ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52855

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.022, 0.084, 0.146, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.084 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.036, 0.107, 0.177, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.074, 0.159, 0.244, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.159 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.090, 0.197, 0.304, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.197 std_dev=0.107
C3' A 0, 0.046, 0.156, 0.267, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.156 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.150, 0.322, 0.493, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.322 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.057, 0.236, 0.415, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.236 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.204, 0.411, 0.617, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.411 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.218, 0.449, 0.681, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.449 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.209, 0.448, 0.686, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.448 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.198, 0.437, 0.675, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.437 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.161, 0.430, 0.699, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.430 std_dev=0.269
P A 0, 0.197, 0.481, 0.765, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.481 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.170, 0.457, 0.745, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.457 std_dev=0.288
C6 B 0, 0.171, 0.467, 0.763, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.467 std_dev=0.296
OP1 A 0, 0.225, 0.526, 0.827, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.526 std_dev=0.301
O2 B 0, 0.240, 0.552, 0.865, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.552 std_dev=0.313
O4 B 0, 0.254, 0.574, 0.895, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.574 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.266, 0.622, 0.979, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.622 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.257, 0.658, 1.058, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.658 std_dev=0.400
C2' B 0, 0.344, 0.755, 1.165, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.755 std_dev=0.411
O2' B 0, 0.278, 0.754, 1.230, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.754 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.183, 0.707, 1.231, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.707 std_dev=0.524
C3' B 0, 0.383, 0.930, 1.478, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.930 std_dev=0.548
O4' B 0, 0.667, 1.280, 1.893, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.280 std_dev=0.613
C4' B 0, 0.669, 1.356, 2.044, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.356 std_dev=0.687
C5' B 0, 1.048, 1.946, 2.845, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.946 std_dev=0.898
O5' B 0, 0.648, 1.689, 2.730, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.689 std_dev=1.041
P B 0, 1.139, 2.573, 4.008, 5.130 max_d=5.130 avg_d=2.573 std_dev=1.435
OP2 B 0, 1.714, 3.500, 5.286, 6.352 max_d=6.352 avg_d=3.500 std_dev=1.786
OP1 B 0, 1.677, 3.509, 5.342, 6.580 max_d=6.580 avg_d=3.509 std_dev=1.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.12 0.13 0.20 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.10 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.12 0.13 0.19 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.15 0.18 0.24 0.19
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.10 0.11 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.15 0.19 0.25 0.20
C8 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.16 0.17 0.22 0.18
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.14 0.16 0.23 0.18
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.11 0.11 0.18 0.13
N6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.17 0.22 0.28 0.22
N7 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.17 0.21 0.27 0.21
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.12 0.12 0.17 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.07 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.10 0.05 0.07 0.06 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.11 0.14 0.15 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08
O5' 0.07 0.12 0.02 0.06 0.12 0.00 0.15 0.00 0.15 0.16 0.14 0.11 0.17 0.17 0.12 0.02 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.13 0.08 0.10 0.13 0.08 0.18 0.08 0.19 0.17 0.16 0.11 0.22 0.21 0.12 0.08 0.14 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.20 0.09 0.10 0.19 0.03 0.24 0.01 0.25 0.22 0.23 0.18 0.28 0.27 0.17 0.07 0.15 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.15 0.03 0.05 0.15 0.02 0.19 0.01 0.20 0.18 0.18 0.13 0.22 0.21 0.13 0.03 0.09 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.08 0.06 0.14 0.11 0.18 0.30 0.11 0.05 0.07 0.20 0.20 0.11 0.24 0.14 0.53 0.94 0.54 0.56
C2 0.10 0.06 0.18 0.12 0.20 0.12 0.18 0.20 0.13 0.08 0.14 0.10 0.34 0.10 0.26 0.20 0.34 0.98 0.38 0.50
C2' 0.14 0.18 0.13 0.13 0.09 0.15 0.11 0.32 0.09 0.12 0.16 0.24 0.16 0.12 0.11 0.16 0.61 1.04 0.66 0.68
C3' 0.14 0.18 0.14 0.13 0.09 0.15 0.09 0.32 0.08 0.13 0.16 0.23 0.16 0.12 0.08 0.15 0.64 1.05 0.70 0.71
C4 0.07 0.05 0.15 0.10 0.19 0.10 0.19 0.23 0.12 0.04 0.08 0.15 0.30 0.11 0.29 0.17 0.41 0.96 0.44 0.52
C4' 0.09 0.14 0.08 0.07 0.06 0.11 0.11 0.32 0.07 0.07 0.11 0.21 0.16 0.11 0.10 0.12 0.60 0.97 0.65 0.64
C5 0.09 0.05 0.19 0.14 0.20 0.12 0.19 0.21 0.12 0.06 0.10 0.13 0.35 0.14 0.29 0.19 0.36 0.95 0.39 0.49
C5' 0.08 0.12 0.08 0.07 0.07 0.11 0.12 0.32 0.07 0.06 0.10 0.20 0.17 0.11 0.11 0.13 0.58 0.95 0.64 0.62
C6 0.11 0.07 0.22 0.17 0.21 0.14 0.19 0.20 0.13 0.09 0.13 0.11 0.39 0.16 0.28 0.22 0.31 0.95 0.34 0.47
C8 0.07 0.07 0.15 0.11 0.17 0.10 0.19 0.25 0.11 0.03 0.06 0.17 0.30 0.13 0.27 0.16 0.44 0.93 0.46 0.51
N1 0.12 0.08 0.22 0.16 0.20 0.14 0.18 0.19 0.13 0.10 0.15 0.09 0.39 0.14 0.27 0.22 0.30 0.96 0.33 0.48
N3 0.07 0.04 0.14 0.08 0.20 0.10 0.19 0.23 0.12 0.05 0.09 0.15 0.28 0.09 0.28 0.17 0.41 0.98 0.44 0.53
N6 0.13 0.09 0.25 0.20 0.21 0.17 0.19 0.20 0.13 0.10 0.14 0.11 0.42 0.19 0.28 0.23 0.28 0.94 0.31 0.45
N7 0.08 0.06 0.18 0.14 0.19 0.12 0.19 0.22 0.12 0.05 0.08 0.15 0.34 0.15 0.28 0.18 0.38 0.94 0.41 0.50
N9 0.07 0.07 0.12 0.08 0.17 0.10 0.19 0.26 0.11 0.03 0.05 0.18 0.26 0.11 0.27 0.15 0.46 0.95 0.48 0.53
O2' 0.15 0.20 0.12 0.13 0.09 0.15 0.06 0.33 0.07 0.13 0.20 0.26 0.13 0.14 0.05 0.15 0.67 1.06 0.73 0.73
O3' 0.18 0.22 0.17 0.17 0.15 0.18 0.11 0.34 0.12 0.17 0.21 0.26 0.16 0.16 0.14 0.18 0.72 1.13 0.82 0.82
O4' 0.07 0.11 0.07 0.06 0.14 0.11 0.20 0.33 0.13 0.06 0.08 0.20 0.20 0.13 0.22 0.15 0.54 0.88 0.54 0.53
O5' 0.12 0.14 0.12 0.10 0.12 0.15 0.15 0.35 0.10 0.10 0.11 0.21 0.20 0.12 0.16 0.18 0.57 0.92 0.57 0.58
OP1 0.12 0.15 0.13 0.11 0.11 0.15 0.12 0.35 0.10 0.11 0.13 0.20 0.20 0.11 0.14 0.19 0.60 0.92 0.60 0.61
OP2 0.18 0.15 0.13 0.13 0.21 0.23 0.24 0.41 0.21 0.17 0.15 0.16 0.19 0.09 0.25 0.29 0.46 0.81 0.44 0.45
P 0.12 0.11 0.10 0.09 0.14 0.18 0.18 0.38 0.15 0.11 0.10 0.16 0.19 0.05 0.18 0.22 0.49 0.84 0.48 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.36 0.94 0.31 0.44
C2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.10 0.00 0.06 0.48 1.06 0.45 0.57
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.11 0.12 0.02 0.04 0.15 0.00 0.02 0.04 0.02 0.40 0.74 0.39 0.38
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.18 0.51 0.31 0.12
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.63 1.12 0.64 0.69
C4' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.52 0.14 0.13
C5 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.10 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.67 1.11 0.66 0.70
C5' 0.06 0.14 0.11 0.01 0.27 0.00 0.31 0.00 0.28 0.18 0.20 0.08 0.08 0.08 0.29 0.01 0.00 0.20 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.09 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.63 1.10 0.58 0.64
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.51 1.05 0.46 0.56
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.05 0.55 1.10 0.54 0.64
O2 0.02 0.00 0.15 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.13 0.00 0.09 0.41 1.02 0.37 0.52
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.08 0.09 0.02 0.11 0.27 0.00 0.03 0.04 0.01 0.38 0.74 0.42 0.37
O3' 0.08 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.13 0.03 0.00 0.08 0.10 0.13 0.48 0.37 0.14
O4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.08 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.64 1.12 0.68 0.72
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.03 0.00 0.25 0.95 0.33 0.46
O5' 0.36 0.48 0.40 0.18 0.63 0.01 0.67 0.00 0.63 0.51 0.55 0.41 0.38 0.13 0.64 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.94 1.06 0.74 0.51 1.12 0.52 1.11 0.20 1.10 1.05 1.10 1.02 0.74 0.48 1.12 0.95 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.45 0.39 0.31 0.64 0.14 0.66 0.26 0.58 0.46 0.54 0.37 0.42 0.37 0.68 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.44 0.57 0.38 0.12 0.69 0.13 0.70 0.01 0.64 0.56 0.64 0.52 0.37 0.14 0.72 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00