ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52864

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 4, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.003, 0.014, 0.030, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.018, 0.036, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.028, 0.050, 0.072, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.033, 0.059, 0.085, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.059 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.048, 0.173, 0.298, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.173 std_dev=0.125
C2' A 0, 0.071, 0.211, 0.351, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.211 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.123, 0.268, 0.412, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.268 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.093, 0.319, 0.545, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.319 std_dev=0.226
C4' A 0, 0.077, 0.311, 0.546, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.311 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.286, 0.583, 0.880, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.583 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.266, 0.567, 0.867, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.567 std_dev=0.300
O3' A 0, 0.137, 0.445, 0.753, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.445 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.214, 0.524, 0.833, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.524 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.302, 0.620, 0.937, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.620 std_dev=0.318
N1 B 0, 0.292, 0.612, 0.933, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.612 std_dev=0.321
C5 B 0, 0.191, 0.514, 0.837, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.514 std_dev=0.323
N4 B 0, 0.191, 0.579, 0.968, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.579 std_dev=0.389
O2 B 0, 0.336, 0.733, 1.130, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.733 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.312, 0.717, 1.122, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.717 std_dev=0.405
C5' A 0, 0.153, 0.566, 0.979, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.566 std_dev=0.413
C1' B 0, 0.336, 0.752, 1.169, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.752 std_dev=0.417
C3' B 0, 0.291, 0.780, 1.270, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.780 std_dev=0.489
O5' A 0, 0.162, 0.661, 1.161, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.661 std_dev=0.500
O4' B 0, 0.389, 0.903, 1.416, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.903 std_dev=0.514
O2' B 0, 0.386, 0.930, 1.474, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.930 std_dev=0.544
O5' B 0, 0.374, 0.933, 1.491, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.933 std_dev=0.559
C4' B 0, 0.402, 0.987, 1.573, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.987 std_dev=0.585
P B 0, 0.400, 1.030, 1.660, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.030 std_dev=0.630
O3' B 0, 0.328, 0.971, 1.614, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.971 std_dev=0.643
P A 0, 0.287, 0.950, 1.613, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.950 std_dev=0.663
C5' B 0, 0.446, 1.112, 1.778, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.112 std_dev=0.666
OP2 A 0, 0.298, 0.981, 1.665, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.981 std_dev=0.684
OP2 B 0, 0.356, 1.102, 1.849, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.102 std_dev=0.747
OP1 B 0, 0.484, 1.336, 2.189, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.336 std_dev=0.852
OP1 A 0, 0.390, 1.286, 2.182, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.286 std_dev=0.896

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.16 0.08
C2 0.04 0.00 0.16 0.25 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.30 0.04 0.33 0.35 0.43 0.34
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.13 0.16 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.07 0.10
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.16 0.00 0.14 0.01 0.18 0.06 0.24 0.23 0.17 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.20 0.22 0.05 0.14
C4 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.02 0.28 0.29 0.36 0.28
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12 0.10 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.33 0.36 0.45 0.35
C5' 0.03 0.20 0.01 0.01 0.17 0.00 0.21 0.00 0.23 0.17 0.23 0.17 0.25 0.21 0.12 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.22 0.02 0.36 0.42 0.51 0.40
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.25 0.25 0.32 0.26
N1 0.03 0.00 0.13 0.24 0.01 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.29 0.03 0.36 0.41 0.50 0.39
N3 0.04 0.00 0.16 0.23 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.26 0.04 0.29 0.29 0.36 0.28
N6 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.21 0.02 0.37 0.47 0.56 0.43
N7 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.31 0.35 0.44 0.35
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.21 0.20 0.27 0.21
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.10 0.10 0.07 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.10 0.10 0.04
O3' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.17 0.02 0.16 0.03 0.22 0.06 0.29 0.26 0.21 0.09 0.06 0.03 0.00 0.02 0.19 0.26 0.10 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.18 0.07
O5' 0.08 0.33 0.14 0.20 0.28 0.01 0.33 0.01 0.36 0.25 0.36 0.29 0.37 0.31 0.21 0.04 0.19 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.35 0.16 0.22 0.29 0.08 0.36 0.10 0.42 0.25 0.41 0.29 0.47 0.35 0.20 0.10 0.26 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.43 0.07 0.05 0.36 0.15 0.45 0.20 0.51 0.32 0.50 0.36 0.56 0.44 0.27 0.10 0.10 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.34 0.10 0.14 0.28 0.02 0.35 0.01 0.40 0.26 0.39 0.28 0.43 0.35 0.21 0.04 0.16 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.23 0.16 0.12 0.25 0.14 0.20 0.13 0.16 0.16 0.27 0.29 0.27 0.27 0.14 0.16 0.26 0.32 0.40 0.25
C2 0.17 0.15 0.17 0.20 0.17 0.18 0.22 0.26 0.17 0.14 0.11 0.24 0.24 0.24 0.25 0.16 0.36 0.38 0.55 0.34
C2' 0.14 0.22 0.12 0.11 0.25 0.11 0.20 0.13 0.15 0.14 0.27 0.30 0.28 0.24 0.15 0.12 0.30 0.44 0.48 0.33
C3' 0.08 0.17 0.10 0.15 0.19 0.13 0.16 0.17 0.11 0.09 0.21 0.24 0.23 0.22 0.20 0.09 0.33 0.54 0.50 0.38
C4 0.17 0.15 0.18 0.20 0.20 0.18 0.21 0.24 0.17 0.15 0.15 0.26 0.21 0.25 0.23 0.17 0.32 0.35 0.49 0.30
C4' 0.07 0.17 0.07 0.10 0.18 0.10 0.15 0.10 0.11 0.08 0.20 0.21 0.23 0.21 0.15 0.07 0.26 0.44 0.38 0.29
C5 0.17 0.16 0.20 0.23 0.15 0.22 0.19 0.30 0.17 0.14 0.14 0.23 0.23 0.24 0.28 0.19 0.37 0.39 0.54 0.35
C5' 0.14 0.17 0.14 0.15 0.17 0.18 0.17 0.17 0.14 0.12 0.18 0.20 0.23 0.24 0.20 0.15 0.26 0.50 0.35 0.30
C6 0.16 0.17 0.19 0.24 0.12 0.23 0.18 0.33 0.17 0.14 0.17 0.19 0.26 0.23 0.29 0.18 0.41 0.44 0.61 0.40
C8 0.21 0.20 0.23 0.22 0.21 0.22 0.20 0.25 0.17 0.19 0.20 0.24 0.24 0.27 0.24 0.22 0.31 0.33 0.45 0.28
N1 0.16 0.17 0.18 0.22 0.12 0.21 0.20 0.31 0.17 0.14 0.13 0.19 0.26 0.23 0.28 0.17 0.39 0.43 0.60 0.39
N3 0.17 0.15 0.17 0.18 0.21 0.17 0.22 0.22 0.17 0.15 0.14 0.28 0.22 0.25 0.22 0.17 0.32 0.34 0.49 0.30
N6 0.16 0.21 0.20 0.26 0.15 0.26 0.16 0.38 0.16 0.14 0.24 0.25 0.28 0.22 0.32 0.19 0.45 0.51 0.68 0.46
N7 0.20 0.18 0.23 0.26 0.19 0.26 0.18 0.33 0.18 0.17 0.18 0.25 0.22 0.25 0.29 0.23 0.37 0.39 0.52 0.34
N9 0.18 0.19 0.19 0.18 0.23 0.17 0.21 0.20 0.17 0.17 0.21 0.27 0.23 0.26 0.20 0.18 0.29 0.32 0.43 0.26
O2' 0.19 0.26 0.14 0.10 0.29 0.13 0.22 0.11 0.17 0.18 0.32 0.35 0.32 0.27 0.13 0.17 0.25 0.38 0.43 0.28
O3' 0.08 0.17 0.09 0.16 0.19 0.15 0.15 0.19 0.11 0.09 0.22 0.25 0.23 0.22 0.22 0.09 0.34 0.60 0.52 0.41
O4' 0.10 0.18 0.11 0.10 0.20 0.11 0.17 0.10 0.12 0.10 0.21 0.23 0.23 0.25 0.14 0.10 0.26 0.35 0.37 0.26
O5' 0.12 0.18 0.14 0.06 0.22 0.06 0.19 0.08 0.15 0.13 0.21 0.26 0.21 0.25 0.02 0.09 0.31 0.57 0.40 0.36
OP1 0.07 0.12 0.10 0.02 0.21 0.05 0.23 0.11 0.18 0.08 0.16 0.26 0.17 0.18 0.02 0.04 0.26 0.66 0.32 0.35
OP2 0.13 0.25 0.16 0.07 0.39 0.08 0.39 0.19 0.31 0.23 0.33 0.44 0.21 0.17 0.02 0.10 0.40 0.75 0.46 0.47
P 0.06 0.13 0.09 0.01 0.23 0.04 0.24 0.11 0.19 0.11 0.18 0.27 0.13 0.15 0.00 0.02 0.29 0.63 0.34 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.22 0.20 0.19 0.17
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.04 0.43 0.31 0.49 0.37
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.05 0.07 0.10 0.00 0.02 0.00 0.18 0.23 0.19 0.15
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.02 0.21 0.35 0.20 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.63 0.49 0.80 0.59
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.17 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.03 0.67 0.52 0.81 0.61
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.15 0.08 0.12 0.18 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.29 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.03 0.59 0.43 0.60 0.49
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.42 0.31 0.43 0.34
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.53 0.39 0.66 0.48
N4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.04 0.67 0.55 0.92 0.66
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.05 0.33 0.25 0.38 0.29
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.10 0.00 0.05 0.03 0.04 0.16 0.10 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.03 0.14 0.06 0.10 0.16 0.10 0.05 0.00 0.02 0.20 0.46 0.23 0.24
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.19 0.24 0.13 0.18
O5' 0.22 0.43 0.18 0.21 0.63 0.01 0.67 0.01 0.59 0.42 0.53 0.67 0.33 0.04 0.20 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.31 0.23 0.35 0.49 0.17 0.52 0.29 0.43 0.31 0.39 0.55 0.25 0.16 0.46 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.49 0.19 0.20 0.80 0.15 0.81 0.26 0.60 0.43 0.66 0.92 0.38 0.10 0.23 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.37 0.15 0.19 0.59 0.02 0.61 0.01 0.49 0.34 0.48 0.66 0.29 0.06 0.24 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00