ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52896

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 6, 2, 1, 0, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N9 A 0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.019 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.006, 0.016, 0.039, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.016 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.002, 0.027, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.024
C8 A 0, -0.003, 0.026, 0.054, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.026 std_dev=0.029
N1 B 0, 0.001, 0.234, 0.467, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.234 std_dev=0.233
C6 B 0, -0.001, 0.262, 0.524, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.262 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.004, 0.275, 0.546, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.275 std_dev=0.271
C1' B 0, -0.031, 0.259, 0.548, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.259 std_dev=0.289
N3 B 0, -0.025, 0.277, 0.578, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.277 std_dev=0.302
O4' B 0, -0.019, 0.289, 0.598, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.289 std_dev=0.309
C4 B 0, -0.021, 0.288, 0.598, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.288 std_dev=0.309
C5 B 0, -0.015, 0.295, 0.605, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.295 std_dev=0.310
C4' B 0, -0.051, 0.295, 0.641, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.295 std_dev=0.346
O4' A 0, -0.138, 0.211, 0.559, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.211 std_dev=0.348
O2 B 0, -0.021, 0.351, 0.723, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.351 std_dev=0.372
C2' A 0, -0.148, 0.238, 0.623, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.238 std_dev=0.386
O4 B 0, -0.034, 0.357, 0.748, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.357 std_dev=0.391
C3' B 0, -0.118, 0.308, 0.734, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.308 std_dev=0.426
OP1 A 0, -0.006, 0.432, 0.871, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.432 std_dev=0.439
C2' B 0, -0.150, 0.318, 0.786, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.318 std_dev=0.468
O3' B 0, -0.133, 0.340, 0.813, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.340 std_dev=0.473
O5' A 0, -0.095, 0.379, 0.854, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.379 std_dev=0.475
C5' B 0, -0.167, 0.386, 0.939, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.386 std_dev=0.553
C4' A 0, -0.225, 0.368, 0.961, 2.302 max_d=2.302 avg_d=0.368 std_dev=0.593
O2' B 0, -0.230, 0.379, 0.988, 2.865 max_d=2.865 avg_d=0.379 std_dev=0.609
P A 0, -0.204, 0.429, 1.062, 2.986 max_d=2.986 avg_d=0.429 std_dev=0.633
C3' A 0, -0.265, 0.429, 1.122, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.429 std_dev=0.693
C5' A 0, -0.259, 0.455, 1.169, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.455 std_dev=0.714
O2' A 0, -0.221, 0.519, 1.259, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.519 std_dev=0.740
OP2 A 0, -0.365, 0.510, 1.386, 4.200 max_d=4.200 avg_d=0.510 std_dev=0.876
O5' B 0, -0.380, 0.570, 1.519, 3.780 max_d=3.780 avg_d=0.570 std_dev=0.950
O3' A 0, -0.465, 0.728, 1.921, 3.649 max_d=3.649 avg_d=0.728 std_dev=1.193
P B 0, -0.688, 0.635, 1.958, 5.768 max_d=5.768 avg_d=0.635 std_dev=1.323
OP2 B 0, -0.724, 0.897, 2.519, 6.754 max_d=6.754 avg_d=0.897 std_dev=1.621
OP1 B 0, -0.776, 0.961, 2.699, 7.239 max_d=7.239 avg_d=0.961 std_dev=1.737

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.18 0.16 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.23 0.22 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.35 0.14 0.13 0.11 0.42 0.17
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.21 0.10 0.14 0.17 0.24 0.07 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.42 0.48 0.52 0.44
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.23 0.01 0.32 0.02 0.32 0.35 0.27 0.18 0.37 0.37 0.21 0.02 0.01 0.01 0.11 0.19 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.23 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.08 0.12 0.11 0.42 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.18 0.03 0.05 0.12 0.17 0.08 0.28 0.03 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.05 0.13 0.11 0.50 0.17
C5' 0.08 0.07 0.21 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.13 0.07 0.08 0.13 0.15 0.06 0.07 0.20 0.02 0.01 0.15 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.32 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.17 0.07 0.14 0.12 0.51 0.17
C8 0.02 0.02 0.14 0.35 0.01 0.18 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.22 0.09 0.13 0.11 0.50 0.17
N1 0.03 0.00 0.17 0.27 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.25 0.11 0.12 0.10 0.47 0.17
N3 0.03 0.00 0.24 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.38 0.15 0.14 0.12 0.39 0.18
N6 0.02 0.01 0.07 0.37 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.32 0.20 0.05 0.16 0.16 0.54 0.18
N7 0.02 0.02 0.09 0.37 0.01 0.17 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.24 0.07 0.16 0.12 0.55 0.18
N9 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.13 0.12 0.40 0.18
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.18 0.28 0.28 0.07 0.28 0.31 0.22 0.15 0.32 0.34 0.18 0.00 0.07 0.21 0.29 0.35 0.53 0.34
O3' 0.32 0.35 0.04 0.01 0.19 0.03 0.14 0.20 0.17 0.22 0.25 0.38 0.20 0.24 0.11 0.07 0.00 0.25 0.23 0.40 0.38 0.29
O4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.11 0.15 0.05 0.07 0.02 0.21 0.25 0.00 0.09 0.11 0.14 0.10
O5' 0.18 0.13 0.42 0.11 0.12 0.01 0.13 0.01 0.14 0.13 0.12 0.14 0.16 0.16 0.13 0.29 0.23 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.16 0.11 0.48 0.19 0.11 0.10 0.11 0.15 0.12 0.11 0.10 0.12 0.16 0.12 0.12 0.35 0.40 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.42 0.52 0.14 0.42 0.11 0.50 0.20 0.51 0.50 0.47 0.39 0.54 0.55 0.40 0.53 0.38 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.17 0.44 0.09 0.17 0.03 0.17 0.02 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.34 0.29 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.20 0.17 0.34 0.17 0.20 0.23 0.25 0.20 0.10 0.19 0.37 0.29 0.37 0.17 0.10 0.59 0.62 0.83 0.55
C2 0.14 0.25 0.16 0.16 0.12 0.07 0.17 0.08 0.14 0.11 0.27 0.37 0.32 0.19 0.15 0.12 0.47 0.73 0.96 0.46
C2' 0.15 0.22 0.28 0.52 0.15 0.37 0.23 0.44 0.25 0.15 0.24 0.38 0.21 0.62 0.17 0.19 0.74 0.72 1.03 0.72
C3' 0.16 0.13 0.31 0.51 0.13 0.40 0.20 0.46 0.22 0.14 0.14 0.22 0.21 0.62 0.13 0.19 0.62 0.59 0.82 0.61
C4 0.16 0.28 0.16 0.20 0.18 0.11 0.20 0.14 0.16 0.11 0.28 0.43 0.37 0.23 0.20 0.11 0.57 0.72 1.00 0.59
C4' 0.34 0.29 0.49 0.62 0.32 0.53 0.40 0.57 0.42 0.36 0.27 0.25 0.30 0.67 0.27 0.36 0.73 0.61 0.86 0.67
C5 0.21 0.32 0.26 0.15 0.24 0.11 0.17 0.13 0.09 0.16 0.33 0.43 0.45 0.16 0.29 0.16 0.62 0.81 1.14 0.71
C5' 0.48 0.35 0.62 0.78 0.41 0.73 0.51 0.79 0.55 0.47 0.33 0.26 0.42 0.86 0.35 0.55 0.92 0.80 1.02 0.87
C6 0.23 0.33 0.28 0.12 0.25 0.11 0.09 0.09 0.08 0.19 0.36 0.41 0.44 0.13 0.34 0.18 0.54 0.83 1.16 0.66
C8 0.20 0.27 0.23 0.23 0.23 0.17 0.24 0.27 0.17 0.12 0.26 0.42 0.51 0.24 0.25 0.15 0.73 0.79 1.07 0.78
N1 0.19 0.29 0.22 0.12 0.17 0.09 0.10 0.09 0.12 0.16 0.33 0.38 0.38 0.14 0.25 0.16 0.48 0.78 1.05 0.52
N3 0.12 0.24 0.13 0.21 0.14 0.09 0.21 0.10 0.17 0.10 0.25 0.39 0.29 0.24 0.15 0.10 0.50 0.69 0.93 0.48
N6 0.27 0.34 0.36 0.16 0.31 0.15 0.10 0.11 0.11 0.24 0.37 0.40 0.49 0.14 0.43 0.23 0.54 0.90 1.27 0.73
N7 0.24 0.31 0.32 0.16 0.27 0.15 0.22 0.21 0.10 0.17 0.32 0.43 0.54 0.17 0.31 0.20 0.74 0.88 1.21 0.85
N9 0.15 0.25 0.14 0.26 0.19 0.16 0.23 0.22 0.19 0.11 0.24 0.42 0.39 0.28 0.20 0.11 0.63 0.69 0.96 0.63
O2' 0.13 0.30 0.19 0.41 0.21 0.23 0.27 0.33 0.22 0.11 0.30 0.53 0.36 0.48 0.24 0.11 0.68 0.70 1.06 0.69
O3' 0.40 0.50 0.47 0.58 0.46 0.48 0.45 0.52 0.45 0.44 0.50 0.57 0.32 0.68 0.42 0.34 0.66 0.58 0.90 0.64
O4' 0.21 0.26 0.34 0.47 0.36 0.36 0.41 0.41 0.39 0.30 0.29 0.22 0.20 0.47 0.34 0.22 0.65 0.60 0.80 0.59
O5' 0.29 0.25 0.38 0.64 0.38 0.59 0.47 0.71 0.47 0.34 0.28 0.17 0.15 0.70 0.35 0.40 0.91 0.84 1.04 0.90
OP1 0.16 0.15 0.18 0.43 0.29 0.53 0.37 0.73 0.35 0.21 0.20 0.12 0.14 0.54 0.28 0.33 0.88 0.94 0.92 0.89
OP2 0.69 0.62 0.65 1.05 0.84 1.14 0.98 1.40 0.97 0.77 0.67 0.44 0.25 1.03 0.82 0.95 1.68 1.72 1.84 1.74
P 0.45 0.37 0.46 0.80 0.50 0.85 0.61 1.02 0.62 0.48 0.39 0.25 0.16 0.91 0.48 0.65 1.21 1.20 1.28 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.12 0.70 0.18 0.21
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.11 0.02 0.05 0.27 0.86 0.38 0.26
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.10 0.17 0.00 0.02 0.07 0.01 0.17 0.47 0.17 0.17
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.16 0.10 0.15 0.15 0.03 0.01 0.16 0.03 0.27 0.30 0.17 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.00 0.02 0.40 0.89 0.72 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.06 0.07 0.12 0.02 0.10 0.00 0.03 0.29 0.26 0.12
C5 0.02 0.02 0.05 0.16 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.00 0.05 0.44 0.89 0.73 0.37
C5' 0.04 0.12 0.03 0.02 0.23 0.01 0.28 0.00 0.25 0.14 0.17 0.10 0.10 0.10 0.24 0.01 0.02 0.13 0.33 0.03
C6 0.02 0.02 0.06 0.16 0.00 0.13 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.16 0.01 0.06 0.39 0.86 0.50 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.01 0.26 0.81 0.33 0.22
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.01 0.03 0.34 0.89 0.56 0.29
O2 0.04 0.01 0.17 0.15 0.02 0.07 0.02 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.03 0.09 0.23 0.86 0.29 0.28
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.10 0.12 0.05 0.10 0.04 0.05 0.14 0.22 0.00 0.06 0.11 0.10 0.13 0.38 0.18 0.12
O3' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.16 0.02 0.18 0.10 0.16 0.07 0.14 0.16 0.06 0.00 0.16 0.05 0.28 0.27 0.17 0.21
O4 0.02 0.02 0.07 0.16 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.16 0.00 0.03 0.41 0.89 0.81 0.37
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.09 0.10 0.05 0.03 0.00 0.08 0.69 0.32 0.28
O5' 0.12 0.27 0.17 0.27 0.40 0.03 0.44 0.02 0.39 0.26 0.34 0.23 0.13 0.28 0.41 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.70 0.86 0.47 0.30 0.89 0.29 0.89 0.13 0.86 0.81 0.89 0.86 0.38 0.27 0.89 0.69 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.38 0.17 0.17 0.72 0.26 0.73 0.33 0.50 0.33 0.56 0.29 0.18 0.17 0.81 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.26 0.17 0.21 0.34 0.12 0.37 0.03 0.29 0.22 0.29 0.28 0.12 0.21 0.37 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00