ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52849

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
OP2 B 0, 0.000, 0.353, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C4' A 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
P B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C5' A 0, 0.000, 0.656, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.656 std_dev=0.656
OP1 B 0, 0.000, 0.680, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O2' A 0, 0.000, 0.824, 1.649, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.824 std_dev=0.824
OP1 A 0, 0.000, 0.827, 1.655, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.827 std_dev=0.827
O5' A 0, 0.000, 0.858, 1.717, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.858 std_dev=0.858
C3' A 0, 0.000, 0.951, 1.902, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.951 std_dev=0.951
P A 0, 0.000, 1.580, 3.161, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.580 std_dev=1.580
O3' A 0, 0.000, 1.831, 3.661, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.831 std_dev=1.831
O5' B 0, 0.000, 1.932, 3.863, 3.863 max_d=3.863 avg_d=1.932 std_dev=1.932
OP2 A 0, 0.000, 2.710, 5.419, 5.419 max_d=5.419 avg_d=2.710 std_dev=2.710
C5' B 0, 0.000, 2.904, 5.808, 5.808 max_d=5.808 avg_d=2.904 std_dev=2.904
C4' B 0, 0.000, 4.241, 8.482, 8.482 max_d=8.482 avg_d=4.241 std_dev=4.241
C5 B 0, 0.000, 4.551, 9.102, 9.102 max_d=9.102 avg_d=4.551 std_dev=4.551
C6 B 0, 0.000, 4.602, 9.203, 9.203 max_d=9.203 avg_d=4.602 std_dev=4.602
O4' B 0, 0.000, 4.648, 9.297, 9.297 max_d=9.297 avg_d=4.648 std_dev=4.648
C3' B 0, 0.000, 4.907, 9.814, 9.814 max_d=9.814 avg_d=4.907 std_dev=4.907
O3' B 0, 0.000, 5.541, 11.082, 11.082 max_d=11.082 avg_d=5.541 std_dev=5.541
N1 B 0, 0.000, 5.547, 11.093, 11.093 max_d=11.093 avg_d=5.547 std_dev=5.547
C4 B 0, 0.000, 5.558, 11.116, 11.116 max_d=11.116 avg_d=5.558 std_dev=5.558
N4 B 0, 0.000, 5.682, 11.365, 11.365 max_d=11.365 avg_d=5.682 std_dev=5.682
C1' B 0, 0.000, 5.701, 11.401, 11.401 max_d=11.401 avg_d=5.701 std_dev=5.701
C2' B 0, 0.000, 6.010, 12.021, 12.021 max_d=12.021 avg_d=6.010 std_dev=6.010
N3 B 0, 0.000, 6.478, 12.956, 12.956 max_d=12.956 avg_d=6.478 std_dev=6.478
C2 B 0, 0.000, 6.488, 12.975, 12.975 max_d=12.975 avg_d=6.488 std_dev=6.488
O2' B 0, 0.000, 7.076, 14.151, 14.151 max_d=14.151 avg_d=7.076 std_dev=7.076
O2 B 0, 0.000, 7.369, 14.738, 14.738 max_d=14.738 avg_d=7.369 std_dev=7.369

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.25 0.29 0.36
C2 0.02 0.00 0.01 0.16 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.20 0.00 0.04 0.41 0.35 0.97 0.74
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.18 0.01 0.13
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.38 0.01 0.48 0.00 0.46 0.24 0.26 0.03 0.01 0.00 0.40 0.02 0.19 0.34 0.08 0.17
C4 0.01 0.00 0.02 0.38 0.00 0.17 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.20 0.00 0.01 0.50 0.23 1.27 0.74
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.17 0.00 0.21 0.00 0.20 0.11 0.12 0.04 0.27 0.02 0.18 0.00 0.01 0.29 0.23 0.09
C5 0.00 0.00 0.02 0.48 0.00 0.21 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.41 0.01 0.01 0.46 0.15 1.07 0.59
C5' 0.03 0.16 0.13 0.00 0.22 0.00 0.21 0.00 0.16 0.12 0.21 0.15 0.11 0.16 0.24 0.01 0.00 0.35 0.25 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.46 0.01 0.20 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.36 0.01 0.01 0.39 0.16 0.81 0.49
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.01 0.01 0.01 0.34 0.26 0.73 0.56
N3 0.02 0.00 0.01 0.26 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.05 0.00 0.03 0.48 0.32 1.21 0.80
O2 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.45 0.01 0.08 0.37 0.44 0.91 0.78
O2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.34 0.27 0.29 0.11 0.23 0.19 0.31 0.18 0.00 0.04 0.37 0.20 0.21 0.46 0.13 0.34
O3' 0.26 0.20 0.02 0.00 0.20 0.02 0.41 0.16 0.36 0.01 0.05 0.45 0.04 0.00 0.23 0.17 0.20 0.41 0.20 0.15
O4 0.00 0.00 0.01 0.40 0.00 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.23 0.00 0.00 0.52 0.21 1.41 0.78
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.20 0.17 0.00 0.00 0.05 0.26 0.15 0.31
O5' 0.14 0.41 0.04 0.19 0.50 0.01 0.46 0.00 0.39 0.34 0.48 0.37 0.21 0.20 0.52 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.25 0.35 0.18 0.34 0.23 0.29 0.15 0.35 0.16 0.26 0.32 0.44 0.46 0.41 0.21 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.97 0.01 0.08 1.27 0.23 1.07 0.25 0.81 0.73 1.21 0.91 0.13 0.20 1.41 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.74 0.13 0.17 0.74 0.09 0.59 0.01 0.49 0.56 0.80 0.78 0.34 0.15 0.78 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.06 1.45 0.50 0.23 1.28 0.66 1.03 0.58 1.00 1.22 1.46 1.21 1.52 0.46 0.20 1.18 0.14 0.46 0.00 0.11
C2 1.08 1.34 0.70 0.54 1.38 0.80 1.30 0.76 1.20 1.23 1.39 1.33 1.33 0.66 0.23 1.14 0.11 0.44 0.09 0.03
C2' 1.25 1.46 0.76 0.50 1.10 0.92 0.85 0.78 0.96 1.28 1.36 0.96 1.61 0.76 0.11 1.41 0.41 0.44 0.10 0.22
C3' 0.78 1.09 0.25 0.01 0.89 0.49 0.65 0.51 0.64 0.87 1.08 0.85 1.22 0.20 0.43 0.98 0.39 0.14 0.64 0.58
C4 0.32 0.16 0.21 0.30 0.04 0.45 0.16 0.59 0.28 0.26 0.06 0.11 0.17 0.20 0.25 0.47 0.12 0.40 0.19 0.11
C4' 0.24 0.73 0.44 0.73 0.65 0.13 0.35 0.06 0.23 0.43 0.81 0.71 0.84 0.51 1.26 0.47 0.12 0.25 0.27 0.26
C5 0.02 0.20 0.12 0.01 0.42 0.21 0.36 0.42 0.18 0.13 0.33 0.55 0.15 0.11 0.00 0.19 0.24 0.37 0.19 0.15
C5' 0.75 0.15 1.43 1.70 0.03 1.10 0.32 0.90 0.57 0.48 0.03 0.15 0.09 1.54 2.24 0.51 0.84 0.51 0.01 0.18
C6 0.21 0.20 0.04 0.03 0.02 0.27 0.03 0.43 0.06 0.17 0.12 0.06 0.26 0.04 0.15 0.41 0.17 0.40 0.13 0.08
N1 0.79 0.99 0.39 0.26 0.90 0.60 0.79 0.62 0.79 0.89 0.99 0.82 1.03 0.36 0.03 0.93 0.03 0.44 0.07 0.03
N3 0.81 0.87 0.57 0.52 0.89 0.71 0.93 0.74 0.90 0.87 0.87 0.82 0.85 0.54 0.34 0.89 0.02 0.43 0.14 0.03
O2 1.47 1.94 1.00 0.72 2.10 0.99 1.86 0.86 1.64 1.72 2.09 2.13 1.92 0.95 0.32 1.45 0.23 0.44 0.05 0.10
O2' 1.87 2.06 1.34 0.96 1.41 1.40 1.06 1.06 1.27 1.80 1.85 1.18 2.34 1.41 0.57 1.99 0.76 0.35 0.04 0.30
O3' 1.18 1.34 0.65 0.44 0.98 1.02 0.75 1.07 0.85 1.15 1.24 0.88 1.53 0.65 0.00 1.45 1.14 0.73 1.21 1.40
O4 0.18 0.10 0.16 0.32 0.26 0.41 0.04 0.57 0.12 0.06 0.26 0.46 0.11 0.16 0.35 0.33 0.16 0.38 0.22 0.15
O4' 0.37 0.86 0.31 0.57 0.82 0.01 0.51 0.04 0.38 0.56 0.97 0.88 0.95 0.36 1.06 0.57 0.22 0.44 0.02 0.03
O5' 1.11 0.53 1.85 2.00 0.19 1.31 0.41 0.92 0.72 0.79 0.26 0.05 0.55 2.00 2.55 0.78 0.92 0.44 0.06 0.17
OP1 1.96 1.34 2.90 2.77 0.78 1.94 0.94 1.32 1.34 1.56 0.97 0.42 1.46 3.20 3.38 1.44 1.10 0.31 0.10 0.24
OP2 1.48 0.63 2.30 2.39 0.09 1.82 0.11 1.34 0.62 0.90 0.16 0.52 0.83 2.75 3.24 1.20 1.18 0.73 0.06 0.38
P 1.63 0.84 2.49 2.59 0.24 1.88 0.46 1.37 0.92 1.13 0.42 0.15 0.96 2.80 3.36 1.28 1.21 0.62 0.11 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.18 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.10 0.14 0.10 0.38 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.05 0.02 0.15 0.00 0.00 0.00 0.23 0.23 0.15 0.21
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.32 0.34 0.05 0.24
C4 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.46 0.52 0.79 0.53
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.01
C5 0.02 0.02 0.09 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.08 0.06 0.64 0.74 0.93 0.73
C5' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.05 0.03 0.13 0.03 0.02 0.00 0.00 0.14 0.33 0.00
C6 0.01 0.01 0.11 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.09 0.58 0.62 0.73 0.63
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.27 0.42 0.30
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.25 0.25 0.56 0.29
N4 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.51 0.62 0.91 0.61
O2 0.04 0.01 0.15 0.06 0.03 0.08 0.03 0.13 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.16 0.11 0.17 0.07 0.15 0.18 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.03 0.10 0.00 0.04 0.04 0.16 0.00 0.01 0.03 0.10 0.09 0.04 0.10
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.27 0.34 0.09 0.19
O4' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.07 0.00 0.17 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01
O5' 0.11 0.14 0.23 0.32 0.46 0.00 0.64 0.00 0.58 0.28 0.25 0.51 0.07 0.10 0.27 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.10 0.23 0.34 0.52 0.05 0.74 0.14 0.62 0.27 0.25 0.62 0.15 0.09 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.38 0.15 0.05 0.79 0.15 0.93 0.33 0.73 0.42 0.56 0.91 0.18 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.16 0.21 0.24 0.53 0.01 0.73 0.00 0.63 0.30 0.29 0.61 0.06 0.10 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00