.54 0.78 0.71
C5' 0.08 0.17 0.17 0.04 0.19 0.01 0.37 0.00 0.37 0.12 0.13 0.36 0.11 0.11 0.19 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.33 0.01 0.28 0.00 0.37 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.20 0.02 0.17 0.42 0.42 0.60 0.61
N1 0.01 0.02 0.01 0.19 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.15 0.03 0.03 0.01 0.12 0.18 0.35 0.35
N3 0.06 0.00 0.09 0.22 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.06 0.02 0.16 0.07 0.29 0.51 0.42
O2 0.14 0.00 0.22 0.18 0.02 0.32 0.01 0.36 0.02 0.03 0.03 0.00 0.23 0.24 0.01 0.37 0.24 0.13 0.30 0.24
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.25 0.22 0.39 0.11 0.39 0.15 0.08 0.23 0.00 0.01 0.26 0.16 0.30 0.62 0.45 0.38
O3' 0.21 0.07 0.03 0.02 0.18 0.05 0.26 0.11 0.20 0.03 0.06 0.24 0.01 0.00 0.21 0.18 0.16 0.44 0.19 0.20
O4 0.05 0.02 0.03 0.31 0.01 0.09 0.02 0.19 0.02 0.03 0.02 0.01 0.26 0.21 0.00 0.08 0.28 0.51 0.74 0.62
O4' 0.00 0.21 0.01 0.03 0.05 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.16 0.37 0.16 0.18 0.08 0.00 0.08 0.18 0.25 0.28
O5' 0.08 0.04 0.34 0.12 0.26 0.02 0.46 0.00 0.42 0.12 0.07 0.24 0.30 0.16 0.28 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.14 0.58 0.49 0.45 0.13 0.54 0.05 0.42 0.18 0.29 0.13 0.62 0.44 0.51 0.18 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.12 0.36 0.34 0.15 0.68 0.06 0.78 0.04 0.60 0.35 0.51 0.30 0.45 0.19 0.74 0.25 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.14 0.30 0.34 0.22 0.59 0.07 0.71 0.01 0.61 0.35 0.42 0.24 0.38 0.20 0.62 0.28 0.01 0.01 0.02 0.00