Doublet Group distance statistics: 52865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 5, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N6	A	0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O4'	A	0, -0.063, 0.191, 0.444, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.191 std_dev=0.253
C5	B	0, 0.468, 0.722, 0.975, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.722 std_dev=0.253
C4	B	0, 0.365, 0.619, 0.873, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.619 std_dev=0.254
N1	B	0, 0.542, 0.799, 1.057, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.799 std_dev=0.257
C2	B	0, 0.527, 0.792, 1.058, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.792 std_dev=0.265
N3	B	0, 0.417, 0.691, 0.964, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.691 std_dev=0.273
C2'	A	0, -0.038, 0.240, 0.519, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.240 std_dev=0.278
C6	B	0, 0.488, 0.777, 1.066, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.777 std_dev=0.289
P	A	0, 0.327, 0.684, 1.042, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.684 std_dev=0.357
O5'	A	0, 0.146, 0.518, 0.891, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.518 std_dev=0.373
C1'	B	0, 0.618, 1.017, 1.416, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.017 std_dev=0.399
O2	B	0, 0.614, 1.016, 1.418, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.016 std_dev=0.402
OP1	A	0, 0.604, 1.025, 1.445, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.025 std_dev=0.421
O4'	B	0, 0.663, 1.091, 1.519, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.091 std_dev=0.428
C4'	A	0, -0.053, 0.386, 0.825, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.386 std_dev=0.439
O2'	A	0, -0.021, 0.429, 0.879, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.429 std_dev=0.450
N4	B	0, 0.179, 0.633, 1.086, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.633 std_dev=0.454
C5'	A	0, 0.074, 0.543, 1.011, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.543 std_dev=0.469
C3'	A	0, -0.128, 0.397, 0.922, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.397 std_dev=0.525
C2'	B	0, 0.527, 1.152, 1.776, 2.905 max_d=2.905 avg_d=1.152 std_dev=0.625
C4'	B	0, 0.589, 1.275, 1.962, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.275 std_dev=0.687
OP2	A	0, 0.335, 1.023, 1.711, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.023 std_dev=0.688
C3'	B	0, 0.473, 1.229, 1.985, 3.457 max_d=3.457 avg_d=1.229 std_dev=0.756
C5'	B	0, 0.545, 1.333, 2.121, 3.595 max_d=3.595 avg_d=1.333 std_dev=0.788
O2'	B	0, 0.480, 1.348, 2.216, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.348 std_dev=0.868
O3'	A	0, -0.235, 0.650, 1.535, 2.938 max_d=2.938 avg_d=0.650 std_dev=0.885
O3'	B	0, 0.402, 1.464, 2.526, 4.637 max_d=4.637 avg_d=1.464 std_dev=1.062
O5'	B	0, 0.509, 1.587, 2.664, 4.625 max_d=4.625 avg_d=1.587 std_dev=1.077
P	B	0, 0.521, 1.716, 2.912, 5.040 max_d=5.040 avg_d=1.716 std_dev=1.196
OP2	B	0, 0.315, 1.560, 2.805, 5.112 max_d=5.112 avg_d=1.560 std_dev=1.245
OP1	B	0, 0.584, 1.992, 3.400, 5.903 max_d=5.903 avg_d=1.992 std_dev=1.408

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.00	0.09	0.20	0.72	0.28
C2	0.02	0.00	0.20	0.22	0.01	0.04	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.17	0.11	0.08	0.24	0.25	0.75	0.13
C2'	0.00	0.20	0.00	0.00	0.10	0.01	0.06	0.13	0.10	0.10	0.16	0.19	0.08	0.05	0.02	0.00	0.02	0.01	0.26	0.46	0.87	0.51
C3'	0.01	0.22	0.00	0.00	0.22	0.00	0.28	0.01	0.30	0.24	0.27	0.18	0.33	0.29	0.18	0.01	0.01	0.01	0.07	0.20	0.40	0.19
C4	0.01	0.01	0.10	0.22	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.18	0.06	0.05	0.24	0.26	0.76	0.14
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.09	0.11	0.06	0.03	0.11	0.12	0.07	0.22	0.02	0.00	0.01	0.14	0.28	0.10
C5	0.01	0.01	0.06	0.28	0.00	0.09	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.23	0.12	0.04	0.33	0.33	0.74	0.07
C5'	0.04	0.04	0.13	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.10	0.11	0.06	0.02	0.13	0.13	0.05	0.08	0.14	0.01	0.01	0.18	0.20	0.02
C6	0.01	0.00	0.10	0.30	0.00	0.09	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.24	0.13	0.05	0.35	0.35	0.72	0.06
C8	0.01	0.01	0.10	0.24	0.00	0.11	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.22	0.15	0.03	0.32	0.31	0.75	0.11
N1	0.02	0.00	0.16	0.27	0.01	0.06	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.21	0.09	0.07	0.30	0.30	0.74	0.08
N3	0.02	0.00	0.19	0.18	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.15	0.14	0.08	0.19	0.23	0.76	0.17
N6	0.01	0.00	0.08	0.33	0.01	0.11	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.26	0.19	0.04	0.40	0.41	0.67	0.08
N7	0.01	0.01	0.05	0.29	0.00	0.12	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.25	0.19	0.01	0.38	0.38	0.71	0.06
N9	0.00	0.02	0.02	0.18	0.00	0.07	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.16	0.04	0.01	0.21	0.24	0.77	0.18
O2'	0.01	0.17	0.00	0.01	0.18	0.22	0.23	0.08	0.24	0.22	0.21	0.15	0.26	0.25	0.16	0.00	0.03	0.16	0.19	0.47	0.84	0.48
O3'	0.20	0.11	0.02	0.01	0.06	0.02	0.12	0.14	0.13	0.15	0.09	0.14	0.19	0.19	0.04	0.03	0.00	0.14	0.14	0.11	0.46	0.20
O4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.05	0.00	0.04	0.01	0.05	0.03	0.07	0.08	0.04	0.01	0.01	0.16	0.14	0.00	0.13	0.26	0.45	0.16
O5'	0.09	0.24	0.26	0.07	0.24	0.01	0.33	0.01	0.35	0.32	0.30	0.19	0.40	0.38	0.21	0.19	0.14	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.20	0.25	0.46	0.20	0.26	0.14	0.33	0.18	0.35	0.31	0.30	0.23	0.41	0.38	0.24	0.47	0.11	0.26	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.72	0.75	0.87	0.40	0.76	0.28	0.74	0.20	0.72	0.75	0.74	0.76	0.67	0.71	0.77	0.84	0.46	0.45	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.28	0.13	0.51	0.19	0.14	0.10	0.07	0.02	0.06	0.11	0.08	0.17	0.08	0.06	0.18	0.48	0.20	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.15	0.16	0.16	0.15	0.33	0.13	0.31	0.14	0.23	0.17	0.25	0.42	0.21	0.24	0.19	0.13	0.45	0.38	0.32	0.39
C2	0.22	0.22	0.24	0.32	0.18	0.29	0.31	0.30	0.30	0.21	0.24	0.16	0.30	0.22	0.38	0.24	0.86	0.82	0.75	0.80
C2'	0.16	0.16	0.12	0.10	0.23	0.10	0.24	0.11	0.21	0.17	0.19	0.28	0.19	0.17	0.13	0.14	0.49	0.41	0.31	0.40
C3'	0.11	0.17	0.21	0.33	0.27	0.24	0.20	0.34	0.13	0.11	0.27	0.37	0.20	0.26	0.42	0.12	0.21	0.14	0.14	0.14
C4	0.19	0.17	0.17	0.16	0.19	0.15	0.26	0.12	0.24	0.19	0.16	0.21	0.27	0.19	0.18	0.17	0.63	0.55	0.45	0.54
C4'	0.16	0.35	0.15	0.26	0.50	0.15	0.41	0.22	0.30	0.26	0.49	0.61	0.31	0.23	0.41	0.12	0.32	0.22	0.20	0.26
C5	0.23	0.19	0.26	0.23	0.12	0.19	0.18	0.13	0.22	0.20	0.19	0.13	0.26	0.28	0.29	0.19	0.64	0.54	0.38	0.51
C5'	0.20	0.41	0.18	0.34	0.49	0.21	0.37	0.32	0.29	0.29	0.53	0.57	0.43	0.23	0.52	0.13	0.24	0.20	0.20	0.19
C6	0.26	0.21	0.35	0.40	0.18	0.32	0.16	0.26	0.25	0.21	0.27	0.25	0.26	0.36	0.49	0.25	0.82	0.72	0.55	0.69
C8	0.19	0.20	0.16	0.14	0.19	0.12	0.18	0.18	0.17	0.18	0.21	0.22	0.27	0.22	0.14	0.14	0.39	0.30	0.21	0.28
N1	0.25	0.22	0.32	0.42	0.19	0.36	0.24	0.35	0.29	0.22	0.29	0.26	0.28	0.30	0.51	0.27	0.92	0.86	0.75	0.83
N3	0.19	0.19	0.17	0.20	0.22	0.20	0.32	0.19	0.28	0.19	0.17	0.24	0.29	0.18	0.23	0.19	0.73	0.68	0.61	0.67
N6	0.30	0.21	0.46	0.54	0.28	0.41	0.14	0.32	0.21	0.20	0.30	0.39	0.23	0.48	0.67	0.28	0.88	0.76	0.51	0.70
N7	0.23	0.21	0.25	0.14	0.13	0.13	0.13	0.13	0.17	0.19	0.19	0.14	0.27	0.32	0.17	0.16	0.46	0.35	0.22	0.33
N9	0.17	0.17	0.14	0.11	0.25	0.11	0.26	0.12	0.22	0.17	0.20	0.30	0.24	0.20	0.12	0.14	0.48	0.40	0.31	0.40
O2'	0.20	0.18	0.16	0.17	0.34	0.18	0.40	0.17	0.33	0.23	0.22	0.41	0.24	0.20	0.19	0.20	0.68	0.66	0.60	0.65
O3'	0.21	0.40	0.12	0.21	0.59	0.12	0.49	0.19	0.36	0.32	0.56	0.73	0.35	0.21	0.36	0.16	0.40	0.24	0.25	0.33
O4'	0.16	0.32	0.15	0.21	0.53	0.13	0.45	0.15	0.34	0.27	0.49	0.64	0.25	0.25	0.33	0.14	0.40	0.32	0.29	0.35
O5'	0.26	0.20	0.37	0.57	0.17	0.47	0.15	0.62	0.20	0.20	0.23	0.23	0.27	0.38	0.69	0.31	0.20	0.35	0.41	0.29
OP1	0.59	0.40	0.76	1.01	0.31	0.91	0.38	1.06	0.48	0.48	0.33	0.28	0.44	0.74	1.20	0.70	0.67	0.83	0.85	0.75
OP2	0.67	0.85	0.53	0.31	0.92	0.35	0.83	0.22	0.75	0.76	0.94	0.98	0.84	0.57	0.20	0.54	0.65	0.50	0.51	0.56
P	0.23	0.39	0.18	0.37	0.36	0.28	0.23	0.46	0.18	0.25	0.45	0.42	0.48	0.26	0.55	0.16	0.09	0.27	0.32	0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.10	0.10	0.20	0.05
C2	0.02	0.00	0.05	0.06	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.07	0.04	0.27	0.19	0.11	0.17
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.05	0.01	0.09	0.02	0.10	0.03	0.04	0.05	0.11	0.00	0.01	0.01	0.19	0.19	0.10	0.12
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.09	0.00	0.14	0.03	0.15	0.05	0.06	0.10	0.11	0.01	0.00	0.01	0.26	0.24	0.06	0.18
C4	0.02	0.00	0.05	0.09	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.11	0.03	0.39	0.28	0.17	0.28
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.07	0.02	0.03	0.05	0.03	0.04	0.03	0.00	0.01	0.09	0.24	0.02
C5	0.02	0.01	0.09	0.14	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.17	0.02	0.41	0.28	0.17	0.28
C5'	0.02	0.04	0.02	0.03	0.06	0.00	0.07	0.00	0.07	0.03	0.05	0.07	0.05	0.03	0.05	0.01	0.00	0.11	0.29	0.01
C6	0.02	0.01	0.10	0.15	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.07	0.16	0.02	0.35	0.23	0.13	0.21
N1	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.25	0.17	0.13	0.13
N3	0.02	0.00	0.04	0.06	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.08	0.04	0.33	0.23	0.12	0.23
N4	0.02	0.00	0.05	0.10	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.13	0.03	0.43	0.31	0.23	0.32
O2	0.02	0.01	0.11	0.11	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.11	0.14	0.05	0.21	0.16	0.12	0.13
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.03	0.04	0.06	0.03	0.07	0.02	0.04	0.03	0.11	0.00	0.02	0.03	0.09	0.14	0.14	0.07
O3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.11	0.03	0.17	0.05	0.16	0.05	0.08	0.13	0.14	0.02	0.00	0.02	0.21	0.26	0.04	0.18
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.04	0.03	0.05	0.03	0.02	0.00	0.06	0.04	0.30	0.08
O5'	0.10	0.27	0.19	0.26	0.39	0.01	0.41	0.00	0.35	0.25	0.33	0.43	0.21	0.09	0.21	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.10	0.19	0.19	0.24	0.28	0.09	0.28	0.11	0.23	0.17	0.23	0.31	0.16	0.14	0.26	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.20	0.11	0.10	0.06	0.17	0.24	0.17	0.29	0.13	0.13	0.12	0.23	0.12	0.14	0.04	0.30	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.17	0.12	0.18	0.28	0.02	0.28	0.01	0.21	0.13	0.23	0.32	0.13	0.07	0.18	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00