ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.005, 0.048, 0.090, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.048 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.004, 0.059, 0.113, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.059 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.021, 0.102, 0.183, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.102 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.032, 0.114, 0.196, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.114 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.027, 0.109, 0.190, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.109 std_dev=0.082
C5 B 0, 0.018, 0.113, 0.208, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.113 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.025, 0.154, 0.283, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.154 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.058, 0.197, 0.336, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.197 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.057, 0.206, 0.355, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.206 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.013, 0.163, 0.314, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.163 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.043, 0.198, 0.354, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.198 std_dev=0.155
OP1 A 0, -0.028, 0.151, 0.329, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.151 std_dev=0.178
N4 B 0, 0.073, 0.254, 0.435, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.254 std_dev=0.181
P A 0, 0.030, 0.224, 0.417, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.224 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.039, 0.261, 0.482, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.261 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.051, 0.281, 0.510, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.071, 0.327, 0.583, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.327 std_dev=0.256
O5' B 0, 0.087, 0.343, 0.600, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.343 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.052, 0.311, 0.569, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.311 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.087, 0.359, 0.630, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.359 std_dev=0.271
C1' B 0, 0.076, 0.361, 0.646, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.361 std_dev=0.285
O4' B 0, 0.085, 0.380, 0.674, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.380 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.095, 0.392, 0.689, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.392 std_dev=0.297
O3' B 0, 0.110, 0.426, 0.742, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.426 std_dev=0.316
P B 0, 0.122, 0.439, 0.756, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.439 std_dev=0.317
C4' B 0, 0.105, 0.432, 0.759, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.432 std_dev=0.327
C5' B 0, 0.114, 0.446, 0.779, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.446 std_dev=0.332
O2 B 0, 0.084, 0.419, 0.753, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.419 std_dev=0.334
OP1 B 0, 0.139, 0.541, 0.942, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.541 std_dev=0.401
OP2 B 0, 0.166, 0.574, 0.982, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.574 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.140, 0.550, 0.959, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.550 std_dev=0.409

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.05 0.06
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.07 0.06 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.04 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.06 0.05 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.08 0.07 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.06 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04
O5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.05 0.10 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.03 0.08 0.08 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.07 0.08 0.32 0.08 0.14
C2 0.06 0.08 0.05 0.01 0.09 0.03 0.08 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.02 0.05 0.06 0.31 0.18 0.17
C2' 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.06 0.09 0.29 0.03 0.11
C3' 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.10 0.26 0.02 0.09
C4 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.30 0.10 0.14
C4' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.28 0.04 0.11
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.23 0.09 0.11
C5' 0.06 0.10 0.06 0.04 0.10 0.04 0.08 0.04 0.07 0.08 0.11 0.10 0.10 0.04 0.04 0.05 0.09 0.22 0.06 0.06
C6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.08 0.21 0.13 0.13
C8 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.21 0.02 0.08
N1 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.26 0.17 0.15
N3 0.08 0.09 0.07 0.03 0.09 0.04 0.08 0.04 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.03 0.07 0.05 0.34 0.15 0.16
N6 0.04 0.02 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.12 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.12 0.14 0.14 0.13
N7 0.04 0.03 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04 0.16 0.02 0.05
N9 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.06 0.29 0.06 0.12
O2' 0.09 0.08 0.10 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.08 0.09 0.32 0.05 0.13
O3' 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.06 0.11 0.24 0.04 0.08
O4' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.11 0.33 0.08 0.15
O5' 0.07 0.10 0.06 0.04 0.10 0.03 0.09 0.02 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.04 0.00 0.05 0.07 0.14 0.11 0.01
OP1 0.04 0.08 0.05 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.04 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.11 0.11 0.22 0.11
OP2 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.13 0.22 0.14
P 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.11 0.17 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.28 0.11 0.12
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.33 0.16 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.25 0.04 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.18 0.02 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.33 0.19 0.16
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.05
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.34 0.19 0.16
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.34 0.17 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.32 0.15 0.14
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.34 0.18 0.15
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.31 0.20 0.15
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.32 0.14 0.14
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.02 0.07
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.09 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.22 0.11 0.10
O5' 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.33 0.25 0.18 0.33 0.14 0.34 0.04 0.34 0.32 0.34 0.31 0.32 0.23 0.13 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.16 0.04 0.02 0.19 0.02 0.19 0.02 0.17 0.15 0.18 0.20 0.14 0.02 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.15 0.09 0.05 0.16 0.05 0.16 0.00 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.07 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00