ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52892

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 5, 3, 2, 4, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.027, 0.092, 0.157, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.092 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.035, 0.110, 0.186, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.110 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.061, 0.138, 0.215, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.138 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.090, 0.172, 0.254, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.172 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.087, 0.182, 0.278, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.182 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.075, 0.192, 0.309, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.192 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.154, 0.298, 0.443, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.298 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.166, 0.311, 0.457, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.311 std_dev=0.145
C2' B 0, 0.264, 0.487, 0.710, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.487 std_dev=0.223
O2' B 0, 0.286, 0.515, 0.744, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.515 std_dev=0.229
P A 0, 0.216, 0.456, 0.696, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.456 std_dev=0.240
OP2 A 0, 0.255, 0.498, 0.742, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.498 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.263, 0.514, 0.764, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.514 std_dev=0.250
O3' B 0, 0.307, 0.562, 0.817, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.562 std_dev=0.255
O4 B 0, 0.116, 0.391, 0.666, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.391 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.122, 0.410, 0.698, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.410 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.190, 0.480, 0.770, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.480 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.275, 0.565, 0.856, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.565 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.049, 0.339, 0.630, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.339 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.077, 0.371, 0.665, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.371 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.213, 0.510, 0.807, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.510 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.161, 0.462, 0.764, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.462 std_dev=0.302
O2 B 0, 0.305, 0.607, 0.910, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.607 std_dev=0.303
OP1 A 0, 0.267, 0.571, 0.875, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.571 std_dev=0.304
OP2 B 0, 0.276, 0.600, 0.924, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.600 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.311, 0.642, 0.973, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.642 std_dev=0.331
O4' B 0, 0.299, 0.642, 0.986, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.642 std_dev=0.344
O5' B 0, 0.281, 0.642, 1.002, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.642 std_dev=0.361
P B 0, 0.314, 0.675, 1.037, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.675 std_dev=0.361
OP1 B 0, 0.415, 0.791, 1.166, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.791 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.331, 0.712, 1.092, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.712 std_dev=0.381

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.14 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.11 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.10 0.09 0.12 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.12 0.11 0.14 0.11
C5' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.13 0.13 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.11 0.09 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.12 0.12 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.07 0.10 0.09 0.13 0.09
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.13 0.14 0.16 0.13
N7 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.13 0.12 0.13 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.07 0.11 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.13 0.14 0.10
O3' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.11 0.06
O5' 0.05 0.11 0.06 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.13 0.08 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.11 0.10 0.07 0.09 0.04 0.11 0.05 0.13 0.09 0.12 0.09 0.14 0.12 0.07 0.13 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.14 0.11 0.07 0.12 0.06 0.14 0.02 0.15 0.10 0.15 0.13 0.16 0.13 0.11 0.14 0.07 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.07 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.08 0.12 0.09 0.13 0.11 0.06 0.10 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.11 0.11 0.06 0.14 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07
C2 0.15 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.15 0.16 0.14 0.10 0.13 0.15 0.11 0.12 0.15 0.17 0.20 0.21 0.19
C2' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.11 0.06 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.15 0.06 0.09 0.10 0.08 0.08
C3' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.10 0.05 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.14 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05
C4 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.12 0.07 0.16 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11
C4' 0.06 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.12 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05
C5 0.08 0.09 0.10 0.09 0.15 0.09 0.11 0.10 0.08 0.07 0.12 0.09 0.11 0.09 0.21 0.09 0.11 0.15 0.13 0.13
C5' 0.08 0.09 0.08 0.05 0.10 0.05 0.10 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.04 0.12 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05
C6 0.09 0.07 0.11 0.11 0.13 0.11 0.08 0.14 0.08 0.07 0.11 0.08 0.12 0.11 0.21 0.11 0.15 0.20 0.20 0.18
C8 0.13 0.14 0.12 0.11 0.17 0.12 0.16 0.12 0.14 0.13 0.16 0.13 0.12 0.09 0.21 0.14 0.13 0.10 0.09 0.10
N1 0.13 0.09 0.13 0.13 0.08 0.14 0.11 0.16 0.14 0.11 0.08 0.10 0.14 0.12 0.16 0.14 0.18 0.22 0.24 0.21
N3 0.13 0.10 0.12 0.10 0.08 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.08 0.12 0.15 0.09 0.12 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15
N6 0.09 0.10 0.11 0.11 0.17 0.11 0.12 0.15 0.09 0.08 0.14 0.10 0.11 0.12 0.24 0.12 0.16 0.23 0.22 0.20
N7 0.12 0.14 0.11 0.10 0.19 0.12 0.18 0.12 0.14 0.13 0.17 0.13 0.12 0.10 0.23 0.14 0.13 0.13 0.10 0.11
N9 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.11 0.06 0.17 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08
O2' 0.07 0.09 0.06 0.07 0.12 0.07 0.12 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.09 0.07 0.17 0.07 0.11 0.13 0.11 0.11
O3' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.12 0.06 0.10 0.06 0.08 0.07 0.11 0.12 0.11 0.05 0.16 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06
O4' 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08
O5' 0.08 0.10 0.08 0.04 0.11 0.03 0.10 0.04 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.01 0.14 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06
OP1 0.02 0.05 0.03 0.02 0.09 0.05 0.09 0.08 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.01 0.11 0.03 0.08 0.12 0.10 0.09
OP2 0.05 0.09 0.05 0.04 0.14 0.05 0.14 0.07 0.12 0.09 0.12 0.08 0.06 0.02 0.16 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05
P 0.02 0.06 0.03 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.01 0.11 0.02 0.06 0.07 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.08 0.08 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.09 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.07 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.06 0.06 0.09 0.06
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.08 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.08 0.01 0.04 0.09 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.06 0.05 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.06 0.12 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00