ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52877

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O5' A 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
O2' A 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C1' B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C6 B 0, 0.000, 0.450, 0.900, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.450 std_dev=0.450
N1 B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C5 B 0, 0.000, 0.524, 1.049, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C2 B 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O2 B 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
P A 0, 0.000, 0.587, 1.173, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.587 std_dev=0.587
OP2 A 0, 0.000, 0.609, 1.217, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C4 B 0, 0.000, 0.621, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.621 std_dev=0.621
N3 B 0, 0.000, 0.633, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.633 std_dev=0.633
N4 B 0, 0.000, 0.752, 1.505, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.752 std_dev=0.752
OP1 A 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
O3' A 0, 0.000, 0.829, 1.657, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.829 std_dev=0.829
O4' B 0, 0.000, 0.895, 1.791, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.895 std_dev=0.895
O2' B 0, 0.000, 1.001, 2.001, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.001 std_dev=1.001
C2' B 0, 0.000, 1.001, 2.002, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.001 std_dev=1.001
C4' B 0, 0.000, 1.266, 2.531, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.266 std_dev=1.266
C3' B 0, 0.000, 1.424, 2.848, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.424 std_dev=1.424
O3' B 0, 0.000, 1.813, 3.627, 3.627 max_d=3.627 avg_d=1.813 std_dev=1.813
C5' B 0, 0.000, 2.050, 4.101, 4.101 max_d=4.101 avg_d=2.050 std_dev=2.050
O5' B 0, 0.000, 2.852, 5.705, 5.705 max_d=5.705 avg_d=2.852 std_dev=2.852
OP2 B 0, 0.000, 3.046, 6.093, 6.093 max_d=6.093 avg_d=3.046 std_dev=3.046
OP1 B 0, 0.000, 3.089, 6.178, 6.178 max_d=6.178 avg_d=3.089 std_dev=3.089
P B 0, 0.000, 3.164, 6.328, 6.328 max_d=6.328 avg_d=3.164 std_dev=3.164

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.12 0.22 0.20
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.00 0.01 0.12 0.14 0.28 0.24
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C3' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.20 0.10 0.03 0.19 0.21 0.11 0.00 0.00 0.01 0.17 0.26 0.21 0.20
C4 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.00 0.13 0.17 0.29 0.25
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.02 0.00 0.07 0.07 0.03 0.14 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.16 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.18 0.00 0.12 0.20 0.31 0.26
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.13 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.11 0.19 0.30 0.25
C8 0.00 0.01 0.04 0.20 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.13 0.22 0.31 0.28
N1 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.08 0.01 0.12 0.17 0.30 0.25
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.03 0.01 0.13 0.14 0.28 0.24
N6 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.09 0.19 0.29 0.23
N7 0.00 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.11 0.23 0.34 0.27
N9 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.14 0.17 0.28 0.25
O2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.14 0.08 0.13 0.12 0.01 0.18 0.19 0.10 0.01 0.04 0.00 0.11 0.09 0.10 0.24 0.03 0.09
O3' 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.18 0.08 0.17 0.22 0.08 0.03 0.23 0.25 0.08 0.11 0.00 0.05 0.35 0.60 0.48 0.46
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.14 0.19 0.22 0.23
O5' 0.12 0.12 0.01 0.17 0.13 0.02 0.12 0.01 0.11 0.13 0.12 0.13 0.09 0.11 0.14 0.10 0.35 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.12 0.14 0.09 0.26 0.17 0.03 0.20 0.05 0.19 0.22 0.17 0.14 0.19 0.23 0.17 0.24 0.60 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.28 0.04 0.21 0.29 0.00 0.31 0.01 0.30 0.31 0.30 0.28 0.29 0.34 0.28 0.03 0.48 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.24 0.02 0.20 0.25 0.00 0.26 0.02 0.25 0.28 0.25 0.24 0.23 0.27 0.25 0.09 0.46 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.18 0.42 0.75 0.33 0.47 0.33 0.62 0.29 0.20 0.25 0.36 0.04 0.04 0.83 0.24 0.81 1.05 0.26 0.66
C2 0.12 0.21 0.03 0.27 0.03 0.21 0.15 0.36 0.08 0.08 0.19 0.12 0.32 0.23 0.29 0.09 0.74 1.17 0.10 0.59
C2' 0.10 0.18 0.40 0.79 0.33 0.51 0.32 0.70 0.27 0.19 0.26 0.38 0.07 0.03 0.91 0.26 0.93 1.13 0.38 0.78
C3' 0.04 0.13 0.33 0.75 0.21 0.49 0.18 0.70 0.14 0.10 0.18 0.25 0.08 0.05 0.91 0.22 0.92 1.06 0.44 0.79
C4 0.05 0.10 0.06 0.45 0.16 0.37 0.24 0.57 0.18 0.01 0.02 0.20 0.25 0.24 0.46 0.22 0.94 1.28 0.19 0.80
C4' 0.14 0.22 0.49 0.87 0.29 0.56 0.27 0.73 0.24 0.21 0.26 0.32 0.17 0.11 1.06 0.28 0.86 0.99 0.49 0.74
C5 0.08 0.19 0.13 0.33 0.02 0.39 0.15 0.65 0.11 0.06 0.15 0.05 0.28 0.39 0.29 0.29 1.16 1.51 0.36 1.04
C5' 0.10 0.16 0.38 0.86 0.22 0.59 0.20 0.82 0.18 0.15 0.19 0.24 0.11 0.05 1.10 0.29 0.95 1.02 0.68 0.86
C6 0.13 0.27 0.23 0.16 0.12 0.28 0.04 0.54 0.01 0.14 0.27 0.10 0.34 0.42 0.11 0.22 1.09 1.53 0.23 1.00
C8 0.04 0.00 0.06 0.65 0.15 0.58 0.22 0.86 0.20 0.08 0.05 0.16 0.12 0.35 0.60 0.40 1.26 1.44 0.59 1.10
N1 0.14 0.27 0.16 0.17 0.11 0.21 0.06 0.40 0.02 0.14 0.28 0.07 0.35 0.34 0.15 0.14 0.88 1.34 0.00 0.76
N3 0.07 0.12 0.09 0.41 0.17 0.27 0.24 0.42 0.16 0.00 0.04 0.26 0.27 0.16 0.44 0.12 0.75 1.12 0.02 0.59
N6 0.16 0.30 0.36 0.02 0.22 0.26 0.07 0.56 0.07 0.19 0.32 0.23 0.35 0.52 0.06 0.25 1.20 1.70 0.37 1.19
N7 0.03 0.12 0.16 0.41 0.03 0.52 0.14 0.86 0.12 0.02 0.08 0.04 0.21 0.47 0.33 0.41 1.40 1.63 0.65 1.27
N9 0.02 0.03 0.20 0.63 0.22 0.47 0.27 0.67 0.23 0.10 0.10 0.25 0.13 0.18 0.64 0.28 0.98 1.24 0.33 0.83
O2' 0.11 0.29 0.45 0.75 0.49 0.43 0.45 0.58 0.35 0.26 0.42 0.59 0.16 0.10 0.86 0.19 0.75 1.01 0.25 0.62
O3' 0.12 0.27 0.40 0.77 0.32 0.52 0.26 0.70 0.21 0.20 0.33 0.38 0.27 0.07 0.93 0.26 0.91 1.05 0.45 0.78
O4' 0.14 0.23 0.53 0.84 0.31 0.51 0.31 0.64 0.28 0.23 0.27 0.33 0.13 0.12 0.95 0.25 0.76 0.96 0.34 0.63
O5' 0.31 0.30 0.46 1.06 0.35 0.90 0.37 1.19 0.37 0.33 0.32 0.35 0.24 0.04 1.23 0.61 1.42 1.45 1.07 1.32
OP1 0.68 0.53 0.74 1.37 0.52 1.40 0.58 1.77 0.63 0.61 0.49 0.48 0.48 0.35 1.64 1.06 1.89 1.87 1.80 1.86
OP2 0.55 0.45 0.40 1.12 0.49 1.28 0.56 1.77 0.58 0.53 0.45 0.47 0.37 0.09 1.08 1.03 2.13 2.06 1.82 2.06
P 0.61 0.51 0.62 1.30 0.53 1.29 0.57 1.64 0.60 0.58 0.50 0.51 0.45 0.14 1.48 0.99 1.83 1.81 1.59 1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.46 0.36 0.06
C2 0.01 0.00 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.19 0.10 0.04 0.41 0.68 0.22
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.11 0.36 0.34 0.01
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.00 0.17 0.02 0.21 0.02 0.11 0.02 0.26 0.01 0.00 0.00 0.19 0.24 0.26 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.56 0.84 0.17
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.21 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.15 0.17 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.04 0.14 0.72 0.79 0.05
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10 0.14 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.19 0.21 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.07 0.14 0.72 0.66 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.53 0.58 0.11
N3 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.16 0.08 0.01 0.45 0.79 0.24
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.54 0.93 0.20
O2 0.03 0.00 0.32 0.26 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.29 0.35 0.16 0.12 0.29 0.62 0.28
O2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.21 0.02
O3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.01 0.23 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00 0.17 0.10 0.13 0.05
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.16 0.01 0.00 0.00 0.08 0.42 0.24 0.06
O5' 0.01 0.04 0.11 0.19 0.06 0.03 0.14 0.01 0.14 0.03 0.01 0.06 0.12 0.02 0.17 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.46 0.41 0.36 0.24 0.56 0.21 0.72 0.03 0.72 0.53 0.45 0.54 0.29 0.31 0.10 0.42 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.68 0.34 0.26 0.84 0.12 0.79 0.01 0.66 0.58 0.79 0.93 0.62 0.21 0.13 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.22 0.01 0.03 0.17 0.02 0.05 0.00 0.01 0.11 0.24 0.20 0.28 0.02 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00