Doublet Group distance statistics: 52871

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N7	A	0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C8	A	0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.026, 0.048, 0.070, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.048 std_dev=0.022
C2'	A	0, 0.023, 0.121, 0.219, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.121 std_dev=0.098
O2'	A	0, 0.072, 0.188, 0.305, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.188 std_dev=0.116
O4'	A	0, -0.020, 0.101, 0.223, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.101 std_dev=0.121
C4'	A	0, 0.082, 0.255, 0.428, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.255 std_dev=0.173
C3'	A	0, 0.113, 0.290, 0.467, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.290 std_dev=0.177
C4	B	0, 0.219, 0.401, 0.583, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.401 std_dev=0.182
C5	B	0, 0.315, 0.534, 0.753, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.534 std_dev=0.219
N4	B	0, 0.295, 0.529, 0.764, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.529 std_dev=0.234
C6	B	0, 0.311, 0.560, 0.810, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.560 std_dev=0.250
O3'	A	0, 0.223, 0.494, 0.765, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.494 std_dev=0.271
N3	B	0, 0.170, 0.444, 0.719, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.444 std_dev=0.275
N1	B	0, 0.192, 0.469, 0.746, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.469 std_dev=0.277
C5'	A	0, 0.100, 0.394, 0.689, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.394 std_dev=0.294
C2'	B	0, 0.163, 0.461, 0.759, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.461 std_dev=0.298
O3'	B	0, 0.212, 0.519, 0.826, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.519 std_dev=0.307
C2	B	0, 0.175, 0.482, 0.790, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.482 std_dev=0.308
C3'	B	0, 0.183, 0.494, 0.804, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.494 std_dev=0.310
P	A	0, 0.163, 0.507, 0.851, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.507 std_dev=0.344
O5'	A	0, 0.224, 0.580, 0.937, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.580 std_dev=0.356
OP2	A	0, 0.249, 0.631, 1.013, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.631 std_dev=0.382
O2'	B	0, 0.216, 0.598, 0.980, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.598 std_dev=0.382
OP1	A	0, 0.206, 0.591, 0.977, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.591 std_dev=0.385
C1'	B	0, 0.202, 0.604, 1.005, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.604 std_dev=0.401
O2	B	0, 0.322, 0.730, 1.137, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.730 std_dev=0.407
C4'	B	0, 0.188, 0.710, 1.233, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.710 std_dev=0.522
O4'	B	0, 0.242, 0.797, 1.352, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.797 std_dev=0.555
C5'	B	0, 0.193, 0.917, 1.642, 2.652 max_d=2.652 avg_d=0.917 std_dev=0.725
O5'	B	0, -0.260, 0.969, 2.197, 4.147 max_d=4.147 avg_d=0.969 std_dev=1.229
P	B	0, -0.240, 1.126, 2.491, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.126 std_dev=1.365
OP2	B	0, 0.496, 2.070, 3.643, 5.421 max_d=5.421 avg_d=2.070 std_dev=1.573
OP1	B	0, 0.570, 2.263, 3.956, 5.321 max_d=5.321 avg_d=2.263 std_dev=1.693

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.11	0.06	0.39	0.11
C2	0.01	0.00	0.09	0.13	0.00	0.02	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.12	0.05	0.27	0.16	0.37	0.17
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.06	0.01	0.05	0.02	0.07	0.05	0.08	0.08	0.07	0.05	0.03	0.00	0.04	0.01	0.19	0.16	0.29	0.07
C3'	0.02	0.13	0.00	0.00	0.12	0.00	0.16	0.02	0.17	0.16	0.16	0.11	0.19	0.17	0.11	0.02	0.01	0.01	0.27	0.25	0.24	0.14
C4	0.01	0.00	0.06	0.12	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.12	0.03	0.28	0.16	0.38	0.17
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.07	0.11	0.05	0.02	0.09	0.11	0.06	0.07	0.02	0.00	0.02	0.10	0.35	0.07
C5	0.01	0.01	0.05	0.16	0.00	0.08	0.00	0.15	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.19	0.02	0.37	0.25	0.38	0.24
C5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.10	0.01	0.15	0.00	0.15	0.18	0.11	0.06	0.18	0.19	0.10	0.07	0.04	0.01	0.01	0.12	0.31	0.02
C6	0.01	0.00	0.07	0.17	0.01	0.07	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.20	0.03	0.38	0.27	0.39	0.26
C8	0.01	0.01	0.05	0.16	0.00	0.11	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.19	0.03	0.38	0.23	0.38	0.23
N1	0.01	0.00	0.08	0.16	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.17	0.04	0.33	0.23	0.38	0.22
N3	0.01	0.00	0.08	0.11	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.09	0.05	0.23	0.12	0.38	0.14
N6	0.01	0.01	0.07	0.19	0.01	0.09	0.01	0.18	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.24	0.02	0.42	0.33	0.41	0.31
N7	0.01	0.01	0.05	0.17	0.00	0.11	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.22	0.02	0.42	0.29	0.39	0.29
N9	0.01	0.01	0.03	0.11	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.10	0.01	0.26	0.14	0.38	0.15
O2'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.06	0.07	0.04	0.07	0.06	0.04	0.10	0.11	0.05	0.03	0.02	0.00	0.08	0.06	0.10	0.13	0.34	0.10
O3'	0.03	0.12	0.04	0.01	0.12	0.02	0.19	0.04	0.20	0.19	0.17	0.09	0.24	0.22	0.10	0.08	0.00	0.02	0.25	0.30	0.25	0.19
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.05	0.02	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.09	0.11	0.46	0.19
O5'	0.11	0.27	0.19	0.27	0.28	0.02	0.37	0.01	0.38	0.38	0.33	0.23	0.42	0.42	0.26	0.10	0.25	0.09	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.06	0.16	0.16	0.25	0.16	0.10	0.25	0.12	0.27	0.23	0.23	0.12	0.33	0.29	0.14	0.13	0.30	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.39	0.37	0.29	0.24	0.38	0.35	0.38	0.31	0.39	0.38	0.38	0.38	0.41	0.39	0.38	0.34	0.25	0.46	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.17	0.07	0.14	0.17	0.07	0.24	0.02	0.26	0.23	0.22	0.14	0.31	0.29	0.15	0.10	0.19	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.32	0.34	0.28	0.14	0.14	0.18	0.26	0.15	0.27	0.25	0.26	0.13	0.53	0.40	0.12	0.24	0.38	0.53	0.67	0.31
C2	0.25	0.35	0.20	0.11	0.23	0.13	0.22	0.13	0.20	0.24	0.36	0.23	0.44	0.26	0.12	0.19	0.72	1.19	0.91	0.70
C2'	0.28	0.35	0.24	0.09	0.17	0.12	0.25	0.12	0.25	0.23	0.31	0.17	0.55	0.38	0.13	0.19	0.43	0.54	0.69	0.34
C3'	0.17	0.28	0.17	0.16	0.12	0.14	0.18	0.21	0.18	0.12	0.26	0.14	0.46	0.27	0.23	0.11	0.44	0.60	0.73	0.36
C4	0.24	0.34	0.22	0.11	0.21	0.10	0.27	0.13	0.23	0.23	0.33	0.21	0.46	0.29	0.13	0.15	0.67	0.94	0.80	0.58
C4'	0.12	0.20	0.13	0.12	0.10	0.12	0.21	0.15	0.20	0.06	0.18	0.13	0.39	0.25	0.15	0.10	0.28	0.47	0.74	0.30
C5	0.14	0.26	0.19	0.12	0.24	0.09	0.29	0.19	0.20	0.14	0.28	0.28	0.35	0.24	0.18	0.09	0.84	1.11	0.92	0.76
C5'	0.20	0.28	0.21	0.25	0.14	0.26	0.16	0.28	0.17	0.16	0.25	0.14	0.43	0.26	0.28	0.24	0.30	0.62	0.77	0.34
C6	0.12	0.23	0.17	0.13	0.25	0.11	0.25	0.21	0.17	0.12	0.28	0.34	0.30	0.20	0.19	0.10	0.92	1.34	1.06	0.90
C8	0.17	0.28	0.24	0.14	0.19	0.10	0.31	0.18	0.25	0.15	0.25	0.22	0.41	0.30	0.20	0.10	0.68	0.76	0.72	0.52
N1	0.17	0.28	0.17	0.11	0.24	0.10	0.22	0.16	0.17	0.18	0.32	0.30	0.36	0.22	0.15	0.12	0.85	1.35	1.03	0.85
N3	0.29	0.39	0.24	0.12	0.22	0.16	0.24	0.13	0.23	0.27	0.37	0.19	0.51	0.31	0.12	0.22	0.61	0.99	0.80	0.57
N6	0.08	0.17	0.16	0.17	0.24	0.18	0.23	0.29	0.15	0.07	0.25	0.37	0.23	0.18	0.22	0.16	1.04	1.50	1.21	1.06
N7	0.12	0.23	0.21	0.17	0.23	0.15	0.32	0.25	0.22	0.10	0.24	0.28	0.33	0.25	0.23	0.12	0.87	1.01	0.87	0.74
N9	0.25	0.33	0.25	0.11	0.17	0.11	0.28	0.12	0.26	0.22	0.29	0.17	0.48	0.33	0.13	0.16	0.57	0.72	0.70	0.45
O2'	0.38	0.36	0.31	0.16	0.19	0.23	0.28	0.16	0.29	0.29	0.28	0.19	0.57	0.48	0.16	0.32	0.30	0.47	0.72	0.29
O3'	0.13	0.23	0.13	0.18	0.11	0.16	0.18	0.23	0.18	0.09	0.22	0.14	0.39	0.22	0.25	0.11	0.40	0.68	0.80	0.40
O4'	0.20	0.22	0.21	0.14	0.11	0.15	0.24	0.15	0.24	0.10	0.19	0.15	0.44	0.34	0.13	0.16	0.30	0.41	0.69	0.27
O5'	0.12	0.26	0.15	0.08	0.23	0.06	0.24	0.17	0.22	0.13	0.28	0.27	0.36	0.32	0.01	0.08	0.21	0.61	0.75	0.32
OP1	0.05	0.16	0.08	0.02	0.15	0.07	0.20	0.13	0.18	0.07	0.18	0.17	0.26	0.11	0.02	0.04	0.25	1.29	1.20	0.79
OP2	0.15	0.31	0.24	0.03	0.34	0.18	0.32	0.39	0.28	0.23	0.36	0.38	0.34	0.24	0.02	0.07	0.53	0.97	0.62	0.49
P	0.07	0.18	0.12	0.02	0.16	0.08	0.18	0.18	0.18	0.09	0.19	0.18	0.26	0.16	0.01	0.03	0.15	0.89	0.88	0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.29	0.66	0.18	0.23
C2	0.01	0.00	0.10	0.08	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.11	0.05	0.51	1.14	0.48	0.52
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.08	0.04	0.16	0.00	0.02	0.00	0.16	0.28	0.46	0.10
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.09	0.00	0.13	0.01	0.14	0.05	0.09	0.10	0.13	0.01	0.01	0.01	0.11	0.31	0.55	0.21
C4	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.09	0.03	0.73	1.49	0.80	0.78
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.09	0.04	0.04	0.08	0.03	0.03	0.02	0.00	0.01	0.18	0.34	0.07
C5	0.01	0.00	0.06	0.13	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.14	0.02	0.78	1.45	0.81	0.80
C5'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.14	0.00	0.16	0.00	0.14	0.08	0.11	0.16	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.29	0.40	0.01
C6	0.01	0.00	0.08	0.14	0.00	0.09	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.15	0.04	0.69	1.21	0.58	0.65
N1	0.01	0.00	0.01	0.05	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.01	0.52	1.03	0.40	0.48
N3	0.01	0.00	0.08	0.09	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.11	0.04	0.63	1.35	0.66	0.66
N4	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.08	0.01	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.11	0.03	0.78	1.61	0.93	0.87
O2	0.02	0.00	0.16	0.13	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.18	0.18	0.07	0.39	0.99	0.37	0.41
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.05	0.03	0.04	0.03	0.05	0.02	0.10	0.05	0.18	0.00	0.03	0.03	0.06	0.19	0.56	0.21
O3'	0.02	0.11	0.02	0.01	0.09	0.02	0.14	0.01	0.15	0.04	0.11	0.11	0.18	0.03	0.00	0.02	0.18	0.71	0.91	0.53
O4'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.04	0.03	0.07	0.03	0.02	0.00	0.25	0.65	0.13	0.27
O5'	0.29	0.51	0.16	0.11	0.73	0.01	0.78	0.01	0.69	0.52	0.63	0.78	0.39	0.06	0.18	0.25	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.66	1.14	0.28	0.31	1.49	0.18	1.45	0.29	1.21	1.03	1.35	1.61	0.99	0.19	0.71	0.65	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.48	0.46	0.55	0.80	0.34	0.81	0.40	0.58	0.40	0.66	0.93	0.37	0.56	0.91	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.23	0.52	0.10	0.21	0.78	0.07	0.80	0.01	0.65	0.48	0.66	0.87	0.41	0.21	0.53	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00