ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52844

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 1, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.012, 0.050, 0.089, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.050 std_dev=0.038
O4 A 0, -0.016, 0.045, 0.105, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.045 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.028, 0.154, 0.280, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.154 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.294, 0.440, 0.586, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.440 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.025, 0.175, 0.324, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.175 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.345, 0.537, 0.729, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.537 std_dev=0.192
P B 0, 0.222, 0.417, 0.612, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.417 std_dev=0.195
OP2 B 0, 0.226, 0.428, 0.631, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.428 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.198, 0.428, 0.658, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.428 std_dev=0.230
OP1 B 0, 0.264, 0.505, 0.746, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.505 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.501, 0.783, 1.064, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.783 std_dev=0.281
OP2 A 0, 0.517, 0.827, 1.137, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.827 std_dev=0.310
P A 0, 0.509, 0.824, 1.139, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.824 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.184, 0.515, 0.845, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.515 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.514, 0.851, 1.189, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.851 std_dev=0.338
O5' A 0, 0.628, 0.968, 1.308, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.968 std_dev=0.340
C5' B 0, 0.214, 0.555, 0.897, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.555 std_dev=0.342
C4' B 0, 0.231, 0.615, 0.998, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.615 std_dev=0.383
O3' A 0, 0.805, 1.211, 1.617, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.211 std_dev=0.406
O4' B 0, 0.249, 0.668, 1.087, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.668 std_dev=0.419
O3' B 0, 0.193, 0.645, 1.097, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.645 std_dev=0.452
C3' B 0, 0.150, 0.606, 1.061, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.606 std_dev=0.455
C1' B 0, 0.199, 0.698, 1.197, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.698 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.180, 0.700, 1.220, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.700 std_dev=0.520
O2' B 0, 0.190, 0.734, 1.279, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.734 std_dev=0.544
N1 B 0, 0.106, 0.684, 1.263, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.684 std_dev=0.578
C4 B 0, 0.058, 0.778, 1.498, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.778 std_dev=0.720
C6 B 0, 0.016, 0.788, 1.560, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.788 std_dev=0.772
N4 B 0, 0.093, 0.880, 1.667, 3.515 max_d=3.515 avg_d=0.880 std_dev=0.787
C5 B 0, 0.027, 0.841, 1.655, 2.653 max_d=2.653 avg_d=0.841 std_dev=0.814
C2 B 0, 0.055, 0.874, 1.693, 3.096 max_d=3.096 avg_d=0.874 std_dev=0.819
N3 B 0, 0.054, 0.921, 1.788, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.921 std_dev=0.867
O2 B 0, -0.112, 1.102, 2.315, 4.553 max_d=4.553 avg_d=1.102 std_dev=1.213

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.13 0.02 0.00 0.12 0.28 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.01 0.08 0.26 0.28 0.18 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.12 0.05 0.03 0.07 0.12 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.27 0.17 0.10
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.12 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.26 0.17 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.12 0.00 0.05 0.30 0.28 0.23 0.21
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.13 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.29 0.17 0.12
C5 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.05 0.26 0.28 0.22 0.21
C5' 0.07 0.08 0.12 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.12 0.09 0.10 0.11 0.08 0.07 0.12 0.02 0.00 0.23 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.06 0.22 0.28 0.19 0.19
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.02 0.21 0.28 0.18 0.16
N3 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.08 0.01 0.07 0.30 0.28 0.21 0.19
O2 0.05 0.00 0.12 0.12 0.02 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 0.09 0.03 0.15 0.27 0.30 0.17 0.17
O2' 0.03 0.14 0.00 0.02 0.12 0.04 0.10 0.08 0.09 0.06 0.15 0.19 0.00 0.06 0.14 0.04 0.05 0.26 0.18 0.10
O3' 0.13 0.07 0.04 0.01 0.12 0.04 0.16 0.07 0.17 0.12 0.08 0.09 0.06 0.00 0.12 0.10 0.23 0.34 0.25 0.24
O4 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.12 0.00 0.06 0.32 0.29 0.26 0.23
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.15 0.04 0.10 0.06 0.00 0.18 0.29 0.17 0.17
O5' 0.12 0.26 0.07 0.13 0.30 0.01 0.26 0.00 0.22 0.21 0.30 0.27 0.05 0.23 0.32 0.18 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.28 0.28 0.27 0.26 0.28 0.29 0.28 0.23 0.28 0.28 0.28 0.30 0.26 0.34 0.29 0.29 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.18 0.17 0.17 0.23 0.17 0.22 0.22 0.19 0.18 0.21 0.17 0.18 0.25 0.26 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.10 0.10 0.21 0.12 0.21 0.01 0.19 0.16 0.19 0.17 0.10 0.24 0.23 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.22 0.14 0.15 0.17 0.13 0.38 0.19 0.40 0.13 0.20 0.18 0.48 0.17 0.21 0.13 0.23 0.42 0.23 0.28
C2 0.17 0.26 0.16 0.11 0.18 0.13 0.45 0.09 0.46 0.16 0.23 0.20 0.57 0.20 0.16 0.16 0.13 0.36 0.23 0.22
C2' 0.26 0.30 0.21 0.13 0.22 0.15 0.33 0.10 0.35 0.24 0.27 0.22 0.47 0.22 0.17 0.24 0.14 0.34 0.19 0.20
C3' 0.14 0.19 0.14 0.10 0.12 0.06 0.17 0.15 0.18 0.12 0.17 0.13 0.29 0.18 0.18 0.10 0.18 0.37 0.17 0.22
C4 0.16 0.37 0.14 0.10 0.20 0.14 0.54 0.09 0.54 0.14 0.34 0.23 0.78 0.17 0.13 0.17 0.08 0.26 0.23 0.16
C4' 0.15 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.25 0.22 0.25 0.14 0.16 0.18 0.26 0.21 0.21 0.16 0.26 0.41 0.23 0.28
C5 0.15 0.39 0.11 0.08 0.22 0.12 0.56 0.08 0.56 0.14 0.35 0.26 0.81 0.14 0.10 0.16 0.08 0.27 0.24 0.18
C5' 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.12 0.22 0.18 0.22 0.12 0.15 0.16 0.25 0.20 0.20 0.14 0.23 0.40 0.23 0.27
C6 0.15 0.34 0.11 0.09 0.21 0.12 0.53 0.08 0.53 0.14 0.30 0.24 0.72 0.14 0.12 0.15 0.14 0.34 0.24 0.23
N1 0.15 0.27 0.12 0.10 0.18 0.10 0.46 0.09 0.47 0.14 0.23 0.21 0.59 0.16 0.14 0.14 0.16 0.39 0.24 0.25
N3 0.18 0.32 0.16 0.12 0.18 0.14 0.49 0.09 0.49 0.15 0.29 0.21 0.68 0.20 0.16 0.17 0.10 0.30 0.23 0.19
O2 0.21 0.22 0.20 0.15 0.20 0.16 0.43 0.13 0.44 0.20 0.19 0.20 0.46 0.25 0.20 0.20 0.15 0.37 0.23 0.23
O2' 0.38 0.44 0.24 0.13 0.38 0.22 0.46 0.15 0.48 0.39 0.42 0.37 0.59 0.21 0.19 0.41 0.17 0.32 0.22 0.19
O3' 0.14 0.15 0.21 0.27 0.15 0.28 0.19 0.36 0.20 0.13 0.16 0.16 0.22 0.24 0.34 0.21 0.35 0.47 0.28 0.34
O4 0.17 0.41 0.15 0.13 0.21 0.16 0.56 0.12 0.55 0.14 0.37 0.25 0.83 0.19 0.16 0.18 0.09 0.22 0.22 0.14
O4' 0.19 0.23 0.21 0.21 0.24 0.21 0.38 0.27 0.39 0.20 0.23 0.26 0.39 0.22 0.24 0.21 0.31 0.44 0.29 0.33
O5' 0.17 0.19 0.18 0.15 0.17 0.15 0.19 0.19 0.19 0.17 0.18 0.17 0.24 0.21 0.21 0.17 0.22 0.34 0.18 0.22
OP1 0.29 0.23 0.32 0.28 0.24 0.25 0.30 0.22 0.31 0.27 0.21 0.23 0.26 0.37 0.33 0.26 0.20 0.26 0.18 0.19
OP2 0.14 0.13 0.16 0.16 0.12 0.15 0.20 0.23 0.21 0.13 0.12 0.13 0.21 0.18 0.24 0.12 0.27 0.45 0.25 0.31
P 0.15 0.10 0.17 0.13 0.13 0.12 0.21 0.15 0.21 0.14 0.09 0.14 0.14 0.20 0.20 0.13 0.17 0.31 0.13 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.09 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.20 0.02 0.25 0.03 0.37 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.17 0.22 0.44 0.45 0.55 0.49
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.06 0.03 0.15 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.08 0.05
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.07 0.00 0.26 0.01 0.31 0.06 0.14 0.06 0.42 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.08 0.06
C4 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.02 0.18 0.19 0.26 0.21
C4' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.04 0.00 0.23 0.00 0.29 0.03 0.19 0.04 0.50 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C5 0.01 0.03 0.08 0.26 0.01 0.23 0.00 0.39 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.13 0.26 0.14 0.56 0.64 0.73 0.65
C5' 0.02 0.37 0.01 0.01 0.10 0.00 0.39 0.00 0.45 0.07 0.30 0.11 0.75 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.29 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.15 0.29 0.21 0.62 0.66 0.71 0.67
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.14 0.14 0.17 0.13
N3 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.12 0.17 0.36 0.41 0.51 0.44
N4 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.03 0.11 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.03 0.18 0.21 0.28 0.23
O2 0.03 0.01 0.15 0.42 0.04 0.50 0.03 0.75 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.26 0.38 0.39 0.93 0.97 1.09 1.02
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.05 0.13 0.05 0.15 0.03 0.11 0.06 0.26 0.00 0.04 0.05 0.05 0.15 0.08 0.06
O3' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.08 0.02 0.26 0.02 0.29 0.05 0.12 0.09 0.38 0.04 0.00 0.02 0.07 0.20 0.14 0.10
O4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.17 0.03 0.39 0.05 0.02 0.00 0.06 0.07 0.12 0.07
O5' 0.07 0.44 0.04 0.05 0.18 0.01 0.56 0.01 0.62 0.14 0.36 0.18 0.93 0.05 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.45 0.11 0.14 0.19 0.11 0.64 0.10 0.66 0.14 0.41 0.21 0.97 0.15 0.20 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.55 0.08 0.08 0.26 0.04 0.73 0.02 0.71 0.17 0.51 0.28 1.09 0.08 0.14 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.49 0.05 0.06 0.21 0.01 0.65 0.01 0.67 0.13 0.44 0.23 1.02 0.06 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00