ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52853

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 21, 14, 11, 10, 8, 5, 14, 18, 13, 7, 3, 2, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.015, 0.033, 0.050, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.014, 0.036, 0.059, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.017, 0.049, 0.080, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.049 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.018, 0.056, 0.093, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.056 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.032, 0.070, 0.108, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.070 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.027, 0.069, 0.111, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.069 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.033, 0.090, 0.147, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.090 std_dev=0.057
N3 B 0, 0.077, 0.323, 0.570, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.323 std_dev=0.246
O4' A 0, 0.010, 0.270, 0.529, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.270 std_dev=0.259
C2' A 0, 0.003, 0.274, 0.546, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.274 std_dev=0.271
O2 B 0, 0.190, 0.474, 0.757, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.474 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.137, 0.432, 0.728, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.432 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.164, 0.461, 0.758, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.461 std_dev=0.297
O4 B 0, 0.198, 0.520, 0.842, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.520 std_dev=0.322
C3' A 0, 0.033, 0.385, 0.738, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.385 std_dev=0.352
C4' A 0, 0.050, 0.427, 0.803, 2.675 max_d=2.675 avg_d=0.427 std_dev=0.376
O3' A 0, 0.030, 0.421, 0.812, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.421 std_dev=0.391
C5 B 0, 0.246, 0.645, 1.044, 2.326 max_d=2.326 avg_d=0.645 std_dev=0.399
N1 B 0, 0.199, 0.622, 1.045, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.622 std_dev=0.423
O2' A 0, 0.041, 0.471, 0.900, 2.900 max_d=2.900 avg_d=0.471 std_dev=0.429
C6 B 0, 0.249, 0.707, 1.165, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.707 std_dev=0.458
C1' B 0, 0.277, 0.824, 1.370, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.824 std_dev=0.546
C5' A 0, 0.090, 0.679, 1.268, 3.703 max_d=3.703 avg_d=0.679 std_dev=0.589
C2' B 0, 0.328, 0.934, 1.539, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.934 std_dev=0.605
O4' B 0, 0.340, 1.013, 1.685, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.013 std_dev=0.672
O2' B 0, 0.380, 1.126, 1.872, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.126 std_dev=0.746
C3' B 0, 0.420, 1.184, 1.949, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.184 std_dev=0.764
O5' B 0, 0.551, 1.362, 2.173, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.362 std_dev=0.811
C4' B 0, 0.406, 1.235, 2.063, 3.297 max_d=3.297 avg_d=1.235 std_dev=0.829
P B 0, 0.488, 1.386, 2.285, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.386 std_dev=0.899
C5' B 0, 0.433, 1.347, 2.261, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.347 std_dev=0.914
O3' B 0, 0.531, 1.462, 2.392, 4.006 max_d=4.006 avg_d=1.462 std_dev=0.931
OP1 B 0, 0.491, 1.752, 3.012, 5.452 max_d=5.452 avg_d=1.752 std_dev=1.260
O5' A 0, 0.234, 1.505, 2.775, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.505 std_dev=1.270
OP2 B 0, 0.698, 1.987, 3.276, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.987 std_dev=1.289
OP2 A 0, 0.339, 1.859, 3.379, 3.775 max_d=3.775 avg_d=1.859 std_dev=1.520
P A 0, 0.314, 1.970, 3.626, 3.858 max_d=3.858 avg_d=1.970 std_dev=1.656
OP1 A 0, 0.429, 2.253, 4.078, 5.113 max_d=5.113 avg_d=2.253 std_dev=1.825

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01 0.58 0.59 0.45 0.55
C2 0.04 0.00 0.15 0.09 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.11 0.20 0.87 0.94 0.84 0.95
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.12 0.07 0.10 0.12 0.15 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.56 0.60 0.50 0.54
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.38 0.12 0.16
C4 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.09 0.11 0.94 0.97 0.88 0.99
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.13 0.11 0.16 0.14 0.15 0.11 0.05 0.10 0.03 0.01 0.03 0.29 0.22 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.08 1.13 1.22 1.14 1.26
C5' 0.07 0.28 0.12 0.02 0.22 0.01 0.28 0.00 0.31 0.25 0.31 0.23 0.35 0.29 0.17 0.08 0.09 0.02 0.01 0.44 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.09 0.13 1.15 1.29 1.18 1.31
C8 0.02 0.02 0.10 0.08 0.01 0.11 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.07 0.10 1.13 1.16 1.11 1.22
N1 0.03 0.01 0.12 0.10 0.02 0.16 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.10 0.18 1.03 1.15 1.04 1.16
N3 0.03 0.01 0.15 0.08 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.19 0.78 0.82 0.72 0.82
N6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.15 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.08 0.12 1.25 1.46 1.34 1.48
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.07 0.06 1.22 1.33 1.28 1.40
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.91 0.91 0.81 0.93
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.11 0.10 0.14 0.08 0.16 0.20 0.19 0.22 0.18 0.19 0.08 0.00 0.06 0.07 0.49 0.54 0.61 0.53
O3' 0.12 0.11 0.03 0.01 0.09 0.03 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.06 0.00 0.12 0.29 0.45 0.22 0.28
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.11 0.01 0.08 0.02 0.13 0.10 0.18 0.19 0.12 0.06 0.02 0.07 0.12 0.00 0.38 0.49 0.23 0.34
O5' 0.58 0.87 0.56 0.14 0.94 0.03 1.13 0.01 1.15 1.13 1.03 0.78 1.25 1.22 0.91 0.49 0.29 0.38 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.59 0.94 0.60 0.38 0.97 0.29 1.22 0.44 1.29 1.16 1.15 0.82 1.46 1.33 0.91 0.54 0.45 0.49 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.84 0.50 0.12 0.88 0.22 1.14 0.39 1.18 1.11 1.04 0.72 1.34 1.28 0.81 0.61 0.22 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.55 0.95 0.54 0.16 0.99 0.06 1.26 0.02 1.31 1.22 1.16 0.82 1.48 1.40 0.93 0.53 0.28 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.10 0.15 0.15 0.10 0.16 0.17 0.11 0.08 0.09 0.15 0.18 0.14 0.23 0.08 0.30 0.37 0.81 0.34
C2 0.22 0.18 0.26 0.20 0.15 0.21 0.14 0.18 0.15 0.18 0.14 0.24 0.38 0.22 0.18 0.21 0.17 0.30 0.41 0.23
C2' 0.27 0.26 0.25 0.31 0.26 0.31 0.29 0.37 0.28 0.27 0.25 0.28 0.29 0.33 0.26 0.29 0.46 0.58 1.00 0.51
C3' 0.13 0.14 0.14 0.26 0.16 0.20 0.20 0.30 0.16 0.13 0.14 0.19 0.16 0.27 0.21 0.14 0.45 0.48 1.08 0.50
C4 0.15 0.12 0.18 0.12 0.14 0.11 0.13 0.09 0.10 0.11 0.09 0.19 0.31 0.13 0.20 0.12 0.17 0.30 0.57 0.22
C4' 0.24 0.25 0.25 0.29 0.26 0.25 0.27 0.31 0.25 0.24 0.24 0.27 0.28 0.27 0.32 0.23 0.45 0.36 1.03 0.47
C5 0.19 0.14 0.22 0.15 0.14 0.16 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.22 0.37 0.17 0.20 0.16 0.15 0.30 0.53 0.21
C5' 0.35 0.33 0.34 0.34 0.30 0.34 0.33 0.38 0.32 0.32 0.30 0.38 0.42 0.31 0.33 0.34 0.51 0.40 1.10 0.54
C6 0.25 0.18 0.28 0.22 0.14 0.23 0.13 0.19 0.14 0.18 0.13 0.25 0.45 0.25 0.19 0.23 0.17 0.30 0.44 0.22
C8 0.12 0.10 0.15 0.11 0.13 0.08 0.14 0.11 0.09 0.08 0.08 0.18 0.29 0.11 0.21 0.09 0.22 0.34 0.70 0.28
N1 0.27 0.20 0.31 0.25 0.15 0.27 0.15 0.23 0.17 0.20 0.14 0.26 0.46 0.28 0.18 0.26 0.20 0.31 0.40 0.24
N3 0.15 0.13 0.18 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.11 0.12 0.11 0.18 0.29 0.13 0.19 0.13 0.15 0.29 0.50 0.21
N6 0.28 0.19 0.32 0.26 0.14 0.28 0.13 0.23 0.15 0.20 0.13 0.27 0.50 0.30 0.19 0.27 0.19 0.31 0.42 0.23
N7 0.16 0.13 0.20 0.13 0.13 0.12 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.20 0.35 0.15 0.21 0.13 0.17 0.32 0.61 0.24
N9 0.11 0.10 0.13 0.11 0.14 0.07 0.14 0.11 0.09 0.08 0.08 0.17 0.25 0.10 0.21 0.08 0.23 0.34 0.69 0.28
O2' 0.49 0.44 0.45 0.52 0.45 0.55 0.50 0.61 0.52 0.49 0.42 0.42 0.44 0.54 0.40 0.54 0.65 0.81 1.08 0.69
O3' 0.22 0.21 0.23 0.36 0.24 0.31 0.28 0.40 0.26 0.22 0.22 0.22 0.17 0.37 0.26 0.25 0.54 0.55 1.16 0.58
O4' 0.31 0.31 0.33 0.30 0.30 0.27 0.29 0.27 0.29 0.30 0.31 0.33 0.39 0.27 0.33 0.28 0.36 0.32 0.79 0.35
O5' 0.30 0.40 0.36 0.24 0.24 0.23 0.29 0.36 0.24 0.26 0.36 0.57 0.52 0.22 0.28 0.22 0.57 0.55 1.30 0.71
OP1 0.37 0.45 0.40 0.39 0.40 0.39 0.49 0.59 0.41 0.35 0.42 0.62 0.56 0.37 0.47 0.35 0.83 0.83 1.67 1.03
OP2 0.25 0.36 0.35 0.18 0.18 0.15 0.23 0.29 0.17 0.21 0.31 0.54 0.56 0.19 0.22 0.15 0.49 0.55 1.24 0.67
P 0.28 0.39 0.36 0.22 0.23 0.21 0.31 0.39 0.24 0.23 0.34 0.59 0.56 0.20 0.28 0.20 0.62 0.63 1.41 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.08 0.13 0.33 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.02 0.14 0.19 0.43 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.07 0.02 0.05 0.11 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.09 0.28 0.13
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.02 0.15 0.08 0.11 0.09 0.03 0.01 0.15 0.01 0.09 0.09 0.29 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.03 0.23 0.30 0.61 0.22
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.04 0.09 0.02 0.10 0.00 0.02 0.11 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.17 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.18 0.01 0.05 0.26 0.29 0.66 0.23
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.10 0.05 0.07 0.04 0.15 0.02 0.01 0.17 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.02 0.04 0.23 0.20 0.54 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.14 0.16 0.41 0.14
N3 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.03 0.18 0.25 0.51 0.19
O2 0.03 0.01 0.11 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.03 0.04 0.11 0.17 0.38 0.14
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.04 0.09 0.15 0.00 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09 0.28 0.09
O3' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.15 0.02 0.18 0.04 0.16 0.07 0.10 0.12 0.05 0.00 0.17 0.03 0.14 0.20 0.40 0.13
O4 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.17 0.00 0.04 0.25 0.36 0.67 0.25
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.00 0.10 0.16 0.33 0.11
O5' 0.08 0.14 0.08 0.09 0.23 0.02 0.26 0.01 0.23 0.14 0.18 0.11 0.05 0.14 0.25 0.10 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.13 0.19 0.09 0.09 0.30 0.11 0.29 0.17 0.20 0.16 0.25 0.17 0.09 0.20 0.36 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.43 0.28 0.29 0.61 0.23 0.66 0.18 0.54 0.41 0.51 0.38 0.28 0.40 0.67 0.33 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.13 0.10 0.22 0.05 0.23 0.02 0.18 0.14 0.19 0.14 0.09 0.13 0.25 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00