ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52866

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 4, 1, 0, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.019, 0.034, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.025, 0.047, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.047 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.029, 0.056, 0.082, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.056 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.041, 0.082, 0.122, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.082 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.038, 0.080, 0.121, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.080 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.048, 0.095, 0.141, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.095 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.161, 0.351, 0.542, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.351 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.035, 0.246, 0.458, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.246 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.259, 0.485, 0.711, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.485 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.281, 0.507, 0.734, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.507 std_dev=0.226
O2' A 0, 0.253, 0.509, 0.765, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.509 std_dev=0.256
C6 B 0, 0.299, 0.556, 0.812, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.556 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.311, 0.574, 0.836, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.574 std_dev=0.262
N3 B 0, 0.229, 0.492, 0.755, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.492 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.259, 0.528, 0.796, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.528 std_dev=0.269
C3' A 0, 0.243, 0.544, 0.845, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.544 std_dev=0.301
C4' A 0, 0.048, 0.356, 0.663, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.356 std_dev=0.308
N4 B 0, 0.353, 0.664, 0.975, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.664 std_dev=0.311
O2 B 0, 0.334, 0.677, 1.020, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.677 std_dev=0.343
C1' B 0, 0.387, 0.779, 1.171, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.779 std_dev=0.392
O4' B 0, 0.418, 0.832, 1.246, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.832 std_dev=0.414
O3' A 0, 0.433, 0.877, 1.320, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.877 std_dev=0.443
O5' A 0, 0.199, 0.646, 1.093, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.646 std_dev=0.447
C2' B 0, 0.475, 0.954, 1.434, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.954 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.190, 0.680, 1.169, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.680 std_dev=0.489
P A 0, 0.462, 1.001, 1.540, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.001 std_dev=0.539
C4' B 0, 0.406, 0.950, 1.494, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.950 std_dev=0.544
C3' B 0, 0.426, 0.973, 1.521, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.973 std_dev=0.548
O2' B 0, 0.623, 1.215, 1.806, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.215 std_dev=0.591
O5' B 0, 0.485, 1.109, 1.733, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.109 std_dev=0.624
C5' B 0, 0.439, 1.088, 1.737, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.088 std_dev=0.649
OP2 A 0, 0.541, 1.217, 1.894, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.217 std_dev=0.676
O3' B 0, 0.512, 1.191, 1.870, 2.920 max_d=2.920 avg_d=1.191 std_dev=0.679
P B 0, 0.657, 1.420, 2.182, 2.847 max_d=2.847 avg_d=1.420 std_dev=0.763
OP2 B 0, 0.847, 1.619, 2.390, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.619 std_dev=0.772
OP1 A 0, 0.584, 1.389, 2.194, 3.309 max_d=3.309 avg_d=1.389 std_dev=0.805
OP1 B 0, 0.753, 1.652, 2.550, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.652 std_dev=0.898

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.12 0.22 0.55 0.29
C2 0.05 0.00 0.19 0.19 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.22 0.25 0.08 0.26 0.20 0.56 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.07 0.13 0.13 0.20 0.07 0.10 0.04 0.01 0.02 0.01 0.19 0.16 0.39 0.09
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.12 0.23 0.14 0.19 0.15 0.21 0.10 0.03 0.01 0.02 0.28 0.31 0.33 0.16
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.12 0.05 0.28 0.21 0.55 0.22
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.03 0.07 0.09 0.12 0.05 0.07 0.02 0.01 0.04 0.19 0.39 0.16
C5 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.15 0.04 0.37 0.31 0.58 0.28
C5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.10 0.07 0.19 0.21 0.10 0.08 0.05 0.02 0.02 0.20 0.27 0.03
C6 0.03 0.03 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.16 0.05 0.38 0.33 0.60 0.30
C8 0.02 0.02 0.13 0.23 0.01 0.13 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.26 0.06 0.39 0.29 0.56 0.27
N1 0.04 0.01 0.13 0.14 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.18 0.19 0.06 0.32 0.26 0.58 0.25
N3 0.05 0.01 0.20 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.23 0.08 0.22 0.18 0.55 0.22
N6 0.03 0.03 0.07 0.15 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.20 0.05 0.44 0.43 0.64 0.38
N7 0.01 0.02 0.10 0.21 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.25 0.05 0.43 0.38 0.59 0.34
N9 0.00 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.26 0.19 0.55 0.22
O2' 0.03 0.22 0.01 0.03 0.11 0.07 0.08 0.08 0.12 0.08 0.18 0.22 0.10 0.07 0.04 0.00 0.05 0.05 0.10 0.22 0.42 0.19
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.05 0.16 0.26 0.19 0.23 0.20 0.25 0.10 0.05 0.00 0.02 0.29 0.47 0.36 0.27
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.16 0.33 0.63 0.41
O5' 0.12 0.26 0.19 0.28 0.28 0.04 0.37 0.02 0.38 0.39 0.32 0.22 0.44 0.43 0.26 0.10 0.29 0.16 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.22 0.20 0.16 0.31 0.21 0.19 0.31 0.20 0.33 0.29 0.26 0.18 0.43 0.38 0.19 0.22 0.47 0.33 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.56 0.39 0.33 0.55 0.39 0.58 0.27 0.60 0.56 0.58 0.55 0.64 0.59 0.55 0.42 0.36 0.63 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.22 0.09 0.16 0.22 0.16 0.28 0.03 0.30 0.27 0.25 0.22 0.38 0.34 0.22 0.19 0.27 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.16 0.33 0.45 0.23 0.41 0.27 0.45 0.25 0.19 0.20 0.28 0.26 0.39 0.55 0.30 0.42 0.48 0.42 0.39
C2 0.24 0.24 0.32 0.30 0.29 0.26 0.30 0.27 0.23 0.19 0.24 0.40 0.37 0.43 0.37 0.23 0.35 0.42 0.56 0.39
C2' 0.16 0.18 0.22 0.29 0.24 0.28 0.27 0.32 0.23 0.15 0.21 0.29 0.30 0.32 0.38 0.20 0.29 0.33 0.36 0.26
C3' 0.18 0.19 0.15 0.14 0.28 0.14 0.34 0.22 0.31 0.20 0.23 0.32 0.28 0.24 0.20 0.14 0.27 0.27 0.41 0.26
C4 0.19 0.19 0.28 0.29 0.25 0.26 0.29 0.30 0.23 0.16 0.20 0.32 0.32 0.36 0.35 0.22 0.35 0.41 0.50 0.37
C4' 0.19 0.26 0.15 0.16 0.26 0.15 0.28 0.25 0.25 0.21 0.27 0.29 0.35 0.27 0.32 0.10 0.24 0.33 0.30 0.22
C5 0.19 0.22 0.23 0.22 0.25 0.22 0.31 0.29 0.26 0.17 0.23 0.32 0.33 0.29 0.26 0.21 0.38 0.46 0.58 0.43
C5' 0.52 0.49 0.54 0.29 0.41 0.29 0.42 0.20 0.45 0.47 0.44 0.39 0.56 0.67 0.21 0.40 0.26 0.25 0.29 0.20
C6 0.21 0.25 0.24 0.22 0.28 0.22 0.34 0.30 0.27 0.20 0.27 0.37 0.36 0.31 0.25 0.22 0.40 0.51 0.65 0.49
C8 0.15 0.14 0.19 0.23 0.20 0.23 0.28 0.33 0.26 0.13 0.17 0.24 0.26 0.24 0.26 0.20 0.38 0.44 0.49 0.40
N1 0.22 0.26 0.28 0.24 0.30 0.22 0.33 0.27 0.25 0.20 0.26 0.41 0.38 0.37 0.29 0.22 0.38 0.47 0.63 0.45
N3 0.23 0.20 0.33 0.34 0.27 0.30 0.28 0.31 0.21 0.17 0.21 0.36 0.34 0.44 0.42 0.24 0.35 0.40 0.49 0.35
N6 0.21 0.26 0.22 0.22 0.29 0.24 0.36 0.35 0.30 0.22 0.28 0.37 0.34 0.27 0.24 0.25 0.46 0.60 0.75 0.58
N7 0.18 0.18 0.21 0.21 0.20 0.22 0.31 0.32 0.27 0.16 0.20 0.26 0.29 0.25 0.23 0.22 0.40 0.49 0.58 0.45
N9 0.17 0.14 0.25 0.32 0.23 0.29 0.28 0.35 0.24 0.14 0.18 0.28 0.28 0.31 0.38 0.22 0.37 0.43 0.46 0.36
O2' 0.35 0.33 0.40 0.44 0.31 0.44 0.32 0.45 0.31 0.31 0.32 0.34 0.43 0.50 0.52 0.38 0.41 0.43 0.38 0.36
O3' 0.18 0.18 0.16 0.17 0.28 0.17 0.36 0.25 0.33 0.20 0.22 0.33 0.28 0.23 0.20 0.16 0.32 0.30 0.46 0.31
O4' 0.10 0.21 0.15 0.40 0.22 0.33 0.22 0.43 0.20 0.12 0.24 0.26 0.34 0.24 0.57 0.17 0.40 0.51 0.40 0.39
O5' 0.36 0.40 0.39 0.18 0.46 0.12 0.49 0.19 0.48 0.41 0.42 0.47 0.39 0.41 0.03 0.22 0.28 0.30 0.28 0.22
OP1 0.06 0.15 0.13 0.06 0.28 0.21 0.31 0.39 0.25 0.12 0.22 0.33 0.19 0.24 0.02 0.15 0.36 0.52 0.43 0.41
OP2 0.20 0.41 0.20 0.14 0.45 0.26 0.40 0.44 0.32 0.29 0.46 0.50 0.45 0.15 0.04 0.24 0.36 0.37 0.27 0.28
P 0.08 0.20 0.14 0.03 0.28 0.12 0.31 0.27 0.27 0.16 0.25 0.32 0.24 0.17 0.01 0.06 0.25 0.31 0.26 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.11 0.12 0.23 0.10
C2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.14 0.04 0.23 0.22 0.37 0.25
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.03 0.11 0.08 0.22 0.01 0.02 0.01 0.17 0.21 0.22 0.14
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.12 0.01 0.17 0.04 0.18 0.07 0.11 0.13 0.18 0.02 0.01 0.02 0.23 0.26 0.23 0.19
C4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.03 0.34 0.37 0.51 0.37
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.07 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.14 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.04 0.37 0.40 0.51 0.39
C5' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.15 0.01 0.18 0.00 0.17 0.09 0.10 0.16 0.06 0.06 0.06 0.02 0.02 0.15 0.24 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.20 0.04 0.32 0.30 0.40 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.23 0.20 0.33 0.22
N3 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.03 0.28 0.29 0.45 0.31
N4 0.03 0.02 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.18 0.03 0.36 0.42 0.55 0.41
O2 0.05 0.01 0.22 0.18 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.25 0.07 0.19 0.17 0.34 0.20
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.13 0.09 0.24 0.00 0.06 0.05 0.10 0.21 0.20 0.11
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.16 0.04 0.21 0.06 0.20 0.07 0.15 0.18 0.25 0.06 0.00 0.03 0.22 0.31 0.29 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.11 0.13 0.23 0.12
O5' 0.11 0.23 0.17 0.23 0.34 0.03 0.37 0.02 0.32 0.23 0.28 0.36 0.19 0.10 0.22 0.11 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.12 0.22 0.21 0.26 0.37 0.14 0.40 0.15 0.30 0.20 0.29 0.42 0.17 0.21 0.31 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.37 0.22 0.23 0.51 0.20 0.51 0.24 0.40 0.33 0.45 0.55 0.34 0.20 0.29 0.23 0.05 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.25 0.14 0.19 0.37 0.04 0.39 0.03 0.31 0.22 0.31 0.41 0.20 0.11 0.22 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00