ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N3 B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C4 B 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C2 B 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O2' A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C3' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N4 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
O2 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C5' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O5' A 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
OP2 A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
P A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.000, 0.310, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.310 std_dev=0.310
OP1 A 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C2' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C4' B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
P B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C5' B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O2' B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
OP1 B 0, 0.000, 0.378, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.378 std_dev=0.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.08 0.09 0.07
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.08 0.09 0.08
C8 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.09 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
N6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.10 0.12 0.14 0.12
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.10 0.11 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.10 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
O5' 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.01 0.10 0.09 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.05 0.02 0.12 0.10 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.09 0.10 0.06 0.04 0.14 0.11 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.05 0.02 0.12 0.10 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.02 0.09 0.07 0.02 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.04 0.08 0.01 0.07 0.04 0.08 0.07 0.04 0.01 0.05
C2 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.03 0.06 0.08 0.05
C2' 0.08 0.00 0.10 0.08 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.05 0.06 0.03 0.08 0.03 0.08 0.07 0.05 0.02 0.05
C3' 0.06 0.02 0.09 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.10 0.03 0.09 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.04
C4 0.05 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02
C4' 0.05 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.10 0.14 0.04 0.09 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02
C5 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.10 0.05 0.10 0.04 0.05 0.01 0.09 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03
C5' 0.03 0.08 0.07 0.03 0.10 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.15 0.11 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00
C6 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.11 0.12 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C8 0.11 0.00 0.12 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.13 0.10 0.05 0.04 0.06 0.09 0.05 0.11 0.10 0.07 0.04 0.08
N1 0.04 0.06 0.06 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.08 0.12 0.07 0.03 0.04 0.07 0.08 0.06
N3 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
N6 0.08 0.10 0.11 0.08 0.03 0.05 0.11 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.16 0.20 0.12 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02
N7 0.08 0.04 0.09 0.07 0.02 0.09 0.12 0.10 0.14 0.08 0.06 0.00 0.11 0.02 0.02 0.09 0.09 0.06 0.04 0.07
N9 0.09 0.02 0.10 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.04 0.05 0.01 0.06 0.04 0.09 0.08 0.05 0.02 0.06
O2' 0.09 0.02 0.11 0.09 0.03 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.09 0.09 0.06 0.04 0.07
O3' 0.07 0.01 0.09 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.04 0.09 0.01 0.08 0.02 0.07 0.06 0.04 0.02 0.05
O4' 0.07 0.02 0.08 0.06 0.08 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.09 0.14 0.01 0.09 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03
O5' 0.01 0.13 0.03 0.00 0.12 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.17 0.16 0.18 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03
OP1 0.01 0.13 0.04 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.17 0.16 0.18 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
OP2 0.03 0.15 0.02 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.18 0.14 0.23 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.04
P 0.01 0.14 0.03 0.00 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.17 0.15 0.20 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
C5' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05
N4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.09 0.10 0.10
O2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06 0.11 0.00 0.02 0.00 0.07 0.09 0.13 0.09
O3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.07 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.02 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00