ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52835

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C5' A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
P A 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
OP1 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O4' B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
P B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
OP1 A 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.000, 0.417, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.417 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
O2' B 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.000, 0.442, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.442 std_dev=0.442
C1' B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
OP2 A 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C2' B 0, 0.000, 0.472, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.472 std_dev=0.472
OP2 B 0, 0.000, 0.504, 1.009, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.504 std_dev=0.504
N1 B 0, 0.000, 0.540, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C6 B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O2 B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C5 B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C2 B 0, 0.000, 0.584, 1.167, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.584 std_dev=0.584
N3 B 0, 0.000, 0.622, 1.244, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.622
C4 B 0, 0.000, 0.622, 1.245, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.622 std_dev=0.622
O4 B 0, 0.000, 0.666, 1.332, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.666 std_dev=0.666
O5' A 0, 0.000, 0.826, 1.652, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.826 std_dev=0.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.31 0.20
C2 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.00 0.12 0.22 0.23 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.30 0.14
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.20 0.17 0.20 0.06
C4 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.18 0.18 0.26 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.23 0.15
C5 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02 0.23 0.19 0.25 0.17
C5' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.16 0.06 0.18 0.15 0.15 0.09 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.26 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.23 0.21 0.25 0.17
C8 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.26 0.13 0.28 0.20
N1 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.23 0.23 0.15
N3 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.21 0.24 0.14
N6 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.15 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.12 0.03 0.26 0.22 0.23 0.17
N7 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.27 0.16 0.27 0.19
N9 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.13 0.29 0.20
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.02 0.37 0.19
O3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.12 0.04 0.14 0.10 0.12 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.43 0.18 0.11 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.08 0.30 0.22
O5' 0.13 0.12 0.08 0.20 0.18 0.00 0.23 0.00 0.23 0.26 0.18 0.10 0.26 0.27 0.21 0.10 0.43 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.22 0.09 0.17 0.18 0.10 0.19 0.26 0.21 0.13 0.23 0.21 0.22 0.16 0.13 0.02 0.18 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.23 0.30 0.20 0.26 0.23 0.25 0.00 0.25 0.28 0.23 0.24 0.23 0.27 0.29 0.37 0.11 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.13 0.14 0.06 0.17 0.15 0.17 0.00 0.17 0.20 0.15 0.14 0.17 0.19 0.20 0.19 0.04 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.15 0.13 0.19 0.16 0.21 0.18 0.21 0.18 0.17 0.12 0.15 0.10 0.19 0.16 0.19 0.12 0.20 0.18
C2 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
C2' 0.16 0.16 0.15 0.12 0.17 0.14 0.18 0.16 0.18 0.17 0.16 0.12 0.16 0.09 0.17 0.14 0.16 0.08 0.15 0.13
C3' 0.14 0.15 0.14 0.09 0.16 0.10 0.16 0.10 0.16 0.15 0.16 0.13 0.16 0.07 0.16 0.11 0.09 0.01 0.08 0.06
C4 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.10 0.06 0.09 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.08 0.04 0.10 0.09
C4' 0.22 0.23 0.21 0.17 0.24 0.17 0.24 0.16 0.24 0.23 0.24 0.20 0.23 0.14 0.24 0.18 0.15 0.05 0.15 0.12
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.04 0.01 0.06 0.03 0.09 0.08
C5' 0.16 0.19 0.16 0.11 0.19 0.09 0.19 0.08 0.18 0.18 0.19 0.17 0.19 0.08 0.19 0.11 0.06 0.05 0.06 0.02
C6 0.05 0.05 0.06 0.08 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02
C8 0.07 0.06 0.04 0.05 0.11 0.09 0.15 0.15 0.14 0.09 0.08 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.18 0.13 0.20 0.18
N1 0.03 0.04 0.05 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01
N3 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.08 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04
N6 0.07 0.07 0.08 0.09 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06 0.10 0.00 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.08 0.07 0.07 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.06 0.01 0.12 0.10 0.16 0.15
N9 0.10 0.09 0.07 0.06 0.13 0.10 0.15 0.14 0.15 0.11 0.10 0.03 0.07 0.03 0.13 0.10 0.16 0.10 0.17 0.15
O2' 0.24 0.24 0.24 0.22 0.25 0.23 0.26 0.24 0.26 0.25 0.24 0.20 0.25 0.19 0.24 0.22 0.23 0.15 0.22 0.20
O3' 0.16 0.17 0.16 0.10 0.17 0.09 0.16 0.08 0.16 0.16 0.17 0.16 0.19 0.08 0.17 0.11 0.06 0.06 0.04 0.01
O4' 0.21 0.21 0.18 0.15 0.23 0.17 0.25 0.19 0.25 0.22 0.21 0.16 0.18 0.12 0.24 0.19 0.20 0.12 0.22 0.18
O5' 0.19 0.22 0.14 0.15 0.23 0.16 0.20 0.15 0.19 0.20 0.23 0.25 0.11 0.11 0.23 0.22 0.17 0.17 0.16 0.17
OP1 0.28 0.29 0.24 0.23 0.34 0.25 0.36 0.28 0.35 0.31 0.30 0.23 0.23 0.18 0.35 0.27 0.30 0.25 0.35 0.31
OP2 0.01 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.05 0.09 0.05 0.03 0.13 0.10 0.05 0.08 0.18 0.05 0.10
P 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.04 0.11 0.02 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03
O2 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
O5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00