ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52854

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 12, 10, 6, 3, 2, 0, 2, 1, 2, 3, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.002, 0.023, 0.043, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.004, 0.030, 0.056, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.002, 0.029, 0.055, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.008, 0.037, 0.067, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.037 std_dev=0.029
C2 B 0, 0.182, 0.364, 0.547, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.364 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.304, 0.504, 0.704, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.504 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.299, 0.533, 0.767, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.533 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.127, 0.407, 0.687, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.407 std_dev=0.280
O2 B 0, 0.127, 0.476, 0.825, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.476 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.386, 0.751, 1.116, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.751 std_dev=0.365
O4' A 0, -0.184, 0.272, 0.728, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.272 std_dev=0.456
C2' A 0, -0.186, 0.270, 0.726, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.270 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.218, 0.677, 1.136, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.677 std_dev=0.459
C3' B 0, 0.241, 0.711, 1.182, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.711 std_dev=0.470
C6 B 0, 0.205, 0.710, 1.215, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.710 std_dev=0.505
C4' B 0, 0.085, 0.648, 1.211, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.648 std_dev=0.563
C4 B 0, 0.006, 0.629, 1.253, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.629 std_dev=0.624
O3' B 0, 0.189, 0.819, 1.449, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.819 std_dev=0.630
O2' A 0, -0.231, 0.406, 1.043, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.406 std_dev=0.637
C3' A 0, -0.299, 0.423, 1.144, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.423 std_dev=0.722
C4' A 0, -0.312, 0.412, 1.136, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.412 std_dev=0.724
C5 B 0, 0.077, 0.805, 1.533, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.805 std_dev=0.728
C5' B 0, 0.289, 1.019, 1.750, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.019 std_dev=0.730
O2' B 0, 0.323, 1.089, 1.855, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.089 std_dev=0.766
O4 B 0, -0.136, 0.712, 1.560, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.712 std_dev=0.848
O5' B 0, 0.559, 1.441, 2.324, 4.169 max_d=4.169 avg_d=1.441 std_dev=0.882
OP2 A 0, -0.274, 0.621, 1.517, 4.119 max_d=4.119 avg_d=0.621 std_dev=0.895
O5' A 0, -0.313, 0.614, 1.542, 3.396 max_d=3.396 avg_d=0.614 std_dev=0.927
C5' A 0, -0.424, 0.570, 1.564, 3.476 max_d=3.476 avg_d=0.570 std_dev=0.994
O3' A 0, -0.414, 0.607, 1.628, 3.549 max_d=3.549 avg_d=0.607 std_dev=1.021
P A 0, -0.366, 0.682, 1.730, 4.060 max_d=4.060 avg_d=0.682 std_dev=1.048
P B 0, -0.083, 1.380, 2.843, 5.329 max_d=5.329 avg_d=1.380 std_dev=1.463
OP1 A 0, -0.588, 0.922, 2.431, 5.168 max_d=5.168 avg_d=0.922 std_dev=1.509
OP1 B 0, -0.146, 1.744, 3.633, 7.675 max_d=7.675 avg_d=1.744 std_dev=1.890
OP2 B 0, -0.098, 1.818, 3.734, 6.655 max_d=6.655 avg_d=1.818 std_dev=1.916

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.12 0.17 0.12 0.11
C2 0.04 0.00 0.25 0.20 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.25 0.17 0.16 0.27 0.20
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.02 0.06 0.18 0.11 0.14 0.20 0.25 0.08 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.27 0.37 0.44 0.35
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.20 0.00 0.25 0.02 0.26 0.23 0.24 0.17 0.28 0.27 0.18 0.02 0.01 0.01 0.19 0.28 0.17 0.19
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.14 0.18 0.15 0.25 0.20
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.16 0.10 0.13 0.09 0.14 0.06 0.25 0.02 0.00 0.01 0.15 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.25 0.01 0.07 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.11 0.08 0.23 0.24 0.38 0.30
C5' 0.10 0.25 0.18 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.24 0.25 0.25 0.22 0.27 0.26 0.16 0.10 0.18 0.02 0.01 0.09 0.15 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.26 0.01 0.07 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.12 0.14 0.23 0.26 0.43 0.32
C8 0.01 0.01 0.14 0.23 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.14 0.12 0.26 0.24 0.30 0.29
N1 0.03 0.00 0.20 0.24 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.12 0.21 0.20 0.20 0.37 0.26
N3 0.04 0.01 0.25 0.17 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.24 0.16 0.16 0.20 0.17
N6 0.03 0.01 0.08 0.28 0.02 0.09 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.22 0.16 0.11 0.27 0.34 0.52 0.39
N7 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.17 0.06 0.29 0.32 0.44 0.37
N9 0.00 0.01 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.15 0.06 0.01 0.17 0.13 0.18 0.17
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.10 0.25 0.19 0.10 0.16 0.30 0.12 0.15 0.22 0.29 0.15 0.00 0.05 0.18 0.22 0.33 0.51 0.31
O3' 0.22 0.16 0.03 0.01 0.09 0.02 0.11 0.18 0.12 0.14 0.12 0.18 0.16 0.17 0.06 0.05 0.00 0.18 0.28 0.39 0.24 0.28
O4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.14 0.00 0.08 0.02 0.14 0.12 0.21 0.24 0.11 0.06 0.01 0.18 0.18 0.00 0.07 0.09 0.09 0.07
O5' 0.12 0.17 0.27 0.19 0.18 0.01 0.23 0.01 0.23 0.26 0.20 0.16 0.27 0.29 0.17 0.22 0.28 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.16 0.37 0.28 0.15 0.15 0.24 0.09 0.26 0.24 0.20 0.16 0.34 0.32 0.13 0.33 0.39 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.27 0.44 0.17 0.25 0.08 0.38 0.15 0.43 0.30 0.37 0.20 0.52 0.44 0.18 0.51 0.24 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.35 0.19 0.20 0.04 0.30 0.02 0.32 0.29 0.26 0.17 0.39 0.37 0.17 0.31 0.28 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.16 0.32 0.15 0.19 0.17 0.30 0.14 0.11 0.10 0.16 0.32 0.09 0.21 0.14 0.49 0.86 1.48 0.86
C2 0.18 0.14 0.40 0.34 0.18 0.16 0.16 0.21 0.15 0.15 0.15 0.18 0.31 0.22 0.22 0.18 0.37 0.65 0.99 0.62
C2' 0.27 0.30 0.30 0.10 0.18 0.16 0.17 0.23 0.19 0.25 0.26 0.37 0.78 0.31 0.19 0.22 0.30 0.93 1.32 0.75
C3' 0.24 0.17 0.18 0.44 0.30 0.42 0.39 0.60 0.35 0.25 0.17 0.17 0.43 0.17 0.35 0.36 0.79 1.27 1.85 1.25
C4 0.14 0.12 0.28 0.32 0.16 0.15 0.15 0.22 0.12 0.12 0.11 0.17 0.23 0.15 0.23 0.13 0.40 0.73 1.23 0.73
C4' 0.50 0.41 0.43 0.65 0.36 0.60 0.43 0.69 0.47 0.46 0.35 0.40 0.30 0.39 0.31 0.56 0.87 1.12 1.85 1.23
C5 0.15 0.12 0.34 0.32 0.16 0.14 0.14 0.20 0.11 0.12 0.11 0.19 0.26 0.21 0.23 0.16 0.37 0.68 1.17 0.68
C5' 0.62 0.50 0.54 0.74 0.41 0.70 0.49 0.77 0.55 0.56 0.41 0.51 0.33 0.47 0.34 0.67 0.95 1.14 1.91 1.29
C6 0.18 0.13 0.42 0.34 0.15 0.16 0.13 0.19 0.11 0.13 0.12 0.20 0.35 0.28 0.22 0.19 0.34 0.61 1.03 0.61
C8 0.13 0.11 0.24 0.31 0.16 0.15 0.17 0.23 0.12 0.11 0.10 0.18 0.22 0.14 0.25 0.13 0.42 0.76 1.36 0.78
N1 0.19 0.14 0.46 0.35 0.16 0.17 0.14 0.20 0.13 0.15 0.14 0.19 0.38 0.29 0.21 0.21 0.34 0.60 0.93 0.58
N3 0.14 0.13 0.30 0.33 0.18 0.16 0.16 0.24 0.14 0.13 0.13 0.16 0.24 0.14 0.22 0.14 0.41 0.73 1.16 0.70
N6 0.19 0.13 0.46 0.34 0.15 0.18 0.13 0.19 0.10 0.13 0.12 0.21 0.41 0.33 0.23 0.22 0.32 0.56 0.98 0.57
N7 0.15 0.12 0.31 0.31 0.16 0.14 0.15 0.20 0.10 0.11 0.10 0.19 0.24 0.19 0.25 0.15 0.38 0.70 1.26 0.72
N9 0.12 0.11 0.21 0.32 0.16 0.16 0.16 0.25 0.12 0.11 0.10 0.16 0.24 0.11 0.23 0.12 0.44 0.79 1.37 0.80
O2' 0.50 0.47 0.54 0.28 0.40 0.37 0.42 0.37 0.46 0.48 0.43 0.49 1.00 0.43 0.38 0.45 0.28 0.94 1.16 0.63
O3' 0.64 0.53 0.51 0.87 0.75 0.89 0.87 1.09 0.81 0.66 0.55 0.40 0.33 0.61 0.82 0.83 1.26 1.74 2.32 1.73
O4' 0.50 0.44 0.49 0.65 0.35 0.54 0.38 0.59 0.42 0.46 0.37 0.47 0.29 0.38 0.33 0.49 0.78 0.96 1.74 1.11
O5' 0.45 0.36 0.42 0.59 0.32 0.53 0.40 0.62 0.43 0.41 0.30 0.35 0.23 0.29 0.29 0.49 0.82 1.05 1.82 1.19
OP1 0.61 0.47 0.54 0.76 0.48 0.73 0.59 0.86 0.61 0.57 0.41 0.44 0.31 0.47 0.45 0.69 1.06 1.28 2.09 1.45
OP2 0.26 0.19 0.28 0.42 0.25 0.32 0.31 0.45 0.30 0.24 0.17 0.21 0.24 0.15 0.28 0.27 0.69 1.01 1.74 1.11
P 0.45 0.34 0.42 0.59 0.32 0.51 0.40 0.62 0.42 0.40 0.28 0.35 0.23 0.28 0.31 0.47 0.83 1.06 1.85 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.26 0.02 0.00 0.07 0.29 0.36 0.15
C2 0.02 0.00 0.15 0.20 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.15 0.01 0.08 0.24 0.50 0.78 0.44
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.13 0.10 0.03 0.13 0.23 0.00 0.03 0.06 0.02 0.27 0.30 0.46 0.32
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.33 0.00 0.34 0.02 0.29 0.19 0.28 0.14 0.03 0.01 0.35 0.02 0.06 0.10 0.45 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.15 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.14 0.01 0.04 0.42 0.75 1.31 0.75
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.18 0.09 0.10 0.05 0.24 0.03 0.16 0.00 0.02 0.13 0.28 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.34 0.01 0.20 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.20 0.01 0.07 0.45 0.76 1.34 0.77
C5' 0.05 0.14 0.13 0.02 0.26 0.01 0.30 0.00 0.25 0.15 0.20 0.10 0.12 0.16 0.28 0.01 0.01 0.17 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.18 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.09 0.36 0.60 1.02 0.59
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.09 0.02 0.02 0.22 0.45 0.71 0.39
N3 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.09 0.01 0.06 0.34 0.63 1.06 0.60
O2 0.03 0.01 0.23 0.14 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.29 0.02 0.12 0.17 0.41 0.61 0.33
O2' 0.01 0.20 0.00 0.03 0.27 0.24 0.27 0.12 0.23 0.16 0.24 0.21 0.00 0.05 0.28 0.17 0.19 0.24 0.55 0.30
O3' 0.26 0.15 0.03 0.01 0.14 0.03 0.20 0.16 0.14 0.09 0.09 0.29 0.05 0.00 0.16 0.18 0.18 0.29 0.46 0.16
O4 0.02 0.01 0.06 0.35 0.01 0.16 0.01 0.28 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.16 0.00 0.04 0.46 0.84 1.47 0.84
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06 0.12 0.17 0.18 0.04 0.00 0.14 0.29 0.37 0.23
O5' 0.07 0.24 0.27 0.06 0.42 0.02 0.45 0.01 0.36 0.22 0.34 0.17 0.19 0.18 0.46 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.29 0.50 0.30 0.10 0.75 0.13 0.76 0.17 0.60 0.45 0.63 0.41 0.24 0.29 0.84 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.78 0.46 0.45 1.31 0.28 1.34 0.20 1.02 0.71 1.06 0.61 0.55 0.46 1.47 0.37 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.44 0.32 0.15 0.75 0.05 0.77 0.02 0.59 0.39 0.60 0.33 0.30 0.16 0.84 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00