ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52834

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
P B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
OP2 B 0, 0.000, 0.652, 1.304, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.652 std_dev=0.652
OP1 B 0, 0.000, 0.828, 1.656, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.828 std_dev=0.828
O5' B 0, 0.000, 1.197, 2.394, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.197 std_dev=1.197
O4' A 0, 0.000, 1.290, 2.579, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.290 std_dev=1.290
C2' A 0, 0.000, 1.368, 2.737, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.368 std_dev=1.368
O3' A 0, 0.000, 1.490, 2.979, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.490 std_dev=1.490
C3' A 0, 0.000, 1.616, 3.233, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.616 std_dev=1.616
C4' A 0, 0.000, 1.642, 3.284, 3.284 max_d=3.284 avg_d=1.642 std_dev=1.642
O2' A 0, 0.000, 2.031, 4.062, 4.062 max_d=4.062 avg_d=2.031 std_dev=2.031
C5' B 0, 0.000, 2.291, 4.582, 4.582 max_d=4.582 avg_d=2.291 std_dev=2.291
O4' B 0, 0.000, 2.596, 5.193, 5.193 max_d=5.193 avg_d=2.596 std_dev=2.596
O5' A 0, 0.000, 2.740, 5.481, 5.481 max_d=5.481 avg_d=2.740 std_dev=2.740
C5' A 0, 0.000, 2.946, 5.892, 5.892 max_d=5.892 avg_d=2.946 std_dev=2.946
C4' B 0, 0.000, 3.007, 6.014, 6.014 max_d=6.014 avg_d=3.007 std_dev=3.007
OP1 A 0, 0.000, 3.625, 7.251, 7.251 max_d=7.251 avg_d=3.625 std_dev=3.625
C6 B 0, 0.000, 3.647, 7.295, 7.295 max_d=7.295 avg_d=3.647 std_dev=3.647
C1' B 0, 0.000, 3.701, 7.403, 7.403 max_d=7.403 avg_d=3.701 std_dev=3.701
P A 0, 0.000, 3.906, 7.812, 7.812 max_d=7.812 avg_d=3.906 std_dev=3.906
N1 B 0, 0.000, 3.962, 7.924, 7.924 max_d=7.924 avg_d=3.962 std_dev=3.962
C3' B 0, 0.000, 4.187, 8.375, 8.375 max_d=8.375 avg_d=4.187 std_dev=4.187
C5 B 0, 0.000, 4.332, 8.664, 8.664 max_d=8.664 avg_d=4.332 std_dev=4.332
C2' B 0, 0.000, 4.736, 9.473, 9.473 max_d=9.473 avg_d=4.736 std_dev=4.736
C2 B 0, 0.000, 4.830, 9.659, 9.659 max_d=9.659 avg_d=4.830 std_dev=4.830
OP2 A 0, 0.000, 5.030, 10.061, 10.061 max_d=10.061 avg_d=5.030 std_dev=5.030
O3' B 0, 0.000, 5.101, 10.202, 10.202 max_d=10.202 avg_d=5.101 std_dev=5.101
O2 B 0, 0.000, 5.176, 10.351, 10.351 max_d=10.351 avg_d=5.176 std_dev=5.176
C4 B 0, 0.000, 5.388, 10.776, 10.776 max_d=10.776 avg_d=5.388 std_dev=5.388
N3 B 0, 0.000, 5.484, 10.968, 10.968 max_d=10.968 avg_d=5.484 std_dev=5.484
O2' B 0, 0.000, 5.845, 11.690, 11.690 max_d=11.690 avg_d=5.845 std_dev=5.845
O4 B 0, 0.000, 6.284, 12.567, 12.567 max_d=12.567 avg_d=6.284 std_dev=6.284

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.15 0.74 0.38 0.38
C2 0.01 0.00 0.46 0.84 0.01 0.53 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.53 0.19 0.48 0.39 0.22 0.24
C2' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.24 0.01 0.12 0.17 0.22 0.19 0.36 0.46 0.16 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.55 1.19 0.51 0.74
C3' 0.02 0.84 0.00 0.00 0.47 0.00 0.36 0.01 0.52 0.09 0.72 0.79 0.46 0.07 0.14 0.01 0.00 0.02 0.38 0.69 0.13 0.36
C4 0.00 0.01 0.24 0.47 0.00 0.27 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.17 0.10 0.10 0.79 0.33 0.24
C4' 0.01 0.53 0.01 0.00 0.27 0.00 0.17 0.01 0.29 0.16 0.44 0.50 0.23 0.05 0.05 0.24 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.17 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.12 0.05 0.06 1.07 0.66 0.50
C5' 0.06 0.75 0.17 0.01 0.31 0.01 0.15 0.00 0.35 0.36 0.61 0.67 0.25 0.21 0.03 0.07 0.17 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.22 0.52 0.01 0.29 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.28 0.10 0.10 0.91 0.46 0.30
C8 0.00 0.01 0.19 0.09 0.00 0.16 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.23 0.22 0.09 0.51 1.48 1.19 1.02
N1 0.01 0.00 0.36 0.72 0.01 0.44 0.01 0.61 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.45 0.15 0.34 0.61 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.46 0.79 0.01 0.50 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.43 0.19 0.41 0.41 0.17 0.17
N6 0.02 0.01 0.16 0.46 0.02 0.23 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.24 0.08 0.01 1.06 0.67 0.45
N7 0.00 0.01 0.09 0.07 0.00 0.05 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.26 0.09 0.05 0.40 1.46 1.16 0.94
N9 0.00 0.02 0.01 0.14 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.10 0.01 0.19 1.01 0.64 0.55
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.14 0.24 0.21 0.07 0.20 0.23 0.14 0.04 0.23 0.26 0.15 0.00 0.01 0.15 0.29 0.98 0.15 0.49
O3' 0.25 0.53 0.01 0.00 0.17 0.01 0.12 0.17 0.28 0.22 0.45 0.43 0.24 0.09 0.10 0.01 0.00 0.16 0.13 0.39 0.34 0.02
O4' 0.00 0.19 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.09 0.15 0.19 0.08 0.05 0.01 0.15 0.16 0.00 0.13 0.29 0.22 0.08
O5' 0.15 0.48 0.55 0.38 0.10 0.01 0.06 0.00 0.10 0.51 0.34 0.41 0.01 0.40 0.19 0.29 0.13 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.74 0.39 1.19 0.69 0.79 0.22 1.07 0.11 0.91 1.48 0.61 0.41 1.06 1.46 1.01 0.98 0.39 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.22 0.51 0.13 0.33 0.00 0.66 0.07 0.46 1.19 0.06 0.17 0.67 1.16 0.64 0.15 0.34 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.38 0.24 0.74 0.36 0.24 0.03 0.50 0.01 0.30 1.02 0.03 0.17 0.45 0.94 0.55 0.49 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 1.63 0.32 0.29 2.37 0.39 1.90 0.50 1.30 1.18 2.17 1.53 0.02 0.65 2.83 0.14 0.04 0.10 0.08 0.06
C2 0.79 1.96 0.63 0.22 2.29 0.02 1.68 0.19 1.25 1.39 2.37 1.98 0.38 0.18 2.54 0.42 0.21 0.14 0.06 0.11
C2' 0.63 1.94 0.36 0.32 2.83 0.44 2.27 0.57 1.56 1.42 2.58 1.81 0.07 0.75 3.41 0.21 0.14 0.02 0.03 0.02
C3' 0.93 2.30 0.61 0.07 3.08 0.16 2.43 0.36 1.76 1.70 2.94 2.24 0.32 0.46 3.66 0.52 0.10 0.18 0.15 0.16
C4 0.56 1.61 0.41 0.10 2.12 0.23 1.68 0.39 1.19 1.17 2.03 1.55 0.12 0.32 2.43 0.23 0.06 0.02 0.01 0.02
C4' 0.68 1.92 0.39 0.26 2.58 0.31 1.98 0.53 1.38 1.36 2.48 1.89 0.13 0.62 3.09 0.32 0.07 0.02 0.01 0.01
C5 0.46 1.29 0.34 0.12 1.62 0.22 1.28 0.39 0.93 0.94 1.58 1.25 0.06 0.30 1.80 0.19 0.07 0.03 0.00 0.03
C5' 0.57 1.78 0.20 0.47 2.32 0.44 1.69 0.72 1.15 1.20 2.29 1.81 0.04 0.82 2.80 0.24 0.27 0.16 0.21 0.19
C6 0.55 1.30 0.45 0.09 1.40 0.02 1.05 0.22 0.81 0.95 1.49 1.32 0.19 0.05 1.49 0.32 0.19 0.16 0.06 0.12
C8 0.31 1.14 0.16 0.39 1.65 0.43 1.36 0.54 0.93 0.83 1.50 1.05 0.12 0.74 1.92 0.05 0.09 0.15 0.10 0.09
N1 0.74 1.70 0.62 0.27 1.78 0.11 1.29 0.12 1.01 1.22 1.94 1.76 0.37 0.30 1.90 0.44 0.25 0.19 0.09 0.15
N3 0.70 1.91 0.54 0.05 2.44 0.13 1.86 0.31 1.33 1.36 2.40 1.88 0.27 0.10 2.80 0.32 0.13 0.07 0.02 0.06
N6 0.41 0.83 0.38 0.13 0.70 0.10 0.43 0.10 0.35 0.58 0.86 0.92 0.15 0.17 0.72 0.30 0.27 0.22 0.09 0.17
N7 0.27 0.96 0.16 0.33 1.31 0.36 1.06 0.50 0.74 0.69 1.23 0.91 0.11 0.61 1.49 0.06 0.05 0.11 0.07 0.06
N9 0.46 1.48 0.30 0.27 2.09 0.36 1.69 0.49 1.17 1.08 1.93 1.39 0.01 0.58 2.45 0.14 0.02 0.08 0.06 0.05
O2' 0.17 1.53 0.06 0.72 2.58 0.87 2.05 0.89 1.27 1.02 2.24 1.34 0.39 1.19 3.23 0.26 0.43 0.15 0.23 0.24
O3' 0.87 2.34 0.57 0.11 3.18 0.25 2.46 0.44 1.74 1.69 3.04 2.29 0.30 0.47 3.83 0.41 0.00 0.02 0.01 0.01
O4' 0.52 1.62 0.30 0.30 2.22 0.36 1.70 0.54 1.16 1.13 2.11 1.58 0.02 0.64 2.65 0.19 0.07 0.02 0.01 0.00
O5' 0.07 1.25 0.34 0.99 1.84 0.90 1.27 1.10 0.72 0.71 1.76 1.24 0.63 1.41 2.32 0.20 0.60 0.27 0.37 0.38
OP1 1.34 0.26 1.81 2.44 0.30 2.24 0.22 2.43 0.74 0.76 0.23 0.25 2.09 2.87 0.76 1.52 1.89 1.35 1.49 1.54
OP2 0.61 0.56 1.06 1.78 1.03 1.63 0.40 1.95 0.11 0.03 1.04 0.63 1.24 2.14 1.51 0.88 1.57 1.32 1.50 1.43
P 0.55 0.60 1.02 1.68 1.12 1.52 0.54 1.77 0.02 0.05 1.09 0.63 1.28 2.10 1.59 0.78 1.28 0.90 1.04 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.03 0.00 0.17 0.21 0.57 0.43
C2 0.01 0.00 0.17 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.12 0.35 0.24 1.14 0.71
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.17 0.18 0.20 0.01 0.10 0.32 0.00 0.02 0.03 0.00 0.16 0.09 0.37 0.23
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.24 0.00 0.19 0.01 0.13 0.15 0.26 0.21 0.00 0.00 0.27 0.00 0.30 0.28 0.30 0.29
C4 0.03 0.02 0.04 0.24 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.03 0.00 0.03 0.58 0.46 1.72 1.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.05 0.03 0.20 0.00 0.10 0.00 0.01 0.15 0.01 0.09
C5 0.02 0.02 0.17 0.19 0.01 0.13 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.40 0.03 0.01 0.06 0.65 0.59 1.75 1.13
C5' 0.06 0.00 0.18 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.04 0.05 0.01 0.15 0.10 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.13 0.01 0.12 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.02 0.01 0.10 0.57 0.52 1.38 0.97
N1 0.01 0.00 0.01 0.15 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.02 0.02 0.38 0.31 1.05 0.72
N3 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.02 0.01 0.10 0.47 0.32 1.45 0.88
O2 0.01 0.00 0.32 0.21 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.16 0.02 0.19 0.23 0.13 0.93 0.57
O2' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.32 0.20 0.40 0.01 0.35 0.17 0.17 0.14 0.00 0.00 0.34 0.18 0.25 0.21 0.37 0.30
O3' 0.26 0.09 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.15 0.02 0.10 0.02 0.16 0.00 0.00 0.06 0.18 0.30 0.33 0.21 0.27
O4 0.03 0.02 0.03 0.27 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.06 0.00 0.03 0.61 0.48 1.86 1.09
O4' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.19 0.18 0.18 0.03 0.00 0.00 0.16 0.29 0.29
O5' 0.17 0.35 0.16 0.30 0.58 0.01 0.65 0.00 0.57 0.38 0.47 0.23 0.25 0.30 0.61 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.21 0.24 0.09 0.28 0.46 0.15 0.59 0.19 0.52 0.31 0.32 0.13 0.21 0.33 0.48 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 1.14 0.37 0.30 1.72 0.01 1.75 0.10 1.38 1.05 1.45 0.93 0.37 0.21 1.86 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.43 0.71 0.23 0.29 1.04 0.09 1.13 0.01 0.97 0.72 0.88 0.57 0.30 0.27 1.09 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00