ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52836

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
P B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
OP2 B 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O2' A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
O4' A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
O5' B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
OP1 B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C4' A 0, 0.000, 0.437, 0.873, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C3' A 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C4' B 0, 0.000, 0.450, 0.900, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.450 std_dev=0.450
C3' B 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
O3' B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O4 B 0, 0.000, 0.506, 1.013, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.506 std_dev=0.506
C4 B 0, 0.000, 0.528, 1.055, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C5 B 0, 0.000, 0.538, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.538 std_dev=0.538
O3' A 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
N3 B 0, 0.000, 0.556, 1.112, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.556 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.000, 0.563, 1.125, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.563 std_dev=0.563
C6 B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
N1 B 0, 0.000, 0.594, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.594 std_dev=0.594
C2 B 0, 0.000, 0.594, 1.188, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.594 std_dev=0.594
C2' B 0, 0.000, 0.604, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.604 std_dev=0.604
C1' B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
O2 B 0, 0.000, 0.631, 1.262, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.631 std_dev=0.631
OP1 A 0, 0.000, 0.656, 1.312, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.656 std_dev=0.656
P A 0, 0.000, 0.701, 1.403, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.701 std_dev=0.701
O2' B 0, 0.000, 0.729, 1.457, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.729 std_dev=0.729
O5' A 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
C5' A 0, 0.000, 0.801, 1.603, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.801 std_dev=0.801
OP2 A 0, 0.000, 0.813, 1.627, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.813 std_dev=0.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.15 0.36 0.18
C2 0.01 0.00 0.10 0.20 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.22 0.02 0.15 0.23 0.44 0.25
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.10 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.25 0.44 0.24
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.12 0.05 0.17 0.19 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.31 0.37 0.24
C4 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.21 0.25 0.47 0.28
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.10 0.10 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.26 0.31 0.52 0.34
C5' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.11 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.18 0.16 0.14 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.24 0.31 0.51 0.34
C8 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.33 0.32 0.54 0.37
N1 0.00 0.00 0.08 0.17 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.02 0.20 0.28 0.47 0.30
N3 0.01 0.00 0.10 0.19 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.02 0.14 0.21 0.42 0.23
N6 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.27 0.35 0.52 0.37
N7 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.32 0.35 0.56 0.40
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.23 0.25 0.47 0.28
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.33 0.12
O3' 0.00 0.22 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.12 0.04 0.19 0.19 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.27 0.28 0.17
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.08 0.19 0.08
O5' 0.14 0.15 0.13 0.12 0.21 0.00 0.26 0.00 0.24 0.33 0.20 0.14 0.27 0.32 0.23 0.01 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.15 0.23 0.25 0.31 0.25 0.11 0.31 0.19 0.31 0.32 0.28 0.21 0.35 0.35 0.25 0.10 0.27 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.44 0.44 0.37 0.47 0.11 0.52 0.12 0.51 0.54 0.47 0.42 0.52 0.56 0.47 0.33 0.28 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.25 0.24 0.24 0.28 0.04 0.34 0.01 0.34 0.37 0.30 0.23 0.37 0.40 0.28 0.12 0.17 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.26 0.27 0.21 0.17 0.25 0.19 0.18 0.25 0.28 0.21 0.28 0.33 0.17 0.12 0.33 0.22 0.03 0.07 0.09
C2 0.39 0.30 0.35 0.28 0.16 0.30 0.18 0.19 0.27 0.32 0.23 0.33 0.42 0.26 0.10 0.37 0.20 0.06 0.15 0.16
C2' 0.26 0.17 0.22 0.16 0.05 0.21 0.08 0.14 0.16 0.20 0.10 0.20 0.29 0.13 0.01 0.27 0.18 0.01 0.11 0.10
C3' 0.22 0.14 0.20 0.16 0.03 0.19 0.06 0.14 0.13 0.17 0.08 0.16 0.26 0.14 0.02 0.23 0.17 0.03 0.06 0.08
C4 0.33 0.25 0.29 0.23 0.13 0.26 0.15 0.18 0.23 0.27 0.19 0.28 0.36 0.20 0.07 0.33 0.21 0.02 0.11 0.12
C4' 0.30 0.25 0.27 0.23 0.18 0.25 0.20 0.21 0.25 0.27 0.21 0.26 0.31 0.20 0.15 0.31 0.22 0.01 0.02 0.07
C5 0.30 0.21 0.27 0.21 0.08 0.25 0.09 0.17 0.17 0.23 0.14 0.24 0.34 0.19 0.03 0.30 0.21 0.03 0.11 0.12
C5' 0.26 0.22 0.24 0.22 0.16 0.23 0.18 0.21 0.22 0.23 0.19 0.23 0.27 0.20 0.13 0.26 0.20 0.02 0.04 0.04
C6 0.32 0.22 0.30 0.24 0.07 0.27 0.07 0.18 0.16 0.24 0.14 0.26 0.38 0.23 0.01 0.31 0.20 0.07 0.14 0.16
C8 0.26 0.19 0.22 0.17 0.08 0.21 0.09 0.16 0.16 0.20 0.13 0.21 0.28 0.14 0.04 0.27 0.20 0.02 0.04 0.07
N1 0.37 0.27 0.35 0.28 0.11 0.30 0.12 0.18 0.22 0.29 0.19 0.31 0.42 0.26 0.05 0.35 0.19 0.08 0.16 0.17
N3 0.37 0.29 0.33 0.26 0.17 0.29 0.19 0.19 0.27 0.31 0.23 0.32 0.39 0.23 0.11 0.36 0.21 0.03 0.13 0.14
N6 0.28 0.17 0.28 0.23 0.02 0.25 0.00 0.16 0.09 0.18 0.09 0.22 0.37 0.23 0.03 0.27 0.18 0.11 0.16 0.17
N7 0.25 0.17 0.22 0.17 0.05 0.21 0.06 0.15 0.13 0.18 0.11 0.20 0.29 0.15 0.00 0.25 0.20 0.01 0.06 0.08
N9 0.31 0.23 0.26 0.20 0.13 0.24 0.15 0.18 0.22 0.25 0.18 0.26 0.32 0.17 0.08 0.31 0.22 0.01 0.07 0.09
O2' 0.33 0.25 0.27 0.19 0.14 0.25 0.17 0.16 0.24 0.28 0.19 0.27 0.34 0.15 0.08 0.33 0.21 0.01 0.13 0.12
O3' 0.21 0.12 0.18 0.14 0.01 0.18 0.05 0.13 0.12 0.15 0.06 0.14 0.25 0.13 0.04 0.22 0.16 0.03 0.07 0.08
O4' 0.35 0.31 0.31 0.26 0.24 0.29 0.26 0.24 0.30 0.32 0.27 0.32 0.35 0.22 0.20 0.35 0.26 0.00 0.04 0.09
O5' 0.62 0.55 0.59 0.57 0.46 0.59 0.48 0.57 0.54 0.57 0.50 0.58 0.64 0.53 0.41 0.63 0.58 0.37 0.35 0.41
OP1 0.59 0.52 0.56 0.52 0.41 0.56 0.42 0.53 0.49 0.54 0.46 0.55 0.62 0.48 0.36 0.60 0.58 0.39 0.40 0.43
OP2 0.79 0.72 0.75 0.70 0.62 0.74 0.63 0.70 0.69 0.74 0.67 0.75 0.81 0.66 0.57 0.78 0.73 0.55 0.55 0.59
P 0.65 0.58 0.62 0.58 0.47 0.62 0.49 0.59 0.55 0.60 0.53 0.61 0.68 0.55 0.42 0.66 0.63 0.44 0.42 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.10
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.14 0.03 0.05
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.12 0.18 0.06 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.14 0.02 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.01
O2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.10
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.21 0.17
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04
O4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.17 0.06 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.06
O5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.03 0.02 0.14 0.00 0.18 0.06 0.14 0.05 0.08 0.03 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.07 0.13 0.06 0.03 0.08 0.06 0.00 0.02 0.06 0.03 0.12 0.21 0.05 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.08 0.01 0.05 0.03 0.01 0.10 0.17 0.04 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00