ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.016, 0.031, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.022, 0.038, 0.055, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.024, 0.041, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N3 B 0, 0.103, 0.194, 0.284, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.194 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.102, 0.194, 0.286, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.194 std_dev=0.092
N1 B 0, 0.159, 0.258, 0.357, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.258 std_dev=0.099
C4 B 0, 0.183, 0.286, 0.388, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.286 std_dev=0.103
C2 B 0, 0.098, 0.203, 0.308, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.203 std_dev=0.105
C1' B 0, 0.187, 0.297, 0.406, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.297 std_dev=0.110
C2' B 0, 0.190, 0.304, 0.417, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.304 std_dev=0.114
O4' B 0, 0.212, 0.326, 0.441, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.326 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.065, 0.182, 0.299, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.182 std_dev=0.117
P A 0, 0.180, 0.299, 0.418, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.299 std_dev=0.119
C6 B 0, 0.233, 0.353, 0.473, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.353 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.054, 0.177, 0.299, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.177 std_dev=0.122
C3' B 0, 0.233, 0.358, 0.482, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.358 std_dev=0.125
C5 B 0, 0.249, 0.378, 0.506, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.378 std_dev=0.129
N4 B 0, 0.242, 0.371, 0.501, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.371 std_dev=0.130
O2' B 0, 0.153, 0.285, 0.417, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.285 std_dev=0.132
OP1 A 0, 0.230, 0.362, 0.495, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.362 std_dev=0.133
OP1 B 0, 0.249, 0.381, 0.514, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.381 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.209, 0.344, 0.479, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.344 std_dev=0.135
O3' B 0, 0.246, 0.382, 0.517, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.382 std_dev=0.136
O2 B 0, 0.134, 0.282, 0.429, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.282 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.296, 0.451, 0.606, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.451 std_dev=0.155
C5' B 0, 0.249, 0.414, 0.580, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.414 std_dev=0.165
OP2 A 0, 0.289, 0.466, 0.643, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.466 std_dev=0.177
C5' A 0, 0.122, 0.310, 0.499, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.310 std_dev=0.188
P B 0, 0.223, 0.413, 0.603, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.413 std_dev=0.190
O5' A 0, 0.133, 0.340, 0.547, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.340 std_dev=0.207
O4' A 0, -0.029, 0.193, 0.416, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.193 std_dev=0.223
C2' A 0, -0.040, 0.202, 0.444, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.202 std_dev=0.242
OP2 B 0, 0.252, 0.516, 0.780, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.516 std_dev=0.264
O2' A 0, -0.047, 0.399, 0.845, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.399 std_dev=0.446

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.11 0.19 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.11 0.28 0.10 0.14 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.23 0.20 0.13 0.19
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.14 0.04 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.06 0.24 0.12 0.08 0.06
C4' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.19 0.08 0.06
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.03 0.24 0.11 0.09 0.07
C5' 0.03 0.23 0.10 0.02 0.15 0.00 0.14 0.00 0.17 0.07 0.21 0.21 0.16 0.10 0.09 0.06 0.10 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.26 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.05 0.17 0.14 0.05 0.03
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.08 0.28 0.09 0.15 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.12 0.26 0.12 0.10 0.08
N6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.25 0.08 0.13 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.09 0.03 0.20 0.11 0.06 0.04
N9 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.18 0.15 0.06 0.03
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.10 0.08 0.06 0.06 0.17 0.04 0.07 0.08 0.15 0.06 0.00 0.05 0.04 0.20 0.20 0.06 0.17
O3' 0.11 0.11 0.02 0.00 0.11 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.05 0.00 0.07 0.07 0.15 0.10 0.06
O4' 0.00 0.11 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.12 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.35 0.15 0.18
O5' 0.11 0.28 0.23 0.07 0.24 0.01 0.24 0.01 0.26 0.17 0.28 0.26 0.25 0.20 0.18 0.20 0.07 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.10 0.20 0.14 0.12 0.19 0.11 0.07 0.09 0.14 0.09 0.12 0.08 0.11 0.15 0.20 0.15 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.14 0.13 0.04 0.08 0.08 0.09 0.03 0.12 0.05 0.15 0.10 0.13 0.06 0.06 0.06 0.10 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.19 0.07 0.06 0.06 0.07 0.01 0.09 0.03 0.11 0.08 0.09 0.04 0.03 0.17 0.06 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.05 0.08 0.04 0.09 0.05 0.08 0.07 0.18 0.13 0.08
C2 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.05 0.06 0.09 0.05 0.11 0.06 0.05 0.11 0.13 0.04 0.04
C2' 0.17 0.17 0.14 0.17 0.19 0.18 0.19 0.23 0.18 0.17 0.18 0.20 0.17 0.13 0.15 0.19 0.27 0.12 0.15 0.18
C3' 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.07 0.06 0.12 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06 0.16 0.06 0.07 0.07
C4 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.09 0.06 0.06 0.11 0.14 0.07 0.05
C4' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.11 0.05 0.07 0.07 0.06 0.11 0.12 0.09 0.05
C5 0.05 0.03 0.06 0.08 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.13 0.14 0.06 0.04
C5' 0.14 0.11 0.16 0.18 0.10 0.15 0.12 0.19 0.14 0.13 0.11 0.11 0.12 0.16 0.19 0.13 0.21 0.08 0.10 0.11
C6 0.05 0.03 0.06 0.09 0.04 0.07 0.06 0.10 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.09 0.05 0.14 0.13 0.05 0.04
C8 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.11 0.15 0.10 0.06
N1 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.10 0.06 0.03 0.05 0.08 0.04 0.09 0.07 0.04 0.13 0.12 0.05 0.05
N3 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.05 0.10 0.06 0.07 0.10 0.14 0.05 0.04
N6 0.07 0.04 0.09 0.12 0.04 0.09 0.06 0.11 0.07 0.06 0.04 0.06 0.06 0.08 0.11 0.07 0.15 0.13 0.06 0.05
N7 0.06 0.05 0.07 0.08 0.04 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06 0.13 0.14 0.08 0.04
N9 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.06 0.10 0.16 0.09 0.06
O2' 0.21 0.27 0.15 0.14 0.28 0.19 0.22 0.22 0.20 0.23 0.30 0.33 0.29 0.15 0.12 0.22 0.25 0.13 0.17 0.17
O3' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.13 0.09 0.08 0.04
O4' 0.12 0.14 0.07 0.05 0.19 0.08 0.17 0.08 0.14 0.13 0.17 0.24 0.13 0.09 0.05 0.13 0.09 0.26 0.20 0.15
O5' 0.22 0.21 0.24 0.24 0.22 0.22 0.23 0.23 0.22 0.22 0.21 0.21 0.21 0.24 0.25 0.19 0.25 0.10 0.12 0.12
OP1 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.11 0.06 0.15 0.06 0.05 0.08 0.12 0.06 0.07 0.10 0.08 0.19 0.14 0.15 0.14
OP2 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.14 0.11 0.18 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.15 0.14 0.20 0.13 0.13 0.14
P 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.16 0.06 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.17 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.19 0.13 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.17 0.06 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.12 0.16 0.11 0.07
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.13 0.16 0.10 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.12 0.17 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.18 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.17 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.12 0.14 0.11 0.07
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.20 0.15 0.11
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.14 0.08 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.16 0.09 0.08
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.10 0.12 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.19 0.17 0.14 0.16 0.11 0.16 0.04 0.17 0.18 0.17 0.14 0.20 0.14 0.12 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.13 0.06 0.04 0.11 0.05 0.10 0.04 0.09 0.10 0.12 0.11 0.15 0.08 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.05 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00