ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52879

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C3' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 B 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 B 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 B 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 B 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
P B 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O5' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O5' B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
OP2 B 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 B 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5' B 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O3' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
OP1 B 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
P A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' B 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C3' B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
OP2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2 B 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2' B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O3' B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
OP1 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2 B 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O2' B 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
C2 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C2' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C8 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
N3 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N9 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
O2' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
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