ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 16, 6, 12, 13, 10, 10, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.013, 0.020, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.019, 0.027, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.023, 0.038, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.025, 0.042, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.028, 0.053, 0.077, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.053 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.047, 0.076, 0.105, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.076 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.049, 0.081, 0.112, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.081 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.055, 0.096, 0.137, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.096 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.046, 0.132, 0.217, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.132 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.071, 0.161, 0.252, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.161 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.096, 0.223, 0.351, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.223 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.058, 0.199, 0.341, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.199 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.152, 0.301, 0.450, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.301 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.128, 0.304, 0.479, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.304 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.138, 0.318, 0.498, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.318 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.095, 0.286, 0.476, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.286 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.171, 0.365, 0.560, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.365 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.149, 0.346, 0.544, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.346 std_dev=0.197
O2 B 0, 0.167, 0.368, 0.569, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.368 std_dev=0.201
C2' B 0, 0.151, 0.358, 0.565, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.358 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.181, 0.401, 0.620, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.401 std_dev=0.220
C6 B 0, 0.219, 0.440, 0.662, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.440 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.183, 0.410, 0.636, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.410 std_dev=0.226
P A 0, 0.154, 0.381, 0.607, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.381 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.182, 0.411, 0.640, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.411 std_dev=0.229
C3' B 0, 0.204, 0.435, 0.667, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.435 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.216, 0.456, 0.696, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.456 std_dev=0.240
O3' B 0, 0.215, 0.458, 0.701, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.458 std_dev=0.243
O4 B 0, 0.274, 0.526, 0.778, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.526 std_dev=0.252
O3' A 0, 0.173, 0.428, 0.683, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.428 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.207, 0.466, 0.725, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.466 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.151, 0.426, 0.700, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.426 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.210, 0.503, 0.796, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.503 std_dev=0.293
C4' B 0, 0.224, 0.556, 0.889, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.556 std_dev=0.333
C5' B 0, 0.224, 0.723, 1.222, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.723 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.207, 0.741, 1.275, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.741 std_dev=0.534
OP2 B 0, 0.349, 0.914, 1.479, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.914 std_dev=0.565
P B 0, 0.110, 0.895, 1.680, 2.883 max_d=2.883 avg_d=0.895 std_dev=0.785
OP1 B 0, 0.294, 1.576, 2.858, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.576 std_dev=1.282

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.09 0.11 0.17 0.12
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.10 0.10 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.07 0.11 0.10 0.11 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.02 0.09 0.10 0.15 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.11 0.14 0.18 0.14
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.03 0.11 0.15 0.20 0.15
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.11 0.12 0.15 0.12
N1 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.03 0.10 0.13 0.19 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.08 0.09 0.15 0.11
N6 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.16 0.04 0.12 0.17 0.22 0.17
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.12 0.16 0.19 0.15
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.09 0.13 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.02 0.10 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.10 0.03 0.12 0.02 0.15 0.08 0.16 0.12 0.16 0.11 0.05 0.05 0.00 0.02 0.07 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07
O5' 0.05 0.09 0.03 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.12 0.12 0.08 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.04 0.06 0.10 0.04 0.14 0.04 0.15 0.12 0.13 0.09 0.17 0.16 0.09 0.06 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.17 0.06 0.05 0.15 0.03 0.18 0.01 0.20 0.15 0.19 0.15 0.22 0.19 0.13 0.06 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.03 0.04 0.11 0.02 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.11 0.17 0.15 0.10 0.05 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.12 0.14 0.23 0.12 0.25 0.21 0.21 0.13 0.18 0.19 0.27 0.12 0.26 0.12 0.34 0.69 0.17 0.43
C2 0.12 0.16 0.12 0.15 0.27 0.17 0.30 0.31 0.22 0.13 0.18 0.26 0.22 0.14 0.35 0.14 0.46 1.15 0.24 0.67
C2' 0.12 0.13 0.11 0.12 0.23 0.10 0.25 0.20 0.21 0.13 0.19 0.20 0.28 0.09 0.27 0.11 0.33 0.60 0.19 0.41
C3' 0.12 0.11 0.12 0.10 0.18 0.09 0.21 0.17 0.19 0.11 0.15 0.18 0.28 0.07 0.20 0.10 0.28 0.43 0.22 0.30
C4 0.11 0.12 0.12 0.14 0.20 0.15 0.27 0.30 0.21 0.11 0.12 0.23 0.23 0.12 0.24 0.12 0.44 0.96 0.20 0.61
C4' 0.10 0.13 0.09 0.09 0.17 0.06 0.17 0.12 0.15 0.09 0.17 0.20 0.27 0.08 0.20 0.08 0.22 0.37 0.23 0.23
C5 0.11 0.15 0.13 0.15 0.13 0.20 0.25 0.37 0.21 0.11 0.13 0.23 0.20 0.13 0.14 0.16 0.51 1.01 0.21 0.68
C5' 0.13 0.13 0.13 0.07 0.13 0.07 0.14 0.08 0.14 0.10 0.14 0.19 0.27 0.06 0.15 0.10 0.14 0.31 0.32 0.13
C6 0.11 0.17 0.13 0.16 0.15 0.22 0.25 0.40 0.20 0.12 0.17 0.25 0.19 0.15 0.17 0.17 0.53 1.15 0.23 0.75
C8 0.17 0.14 0.17 0.16 0.14 0.20 0.24 0.34 0.25 0.17 0.11 0.20 0.24 0.12 0.13 0.19 0.46 0.72 0.20 0.55
N1 0.12 0.17 0.13 0.16 0.22 0.20 0.28 0.37 0.21 0.13 0.18 0.26 0.20 0.14 0.27 0.16 0.50 1.21 0.24 0.73
N3 0.11 0.14 0.12 0.14 0.27 0.14 0.29 0.28 0.21 0.12 0.17 0.24 0.23 0.13 0.34 0.12 0.42 1.03 0.22 0.61
N6 0.13 0.18 0.13 0.17 0.15 0.26 0.23 0.45 0.20 0.13 0.20 0.25 0.17 0.16 0.17 0.21 0.57 1.20 0.24 0.81
N7 0.14 0.15 0.15 0.15 0.12 0.22 0.24 0.40 0.23 0.14 0.14 0.22 0.20 0.13 0.12 0.19 0.53 0.85 0.21 0.66
N9 0.13 0.11 0.14 0.14 0.19 0.15 0.25 0.27 0.22 0.13 0.12 0.21 0.25 0.12 0.20 0.13 0.41 0.79 0.19 0.53
O2' 0.11 0.19 0.09 0.13 0.29 0.09 0.27 0.16 0.20 0.14 0.26 0.23 0.25 0.11 0.33 0.10 0.30 0.62 0.19 0.39
O3' 0.10 0.14 0.09 0.09 0.19 0.07 0.21 0.14 0.17 0.10 0.17 0.22 0.25 0.07 0.22 0.08 0.26 0.39 0.25 0.26
O4' 0.11 0.13 0.10 0.13 0.19 0.09 0.19 0.16 0.17 0.10 0.17 0.19 0.28 0.12 0.21 0.09 0.27 0.53 0.17 0.32
O5' 0.12 0.14 0.16 0.04 0.12 0.04 0.13 0.12 0.13 0.10 0.15 0.20 0.25 0.02 0.14 0.06 0.18 0.29 0.35 0.19
OP1 0.04 0.12 0.07 0.02 0.12 0.06 0.13 0.13 0.11 0.06 0.13 0.17 0.10 0.02 0.14 0.04 0.13 0.69 0.56 0.28
OP2 0.07 0.16 0.11 0.04 0.20 0.15 0.19 0.28 0.16 0.12 0.20 0.19 0.11 0.02 0.23 0.09 0.26 0.44 0.46 0.30
P 0.05 0.12 0.09 0.01 0.13 0.06 0.13 0.14 0.11 0.07 0.14 0.17 0.12 0.01 0.15 0.03 0.15 0.46 0.45 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.71 0.15 0.25
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.02 0.13 0.99 0.31 0.34
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.12 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.41 0.10 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.09 0.13 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.22 0.17 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.18 1.18 0.52 0.42
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.22 0.20 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.17 1.17 0.54 0.44
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.06 0.04 0.02 0.13 0.01 0.01 0.13 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.15 1.05 0.42 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.11 0.94 0.29 0.33
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.02 0.16 1.11 0.41 0.39
O2 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.15 0.02 0.04 0.13 0.92 0.23 0.31
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.35 0.14 0.09
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.11 0.15 0.03 0.00 0.10 0.01 0.06 0.40 0.34 0.13
O4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.03 0.19 1.21 0.58 0.44
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.65 0.20 0.25
O5' 0.06 0.13 0.04 0.04 0.18 0.01 0.17 0.01 0.15 0.11 0.16 0.13 0.04 0.06 0.19 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.71 0.99 0.41 0.22 1.18 0.22 1.17 0.13 1.05 0.94 1.11 0.92 0.35 0.40 1.21 0.65 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.31 0.10 0.17 0.52 0.20 0.54 0.35 0.42 0.29 0.41 0.23 0.14 0.34 0.58 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.34 0.12 0.05 0.42 0.07 0.44 0.01 0.39 0.33 0.39 0.31 0.09 0.13 0.44 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00