Doublet Group distance statistics: 52846

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C2'	A	0, 0.019, 0.062, 0.105, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.062 std_dev=0.043
O4	A	0, 0.046, 0.114, 0.182, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.114 std_dev=0.068
O4'	A	0, 0.015, 0.085, 0.155, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.085 std_dev=0.070
C4'	A	0, 0.022, 0.224, 0.427, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.224 std_dev=0.203
O2'	A	0, 0.012, 0.229, 0.446, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.229 std_dev=0.217
OP1	A	0, 0.284, 0.509, 0.734, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.509 std_dev=0.225
C3'	A	0, 0.027, 0.265, 0.503, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.265 std_dev=0.238
C5'	B	0, 0.237, 0.490, 0.744, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.490 std_dev=0.254
OP2	A	0, 0.232, 0.492, 0.753, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.492 std_dev=0.260
P	A	0, 0.167, 0.433, 0.699, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.433 std_dev=0.266
OP1	B	0, 0.159, 0.449, 0.740, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.449 std_dev=0.291
C4'	B	0, 0.216, 0.518, 0.819, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.518 std_dev=0.302
P	B	0, 0.110, 0.415, 0.719, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.415 std_dev=0.305
C5'	A	0, 0.016, 0.330, 0.643, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.330 std_dev=0.313
O3'	B	0, 0.261, 0.580, 0.900, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.580 std_dev=0.320
C5	B	0, 0.280, 0.612, 0.944, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.612 std_dev=0.332
O5'	B	0, 0.156, 0.490, 0.824, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.490 std_dev=0.334
N4	B	0, 0.326, 0.662, 0.998, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.662 std_dev=0.336
C3'	B	0, 0.207, 0.545, 0.883, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.545 std_dev=0.338
O4'	B	0, 0.175, 0.523, 0.870, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.523 std_dev=0.347
C4	B	0, 0.272, 0.623, 0.973, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.623 std_dev=0.350
C6	B	0, 0.217, 0.571, 0.925, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.571 std_dev=0.354
OP2	B	0, 0.121, 0.483, 0.845, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.483 std_dev=0.362
O5'	A	0, 0.089, 0.466, 0.843, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.466 std_dev=0.377
N1	B	0, 0.137, 0.546, 0.955, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.546 std_dev=0.409
N3	B	0, 0.204, 0.615, 1.026, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.615 std_dev=0.411
C2'	B	0, 0.159, 0.571, 0.984, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.571 std_dev=0.412
C1'	B	0, 0.124, 0.537, 0.950, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.537 std_dev=0.413
C2	B	0, 0.147, 0.589, 1.031, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.589 std_dev=0.442
O2'	B	0, 0.202, 0.662, 1.122, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.662 std_dev=0.460
O2	B	0, 0.171, 0.646, 1.122, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.646 std_dev=0.476
O3'	A	0, 0.017, 0.573, 1.129, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.573 std_dev=0.556

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.23	0.01	0.00	0.02	0.13	0.11	0.05
C2	0.01	0.00	0.01	0.12	0.00	0.12	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.05	0.01	0.03	0.18	0.18	0.10	0.15
C2'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.03	0.02	0.09	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.08	0.02	0.02	0.09	0.11	0.17	0.05
C3'	0.03	0.12	0.00	0.00	0.08	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.12	0.19	0.01	0.01	0.09	0.00	0.04	0.19	0.05	0.09
C4	0.01	0.00	0.02	0.08	0.00	0.11	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.16	0.00	0.03	0.23	0.24	0.19	0.23
C4'	0.00	0.12	0.03	0.00	0.11	0.00	0.07	0.00	0.04	0.06	0.13	0.15	0.01	0.04	0.13	0.01	0.01	0.15	0.08	0.08
C5	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.07	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.27	0.00	0.04	0.18	0.21	0.18	0.19
C5'	0.02	0.17	0.09	0.01	0.22	0.00	0.18	0.00	0.13	0.11	0.22	0.17	0.09	0.06	0.25	0.02	0.00	0.03	0.09	0.01
C6	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.04	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.30	0.01	0.04	0.11	0.17	0.13	0.13
N1	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.19	0.01	0.02	0.11	0.16	0.10	0.11
N3	0.00	0.00	0.02	0.12	0.00	0.13	0.01	0.22	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.07	0.00	0.03	0.24	0.22	0.15	0.20
O2	0.01	0.00	0.02	0.19	0.01	0.15	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.10	0.01	0.06	0.19	0.17	0.08	0.12
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.14	0.01	0.12	0.09	0.09	0.08	0.14	0.10	0.00	0.11	0.16	0.02	0.09	0.16	0.15	0.06
O3'	0.23	0.05	0.08	0.01	0.16	0.04	0.27	0.06	0.30	0.19	0.07	0.10	0.11	0.00	0.15	0.14	0.17	0.46	0.16	0.27
O4	0.01	0.01	0.02	0.09	0.00	0.13	0.00	0.25	0.01	0.01	0.00	0.01	0.16	0.15	0.00	0.04	0.28	0.27	0.24	0.27
O4'	0.00	0.03	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.06	0.02	0.14	0.04	0.00	0.02	0.14	0.12	0.07
O5'	0.02	0.18	0.09	0.04	0.23	0.01	0.18	0.00	0.11	0.11	0.24	0.19	0.09	0.17	0.28	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.13	0.18	0.11	0.19	0.24	0.15	0.21	0.03	0.17	0.16	0.22	0.17	0.16	0.46	0.27	0.14	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.11	0.10	0.17	0.05	0.19	0.08	0.18	0.09	0.13	0.10	0.15	0.08	0.15	0.16	0.24	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.15	0.05	0.09	0.23	0.08	0.19	0.01	0.13	0.11	0.20	0.12	0.06	0.27	0.27	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.14	0.31	0.36	0.12	0.30	0.13	0.31	0.16	0.16	0.12	0.10	0.15	0.38	0.45	0.18	0.28	0.36	0.17	0.23
C2	0.15	0.12	0.24	0.28	0.12	0.22	0.13	0.23	0.15	0.14	0.11	0.11	0.13	0.29	0.38	0.13	0.24	0.38	0.25	0.27
C2'	0.11	0.08	0.25	0.29	0.06	0.19	0.08	0.17	0.09	0.09	0.06	0.06	0.09	0.32	0.41	0.07	0.17	0.33	0.11	0.15
C3'	0.19	0.21	0.19	0.21	0.26	0.18	0.26	0.17	0.24	0.22	0.24	0.27	0.18	0.25	0.29	0.22	0.16	0.24	0.16	0.13
C4	0.15	0.14	0.21	0.25	0.14	0.20	0.15	0.22	0.16	0.15	0.14	0.14	0.14	0.25	0.33	0.13	0.25	0.32	0.32	0.30
C4'	0.24	0.21	0.30	0.32	0.23	0.29	0.25	0.28	0.25	0.23	0.22	0.24	0.20	0.38	0.38	0.25	0.27	0.34	0.17	0.21
C5	0.17	0.16	0.23	0.28	0.16	0.24	0.17	0.26	0.18	0.17	0.15	0.15	0.16	0.27	0.35	0.16	0.30	0.32	0.32	0.32
C5'	0.22	0.21	0.25	0.27	0.23	0.24	0.23	0.26	0.24	0.22	0.22	0.23	0.20	0.31	0.31	0.23	0.27	0.39	0.20	0.25
C6	0.19	0.17	0.27	0.32	0.15	0.28	0.17	0.31	0.18	0.18	0.16	0.15	0.17	0.31	0.40	0.18	0.33	0.36	0.28	0.31
N1	0.18	0.15	0.28	0.32	0.13	0.27	0.15	0.29	0.17	0.17	0.14	0.12	0.16	0.33	0.41	0.16	0.29	0.38	0.24	0.27
N3	0.13	0.12	0.22	0.25	0.13	0.19	0.14	0.21	0.15	0.14	0.12	0.12	0.13	0.26	0.34	0.12	0.23	0.35	0.29	0.28
O2	0.13	0.11	0.25	0.28	0.10	0.20	0.12	0.21	0.13	0.13	0.10	0.10	0.11	0.30	0.38	0.11	0.22	0.39	0.23	0.25
O2'	0.18	0.19	0.31	0.31	0.15	0.17	0.13	0.08	0.14	0.17	0.17	0.14	0.21	0.38	0.43	0.12	0.09	0.23	0.07	0.07
O3'	0.45	0.45	0.37	0.40	0.56	0.46	0.60	0.47	0.57	0.50	0.49	0.58	0.36	0.38	0.40	0.54	0.50	0.39	0.60	0.52
O4	0.13	0.13	0.19	0.22	0.14	0.17	0.15	0.19	0.15	0.14	0.13	0.14	0.13	0.22	0.29	0.12	0.22	0.28	0.32	0.28
O4'	0.30	0.24	0.39	0.41	0.21	0.39	0.24	0.39	0.26	0.27	0.21	0.20	0.24	0.46	0.47	0.31	0.37	0.39	0.23	0.29
O5'	0.26	0.28	0.26	0.24	0.29	0.23	0.28	0.23	0.27	0.27	0.29	0.30	0.27	0.31	0.27	0.26	0.23	0.36	0.16	0.21
OP1	0.26	0.20	0.33	0.32	0.19	0.29	0.20	0.30	0.22	0.23	0.19	0.19	0.21	0.42	0.35	0.25	0.30	0.41	0.17	0.26
OP2	0.20	0.18	0.24	0.25	0.19	0.23	0.20	0.27	0.20	0.19	0.18	0.20	0.17	0.31	0.28	0.21	0.27	0.36	0.19	0.24
P	0.21	0.18	0.27	0.27	0.19	0.25	0.19	0.28	0.20	0.20	0.18	0.19	0.18	0.35	0.31	0.22	0.28	0.38	0.17	0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.02	0.20	0.11
C2	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.03	0.02	0.04	0.05	0.23	0.12
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.01	0.01	0.08	0.07	0.17	0.09
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.07	0.00	0.07	0.02	0.07	0.05	0.05	0.07	0.04	0.02	0.01	0.01	0.08	0.11	0.09	0.06
C4	0.01	0.00	0.01	0.07	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.01	0.08	0.09	0.24	0.14
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.05	0.03	0.03	0.05	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.09	0.08	0.03
C5	0.00	0.00	0.02	0.07	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.09	0.01	0.09	0.10	0.24	0.14
C5'	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.04	0.06	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.08	0.03	0.01
C6	0.00	0.00	0.03	0.07	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.02	0.07	0.07	0.23	0.13
N1	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.02	0.04	0.04	0.22	0.12
N3	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.05	0.02	0.06	0.07	0.24	0.13
N4	0.01	0.00	0.01	0.07	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.01	0.09	0.11	0.23	0.14
O2	0.01	0.00	0.05	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.05	0.03	0.03	0.03	0.23	0.12
O2'	0.02	0.03	0.00	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.02	0.05	0.00	0.06	0.03	0.06	0.11	0.14	0.05
O3'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.07	0.01	0.09	0.02	0.08	0.04	0.05	0.08	0.05	0.06	0.00	0.01	0.06	0.23	0.07	0.09
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.05	0.04	0.20	0.12
O5'	0.04	0.04	0.08	0.08	0.08	0.02	0.09	0.01	0.07	0.04	0.06	0.09	0.03	0.06	0.06	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.02	0.05	0.07	0.11	0.09	0.09	0.10	0.08	0.07	0.04	0.07	0.11	0.03	0.11	0.23	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.20	0.23	0.17	0.09	0.24	0.08	0.24	0.03	0.23	0.22	0.24	0.23	0.23	0.14	0.07	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.12	0.09	0.06	0.14	0.03	0.14	0.01	0.13	0.12	0.13	0.14	0.12	0.05	0.09	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00