ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52858

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 9, 11, 10, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.013, 0.041, 0.068, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.018, 0.050, 0.082, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.050 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.016, 0.061, 0.105, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.061 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.061, 0.211, 0.362, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.211 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.062, 0.248, 0.433, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.248 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.239, 0.458, 0.677, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.458 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.182, 0.411, 0.639, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.411 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.270, 0.498, 0.727, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.498 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.310, 0.551, 0.792, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.551 std_dev=0.241
C4' A 0, 0.086, 0.328, 0.570, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.328 std_dev=0.242
C3' A 0, 0.140, 0.384, 0.627, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.384 std_dev=0.243
C2 B 0, 0.214, 0.463, 0.712, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.463 std_dev=0.249
C4 B 0, 0.173, 0.434, 0.695, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.434 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.275, 0.541, 0.807, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.541 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.319, 0.597, 0.876, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.597 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.314, 0.596, 0.878, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.596 std_dev=0.282
P A 0, 0.256, 0.546, 0.836, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.546 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.355, 0.645, 0.935, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.645 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.233, 0.524, 0.814, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.524 std_dev=0.291
O5' A 0, 0.254, 0.550, 0.846, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.550 std_dev=0.296
O2 B 0, 0.319, 0.622, 0.925, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.622 std_dev=0.303
N4 B 0, 0.220, 0.555, 0.890, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.555 std_dev=0.335
O4' B 0, 0.326, 0.663, 1.000, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.663 std_dev=0.337
OP1 A 0, 0.197, 0.541, 0.885, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.541 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.377, 0.724, 1.070, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.724 std_dev=0.347
C5' A 0, 0.175, 0.540, 0.905, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.540 std_dev=0.365
O3' A 0, 0.197, 0.585, 0.972, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.585 std_dev=0.387
O2' A 0, -0.043, 0.353, 0.750, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.353 std_dev=0.396
OP2 A 0, 0.261, 0.674, 1.086, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.674 std_dev=0.412
C5' B 0, 0.412, 0.839, 1.266, 2.546 max_d=2.546 avg_d=0.839 std_dev=0.427
O5' B 0, 0.328, 0.760, 1.191, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.760 std_dev=0.431
P B 0, 0.620, 1.240, 1.861, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.240 std_dev=0.620
OP1 B 0, 0.837, 1.615, 2.393, 3.650 max_d=3.650 avg_d=1.615 std_dev=0.778
OP2 B 0, 1.127, 1.983, 2.840, 4.750 max_d=4.750 avg_d=1.983 std_dev=0.857

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.11 0.08 0.32 0.10
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.06 0.23 0.13 0.27 0.13
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07 0.13 0.10 0.13 0.08 0.12 0.04 0.01 0.03 0.01 0.19 0.26 0.54 0.32
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.02 0.17 0.12 0.17 0.14 0.18 0.14 0.10 0.02 0.01 0.01 0.20 0.22 0.30 0.20
C4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.03 0.24 0.13 0.27 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.15 0.02 0.00 0.01 0.14 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.13 0.02 0.29 0.15 0.25 0.15
C5' 0.05 0.10 0.10 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.12 0.09 0.15 0.14 0.09 0.05 0.11 0.02 0.01 0.21 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.15 0.03 0.30 0.16 0.25 0.16
C8 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.10 0.05 0.29 0.14 0.25 0.13
N1 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.04 0.27 0.15 0.26 0.15
N3 0.02 0.00 0.13 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.21 0.12 0.28 0.11
N6 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.18 0.03 0.32 0.18 0.24 0.18
N7 0.01 0.01 0.12 0.14 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.04 0.32 0.16 0.23 0.17
N9 0.00 0.01 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.01 0.22 0.11 0.28 0.10
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.13 0.15 0.21 0.05 0.21 0.21 0.16 0.09 0.25 0.25 0.11 0.00 0.07 0.11 0.10 0.23 0.60 0.30
O3' 0.11 0.14 0.03 0.01 0.09 0.02 0.13 0.11 0.15 0.10 0.15 0.12 0.18 0.14 0.05 0.07 0.00 0.08 0.18 0.28 0.25 0.18
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.11 0.08 0.00 0.16 0.17 0.23 0.11
O5' 0.11 0.23 0.19 0.20 0.24 0.01 0.29 0.01 0.30 0.29 0.27 0.21 0.32 0.32 0.22 0.10 0.18 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.13 0.26 0.22 0.13 0.14 0.15 0.21 0.16 0.14 0.15 0.12 0.18 0.16 0.11 0.23 0.28 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.27 0.54 0.30 0.27 0.23 0.25 0.22 0.25 0.25 0.26 0.28 0.24 0.23 0.28 0.60 0.25 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.32 0.20 0.12 0.04 0.15 0.01 0.16 0.13 0.15 0.11 0.18 0.17 0.10 0.30 0.18 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.27 0.15 0.10 0.25 0.10 0.20 0.13 0.15 0.14 0.31 0.30 0.38 0.29 0.12 0.11 0.42 0.57 0.59 0.45
C2 0.14 0.19 0.16 0.13 0.25 0.14 0.26 0.22 0.19 0.13 0.22 0.35 0.28 0.26 0.13 0.13 0.52 0.71 0.97 0.62
C2' 0.17 0.28 0.19 0.24 0.26 0.23 0.22 0.30 0.18 0.17 0.32 0.31 0.39 0.29 0.26 0.19 0.51 0.73 0.70 0.56
C3' 0.13 0.26 0.16 0.16 0.23 0.15 0.18 0.19 0.15 0.14 0.29 0.28 0.38 0.29 0.20 0.13 0.40 0.67 0.53 0.44
C4 0.13 0.23 0.15 0.12 0.24 0.13 0.22 0.20 0.16 0.12 0.27 0.30 0.32 0.25 0.13 0.12 0.51 0.67 0.84 0.57
C4' 0.15 0.27 0.15 0.10 0.22 0.11 0.16 0.10 0.14 0.15 0.29 0.25 0.39 0.29 0.12 0.12 0.32 0.52 0.36 0.33
C5 0.15 0.22 0.17 0.16 0.18 0.18 0.21 0.26 0.18 0.14 0.25 0.23 0.30 0.24 0.15 0.17 0.55 0.72 0.94 0.63
C5' 0.26 0.33 0.26 0.18 0.23 0.19 0.18 0.15 0.18 0.23 0.32 0.25 0.45 0.37 0.17 0.22 0.30 0.52 0.29 0.29
C6 0.16 0.21 0.18 0.17 0.16 0.20 0.22 0.29 0.19 0.15 0.22 0.20 0.28 0.23 0.16 0.19 0.57 0.75 1.05 0.68
C8 0.17 0.29 0.19 0.15 0.21 0.17 0.19 0.22 0.17 0.18 0.29 0.23 0.37 0.25 0.14 0.17 0.50 0.65 0.70 0.53
N1 0.15 0.19 0.17 0.15 0.19 0.17 0.25 0.26 0.20 0.14 0.21 0.27 0.28 0.24 0.14 0.16 0.55 0.74 1.04 0.66
N3 0.13 0.20 0.15 0.12 0.27 0.11 0.25 0.18 0.17 0.12 0.26 0.36 0.30 0.26 0.12 0.11 0.50 0.67 0.87 0.57
N6 0.19 0.23 0.20 0.19 0.16 0.25 0.21 0.34 0.22 0.18 0.25 0.19 0.28 0.23 0.18 0.24 0.59 0.80 1.13 0.72
N7 0.19 0.26 0.20 0.19 0.19 0.22 0.19 0.28 0.19 0.18 0.26 0.21 0.32 0.24 0.17 0.22 0.56 0.72 0.87 0.62
N9 0.13 0.26 0.15 0.11 0.24 0.11 0.20 0.17 0.15 0.13 0.30 0.28 0.37 0.26 0.12 0.11 0.47 0.63 0.71 0.51
O2' 0.18 0.28 0.16 0.20 0.29 0.19 0.25 0.29 0.20 0.17 0.33 0.36 0.40 0.32 0.20 0.17 0.52 0.75 0.75 0.60
O3' 0.14 0.28 0.15 0.15 0.24 0.14 0.18 0.19 0.15 0.14 0.31 0.29 0.40 0.29 0.18 0.13 0.38 0.71 0.52 0.43
O4' 0.15 0.26 0.16 0.14 0.23 0.14 0.18 0.13 0.16 0.14 0.29 0.27 0.37 0.30 0.17 0.13 0.35 0.48 0.41 0.35
O5' 0.16 0.26 0.18 0.10 0.23 0.08 0.23 0.11 0.22 0.18 0.26 0.24 0.36 0.27 0.02 0.12 0.35 0.61 0.37 0.36
OP1 0.07 0.16 0.10 0.02 0.11 0.06 0.16 0.14 0.15 0.06 0.15 0.13 0.28 0.19 0.02 0.04 0.28 0.72 0.34 0.31
OP2 0.12 0.25 0.15 0.07 0.28 0.12 0.31 0.22 0.28 0.19 0.28 0.31 0.31 0.15 0.02 0.10 0.46 0.87 0.41 0.47
P 0.05 0.15 0.09 0.01 0.13 0.05 0.17 0.11 0.17 0.07 0.15 0.15 0.25 0.15 0.00 0.02 0.32 0.67 0.30 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.12 0.40 0.27 0.18
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.28 0.58 0.55 0.36
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.14 0.00 0.02 0.01 0.17 0.30 0.18 0.18
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.05 0.08 0.08 0.13 0.02 0.01 0.01 0.22 0.33 0.11 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.43 0.74 0.84 0.54
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.16 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.45 0.75 0.84 0.56
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.18 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.39 0.66 0.65 0.46
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.28 0.55 0.49 0.34
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.36 0.66 0.71 0.46
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.46 0.78 0.95 0.60
O2 0.03 0.01 0.14 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.05 0.21 0.51 0.46 0.29
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.09 0.06 0.14 0.00 0.05 0.05 0.06 0.22 0.15 0.08
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.03 0.12 0.04 0.09 0.09 0.17 0.05 0.00 0.02 0.18 0.42 0.21 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.05 0.38 0.28 0.14
O5' 0.12 0.28 0.17 0.22 0.43 0.02 0.45 0.01 0.39 0.28 0.36 0.46 0.21 0.06 0.18 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.58 0.30 0.33 0.74 0.16 0.75 0.18 0.66 0.55 0.66 0.78 0.51 0.22 0.42 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.55 0.18 0.11 0.84 0.22 0.84 0.32 0.65 0.49 0.71 0.95 0.46 0.15 0.21 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.18 0.19 0.54 0.05 0.56 0.02 0.46 0.34 0.46 0.60 0.29 0.08 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00