ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52898

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 3, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.021, 0.039, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.026, 0.046, 0.067, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.023, 0.045, 0.066, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.012, 0.049, 0.085, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.049 std_dev=0.037
O4' A 0, -0.035, 0.239, 0.513, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.239 std_dev=0.274
C2' A 0, -0.035, 0.263, 0.560, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.263 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.267, 0.633, 0.999, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.633 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.325, 0.694, 1.064, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.694 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.258, 0.634, 1.010, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.634 std_dev=0.376
N3 B 0, 0.290, 0.667, 1.043, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.667 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.272, 0.652, 1.033, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.652 std_dev=0.380
O4 B 0, 0.424, 0.818, 1.212, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.818 std_dev=0.394
C2 B 0, 0.218, 0.623, 1.028, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.623 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.319, 0.740, 1.162, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.740 std_dev=0.421
O2 B 0, 0.221, 0.670, 1.119, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.670 std_dev=0.449
C2' B 0, 0.216, 0.667, 1.119, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.667 std_dev=0.451
C4' A 0, -0.035, 0.428, 0.891, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.428 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.389, 0.958, 1.527, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.958 std_dev=0.569
C3' B 0, 0.208, 0.812, 1.417, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.812 std_dev=0.605
C5' A 0, 0.037, 0.653, 1.269, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.653 std_dev=0.616
O2' A 0, -0.091, 0.536, 1.163, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.536 std_dev=0.627
C4' B 0, 0.376, 1.012, 1.648, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.012 std_dev=0.636
C3' A 0, -0.136, 0.512, 1.161, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.512 std_dev=0.648
O2' B 0, 0.146, 0.824, 1.502, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.824 std_dev=0.678
O3' B 0, 0.159, 0.878, 1.597, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.878 std_dev=0.719
C5' B 0, 0.420, 1.290, 2.160, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.290 std_dev=0.870
O5' A 0, 0.013, 0.896, 1.778, 3.206 max_d=3.206 avg_d=0.896 std_dev=0.882
P A 0, -0.002, 0.924, 1.850, 3.517 max_d=3.517 avg_d=0.924 std_dev=0.926
O5' B 0, 0.367, 1.395, 2.424, 3.609 max_d=3.609 avg_d=1.395 std_dev=1.028
OP2 A 0, -0.081, 0.986, 2.053, 4.137 max_d=4.137 avg_d=0.986 std_dev=1.067
OP1 A 0, -0.026, 1.070, 2.167, 4.345 max_d=4.345 avg_d=1.070 std_dev=1.096
O3' A 0, -0.275, 0.847, 1.970, 3.655 max_d=3.655 avg_d=0.847 std_dev=1.122
OP2 B 0, 0.409, 1.613, 2.817, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.613 std_dev=1.204
P B 0, 0.290, 1.523, 2.755, 4.097 max_d=4.097 avg_d=1.523 std_dev=1.232
OP1 B 0, 0.423, 1.840, 3.256, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.840 std_dev=1.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.24 0.27 0.26 0.24
C2 0.04 0.00 0.24 0.21 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.41 0.23 0.09 0.47 0.49 0.62 0.48
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.16 0.11 0.12 0.19 0.24 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.18 0.29 0.20
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.21 0.01 0.29 0.02 0.29 0.31 0.25 0.18 0.33 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.11 0.28 0.22 0.13
C4 0.02 0.01 0.12 0.21 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.12 0.03 0.49 0.48 0.56 0.46
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.18 0.07 0.05 0.15 0.18 0.09 0.25 0.02 0.01 0.04 0.19 0.07 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.29 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.06 0.03 0.61 0.59 0.72 0.58
C5' 0.05 0.09 0.16 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.17 0.25 0.12 0.08 0.22 0.27 0.12 0.09 0.19 0.02 0.01 0.22 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.07 0.03 0.62 0.63 0.80 0.62
C8 0.02 0.02 0.12 0.31 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.15 0.10 0.62 0.54 0.58 0.52
N1 0.04 0.00 0.19 0.25 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.39 0.13 0.06 0.56 0.58 0.74 0.56
N3 0.04 0.00 0.24 0.18 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.26 0.09 0.42 0.44 0.53 0.42
N6 0.03 0.02 0.09 0.33 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.11 0.03 0.69 0.70 0.91 0.70
N7 0.02 0.01 0.07 0.34 0.01 0.18 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.17 0.08 0.68 0.63 0.76 0.63
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.09 0.02 0.45 0.42 0.45 0.39
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.28 0.25 0.30 0.09 0.35 0.26 0.39 0.39 0.36 0.30 0.18 0.00 0.04 0.18 0.06 0.17 0.36 0.14
O3' 0.27 0.23 0.02 0.01 0.12 0.02 0.06 0.19 0.07 0.15 0.13 0.26 0.11 0.17 0.09 0.04 0.00 0.19 0.26 0.55 0.37 0.32
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.06 0.09 0.03 0.08 0.02 0.18 0.19 0.00 0.27 0.32 0.33 0.32
O5' 0.24 0.47 0.15 0.11 0.49 0.04 0.61 0.01 0.62 0.62 0.56 0.42 0.69 0.68 0.45 0.06 0.26 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.49 0.18 0.28 0.48 0.19 0.59 0.22 0.63 0.54 0.58 0.44 0.70 0.63 0.42 0.17 0.55 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.62 0.29 0.22 0.56 0.07 0.72 0.07 0.80 0.58 0.74 0.53 0.91 0.76 0.45 0.36 0.37 0.33 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.48 0.20 0.13 0.46 0.08 0.58 0.02 0.62 0.52 0.56 0.42 0.70 0.63 0.39 0.14 0.32 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.28 0.35 0.44 0.30 0.35 0.28 0.43 0.26 0.26 0.30 0.30 0.43 0.37 0.34 0.31 0.74 0.82 0.69 0.68
C2 0.24 0.22 0.32 0.47 0.27 0.37 0.28 0.48 0.25 0.23 0.21 0.27 0.45 0.33 0.34 0.27 0.91 1.02 1.09 0.97
C2' 0.47 0.33 0.30 0.34 0.30 0.36 0.31 0.48 0.35 0.37 0.30 0.35 0.69 0.37 0.34 0.44 0.66 0.78 0.59 0.60
C3' 0.35 0.20 0.21 0.15 0.25 0.13 0.29 0.20 0.27 0.23 0.19 0.31 0.48 0.14 0.31 0.27 0.51 0.74 0.53 0.49
C4 0.23 0.21 0.31 0.47 0.27 0.37 0.25 0.47 0.22 0.22 0.22 0.25 0.45 0.33 0.33 0.28 0.88 0.95 0.96 0.89
C4' 0.36 0.30 0.25 0.26 0.26 0.22 0.28 0.27 0.28 0.28 0.27 0.39 0.37 0.27 0.29 0.34 0.50 0.75 0.42 0.45
C5 0.25 0.21 0.31 0.51 0.25 0.42 0.26 0.51 0.25 0.24 0.20 0.25 0.47 0.37 0.31 0.32 0.93 1.01 1.06 0.98
C5' 0.55 0.43 0.26 0.12 0.38 0.20 0.43 0.16 0.45 0.45 0.38 0.48 0.43 0.17 0.39 0.47 0.33 0.71 0.24 0.32
C6 0.27 0.23 0.32 0.52 0.25 0.44 0.30 0.54 0.30 0.26 0.21 0.28 0.47 0.39 0.30 0.35 0.97 1.09 1.17 1.06
C8 0.24 0.24 0.28 0.48 0.31 0.40 0.29 0.47 0.25 0.24 0.26 0.23 0.47 0.35 0.35 0.32 0.86 0.89 0.82 0.82
N1 0.26 0.24 0.33 0.50 0.28 0.41 0.31 0.52 0.29 0.26 0.22 0.29 0.46 0.36 0.32 0.31 0.95 1.09 1.17 1.05
N3 0.23 0.21 0.33 0.46 0.27 0.35 0.26 0.46 0.22 0.21 0.22 0.25 0.44 0.33 0.34 0.26 0.87 0.96 0.98 0.89
N6 0.31 0.25 0.33 0.56 0.26 0.50 0.35 0.59 0.35 0.30 0.23 0.29 0.47 0.44 0.28 0.41 1.01 1.18 1.27 1.15
N7 0.26 0.20 0.30 0.52 0.28 0.44 0.27 0.52 0.24 0.23 0.22 0.22 0.49 0.40 0.34 0.36 0.94 0.98 0.99 0.95
N9 0.24 0.23 0.31 0.46 0.28 0.36 0.26 0.45 0.23 0.23 0.25 0.25 0.44 0.33 0.33 0.28 0.83 0.88 0.82 0.79
O2' 0.42 0.38 0.29 0.32 0.46 0.32 0.44 0.46 0.43 0.39 0.44 0.37 0.64 0.30 0.52 0.40 0.68 0.81 0.67 0.64
O3' 0.36 0.43 0.24 0.20 0.32 0.14 0.26 0.21 0.25 0.30 0.41 0.61 0.41 0.14 0.37 0.28 0.54 0.85 0.58 0.55
O4' 0.29 0.27 0.46 0.53 0.28 0.40 0.28 0.46 0.27 0.26 0.27 0.33 0.43 0.45 0.30 0.32 0.73 0.86 0.62 0.66
O5' 0.33 0.26 0.37 0.17 0.50 0.10 0.56 0.25 0.49 0.33 0.35 0.18 0.43 0.02 0.55 0.20 0.45 0.81 0.53 0.49
OP1 0.21 0.12 0.12 0.05 0.37 0.16 0.45 0.33 0.35 0.14 0.21 0.20 0.18 0.02 0.45 0.24 0.29 0.92 0.46 0.48
OP2 0.15 0.30 0.18 0.07 0.66 0.26 0.70 0.52 0.55 0.30 0.48 0.21 0.46 0.01 0.76 0.19 0.61 1.01 0.74 0.73
P 0.19 0.15 0.15 0.03 0.44 0.11 0.51 0.32 0.42 0.20 0.28 0.15 0.23 0.01 0.51 0.13 0.39 0.86 0.49 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.12 0.03 0.02 0.04 0.08 0.03 0.22 0.04 0.01 0.21 0.26 0.46 0.30
C2 0.04 0.00 0.20 0.22 0.03 0.06 0.03 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.04 0.05 0.42 0.40 0.53 0.42
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.06 0.03 0.13 0.23 0.16 0.03 0.15 0.36 0.00 0.01 0.07 0.02 0.19 0.22 0.35 0.14
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.30 0.01 0.33 0.02 0.30 0.17 0.26 0.28 0.04 0.01 0.33 0.02 0.24 0.41 0.21 0.16
C4 0.03 0.03 0.06 0.30 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.06 0.20 0.22 0.01 0.06 0.59 0.57 0.61 0.56
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.16 0.06 0.08 0.10 0.21 0.02 0.15 0.00 0.02 0.20 0.34 0.11
C5 0.03 0.03 0.13 0.33 0.01 0.17 0.00 0.25 0.00 0.01 0.02 0.05 0.28 0.30 0.03 0.11 0.61 0.60 0.60 0.58
C5' 0.12 0.16 0.23 0.02 0.22 0.01 0.25 0.00 0.22 0.16 0.18 0.14 0.14 0.14 0.24 0.02 0.02 0.31 0.35 0.03
C6 0.03 0.02 0.16 0.30 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.00 0.02 0.03 0.26 0.27 0.03 0.13 0.54 0.52 0.54 0.51
N1 0.02 0.01 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.11 0.03 0.02 0.40 0.39 0.50 0.40
N3 0.04 0.01 0.15 0.26 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.05 0.16 0.14 0.03 0.02 0.51 0.48 0.58 0.49
O2 0.08 0.02 0.36 0.28 0.06 0.10 0.05 0.14 0.03 0.03 0.05 0.00 0.34 0.28 0.07 0.09 0.38 0.35 0.52 0.38
O2' 0.03 0.16 0.00 0.04 0.20 0.21 0.28 0.14 0.26 0.11 0.16 0.34 0.00 0.06 0.21 0.16 0.08 0.28 0.35 0.13
O3' 0.22 0.15 0.01 0.01 0.22 0.02 0.30 0.14 0.27 0.11 0.14 0.28 0.06 0.00 0.26 0.20 0.23 0.67 0.28 0.30
O4 0.04 0.04 0.07 0.33 0.01 0.15 0.03 0.24 0.03 0.03 0.03 0.07 0.21 0.26 0.00 0.07 0.63 0.61 0.64 0.60
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.00 0.11 0.02 0.13 0.02 0.02 0.09 0.16 0.20 0.07 0.00 0.21 0.34 0.50 0.35
O5' 0.21 0.42 0.19 0.24 0.59 0.02 0.61 0.02 0.54 0.40 0.51 0.38 0.08 0.23 0.63 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.26 0.40 0.22 0.41 0.57 0.20 0.60 0.31 0.52 0.39 0.48 0.35 0.28 0.67 0.61 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.53 0.35 0.21 0.61 0.34 0.60 0.35 0.54 0.50 0.58 0.52 0.35 0.28 0.64 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.42 0.14 0.16 0.56 0.11 0.58 0.03 0.51 0.40 0.49 0.38 0.13 0.30 0.60 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00