ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52900

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 3, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.004, 0.016, 0.036, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.016 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N7 A 0, -0.001, 0.032, 0.065, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.032 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.005, 0.041, 0.077, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.041 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.002, 0.040, 0.077, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.040 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.012, 0.086, 0.159, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.086 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.015, 0.122, 0.230, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.122 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.057, 0.172, 0.287, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.172 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.041, 0.172, 0.303, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.172 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.094, 0.271, 0.448, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.271 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.012, 0.194, 0.377, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.194 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.229, 0.435, 0.641, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.435 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.163, 0.381, 0.599, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.381 std_dev=0.218
C5' A 0, 0.079, 0.324, 0.570, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.324 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.260, 0.579, 0.898, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.579 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.289, 0.619, 0.949, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.619 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.301, 0.640, 0.980, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.640 std_dev=0.339
N3 B 0, 0.297, 0.638, 0.979, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.638 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.287, 0.637, 0.987, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.637 std_dev=0.350
C2 B 0, 0.248, 0.608, 0.967, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.608 std_dev=0.359
C5' B 0, 0.186, 0.672, 1.158, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.672 std_dev=0.486
C2' B 0, 0.252, 0.766, 1.279, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.766 std_dev=0.514
O5' B 0, 0.212, 0.728, 1.245, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.728 std_dev=0.516
O2 B 0, 0.376, 0.898, 1.419, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.898 std_dev=0.521
C4' B 0, 0.145, 0.669, 1.193, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.669 std_dev=0.524
O4 B 0, 0.310, 0.837, 1.364, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.837 std_dev=0.527
P B 0, 0.335, 0.947, 1.559, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.947 std_dev=0.612
C3' B 0, 0.102, 0.735, 1.367, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.735 std_dev=0.633
OP1 B 0, 0.439, 1.115, 1.791, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.115 std_dev=0.676
OP2 B 0, 0.382, 1.079, 1.775, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.079 std_dev=0.697
O2' B 0, 0.389, 1.104, 1.819, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.104 std_dev=0.715
O5' A 0, -0.032, 0.841, 1.714, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.841 std_dev=0.873
O3' B 0, 0.131, 1.052, 1.973, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.052 std_dev=0.921
P A 0, 0.037, 1.160, 2.284, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.160 std_dev=1.123
OP2 A 0, -0.099, 1.354, 2.806, 4.861 max_d=4.861 avg_d=1.354 std_dev=1.453
OP1 A 0, -0.010, 1.513, 3.036, 4.819 max_d=4.819 avg_d=1.513 std_dev=1.523

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.59 0.18 0.17
C2 0.05 0.00 0.10 0.10 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.15 0.12 0.05 0.38 0.54 0.54 0.28
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.25 0.53 0.13 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.10 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.32 0.41 0.13 0.20
C4 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02 0.43 0.51 0.53 0.31
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.03 0.06 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.45 0.33 0.18
C5 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.03 0.56 0.50 0.76 0.46
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.10 0.01 0.15 0.00 0.14 0.18 0.11 0.06 0.16 0.20 0.11 0.05 0.07 0.01 0.02 0.19 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.12 0.07 0.04 0.56 0.50 0.83 0.48
C8 0.01 0.04 0.06 0.08 0.02 0.08 0.02 0.18 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.61 0.49 0.68 0.48
N1 0.04 0.00 0.08 0.07 0.02 0.03 0.02 0.11 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.14 0.10 0.04 0.47 0.51 0.71 0.38
N3 0.05 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.13 0.11 0.05 0.33 0.56 0.43 0.23
N6 0.04 0.01 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.16 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.12 0.06 0.05 0.62 0.54 0.98 0.58
N7 0.01 0.04 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.20 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.07 0.09 0.03 0.65 0.54 0.88 0.58
N9 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.11 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.43 0.49 0.43 0.28
O2' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.04 0.09 0.05 0.12 0.05 0.14 0.13 0.12 0.07 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.73 0.25 0.28
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.11 0.06 0.09 0.04 0.05 0.00 0.03 0.25 0.37 0.14 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.60 0.26 0.22
O5' 0.19 0.38 0.25 0.32 0.43 0.02 0.56 0.02 0.56 0.61 0.47 0.33 0.62 0.65 0.43 0.06 0.25 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.59 0.54 0.53 0.41 0.51 0.45 0.50 0.19 0.50 0.49 0.51 0.56 0.54 0.54 0.49 0.73 0.37 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.18 0.54 0.13 0.13 0.53 0.33 0.76 0.40 0.83 0.68 0.71 0.43 0.98 0.88 0.43 0.25 0.14 0.26 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.17 0.28 0.16 0.20 0.31 0.18 0.46 0.02 0.48 0.48 0.38 0.23 0.58 0.58 0.28 0.28 0.16 0.22 0.01 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.35 0.33 0.25 0.21 0.28 0.19 0.28 0.17 0.26 0.27 0.52 0.44 0.23 0.24 0.31 0.29 0.29 0.43 0.33
C2 0.37 0.43 0.34 0.27 0.34 0.30 0.36 0.31 0.30 0.34 0.39 0.60 0.40 0.27 0.38 0.34 0.35 0.40 0.49 0.41
C2' 0.31 0.34 0.29 0.22 0.20 0.24 0.19 0.23 0.16 0.23 0.27 0.51 0.43 0.22 0.23 0.27 0.24 0.25 0.41 0.29
C3' 0.28 0.28 0.31 0.23 0.16 0.24 0.17 0.21 0.13 0.18 0.22 0.43 0.49 0.29 0.20 0.24 0.22 0.24 0.41 0.28
C4 0.36 0.42 0.35 0.29 0.25 0.30 0.29 0.31 0.27 0.32 0.36 0.58 0.41 0.29 0.26 0.33 0.32 0.36 0.46 0.37
C4' 0.26 0.26 0.27 0.15 0.19 0.18 0.17 0.17 0.11 0.16 0.23 0.40 0.50 0.16 0.24 0.21 0.29 0.31 0.50 0.36
C5 0.36 0.43 0.38 0.36 0.26 0.34 0.30 0.36 0.30 0.33 0.42 0.56 0.41 0.38 0.26 0.35 0.37 0.44 0.50 0.43
C5' 0.30 0.24 0.37 0.18 0.27 0.23 0.28 0.13 0.20 0.18 0.24 0.35 0.67 0.30 0.34 0.23 0.32 0.35 0.59 0.41
C6 0.36 0.45 0.36 0.35 0.32 0.33 0.35 0.37 0.33 0.35 0.46 0.58 0.39 0.38 0.31 0.34 0.41 0.50 0.55 0.48
C8 0.36 0.35 0.43 0.39 0.20 0.37 0.19 0.36 0.23 0.27 0.32 0.46 0.49 0.43 0.27 0.35 0.32 0.36 0.45 0.37
N1 0.36 0.45 0.34 0.30 0.34 0.31 0.37 0.33 0.33 0.35 0.43 0.60 0.39 0.31 0.35 0.34 0.39 0.47 0.54 0.46
N3 0.36 0.41 0.33 0.27 0.31 0.29 0.32 0.29 0.27 0.32 0.36 0.59 0.41 0.26 0.34 0.33 0.32 0.35 0.46 0.37
N6 0.35 0.45 0.37 0.39 0.35 0.36 0.35 0.42 0.35 0.35 0.49 0.55 0.38 0.44 0.39 0.35 0.48 0.59 0.62 0.55
N7 0.36 0.38 0.42 0.43 0.26 0.39 0.24 0.40 0.28 0.30 0.40 0.48 0.46 0.48 0.34 0.36 0.38 0.45 0.49 0.43
N9 0.36 0.38 0.37 0.30 0.20 0.31 0.22 0.30 0.22 0.29 0.30 0.53 0.45 0.30 0.22 0.33 0.30 0.32 0.44 0.34
O2' 0.34 0.37 0.30 0.24 0.24 0.26 0.20 0.26 0.16 0.26 0.31 0.54 0.43 0.22 0.28 0.31 0.30 0.29 0.44 0.34
O3' 0.28 0.29 0.30 0.21 0.16 0.23 0.17 0.19 0.13 0.19 0.23 0.45 0.49 0.27 0.20 0.23 0.24 0.28 0.44 0.30
O4' 0.29 0.28 0.29 0.23 0.21 0.26 0.17 0.26 0.12 0.19 0.24 0.41 0.47 0.22 0.25 0.27 0.31 0.31 0.46 0.35
O5' 0.18 0.20 0.20 0.11 0.33 0.10 0.41 0.20 0.36 0.24 0.24 0.21 0.29 0.03 0.36 0.13 0.37 0.37 0.47 0.40
OP1 0.29 0.35 0.35 0.12 0.31 0.11 0.28 0.23 0.24 0.28 0.33 0.42 0.44 0.02 0.33 0.16 0.26 0.52 0.35 0.34
OP2 0.31 0.52 0.24 0.25 0.69 0.26 0.68 0.36 0.58 0.48 0.62 0.46 0.11 0.02 0.74 0.31 0.37 0.46 0.54 0.44
P 0.06 0.14 0.09 0.03 0.26 0.07 0.29 0.15 0.23 0.14 0.19 0.13 0.13 0.01 0.29 0.04 0.16 0.29 0.24 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.11 0.15 0.10
C2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.04 0.13 0.13 0.21 0.13
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.14 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.14 0.14 0.08
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.13 0.06 0.08 0.12 0.03 0.01 0.12 0.02 0.10 0.17 0.14 0.11
C4 0.06 0.02 0.06 0.10 0.00 0.08 0.01 0.14 0.03 0.04 0.01 0.03 0.08 0.14 0.01 0.07 0.17 0.19 0.26 0.21
C4' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.06 0.09 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.11 0.05 0.02
C5 0.04 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.17 0.02 0.07 0.17 0.18 0.25 0.20
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.16 0.03 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.04 0.06 0.15 0.15 0.21 0.15
N1 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03 0.12 0.12 0.19 0.12
N3 0.05 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.03 0.00 0.02 0.12 0.11 0.03 0.05 0.14 0.16 0.24 0.17
O2 0.07 0.01 0.14 0.12 0.03 0.09 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.20 0.16 0.04 0.07 0.14 0.14 0.20 0.13
O2' 0.01 0.12 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.12 0.20 0.00 0.05 0.09 0.04 0.05 0.18 0.11 0.07
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.14 0.02 0.17 0.02 0.14 0.06 0.11 0.16 0.05 0.00 0.16 0.03 0.17 0.28 0.23 0.20
O4 0.06 0.04 0.06 0.12 0.01 0.09 0.02 0.16 0.04 0.05 0.03 0.04 0.09 0.16 0.00 0.08 0.19 0.23 0.30 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.08 0.00 0.15 0.12 0.17 0.13
O5' 0.10 0.13 0.06 0.10 0.17 0.02 0.17 0.01 0.15 0.12 0.14 0.14 0.05 0.17 0.19 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.13 0.14 0.17 0.19 0.11 0.18 0.11 0.15 0.12 0.16 0.14 0.18 0.28 0.23 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.21 0.14 0.14 0.26 0.05 0.25 0.02 0.21 0.19 0.24 0.20 0.11 0.23 0.30 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.08 0.11 0.21 0.02 0.20 0.01 0.15 0.12 0.17 0.13 0.07 0.20 0.24 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00