ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52847

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.004
C5 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.003, 0.010, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.003, 0.010, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.003, 0.012, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.015
O2 A 0, -0.004, 0.016, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.020
O4 A 0, -0.014, 0.041, 0.096, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.041 std_dev=0.055
OP1 B 0, -0.081, 0.215, 0.511, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.215 std_dev=0.296
P B 0, -0.135, 0.341, 0.817, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.341 std_dev=0.476
P A 0, -0.142, 0.356, 0.853, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.356 std_dev=0.497
C2' A 0, -0.167, 0.421, 1.008, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.421 std_dev=0.587
O5' A 0, -0.167, 0.422, 1.011, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.422 std_dev=0.589
O3' A 0, -0.176, 0.444, 1.065, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.444 std_dev=0.620
O4' A 0, -0.184, 0.455, 1.093, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.455 std_dev=0.638
O5' B 0, -0.181, 0.459, 1.099, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.459 std_dev=0.640
C3' A 0, -0.190, 0.467, 1.125, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.467 std_dev=0.657
OP2 A 0, -0.191, 0.471, 1.132, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.471 std_dev=0.661
OP2 B 0, -0.200, 0.499, 1.198, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.499 std_dev=0.699
C4' A 0, -0.219, 0.539, 1.298, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.539 std_dev=0.758
C5' B 0, -0.217, 0.550, 1.316, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.550 std_dev=0.766
O2' A 0, -0.294, 0.738, 1.769, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.738 std_dev=1.032
C5' A 0, -0.346, 0.846, 2.038, 2.532 max_d=2.532 avg_d=0.846 std_dev=1.192
C4' B 0, -0.359, 0.902, 2.162, 2.685 max_d=2.685 avg_d=0.902 std_dev=1.261
C5 B 0, -0.409, 1.008, 2.424, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.008 std_dev=1.417
OP1 A 0, -0.417, 1.021, 2.459, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.021 std_dev=1.438
C3' B 0, -0.410, 1.032, 2.475, 3.072 max_d=3.072 avg_d=1.032 std_dev=1.442
C6 B 0, -0.422, 1.036, 2.494, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.036 std_dev=1.458
O4' B 0, -0.440, 1.089, 2.618, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.089 std_dev=1.529
N4 B 0, -0.467, 1.154, 2.776, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.154 std_dev=1.622
O3' B 0, -0.466, 1.172, 2.809, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.172 std_dev=1.637
C4 B 0, -0.475, 1.172, 2.818, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.172 std_dev=1.647
N1 B 0, -0.505, 1.239, 2.982, 3.705 max_d=3.705 avg_d=1.239 std_dev=1.744
C1' B 0, -0.526, 1.297, 3.120, 3.876 max_d=3.876 avg_d=1.297 std_dev=1.823
C2' B 0, -0.540, 1.338, 3.215, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.338 std_dev=1.877
N3 B 0, -0.560, 1.375, 3.309, 4.111 max_d=4.111 avg_d=1.375 std_dev=1.935
C2 B 0, -0.581, 1.424, 3.429, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.424 std_dev=2.005
O2' B 0, -0.647, 1.596, 3.839, 4.767 max_d=4.767 avg_d=1.596 std_dev=2.243
O2 B 0, -0.669, 1.638, 3.945, 4.900 max_d=4.900 avg_d=1.638 std_dev=2.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.23 0.34 0.22 0.11
C2 0.01 0.00 0.14 0.02 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.12 0.00 0.21 0.38 0.64 0.30 0.25
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.11 0.07 0.03 0.12 0.20 0.00 0.05 0.07 0.00 0.56 0.54 0.35 0.51
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.21 0.08 0.08 0.08 0.01 0.01 0.18 0.03 0.35 0.33 0.23 0.31
C4 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.02 0.00 0.04 0.40 0.58 0.46 0.25
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.22 0.03 0.07 0.29 0.16 0.01 0.07 0.01 0.00 0.20 0.21 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.23 0.00 0.20 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00 0.37 0.10 0.00 0.20 0.36 0.43 0.48 0.21
C5' 0.02 0.20 0.11 0.00 0.04 0.00 0.23 0.00 0.24 0.01 0.14 0.39 0.05 0.11 0.06 0.02 0.01 0.28 0.25 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.21 0.00 0.22 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.08 0.01 0.25 0.33 0.37 0.41 0.18
N1 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.01 0.34 0.48 0.31 0.20
N3 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.13 0.41 0.67 0.38 0.27
O2 0.02 0.00 0.20 0.08 0.00 0.29 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.22 0.00 0.39 0.37 0.70 0.22 0.25
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.17 0.16 0.37 0.05 0.39 0.10 0.04 0.39 0.00 0.11 0.18 0.07 0.31 0.29 0.34 0.33
O3' 0.13 0.12 0.05 0.01 0.02 0.01 0.10 0.11 0.08 0.06 0.07 0.22 0.11 0.00 0.03 0.07 0.03 0.01 0.15 0.05
O4 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.03 0.00 0.04 0.40 0.60 0.51 0.24
O4' 0.00 0.21 0.00 0.03 0.04 0.01 0.20 0.02 0.25 0.01 0.13 0.39 0.07 0.07 0.04 0.00 0.03 0.26 0.52 0.10
O5' 0.23 0.38 0.56 0.35 0.40 0.00 0.36 0.01 0.33 0.34 0.41 0.37 0.31 0.03 0.40 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.34 0.64 0.54 0.33 0.58 0.20 0.43 0.28 0.37 0.48 0.67 0.70 0.29 0.01 0.60 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.30 0.35 0.23 0.46 0.21 0.48 0.25 0.41 0.31 0.38 0.22 0.34 0.15 0.51 0.52 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.25 0.51 0.31 0.25 0.03 0.21 0.01 0.18 0.20 0.27 0.25 0.33 0.05 0.24 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.13 0.26 0.18 0.07 0.20 0.10 0.11 0.03 0.11 0.24 0.02 0.12 0.40 0.12 0.07 0.22 0.01 0.04
C2 0.03 0.05 0.23 0.34 0.12 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.10 0.17 0.03 0.25 0.56 0.14 0.01 0.10 0.25 0.13
C2' 0.61 0.42 0.50 0.37 0.13 0.54 0.10 0.45 0.27 0.44 0.28 0.01 0.54 0.57 0.30 0.66 0.35 0.08 0.12 0.21
C3' 0.08 0.28 0.12 0.23 0.61 0.11 0.66 0.25 0.50 0.28 0.44 0.72 0.13 0.02 0.20 0.06 0.41 0.55 0.64 0.56
C4 0.01 0.10 0.28 0.37 0.13 0.09 0.07 0.02 0.02 0.04 0.14 0.17 0.11 0.32 0.61 0.15 0.07 0.00 0.41 0.25
C4' 0.69 0.80 0.74 0.82 0.99 0.74 1.03 0.80 0.94 0.81 0.89 1.05 0.70 0.67 0.82 0.67 0.81 0.73 0.75 0.79
C5 0.00 0.11 0.23 0.32 0.18 0.05 0.12 0.01 0.05 0.05 0.17 0.23 0.11 0.26 0.52 0.15 0.07 0.01 0.36 0.24
C5' 1.27 1.37 1.25 1.26 1.52 1.28 1.55 1.30 1.49 1.38 1.45 1.56 1.27 1.17 1.16 1.29 1.26 0.92 1.10 1.14
C6 0.04 0.08 0.17 0.27 0.19 0.03 0.16 0.01 0.07 0.03 0.15 0.25 0.05 0.18 0.44 0.16 0.03 0.10 0.21 0.14
N1 0.05 0.05 0.17 0.29 0.16 0.06 0.14 0.05 0.07 0.02 0.11 0.21 0.01 0.18 0.47 0.15 0.00 0.13 0.17 0.09
N3 0.00 0.07 0.27 0.38 0.11 0.10 0.07 0.05 0.02 0.02 0.11 0.15 0.07 0.31 0.62 0.14 0.04 0.05 0.35 0.20
O2 0.03 0.03 0.23 0.35 0.11 0.11 0.09 0.09 0.04 0.01 0.08 0.15 0.01 0.25 0.57 0.13 0.01 0.12 0.21 0.10
O2' 1.30 1.20 1.12 0.94 0.96 1.10 0.92 0.98 1.06 1.20 1.09 0.85 1.29 1.14 0.77 1.33 0.97 0.56 0.81 0.85
O3' 0.03 0.21 0.07 0.20 0.54 0.11 0.60 0.26 0.44 0.23 0.37 0.65 0.06 0.07 0.18 0.04 0.39 0.51 0.61 0.53
O4 0.03 0.12 0.32 0.40 0.11 0.10 0.03 0.01 0.01 0.05 0.15 0.14 0.15 0.38 0.66 0.14 0.09 0.03 0.49 0.29
O4' 0.69 0.77 0.84 0.93 0.89 0.78 0.90 0.79 0.84 0.77 0.84 0.93 0.71 0.81 1.02 0.63 0.75 0.72 0.56 0.65
O5' 0.60 0.62 0.59 0.55 0.68 0.59 0.69 0.48 0.67 0.63 0.65 0.69 0.58 0.63 0.52 0.61 0.36 0.02 0.15 0.20
OP1 1.60 1.56 1.51 1.30 1.47 1.43 1.43 1.10 1.47 1.54 1.53 1.44 1.58 1.66 1.16 1.58 0.90 0.14 0.51 0.55
OP2 1.04 1.07 1.06 1.08 1.19 1.08 1.22 1.00 1.19 1.10 1.13 1.21 0.98 1.00 1.03 1.04 0.95 0.60 0.79 0.78
P 0.96 0.95 0.94 0.85 0.95 0.92 0.95 0.72 0.95 0.95 0.95 0.94 0.93 1.02 0.80 0.96 0.57 0.06 0.30 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.01 0.18 0.20 0.29 0.20
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.13 0.09
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.03 0.09 0.03 0.03 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.09 0.12 0.12 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.27 0.36 0.44 0.34
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.04 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.29 0.36 0.42 0.34
C5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.19 0.00 0.22 0.00 0.18 0.10 0.14 0.21 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.24 0.25 0.29 0.24
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.16 0.17 0.23 0.16
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.01 0.23 0.29 0.39 0.28
N4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.29 0.42 0.50 0.39
O2 0.02 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.08 0.00 0.13 0.15 0.26 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.10 0.07 0.17 0.00 0.02 0.04 0.09 0.09 0.12 0.08
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.12 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04
O5' 0.07 0.18 0.09 0.09 0.27 0.01 0.29 0.00 0.24 0.16 0.23 0.29 0.13 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.20 0.11 0.12 0.36 0.00 0.36 0.03 0.25 0.17 0.29 0.42 0.15 0.09 0.15 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.29 0.13 0.12 0.44 0.02 0.42 0.02 0.29 0.23 0.39 0.50 0.26 0.12 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.20 0.09 0.10 0.34 0.00 0.34 0.01 0.24 0.16 0.28 0.39 0.15 0.08 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00