ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52872

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.010, 0.039, 0.067, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.039 std_dev=0.029
N6 A 0, -0.004, 0.052, 0.108, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.052 std_dev=0.056
N1 B 0, 0.207, 0.463, 0.718, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.463 std_dev=0.256
P A 0, 0.212, 0.479, 0.747, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.479 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.186, 0.457, 0.727, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.457 std_dev=0.270
O3' B 0, 0.225, 0.508, 0.791, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.508 std_dev=0.283
C2' B 0, 0.188, 0.495, 0.803, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.495 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.220, 0.534, 0.848, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.534 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.150, 0.494, 0.839, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.494 std_dev=0.344
O4' A 0, 0.145, 0.509, 0.874, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.509 std_dev=0.364
O5' A 0, 0.295, 0.677, 1.059, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.677 std_dev=0.382
OP2 A 0, 0.305, 0.696, 1.087, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.696 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.202, 0.598, 0.995, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.598 std_dev=0.396
C2 B 0, 0.240, 0.637, 1.035, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.637 std_dev=0.398
C2' A 0, 0.200, 0.598, 0.996, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.598 std_dev=0.398
C5 B 0, 0.227, 0.640, 1.052, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.640 std_dev=0.413
C4 B 0, 0.209, 0.648, 1.086, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.648 std_dev=0.438
OP1 A 0, 0.306, 0.755, 1.203, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.755 std_dev=0.449
O2' B 0, 0.226, 0.687, 1.148, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.687 std_dev=0.461
C4' B 0, 0.341, 0.810, 1.279, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.810 std_dev=0.469
N3 B 0, 0.213, 0.691, 1.169, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.691 std_dev=0.478
N4 B 0, 0.180, 0.789, 1.399, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.789 std_dev=0.609
O2 B 0, 0.207, 0.825, 1.443, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.825 std_dev=0.618
O2' A 0, 0.426, 1.100, 1.775, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.100 std_dev=0.675
C4' A 0, 0.202, 0.906, 1.609, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.906 std_dev=0.704
C3' A 0, 0.258, 1.009, 1.760, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.009 std_dev=0.751
C5' A 0, 0.246, 1.127, 2.008, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.127 std_dev=0.881
C5' B 0, 0.585, 1.469, 2.352, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.469 std_dev=0.883
O5' B 0, 0.217, 1.445, 2.672, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.445 std_dev=1.228
O3' A 0, 0.390, 1.641, 2.892, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.641 std_dev=1.251
P B 0, 0.361, 1.964, 3.566, 4.867 max_d=4.867 avg_d=1.964 std_dev=1.603
OP2 B 0, 0.495, 2.407, 4.319, 5.655 max_d=5.655 avg_d=2.407 std_dev=1.912
OP1 B 0, 0.780, 2.997, 5.215, 6.436 max_d=6.436 avg_d=2.997 std_dev=2.217

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.33 0.00 0.30 0.23 0.54 0.22
C2 0.03 0.00 0.28 0.23 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.27 0.18 0.47 0.19 0.39 0.18
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.14 0.02 0.05 0.23 0.10 0.20 0.21 0.29 0.06 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.55 0.59 0.47 0.42
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.22 0.00 0.28 0.03 0.30 0.26 0.28 0.19 0.31 0.30 0.19 0.01 0.01 0.01 0.27 0.31 0.43 0.07
C4 0.01 0.01 0.14 0.22 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.17 0.10 0.45 0.17 0.43 0.16
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.07 0.18 0.03 0.05 0.09 0.16 0.08 0.25 0.02 0.00 0.02 0.14 0.54 0.14
C5 0.02 0.01 0.05 0.28 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.29 0.11 0.05 0.51 0.15 0.33 0.15
C5' 0.09 0.13 0.23 0.03 0.12 0.00 0.15 0.00 0.16 0.19 0.14 0.13 0.19 0.20 0.10 0.05 0.23 0.01 0.01 0.21 0.41 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.30 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.14 0.09 0.54 0.16 0.28 0.18
C8 0.03 0.00 0.20 0.26 0.01 0.18 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.42 0.12 0.11 0.47 0.13 0.43 0.12
N1 0.01 0.00 0.21 0.28 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.19 0.14 0.51 0.17 0.32 0.18
N3 0.03 0.00 0.29 0.19 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.31 0.17 0.43 0.20 0.44 0.18
N6 0.03 0.01 0.06 0.31 0.02 0.09 0.02 0.19 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.34 0.16 0.08 0.58 0.17 0.23 0.23
N7 0.03 0.01 0.13 0.30 0.01 0.16 0.00 0.20 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.44 0.15 0.05 0.52 0.13 0.31 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.19 0.12 0.01 0.41 0.17 0.49 0.16
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.12 0.25 0.29 0.05 0.24 0.42 0.11 0.14 0.34 0.44 0.19 0.00 0.10 0.19 0.31 0.46 0.54 0.34
O3' 0.33 0.27 0.07 0.01 0.17 0.02 0.11 0.23 0.14 0.12 0.19 0.31 0.16 0.15 0.12 0.10 0.00 0.24 0.20 0.28 0.51 0.19
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.11 0.14 0.17 0.08 0.05 0.01 0.19 0.24 0.00 0.08 0.14 0.68 0.30
O5' 0.30 0.47 0.55 0.27 0.45 0.02 0.51 0.01 0.54 0.47 0.51 0.43 0.58 0.52 0.41 0.31 0.20 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.19 0.59 0.31 0.17 0.14 0.15 0.21 0.16 0.13 0.17 0.20 0.17 0.13 0.17 0.46 0.28 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 0.39 0.47 0.43 0.43 0.54 0.33 0.41 0.28 0.43 0.32 0.44 0.23 0.31 0.49 0.54 0.51 0.68 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.18 0.42 0.07 0.16 0.14 0.15 0.01 0.18 0.12 0.18 0.18 0.23 0.14 0.16 0.34 0.19 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.36 0.32 0.17 0.25 0.20 0.30 0.18 0.29 0.30 0.29 0.24 0.53 0.45 0.21 0.26 0.51 0.72 0.52 0.46
C2 0.20 0.30 0.20 0.15 0.18 0.18 0.41 0.34 0.31 0.17 0.25 0.26 0.52 0.27 0.16 0.19 0.93 1.42 1.24 1.07
C2' 0.26 0.35 0.19 0.19 0.25 0.16 0.28 0.32 0.26 0.22 0.35 0.27 0.53 0.33 0.29 0.15 0.68 0.89 0.67 0.64
C3' 0.24 0.17 0.20 0.15 0.25 0.14 0.36 0.22 0.36 0.23 0.19 0.25 0.21 0.29 0.17 0.17 0.51 0.63 0.24 0.36
C4 0.24 0.37 0.23 0.11 0.20 0.13 0.30 0.27 0.26 0.20 0.35 0.21 0.55 0.31 0.12 0.14 0.84 1.18 0.97 0.89
C4' 0.24 0.13 0.21 0.14 0.24 0.12 0.34 0.16 0.35 0.24 0.15 0.23 0.10 0.31 0.15 0.18 0.34 0.45 0.35 0.18
C5 0.18 0.36 0.21 0.15 0.24 0.19 0.27 0.37 0.24 0.16 0.42 0.29 0.49 0.26 0.13 0.16 1.03 1.40 1.19 1.10
C5' 0.41 0.30 0.43 0.32 0.28 0.30 0.38 0.27 0.42 0.37 0.25 0.25 0.32 0.52 0.29 0.36 0.35 0.43 0.45 0.09
C6 0.18 0.32 0.21 0.20 0.17 0.28 0.29 0.47 0.29 0.14 0.40 0.27 0.46 0.24 0.18 0.26 1.16 1.65 1.47 1.31
C8 0.27 0.39 0.29 0.11 0.31 0.12 0.30 0.25 0.29 0.26 0.41 0.32 0.47 0.35 0.08 0.11 0.81 1.04 0.74 0.75
N1 0.19 0.29 0.21 0.19 0.09 0.25 0.39 0.43 0.33 0.17 0.32 0.13 0.48 0.24 0.17 0.25 1.09 1.62 1.45 1.27
N3 0.24 0.33 0.21 0.12 0.19 0.14 0.35 0.26 0.27 0.18 0.26 0.25 0.57 0.30 0.15 0.17 0.79 1.20 1.01 0.88
N6 0.22 0.29 0.24 0.27 0.23 0.39 0.21 0.59 0.29 0.16 0.42 0.42 0.40 0.24 0.25 0.37 1.33 1.87 1.73 1.54
N7 0.18 0.37 0.24 0.14 0.34 0.18 0.27 0.36 0.24 0.19 0.44 0.38 0.45 0.28 0.13 0.12 1.02 1.32 1.05 1.03
N9 0.30 0.38 0.28 0.11 0.23 0.12 0.29 0.21 0.28 0.26 0.34 0.23 0.53 0.37 0.12 0.16 0.71 0.96 0.72 0.69
O2' 0.44 0.53 0.36 0.15 0.24 0.18 0.24 0.23 0.21 0.32 0.44 0.23 0.81 0.60 0.24 0.28 0.58 0.83 0.81 0.62
O3' 0.25 0.22 0.22 0.17 0.25 0.15 0.32 0.22 0.33 0.24 0.24 0.26 0.29 0.31 0.20 0.19 0.42 0.50 0.30 0.24
O4' 0.26 0.09 0.23 0.19 0.25 0.20 0.33 0.22 0.31 0.21 0.15 0.28 0.07 0.37 0.27 0.20 0.38 0.54 0.35 0.28
O5' 0.32 0.29 0.33 0.21 0.40 0.14 0.48 0.16 0.47 0.36 0.31 0.41 0.26 0.43 0.02 0.24 0.31 0.35 0.55 0.16
OP1 0.05 0.16 0.09 0.08 0.18 0.17 0.22 0.36 0.18 0.08 0.17 0.21 0.25 0.23 0.02 0.13 0.36 0.98 1.08 0.62
OP2 0.18 0.45 0.26 0.07 0.43 0.20 0.34 0.44 0.27 0.29 0.50 0.47 0.52 0.24 0.02 0.13 0.73 0.89 0.15 0.48
P 0.06 0.14 0.12 0.03 0.12 0.07 0.18 0.20 0.17 0.07 0.14 0.13 0.24 0.19 0.01 0.05 0.25 0.55 0.62 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.32 0.70 0.20 0.34
C2 0.03 0.00 0.11 0.08 0.02 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.11 0.07 0.53 1.09 0.64 0.61
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.03 0.10 0.02 0.08 0.04 0.20 0.00 0.03 0.01 0.23 0.38 0.22 0.13
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.17 0.04 0.07 0.09 0.15 0.02 0.02 0.02 0.21 0.28 0.34 0.05
C4 0.04 0.02 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.73 1.42 1.04 0.88
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.19 0.31 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.03 0.79 1.42 1.06 0.92
C5' 0.05 0.12 0.03 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.19 0.12 0.16 0.22 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.27 0.38 0.02
C6 0.01 0.00 0.10 0.17 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.05 0.72 1.23 0.81 0.78
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.55 1.03 0.57 0.59
N3 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.09 0.06 0.63 1.28 0.86 0.75
N4 0.04 0.03 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.08 0.04 0.77 1.52 1.18 0.96
O2 0.04 0.00 0.20 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.23 0.23 0.10 0.40 0.94 0.48 0.47
O2' 0.00 0.13 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.12 0.09 0.23 0.00 0.06 0.04 0.09 0.19 0.46 0.16
O3' 0.03 0.11 0.03 0.02 0.07 0.01 0.16 0.05 0.17 0.01 0.09 0.08 0.23 0.06 0.00 0.03 0.11 0.33 0.85 0.37
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.10 0.04 0.03 0.00 0.25 0.66 0.18 0.31
O5' 0.32 0.53 0.23 0.21 0.73 0.02 0.79 0.01 0.72 0.55 0.63 0.77 0.40 0.09 0.11 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.70 1.09 0.38 0.28 1.42 0.19 1.42 0.27 1.23 1.03 1.28 1.52 0.94 0.19 0.33 0.66 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.64 0.22 0.34 1.04 0.31 1.06 0.38 0.81 0.57 0.86 1.18 0.48 0.46 0.85 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.61 0.13 0.05 0.88 0.05 0.92 0.02 0.78 0.59 0.75 0.96 0.47 0.16 0.37 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00