ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52850

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
OP2 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
P B 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565
OP1 B 0, 0.000, 0.665, 1.329, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.665 std_dev=0.665
C2' A 0, 0.000, 1.114, 2.229, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.114 std_dev=1.114
O4' A 0, 0.000, 1.176, 2.352, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.176 std_dev=1.176
C3' A 0, 0.000, 1.458, 2.917, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.458 std_dev=1.458
C4' A 0, 0.000, 1.459, 2.918, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.459 std_dev=1.459
O3' A 0, 0.000, 1.527, 3.053, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.527 std_dev=1.527
O5' B 0, 0.000, 1.645, 3.290, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.645 std_dev=1.645
O2' A 0, 0.000, 1.702, 3.404, 3.404 max_d=3.404 avg_d=1.702 std_dev=1.702
C5' B 0, 0.000, 2.133, 4.265, 4.265 max_d=4.265 avg_d=2.133 std_dev=2.133
C5' A 0, 0.000, 2.892, 5.783, 5.783 max_d=5.783 avg_d=2.892 std_dev=2.892
C4' B 0, 0.000, 2.957, 5.915, 5.915 max_d=5.915 avg_d=2.957 std_dev=2.957
O5' A 0, 0.000, 3.223, 6.446, 6.446 max_d=6.446 avg_d=3.223 std_dev=3.223
C6 B 0, 0.000, 3.393, 6.785, 6.785 max_d=6.785 avg_d=3.393 std_dev=3.393
O4' B 0, 0.000, 3.393, 6.785, 6.785 max_d=6.785 avg_d=3.393 std_dev=3.393
C5 B 0, 0.000, 3.501, 7.001, 7.001 max_d=7.001 avg_d=3.501 std_dev=3.501
C3' B 0, 0.000, 3.654, 7.309, 7.309 max_d=7.309 avg_d=3.654 std_dev=3.654
P A 0, 0.000, 3.931, 7.862, 7.862 max_d=7.862 avg_d=3.931 std_dev=3.931
O3' B 0, 0.000, 4.093, 8.186, 8.186 max_d=8.186 avg_d=4.093 std_dev=4.093
C1' B 0, 0.000, 4.196, 8.391, 8.391 max_d=8.391 avg_d=4.196 std_dev=4.196
N1 B 0, 0.000, 4.225, 8.449, 8.449 max_d=8.449 avg_d=4.225 std_dev=4.225
OP1 A 0, 0.000, 4.303, 8.605, 8.605 max_d=8.605 avg_d=4.303 std_dev=4.303
C2' B 0, 0.000, 4.392, 8.783, 8.783 max_d=8.783 avg_d=4.392 std_dev=4.392
OP2 A 0, 0.000, 4.410, 8.819, 8.819 max_d=8.819 avg_d=4.410 std_dev=4.410
C4 B 0, 0.000, 4.486, 8.973, 8.973 max_d=8.973 avg_d=4.486 std_dev=4.486
N4 B 0, 0.000, 4.689, 9.378, 9.378 max_d=9.378 avg_d=4.689 std_dev=4.689
C2 B 0, 0.000, 5.167, 10.335, 10.335 max_d=10.335 avg_d=5.167 std_dev=5.167
O2' B 0, 0.000, 5.255, 10.510, 10.510 max_d=10.510 avg_d=5.255 std_dev=5.255
N3 B 0, 0.000, 5.266, 10.532, 10.532 max_d=10.532 avg_d=5.266 std_dev=5.266
O2 B 0, 0.000, 5.925, 11.850, 11.850 max_d=11.850 avg_d=5.925 std_dev=5.925

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.29 0.02 0.00 0.22 0.41 0.18 0.34
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.25 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.33 0.79 0.83 0.65 0.79
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.03 0.12 0.21 0.13 0.03 0.02 0.18 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.35 0.00 0.22
C3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.13 0.08 0.10 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.24 0.24 0.24 0.03
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.13 0.00 0.02 0.37 0.37 0.12 0.29
C4' 0.01 0.25 0.03 0.00 0.03 0.00 0.24 0.01 0.28 0.03 0.17 0.52 0.15 0.03 0.02 0.00 0.02 0.38 0.07 0.24
C5 0.01 0.01 0.12 0.15 0.00 0.24 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.47 0.22 0.00 0.21 0.02 0.00 0.32 0.11
C5' 0.07 0.49 0.21 0.02 0.01 0.01 0.37 0.00 0.42 0.02 0.36 0.97 0.06 0.12 0.01 0.01 0.01 0.29 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.13 0.01 0.28 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.27 0.01 0.30 0.11 0.03 0.33 0.14
N1 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.19 0.02 0.01 0.29 0.39 0.15 0.31
N3 0.02 0.00 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.24 0.73 0.74 0.55 0.68
O2 0.02 0.00 0.18 0.01 0.01 0.52 0.01 0.97 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.03 0.01 0.59 1.25 1.26 1.14 1.25
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.30 0.15 0.47 0.06 0.46 0.17 0.09 0.36 0.00 0.02 0.32 0.12 0.15 0.09 0.14 0.02
O3' 0.29 0.06 0.02 0.01 0.13 0.03 0.22 0.12 0.27 0.19 0.06 0.03 0.02 0.00 0.10 0.21 0.51 0.08 0.37 0.15
O4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.10 0.00 0.04 0.42 0.39 0.14 0.30
O4' 0.00 0.33 0.03 0.01 0.02 0.00 0.21 0.01 0.30 0.01 0.24 0.59 0.12 0.21 0.04 0.00 0.31 0.45 0.30 0.41
O5' 0.22 0.79 0.08 0.24 0.37 0.02 0.02 0.01 0.11 0.29 0.73 1.25 0.15 0.51 0.42 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.41 0.83 0.35 0.24 0.37 0.38 0.00 0.29 0.03 0.39 0.74 1.26 0.09 0.08 0.39 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.65 0.00 0.24 0.12 0.07 0.32 0.20 0.33 0.15 0.55 1.14 0.14 0.37 0.14 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.34 0.79 0.22 0.03 0.29 0.24 0.11 0.01 0.14 0.31 0.68 1.25 0.02 0.15 0.30 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.73 0.80 0.53 0.26 0.79 0.54 0.74 0.76 0.73 0.76 0.82 0.80 0.82 0.76 0.00 0.76 0.28 0.26 0.06 0.16
C2 0.33 0.33 0.32 0.19 0.36 0.32 0.37 0.66 0.37 0.35 0.34 0.36 0.31 0.56 0.12 0.33 0.09 0.15 0.08 0.10
C2' 1.10 1.14 0.96 0.69 1.11 0.99 1.06 1.17 1.06 1.11 1.14 1.11 1.15 1.20 0.44 1.12 0.67 0.19 0.41 0.53
C3' 0.80 0.89 0.57 0.18 0.84 0.54 0.76 0.67 0.74 0.82 0.90 0.85 0.94 0.82 0.16 0.80 0.27 0.20 0.03 0.14
C4 0.14 0.21 0.00 0.02 0.14 0.01 0.06 0.41 0.05 0.14 0.21 0.14 0.27 0.20 0.11 0.15 0.16 0.06 0.08 0.01
C4' 0.01 0.17 0.31 0.73 0.10 0.32 0.01 0.18 0.04 0.05 0.18 0.12 0.25 0.02 1.09 0.04 0.51 0.91 0.74 0.58
C5 0.14 0.18 0.05 0.02 0.09 0.06 0.03 0.35 0.03 0.12 0.16 0.08 0.23 0.14 0.03 0.16 0.18 0.11 0.07 0.00
C5' 0.96 0.82 1.23 1.62 0.88 1.21 0.96 0.97 0.99 0.93 0.81 0.85 0.72 0.89 1.87 0.91 1.24 1.32 1.37 1.17
C6 0.12 0.14 0.11 0.05 0.21 0.10 0.24 0.49 0.22 0.17 0.17 0.23 0.10 0.30 0.01 0.13 0.02 0.21 0.06 0.06
N1 0.38 0.41 0.31 0.16 0.44 0.32 0.44 0.65 0.43 0.41 0.43 0.45 0.39 0.53 0.04 0.40 0.12 0.20 0.07 0.11
N3 0.09 0.04 0.17 0.12 0.09 0.16 0.14 0.55 0.15 0.09 0.04 0.09 0.00 0.40 0.14 0.08 0.04 0.09 0.08 0.06
O2 0.50 0.51 0.45 0.26 0.51 0.44 0.50 0.73 0.50 0.51 0.52 0.52 0.52 0.72 0.15 0.49 0.16 0.15 0.08 0.13
O2' 1.79 1.81 1.67 1.45 1.78 1.75 1.73 1.88 1.75 1.79 1.81 1.77 1.80 1.85 1.17 1.81 1.40 0.81 1.01 1.17
O3' 1.47 1.61 1.07 0.63 1.60 1.13 1.51 1.21 1.48 1.54 1.64 1.62 1.61 1.20 0.10 1.53 0.92 0.32 0.65 0.75
O4 0.30 0.43 0.10 0.02 0.36 0.10 0.25 0.33 0.22 0.33 0.44 0.37 0.50 0.10 0.13 0.32 0.25 0.02 0.07 0.03
O4' 0.01 0.14 0.27 0.61 0.08 0.30 0.01 0.14 0.04 0.04 0.14 0.10 0.20 0.03 0.89 0.04 0.55 1.03 0.75 0.63
O5' 1.31 1.15 1.72 2.05 1.11 1.41 1.14 1.05 1.20 1.22 1.11 1.06 1.13 1.53 2.45 1.12 1.21 1.18 1.30 1.06
OP1 1.41 1.28 2.02 2.28 1.29 1.43 1.34 1.20 1.38 1.37 1.26 1.26 1.22 1.95 2.77 1.10 1.22 1.21 1.48 1.13
OP2 2.53 2.38 2.97 3.08 2.19 2.31 2.15 1.82 2.24 2.39 2.28 2.12 2.43 2.96 3.27 2.16 1.89 1.61 1.86 1.61
P 1.81 1.62 2.36 2.64 1.56 1.83 1.59 1.47 1.66 1.71 1.56 1.50 1.59 2.25 3.10 1.51 1.51 1.40 1.63 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.05 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.11 0.12 0.04 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.14 0.06 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.02 0.14 0.18 0.09 0.09
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.15 0.00 0.14 0.02 0.13 0.10 0.13 0.16 0.08 0.00 0.00 0.00 0.27 0.29 0.07 0.24
C4 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.16 0.01 0.14 0.15 0.11 0.10
C4' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.21 0.05 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.03 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.15 0.15 0.10 0.11
C5' 0.10 0.16 0.14 0.02 0.24 0.00 0.26 0.00 0.24 0.17 0.20 0.25 0.10 0.07 0.07 0.00 0.00 0.13 0.32 0.00
C6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.03 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.15 0.14 0.05 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.12 0.12 0.02 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.00 0.12 0.14 0.08 0.09
N4 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.01 0.14 0.15 0.13 0.10
O2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.09 0.11 0.03 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.21 0.14 0.07 0.10 0.08 0.14 0.17 0.06 0.00 0.08 0.12 0.23 0.30 0.03 0.20
O3' 0.02 0.12 0.06 0.00 0.16 0.05 0.15 0.07 0.13 0.11 0.14 0.17 0.10 0.08 0.00 0.02 0.28 0.37 0.08 0.28
O4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01
O5' 0.07 0.11 0.14 0.27 0.14 0.01 0.15 0.00 0.15 0.12 0.12 0.14 0.09 0.23 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.12 0.18 0.29 0.15 0.02 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.15 0.11 0.30 0.37 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.09 0.07 0.11 0.18 0.10 0.32 0.05 0.02 0.08 0.13 0.03 0.03 0.08 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.09 0.24 0.10 0.01 0.11 0.00 0.11 0.08 0.09 0.10 0.07 0.20 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00