ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52894

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 1, 2, 3, 5, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.021, 0.042, 0.064, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.042 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.024, 0.049, 0.073, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.049 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.044 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.021, 0.049, 0.077, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.015, 0.043, 0.072, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.023, 0.052, 0.081, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.052 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.069 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.206, 0.392, 0.577, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.392 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.227, 0.425, 0.624, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.425 std_dev=0.198
C2' A 0, 0.278, 0.507, 0.737, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.507 std_dev=0.229
C2 B 0, 0.291, 0.549, 0.806, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.549 std_dev=0.258
C4' A 0, 0.414, 0.693, 0.973, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.693 std_dev=0.279
O2' A 0, 0.333, 0.653, 0.973, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.653 std_dev=0.320
C3' B 0, 0.538, 0.859, 1.180, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.859 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.374, 0.702, 1.030, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.702 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.362, 0.701, 1.040, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.701 std_dev=0.339
O3' B 0, 0.605, 0.947, 1.288, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.947 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.252, 0.599, 0.947, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.599 std_dev=0.347
P A 0, 0.571, 0.925, 1.278, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.925 std_dev=0.353
C3' A 0, 0.442, 0.802, 1.163, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.802 std_dev=0.360
OP1 A 0, 0.564, 0.929, 1.293, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.929 std_dev=0.365
C5 B 0, 0.294, 0.662, 1.030, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.662 std_dev=0.368
C4 B 0, 0.224, 0.599, 0.975, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.599 std_dev=0.375
O5' A 0, 0.638, 1.016, 1.394, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.016 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.327, 0.708, 1.089, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.708 std_dev=0.381
OP2 A 0, 0.542, 0.955, 1.367, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.955 std_dev=0.413
O2 B 0, 0.452, 0.879, 1.306, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.879 std_dev=0.427
C5' A 0, 0.656, 1.098, 1.540, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.098 std_dev=0.442
C4' B 0, 0.597, 1.112, 1.627, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.112 std_dev=0.515
O4' B 0, 0.546, 1.074, 1.602, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.074 std_dev=0.528
O4 B 0, 0.320, 0.873, 1.425, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.873 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.166, 0.803, 1.440, 3.168 max_d=3.168 avg_d=0.803 std_dev=0.637
O3' A 0, 0.594, 1.231, 1.869, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.231 std_dev=0.637
O5' B 0, 0.392, 1.038, 1.683, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.038 std_dev=0.645
C5' B 0, 0.865, 1.527, 2.188, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.527 std_dev=0.661
OP2 B 0, 0.622, 1.478, 2.335, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.478 std_dev=0.856
P B 0, 0.496, 1.363, 2.230, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.363 std_dev=0.867
OP1 B 0, 0.675, 1.682, 2.689, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.682 std_dev=1.007

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.18 0.18 0.24 0.16
C2 0.07 0.00 0.18 0.18 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.25 0.24 0.07 0.27 0.26 0.26 0.23
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.11 0.12 0.07 0.16 0.16 0.11 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.27 0.29 0.30 0.25
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.14 0.01 0.19 0.03 0.20 0.20 0.19 0.16 0.22 0.21 0.12 0.03 0.01 0.01 0.22 0.23 0.16 0.16
C4 0.04 0.02 0.10 0.14 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.13 0.04 0.27 0.25 0.25 0.22
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.04 0.16 0.03 0.01 0.02 0.11 0.19 0.04
C5 0.03 0.01 0.08 0.19 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.12 0.03 0.32 0.28 0.26 0.26
C5' 0.06 0.10 0.11 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.07 0.10 0.11 0.02 0.01 0.13 0.23 0.02
C6 0.04 0.01 0.12 0.20 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.21 0.16 0.04 0.33 0.29 0.28 0.28
C8 0.02 0.02 0.07 0.20 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.12 0.14 0.04 0.32 0.25 0.24 0.24
N1 0.06 0.00 0.16 0.19 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.24 0.21 0.05 0.31 0.28 0.27 0.26
N3 0.07 0.01 0.16 0.16 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.24 0.08 0.25 0.24 0.26 0.22
N6 0.04 0.02 0.11 0.22 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.21 0.18 0.05 0.37 0.32 0.30 0.31
N7 0.02 0.02 0.07 0.21 0.01 0.09 0.01 0.11 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.15 0.15 0.04 0.35 0.29 0.26 0.28
N9 0.01 0.03 0.03 0.12 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.26 0.23 0.24 0.21
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.16 0.16 0.18 0.10 0.21 0.12 0.24 0.21 0.21 0.15 0.10 0.00 0.08 0.12 0.17 0.21 0.31 0.20
O3' 0.15 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.11 0.16 0.14 0.21 0.24 0.18 0.15 0.07 0.08 0.00 0.11 0.26 0.36 0.26 0.25
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04 0.01 0.12 0.11 0.00 0.15 0.15 0.25 0.15
O5' 0.18 0.27 0.27 0.22 0.27 0.02 0.32 0.01 0.33 0.32 0.31 0.25 0.37 0.35 0.26 0.17 0.26 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.26 0.29 0.23 0.25 0.11 0.28 0.13 0.29 0.25 0.28 0.24 0.32 0.29 0.23 0.21 0.36 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.26 0.30 0.16 0.25 0.19 0.26 0.23 0.28 0.24 0.27 0.26 0.30 0.26 0.24 0.31 0.26 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.25 0.16 0.22 0.04 0.26 0.02 0.28 0.24 0.26 0.22 0.31 0.28 0.21 0.20 0.25 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.21 0.31 0.26 0.31 0.20 0.27 0.26 0.22 0.16 0.28 0.36 0.53 0.22 0.42 0.20 0.43 0.53 0.62 0.45
C2 0.20 0.24 0.23 0.25 0.36 0.22 0.40 0.40 0.29 0.16 0.27 0.41 0.52 0.20 0.53 0.17 0.57 0.80 0.97 0.75
C2' 0.24 0.20 0.27 0.27 0.29 0.21 0.27 0.32 0.22 0.14 0.27 0.36 0.53 0.27 0.41 0.18 0.48 0.63 0.70 0.53
C3' 0.19 0.21 0.20 0.21 0.28 0.17 0.22 0.31 0.16 0.10 0.28 0.34 0.48 0.24 0.38 0.14 0.38 0.57 0.60 0.44
C4 0.21 0.24 0.24 0.26 0.32 0.22 0.35 0.39 0.26 0.16 0.28 0.39 0.54 0.21 0.44 0.17 0.56 0.73 0.86 0.66
C4' 0.22 0.25 0.26 0.21 0.29 0.17 0.23 0.22 0.19 0.15 0.32 0.36 0.44 0.21 0.38 0.18 0.33 0.47 0.48 0.34
C5 0.19 0.26 0.23 0.28 0.28 0.31 0.35 0.50 0.29 0.17 0.30 0.37 0.56 0.24 0.35 0.24 0.64 0.84 0.97 0.78
C5' 0.25 0.32 0.26 0.23 0.30 0.22 0.24 0.26 0.21 0.22 0.35 0.43 0.39 0.24 0.35 0.23 0.31 0.49 0.43 0.33
C6 0.19 0.27 0.23 0.29 0.29 0.34 0.39 0.56 0.32 0.19 0.33 0.38 0.55 0.26 0.37 0.28 0.68 0.94 1.08 0.88
C8 0.21 0.23 0.24 0.29 0.23 0.28 0.26 0.43 0.25 0.16 0.26 0.34 0.59 0.24 0.28 0.21 0.57 0.71 0.75 0.62
N1 0.18 0.26 0.22 0.27 0.32 0.29 0.41 0.50 0.31 0.18 0.30 0.40 0.53 0.23 0.44 0.22 0.64 0.91 1.06 0.84
N3 0.23 0.23 0.26 0.25 0.36 0.19 0.37 0.35 0.26 0.16 0.27 0.41 0.53 0.20 0.53 0.16 0.53 0.71 0.87 0.65
N6 0.24 0.29 0.26 0.33 0.30 0.43 0.38 0.66 0.35 0.23 0.35 0.36 0.56 0.30 0.36 0.38 0.75 1.06 1.18 0.99
N7 0.21 0.25 0.25 0.31 0.24 0.36 0.29 0.55 0.29 0.18 0.29 0.33 0.61 0.27 0.27 0.29 0.67 0.84 0.91 0.77
N9 0.22 0.22 0.26 0.26 0.29 0.21 0.29 0.34 0.24 0.15 0.27 0.37 0.55 0.21 0.39 0.17 0.51 0.65 0.73 0.57
O2' 0.27 0.23 0.31 0.27 0.34 0.21 0.31 0.29 0.23 0.17 0.29 0.40 0.53 0.26 0.47 0.21 0.46 0.61 0.72 0.53
O3' 0.23 0.29 0.23 0.23 0.32 0.20 0.27 0.34 0.21 0.19 0.34 0.40 0.46 0.28 0.41 0.18 0.39 0.60 0.62 0.46
O4' 0.25 0.22 0.31 0.25 0.30 0.20 0.24 0.22 0.20 0.15 0.31 0.34 0.49 0.23 0.39 0.21 0.37 0.44 0.49 0.34
O5' 0.22 0.29 0.24 0.11 0.31 0.09 0.25 0.22 0.20 0.18 0.34 0.35 0.50 0.03 0.37 0.12 0.34 0.56 0.46 0.39
OP1 0.11 0.21 0.09 0.03 0.21 0.10 0.19 0.23 0.16 0.08 0.24 0.32 0.19 0.02 0.25 0.08 0.27 0.60 0.42 0.38
OP2 0.17 0.24 0.26 0.09 0.31 0.22 0.30 0.43 0.24 0.18 0.29 0.29 0.46 0.02 0.34 0.17 0.37 0.70 0.53 0.50
P 0.13 0.20 0.14 0.03 0.22 0.11 0.20 0.26 0.17 0.09 0.23 0.28 0.31 0.01 0.25 0.08 0.29 0.56 0.40 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.03 0.01 0.08 0.13 0.27 0.12
C2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.02 0.08 0.21 0.27 0.40 0.23
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.05 0.14 0.02 0.14 0.31 0.01 0.02 0.06 0.01 0.21 0.26 0.26 0.18
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.20 0.01 0.19 0.02 0.18 0.12 0.21 0.25 0.02 0.01 0.21 0.02 0.24 0.32 0.19 0.19
C4 0.03 0.01 0.05 0.20 0.00 0.12 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.13 0.01 0.05 0.39 0.49 0.62 0.44
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.16 0.06 0.07 0.11 0.13 0.02 0.13 0.01 0.02 0.13 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.17 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.15 0.01 0.11 0.43 0.52 0.63 0.48
C5' 0.02 0.07 0.05 0.02 0.20 0.01 0.26 0.00 0.23 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.22 0.01 0.01 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.18 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.14 0.02 0.13 0.36 0.40 0.49 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.02 0.02 0.22 0.25 0.37 0.23
N3 0.03 0.01 0.14 0.21 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.17 0.02 0.05 0.30 0.38 0.51 0.33
O2 0.07 0.00 0.31 0.25 0.01 0.11 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.24 0.29 0.02 0.15 0.15 0.24 0.34 0.16
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.19 0.13 0.25 0.09 0.24 0.11 0.12 0.24 0.00 0.05 0.22 0.09 0.10 0.23 0.28 0.13
O3' 0.11 0.18 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.10 0.14 0.05 0.17 0.29 0.05 0.00 0.15 0.06 0.26 0.46 0.24 0.29
O4 0.03 0.02 0.06 0.21 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.02 0.22 0.15 0.00 0.05 0.43 0.57 0.70 0.50
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.13 0.02 0.05 0.15 0.09 0.06 0.05 0.00 0.13 0.13 0.33 0.17
O5' 0.08 0.21 0.21 0.24 0.39 0.02 0.43 0.01 0.36 0.22 0.30 0.15 0.10 0.26 0.43 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.27 0.26 0.32 0.49 0.13 0.52 0.12 0.40 0.25 0.38 0.24 0.23 0.46 0.57 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.40 0.26 0.19 0.62 0.21 0.63 0.21 0.49 0.37 0.51 0.34 0.28 0.24 0.70 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.18 0.19 0.44 0.04 0.48 0.02 0.37 0.23 0.33 0.16 0.13 0.29 0.50 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00