ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52833

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C5 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C6 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP2 B 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
P A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O3' B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C4' B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
OP2 A 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
P B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C5' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O5' A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP1 A 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C1' B 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C4' A 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C3' A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C6 B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C2 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
O2 B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C5 B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C5' A 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
N3 B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O3' A 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C4 B 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O4 B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.15 0.07
C2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.13 0.15 0.03 0.03 0.05 0.13 0.05
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.12 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.01
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.11 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.01 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.03 0.14 0.04
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.10 0.00 0.06 0.02 0.10 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00
C5 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.02 0.09 0.01
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.08 0.16 0.05 0.03 0.09 0.17 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.03 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.06 0.00 0.10 0.02 0.07 0.02
C8 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.08 0.04 0.12 0.01
N1 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.09 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00
N3 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.13 0.15 0.03 0.00 0.06 0.15 0.07
N6 0.04 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.09 0.04 0.01 0.10 0.02 0.06 0.02
N7 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.10 0.01 0.17 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.12 0.06 0.08 0.04
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.05
O2' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.13 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.04 0.03
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.09 0.15 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.16 0.05 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.07 0.19 0.12
O5' 0.03 0.03 0.04 0.08 0.03 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.00 0.10 0.12 0.02 0.03 0.10 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.06 0.09 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.09 0.16 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.13 0.06 0.01 0.14 0.06 0.09 0.04 0.07 0.12 0.09 0.15 0.06 0.08 0.15 0.04 0.05 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.05 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.05 0.03 0.11 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03
C2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04
C2' 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
C3' 0.11 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.08 0.06 0.13 0.10 0.07 0.11 0.06 0.04 0.05 0.05
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C4' 0.09 0.06 0.11 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.04 0.13 0.06 0.06 0.09 0.05 0.04 0.06 0.05
C5 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05
C5' 0.16 0.12 0.20 0.16 0.14 0.14 0.17 0.14 0.18 0.16 0.13 0.09 0.22 0.11 0.13 0.14 0.11 0.10 0.11 0.12
C6 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04
N1 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09
N3 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
N6 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.08 0.08 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11
N7 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00
N9 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
O2' 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.11 0.16 0.16 0.14 0.12 0.17 0.14 0.12 0.16 0.08 0.06 0.05 0.07
O4' 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03
O5' 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07
OP1 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01
OP2 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04
P 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02
O2 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
O4 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
O5' 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00