ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52832

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O3' A 0, 0.059, 0.241, 0.424, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.241 std_dev=0.182
O4' A 0, 0.063, 0.264, 0.465, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.264 std_dev=0.201
C4' B 0, 0.076, 0.280, 0.483, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.280 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.072, 0.276, 0.480, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.276 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.072, 0.298, 0.523, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.298 std_dev=0.226
C2' A 0, 0.068, 0.296, 0.524, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.296 std_dev=0.228
C5' B 0, 0.101, 0.347, 0.594, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.347 std_dev=0.246
C3' A 0, 0.090, 0.341, 0.592, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.341 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.083, 0.335, 0.588, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.335 std_dev=0.253
O4' B 0, 0.092, 0.346, 0.601, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.346 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.107, 0.370, 0.634, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.370 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.108, 0.374, 0.640, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.374 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.025, 0.299, 0.574, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.299 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.062, 0.336, 0.610, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.085, 0.365, 0.644, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.365 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.001, 0.287, 0.572, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.287 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.009, 0.308, 0.607, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.308 std_dev=0.299
P B 0, 0.093, 0.404, 0.715, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.404 std_dev=0.311
C5 B 0, -0.012, 0.302, 0.615, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.302 std_dev=0.314
OP2 B 0, 0.081, 0.411, 0.741, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.411 std_dev=0.330
O2' B 0, 0.052, 0.386, 0.721, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.386 std_dev=0.334
O5' B 0, 0.128, 0.465, 0.802, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.465 std_dev=0.337
O4 B 0, 0.056, 0.404, 0.753, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.404 std_dev=0.349
O2 B 0, 0.062, 0.414, 0.765, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.414 std_dev=0.352
O2' A 0, 0.108, 0.492, 0.875, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.492 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.144, 0.530, 0.916, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.530 std_dev=0.386
C5' A 0, 0.188, 0.677, 1.166, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.677 std_dev=0.489
O5' A 0, 0.231, 0.790, 1.350, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.790 std_dev=0.560
OP1 A 0, 0.252, 0.869, 1.485, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.869 std_dev=0.616
P A 0, 0.255, 0.881, 1.507, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.881 std_dev=0.626
OP2 A 0, 0.265, 0.926, 1.586, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.926 std_dev=0.660

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.03 0.09 0.13 0.14 0.14 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.04 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.02 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.08 0.11 0.12 0.09
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.04 0.07 0.09 0.10 0.07
C5' 0.01 0.14 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.14 0.13 0.12 0.08 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02 0.06 0.10 0.11 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.09 0.02
N1 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.03 0.08 0.12 0.13 0.13 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.10 0.12 0.13 0.13 0.12
N6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.04 0.09 0.10 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.08 0.03
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.10 0.00 0.08 0.02 0.11 0.04 0.14 0.14 0.10 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.06 0.11
O3' 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.13 0.02 0.06
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.07 0.14 0.09
O5' 0.02 0.13 0.07 0.06 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.12 0.12 0.09 0.04 0.02 0.09 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.14 0.14 0.13 0.11 0.06 0.09 0.04 0.11 0.05 0.13 0.13 0.10 0.06 0.08 0.19 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.14 0.04 0.02 0.12 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.13 0.13 0.10 0.08 0.10 0.06 0.02 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.13 0.07 0.07 0.09 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.12 0.12 0.08 0.03 0.05 0.11 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.08 0.16 0.15 0.10 0.13 0.19 0.11 0.20 0.14 0.06 0.05 0.16 0.10 0.07 0.18 0.19 0.06 0.08 0.08
C2 0.07 0.11 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.14 0.08 0.07 0.14 0.14 0.08 0.04 0.10 0.08 0.22 0.10 0.03 0.10
C2' 0.14 0.05 0.15 0.15 0.03 0.14 0.13 0.13 0.16 0.12 0.04 0.04 0.14 0.11 0.06 0.20 0.21 0.09 0.10 0.11
C3' 0.11 0.04 0.11 0.11 0.05 0.11 0.14 0.11 0.15 0.09 0.05 0.05 0.11 0.06 0.04 0.16 0.20 0.07 0.08 0.09
C4 0.14 0.09 0.14 0.13 0.06 0.12 0.12 0.11 0.15 0.13 0.09 0.09 0.15 0.08 0.08 0.17 0.20 0.06 0.06 0.08
C4' 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.16 0.12 0.14 0.06 0.06 0.10 0.08 0.01 0.05 0.10 0.20 0.02 0.02 0.06
C5 0.17 0.10 0.17 0.16 0.07 0.14 0.05 0.11 0.13 0.13 0.10 0.12 0.17 0.11 0.15 0.21 0.19 0.06 0.06 0.08
C5' 0.07 0.16 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.20 0.05 0.07 0.18 0.22 0.09 0.09 0.10 0.04 0.26 0.09 0.08 0.13
C6 0.16 0.13 0.14 0.14 0.11 0.12 0.03 0.11 0.06 0.11 0.14 0.17 0.15 0.09 0.16 0.18 0.21 0.08 0.04 0.09
C8 0.19 0.08 0.20 0.19 0.03 0.16 0.12 0.10 0.18 0.15 0.06 0.08 0.20 0.14 0.13 0.24 0.16 0.08 0.09 0.07
N1 0.09 0.14 0.08 0.08 0.08 0.08 0.01 0.13 0.04 0.08 0.15 0.19 0.10 0.04 0.10 0.09 0.22 0.11 0.02 0.11
N3 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.05 0.10 0.11 0.22 0.08 0.04 0.09
N6 0.19 0.14 0.17 0.17 0.16 0.15 0.12 0.10 0.01 0.10 0.14 0.18 0.17 0.13 0.21 0.24 0.20 0.09 0.02 0.10
N7 0.20 0.08 0.21 0.20 0.08 0.17 0.06 0.10 0.15 0.14 0.08 0.10 0.20 0.15 0.20 0.25 0.16 0.07 0.09 0.07
N9 0.16 0.08 0.17 0.16 0.06 0.14 0.16 0.11 0.18 0.14 0.06 0.07 0.17 0.11 0.05 0.20 0.19 0.06 0.08 0.08
O2' 0.22 0.13 0.21 0.22 0.07 0.22 0.15 0.17 0.20 0.18 0.08 0.12 0.21 0.19 0.03 0.27 0.24 0.15 0.16 0.17
O3' 0.11 0.04 0.12 0.12 0.08 0.12 0.16 0.13 0.16 0.11 0.04 0.03 0.11 0.07 0.07 0.15 0.21 0.08 0.09 0.10
O4' 0.08 0.04 0.10 0.09 0.09 0.06 0.20 0.11 0.17 0.08 0.05 0.09 0.11 0.03 0.08 0.11 0.19 0.02 0.04 0.05
O5' 0.14 0.16 0.15 0.13 0.14 0.08 0.15 0.11 0.16 0.13 0.19 0.20 0.17 0.11 0.18 0.15 0.17 0.05 0.04 0.06
OP1 0.14 0.16 0.16 0.15 0.14 0.10 0.16 0.08 0.17 0.13 0.18 0.19 0.17 0.12 0.17 0.17 0.13 0.08 0.03 0.03
OP2 0.21 0.17 0.22 0.22 0.18 0.18 0.20 0.05 0.23 0.19 0.20 0.18 0.23 0.19 0.24 0.27 0.05 0.14 0.08 0.07
P 0.16 0.16 0.18 0.17 0.14 0.12 0.18 0.06 0.19 0.15 0.18 0.18 0.19 0.14 0.18 0.20 0.11 0.08 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.07 0.16 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.21 0.17 0.16 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.12 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.38 0.33 0.29 0.32
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.14 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.44 0.37 0.31 0.36
C5' 0.10 0.18 0.11 0.01 0.32 0.00 0.37 0.00 0.34 0.22 0.25 0.11 0.10 0.03 0.34 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.14 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.38 0.29 0.20 0.28
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.24 0.18 0.14 0.15
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.28 0.24 0.22 0.22
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.12 0.10 0.17 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.11 0.11 0.04
O3' 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.01 0.07 0.14 0.01
O4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.11 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.41 0.38 0.35 0.37
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.03 0.25 0.08
O5' 0.10 0.21 0.10 0.01 0.38 0.00 0.44 0.00 0.38 0.24 0.28 0.12 0.09 0.01 0.41 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.17 0.10 0.07 0.33 0.08 0.37 0.05 0.29 0.18 0.24 0.10 0.11 0.07 0.38 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.16 0.12 0.14 0.29 0.14 0.31 0.05 0.20 0.14 0.22 0.17 0.11 0.14 0.35 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.03 0.01 0.32 0.01 0.36 0.01 0.28 0.15 0.22 0.08 0.04 0.01 0.37 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00