ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52893

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 0, 1, 7, 5, 6, 3, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.028, 0.054, 0.080, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.054 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.063, 0.174, 0.284, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.174 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.097, 0.218, 0.338, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.218 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.102, 0.244, 0.386, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.244 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.199, 0.366, 0.533, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.366 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.196, 0.374, 0.552, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.374 std_dev=0.178
N1 B 0, 0.169, 0.356, 0.543, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.356 std_dev=0.187
C6 B 0, 0.243, 0.456, 0.669, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.456 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.182, 0.427, 0.671, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.427 std_dev=0.245
O3' A 0, 0.251, 0.499, 0.748, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.499 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.307, 0.559, 0.811, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.559 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.140, 0.402, 0.664, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.402 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.171, 0.454, 0.737, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.454 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.243, 0.538, 0.832, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.538 std_dev=0.295
C5' A 0, 0.298, 0.612, 0.926, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.612 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.132, 0.446, 0.761, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.446 std_dev=0.314
O2 B 0, 0.214, 0.551, 0.887, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.551 std_dev=0.336
O2' B 0, 0.238, 0.585, 0.931, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.585 std_dev=0.347
O5' A 0, 0.336, 0.692, 1.048, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.692 std_dev=0.356
C3' B 0, 0.179, 0.560, 0.942, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.560 std_dev=0.382
O4 B 0, 0.274, 0.680, 1.087, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.680 std_dev=0.407
P A 0, 0.294, 0.727, 1.160, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.727 std_dev=0.433
O3' B 0, 0.235, 0.670, 1.104, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.670 std_dev=0.435
OP2 A 0, 0.335, 0.787, 1.240, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.787 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.177, 0.634, 1.091, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.634 std_dev=0.457
C4' B 0, 0.166, 0.693, 1.219, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.693 std_dev=0.526
OP1 A 0, 0.422, 0.977, 1.531, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.977 std_dev=0.554
O5' B 0, 0.249, 0.826, 1.402, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.826 std_dev=0.576
C5' B 0, 0.186, 0.872, 1.558, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.872 std_dev=0.686
OP2 B 0, 0.361, 1.143, 1.924, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.143 std_dev=0.782
P B 0, 0.291, 1.088, 1.886, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.088 std_dev=0.797
OP1 B 0, 0.247, 1.221, 2.195, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.221 std_dev=0.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.14 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.04 0.15 0.17 0.27 0.19
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.09 0.06
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.17 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.14 0.15 0.24 0.17
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.09 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.18 0.20 0.28 0.21
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.10 0.05 0.15 0.15 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.19 0.23 0.32 0.23
C8 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.05 0.17 0.15 0.21 0.16
N1 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.04 0.18 0.21 0.31 0.22
N3 0.02 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.04 0.13 0.14 0.24 0.16
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.05 0.22 0.27 0.35 0.27
N7 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.05 0.19 0.21 0.27 0.21
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.12 0.19 0.14
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.11 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.07 0.06 0.05 0.15 0.08 0.06
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.11 0.05 0.07 0.00 0.03 0.10 0.28 0.21 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.00 0.09 0.10 0.17 0.14
O5' 0.07 0.15 0.05 0.06 0.14 0.02 0.18 0.01 0.19 0.17 0.18 0.13 0.22 0.19 0.12 0.05 0.10 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.17 0.13 0.17 0.15 0.09 0.20 0.07 0.23 0.15 0.21 0.14 0.27 0.21 0.12 0.15 0.28 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.27 0.09 0.11 0.24 0.05 0.28 0.02 0.32 0.21 0.31 0.24 0.35 0.27 0.19 0.08 0.21 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.19 0.06 0.08 0.17 0.04 0.21 0.02 0.23 0.16 0.22 0.16 0.27 0.21 0.14 0.06 0.17 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.21 0.24 0.24 0.22 0.19 0.25 0.16 0.17 0.28 0.32 0.32 0.25 0.28 0.20 0.28 0.36 0.39 0.32
C2 0.19 0.19 0.20 0.20 0.23 0.19 0.23 0.28 0.18 0.16 0.19 0.26 0.32 0.21 0.31 0.17 0.39 0.54 0.63 0.51
C2' 0.14 0.22 0.15 0.16 0.22 0.15 0.17 0.19 0.14 0.13 0.26 0.32 0.29 0.17 0.27 0.14 0.24 0.38 0.39 0.30
C3' 0.11 0.19 0.11 0.09 0.21 0.09 0.21 0.14 0.17 0.11 0.23 0.29 0.26 0.12 0.26 0.09 0.21 0.38 0.35 0.28
C4 0.18 0.17 0.20 0.21 0.21 0.20 0.19 0.27 0.16 0.15 0.19 0.22 0.31 0.21 0.27 0.18 0.35 0.48 0.54 0.44
C4' 0.11 0.21 0.10 0.12 0.19 0.12 0.16 0.15 0.14 0.10 0.24 0.32 0.25 0.18 0.23 0.10 0.19 0.32 0.28 0.23
C5 0.19 0.18 0.21 0.23 0.17 0.24 0.19 0.33 0.17 0.17 0.17 0.23 0.29 0.22 0.22 0.22 0.42 0.55 0.61 0.52
C5' 0.18 0.26 0.18 0.08 0.23 0.08 0.22 0.10 0.21 0.19 0.26 0.35 0.29 0.10 0.25 0.13 0.16 0.32 0.25 0.21
C6 0.19 0.21 0.21 0.24 0.18 0.25 0.21 0.36 0.19 0.18 0.20 0.26 0.29 0.23 0.22 0.22 0.46 0.62 0.70 0.59
C8 0.19 0.19 0.23 0.24 0.18 0.24 0.18 0.30 0.16 0.16 0.18 0.24 0.30 0.22 0.21 0.22 0.35 0.44 0.46 0.41
N1 0.19 0.20 0.20 0.22 0.20 0.22 0.23 0.33 0.19 0.17 0.19 0.28 0.30 0.22 0.25 0.19 0.44 0.61 0.70 0.58
N3 0.19 0.18 0.20 0.20 0.25 0.19 0.21 0.25 0.17 0.16 0.21 0.24 0.33 0.21 0.32 0.17 0.34 0.48 0.56 0.44
N6 0.22 0.24 0.24 0.27 0.21 0.30 0.23 0.44 0.23 0.21 0.27 0.29 0.28 0.26 0.27 0.28 0.53 0.71 0.78 0.68
N7 0.22 0.19 0.24 0.26 0.19 0.28 0.18 0.36 0.18 0.18 0.18 0.22 0.29 0.23 0.22 0.26 0.42 0.53 0.57 0.50
N9 0.17 0.19 0.20 0.22 0.21 0.21 0.18 0.26 0.16 0.15 0.22 0.25 0.31 0.22 0.25 0.19 0.32 0.41 0.46 0.38
O2' 0.18 0.28 0.18 0.19 0.27 0.19 0.19 0.20 0.15 0.17 0.32 0.38 0.28 0.20 0.32 0.18 0.24 0.35 0.37 0.29
O3' 0.11 0.20 0.11 0.10 0.22 0.10 0.23 0.14 0.20 0.12 0.23 0.31 0.24 0.12 0.27 0.09 0.22 0.41 0.38 0.30
O4' 0.15 0.22 0.18 0.24 0.20 0.22 0.16 0.25 0.14 0.13 0.24 0.32 0.31 0.28 0.23 0.17 0.26 0.32 0.32 0.28
O5' 0.21 0.28 0.24 0.10 0.29 0.07 0.29 0.08 0.27 0.24 0.29 0.34 0.31 0.01 0.30 0.14 0.16 0.35 0.29 0.24
OP1 0.05 0.14 0.09 0.02 0.22 0.10 0.27 0.23 0.23 0.11 0.17 0.22 0.18 0.02 0.25 0.07 0.30 0.45 0.36 0.35
OP2 0.07 0.15 0.08 0.08 0.29 0.15 0.34 0.24 0.29 0.15 0.21 0.17 0.12 0.03 0.33 0.14 0.30 0.42 0.37 0.35
P 0.05 0.14 0.09 0.01 0.23 0.07 0.27 0.16 0.24 0.12 0.18 0.20 0.16 0.01 0.25 0.03 0.23 0.37 0.30 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.09 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.16 0.16 0.27 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.14 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.16 0.14 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.02 0.15 0.08 0.10 0.12 0.02 0.01 0.13 0.01 0.09 0.19 0.12 0.10
C4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.04 0.24 0.29 0.39 0.32
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.09 0.00 0.03 0.10 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.06 0.26 0.30 0.38 0.32
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.05 0.05 0.04 0.18 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.07 0.22 0.22 0.28 0.25
N1 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.15 0.14 0.23 0.17
N3 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.20 0.22 0.34 0.26
O2 0.04 0.00 0.14 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.17 0.02 0.08 0.13 0.13 0.24 0.16
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.10 0.17 0.00 0.08 0.08 0.06 0.06 0.16 0.11 0.07
O3' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.14 0.02 0.18 0.04 0.17 0.07 0.11 0.17 0.08 0.00 0.16 0.02 0.14 0.27 0.19 0.17
O4 0.03 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.16 0.00 0.04 0.26 0.32 0.43 0.35
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.04 0.00 0.10 0.09 0.15 0.11
O5' 0.09 0.16 0.08 0.09 0.24 0.03 0.26 0.01 0.22 0.15 0.20 0.13 0.06 0.14 0.26 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.16 0.16 0.19 0.29 0.10 0.30 0.09 0.22 0.14 0.22 0.13 0.16 0.27 0.32 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.27 0.14 0.12 0.39 0.06 0.38 0.03 0.28 0.23 0.34 0.24 0.11 0.19 0.43 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.20 0.09 0.10 0.32 0.03 0.32 0.02 0.25 0.17 0.26 0.16 0.07 0.17 0.35 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00