ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52856

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 5, 16, 23, 31, 23, 21, 9, 8, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.019, 0.025, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.024, 0.032, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.020, 0.028, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.029, 0.041, 0.053, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.024, 0.037, 0.050, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.031, 0.045, 0.058, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.045 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.030, 0.045, 0.060, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.038, 0.057, 0.076, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.057 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.047, 0.068, 0.089, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.068 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.023, 0.048, 0.073, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.048 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.915, 1.094, 1.273, 1.605 max_d=1.605 avg_d=1.094 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.907, 1.087, 1.267, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.087 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.495, 0.689, 0.883, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.689 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.392, 0.613, 0.835, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.613 std_dev=0.222
C2 B 0, 0.311, 0.533, 0.756, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.533 std_dev=0.223
C3' B 0, 1.252, 1.488, 1.725, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.488 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.335, 0.575, 0.815, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.575 std_dev=0.240
O2 B 0, 0.382, 0.625, 0.868, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.625 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.954, 1.197, 1.441, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.197 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.352, 0.605, 0.858, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.605 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.449, 0.710, 0.972, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.710 std_dev=0.261
C4' A 0, 1.346, 1.614, 1.882, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.614 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.537, 0.806, 1.075, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.806 std_dev=0.269
C3' A 0, 1.482, 1.760, 2.037, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.760 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.443, 0.731, 1.020, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.731 std_dev=0.289
O3' B 0, 1.736, 2.025, 2.314, 2.638 max_d=2.638 avg_d=2.025 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.377, 0.669, 0.960, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.669 std_dev=0.291
P A 0, 1.508, 1.825, 2.142, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.825 std_dev=0.317
OP2 A 0, 2.320, 2.645, 2.971, 3.380 max_d=3.380 avg_d=2.645 std_dev=0.326
N4 B 0, 0.393, 0.722, 1.051, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.722 std_dev=0.329
O5' A 0, 1.674, 2.006, 2.339, 2.676 max_d=2.676 avg_d=2.006 std_dev=0.332
O4' B 0, 1.112, 1.510, 1.908, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.510 std_dev=0.398
O3' A 0, 2.078, 2.476, 2.874, 3.147 max_d=3.147 avg_d=2.476 std_dev=0.398
C4' B 0, 1.468, 1.867, 2.266, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.867 std_dev=0.399
OP1 A 0, 1.219, 1.649, 2.079, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.649 std_dev=0.430
C5' A 0, 2.350, 2.781, 3.213, 3.607 max_d=3.607 avg_d=2.781 std_dev=0.431
C5' B 0, 2.005, 2.577, 3.149, 3.970 max_d=3.970 avg_d=2.577 std_dev=0.572
O5' B 0, 1.124, 1.740, 2.356, 4.237 max_d=4.237 avg_d=1.740 std_dev=0.616
P B 0, 0.571, 1.324, 2.077, 4.950 max_d=4.950 avg_d=1.324 std_dev=0.753
OP2 B 0, 1.186, 2.205, 3.225, 6.416 max_d=6.416 avg_d=2.205 std_dev=1.020
OP1 B 0, 0.787, 1.908, 3.030, 6.819 max_d=6.819 avg_d=1.908 std_dev=1.121

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.06 0.21 0.08
C2 0.03 0.00 0.12 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.04 0.17 0.14 0.23 0.15
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.06 0.10 0.12 0.08 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.13 0.18 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.15 0.14 0.15 0.12 0.16 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.15 0.16 0.14 0.10
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.02 0.17 0.13 0.22 0.14
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.05 0.04 0.09 0.09 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.08 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.02 0.23 0.19 0.25 0.19
C5' 0.02 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.10 0.05 0.15 0.15 0.07 0.05 0.05 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.03 0.24 0.21 0.27 0.21
C8 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.15 0.04 0.23 0.16 0.22 0.16
N1 0.03 0.00 0.10 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.04 0.21 0.18 0.26 0.19
N3 0.03 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.14 0.11 0.22 0.12
N6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.21 0.04 0.27 0.26 0.31 0.26
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.18 0.03 0.26 0.22 0.26 0.22
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.15 0.11 0.21 0.11
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.04 0.00 0.06 0.06 0.07 0.11 0.19 0.08
O3' 0.04 0.17 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.05 0.18 0.15 0.18 0.15 0.21 0.18 0.08 0.06 0.00 0.03 0.17 0.24 0.19 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.08 0.09 0.24 0.13
O5' 0.07 0.17 0.12 0.15 0.17 0.02 0.23 0.01 0.24 0.23 0.21 0.14 0.27 0.26 0.15 0.07 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.14 0.13 0.16 0.13 0.08 0.19 0.09 0.21 0.16 0.18 0.11 0.26 0.22 0.11 0.11 0.24 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.23 0.18 0.14 0.22 0.16 0.25 0.14 0.27 0.22 0.26 0.22 0.31 0.26 0.21 0.19 0.19 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.10 0.10 0.14 0.04 0.19 0.02 0.21 0.16 0.19 0.12 0.26 0.22 0.11 0.08 0.16 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.24 0.18 0.13 0.28 0.12 0.28 0.18 0.22 0.16 0.27 0.34 0.38 0.31 0.13 0.13 0.48 0.51 0.64 0.50
C2 0.20 0.23 0.19 0.18 0.27 0.21 0.39 0.33 0.31 0.20 0.20 0.35 0.37 0.27 0.16 0.20 0.62 0.79 1.12 0.77
C2' 0.16 0.24 0.17 0.12 0.28 0.12 0.29 0.21 0.23 0.15 0.27 0.35 0.38 0.32 0.12 0.12 0.47 0.49 0.68 0.49
C3' 0.17 0.24 0.18 0.12 0.25 0.12 0.28 0.20 0.24 0.16 0.26 0.30 0.38 0.32 0.13 0.13 0.44 0.49 0.58 0.42
C4 0.16 0.20 0.17 0.17 0.22 0.19 0.34 0.30 0.28 0.16 0.20 0.28 0.35 0.25 0.15 0.17 0.59 0.68 0.96 0.69
C4' 0.21 0.27 0.21 0.10 0.25 0.12 0.24 0.12 0.22 0.20 0.28 0.29 0.39 0.35 0.11 0.16 0.38 0.40 0.45 0.34
C5 0.17 0.21 0.17 0.21 0.14 0.26 0.33 0.38 0.30 0.16 0.23 0.17 0.33 0.21 0.19 0.22 0.65 0.76 1.10 0.78
C5' 0.25 0.28 0.26 0.15 0.23 0.17 0.24 0.14 0.24 0.23 0.27 0.25 0.38 0.37 0.14 0.21 0.34 0.44 0.40 0.28
C6 0.19 0.23 0.18 0.23 0.15 0.29 0.35 0.43 0.32 0.19 0.25 0.14 0.33 0.21 0.21 0.26 0.68 0.85 1.25 0.87
C8 0.16 0.23 0.17 0.19 0.20 0.22 0.27 0.32 0.26 0.17 0.25 0.22 0.34 0.20 0.18 0.20 0.58 0.60 0.81 0.61
N1 0.20 0.24 0.19 0.21 0.21 0.26 0.38 0.40 0.32 0.20 0.23 0.23 0.36 0.24 0.19 0.24 0.66 0.86 1.24 0.85
N3 0.19 0.21 0.19 0.16 0.29 0.17 0.37 0.28 0.29 0.18 0.20 0.38 0.37 0.29 0.14 0.17 0.58 0.71 0.99 0.69
N6 0.21 0.24 0.19 0.26 0.19 0.35 0.32 0.50 0.33 0.20 0.29 0.25 0.31 0.20 0.25 0.31 0.72 0.93 1.38 0.94
N7 0.18 0.22 0.18 0.23 0.17 0.29 0.28 0.41 0.29 0.17 0.26 0.20 0.31 0.19 0.22 0.26 0.65 0.72 1.02 0.75
N9 0.14 0.21 0.16 0.15 0.23 0.15 0.29 0.25 0.25 0.15 0.23 0.28 0.36 0.25 0.14 0.14 0.54 0.59 0.79 0.59
O2' 0.20 0.27 0.19 0.12 0.31 0.12 0.29 0.18 0.22 0.18 0.30 0.39 0.40 0.35 0.13 0.15 0.44 0.46 0.64 0.46
O3' 0.19 0.25 0.20 0.15 0.26 0.14 0.28 0.22 0.24 0.17 0.27 0.31 0.40 0.35 0.16 0.14 0.41 0.54 0.57 0.39
O4' 0.20 0.27 0.19 0.13 0.26 0.13 0.25 0.14 0.21 0.19 0.28 0.30 0.39 0.33 0.15 0.15 0.43 0.43 0.49 0.41
O5' 0.17 0.24 0.19 0.08 0.23 0.06 0.26 0.13 0.25 0.19 0.25 0.25 0.33 0.25 0.02 0.11 0.40 0.53 0.43 0.34
OP1 0.06 0.16 0.09 0.02 0.13 0.08 0.16 0.16 0.16 0.07 0.17 0.16 0.26 0.15 0.02 0.05 0.29 0.75 0.53 0.32
OP2 0.09 0.23 0.11 0.07 0.22 0.15 0.23 0.27 0.21 0.14 0.25 0.24 0.30 0.11 0.02 0.13 0.41 0.76 0.48 0.40
P 0.05 0.16 0.09 0.02 0.14 0.07 0.17 0.14 0.17 0.08 0.17 0.16 0.26 0.13 0.01 0.03 0.32 0.63 0.40 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.19 0.55 0.25 0.24
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.12 0.03 0.38 0.80 0.54 0.47
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.05 0.16 0.00 0.02 0.01 0.21 0.33 0.23 0.19
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.10 0.08 0.17 0.02 0.01 0.01 0.27 0.31 0.22 0.22
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.52 1.02 0.88 0.68
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.19 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04 0.54 1.05 0.91 0.70
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.22 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.47 0.93 0.68 0.57
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.36 0.77 0.48 0.43
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.46 0.92 0.72 0.58
N4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04 0.55 1.08 1.00 0.74
O2 0.04 0.01 0.16 0.17 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.20 0.05 0.32 0.70 0.43 0.39
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.14 0.00 0.05 0.04 0.07 0.24 0.29 0.11
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.04 0.13 0.04 0.12 0.10 0.20 0.05 0.00 0.02 0.23 0.46 0.35 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.14 0.54 0.24 0.19
O5' 0.19 0.38 0.21 0.27 0.52 0.02 0.54 0.01 0.47 0.36 0.46 0.55 0.32 0.07 0.23 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.55 0.80 0.33 0.31 1.02 0.19 1.05 0.22 0.93 0.77 0.92 1.08 0.70 0.24 0.46 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.54 0.23 0.22 0.88 0.28 0.91 0.37 0.68 0.48 0.72 1.00 0.43 0.29 0.35 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.47 0.19 0.22 0.68 0.07 0.70 0.02 0.57 0.43 0.58 0.74 0.39 0.11 0.21 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00