ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52901

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.001, 0.022, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.008, 0.034, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.009, 0.046, 0.083, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.013, 0.061, 0.108, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.061 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.007, 0.058, 0.108, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.058 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.021, 0.082, 0.142, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.082 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.023, 0.088, 0.153, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.088 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.017, 0.090, 0.162, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.090 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.033, 0.131, 0.229, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.131 std_dev=0.098
C2 B 0, 0.081, 0.180, 0.278, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.180 std_dev=0.099
O3' B 0, 0.063, 0.174, 0.285, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.174 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.045, 0.162, 0.278, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.162 std_dev=0.117
P A 0, 0.032, 0.152, 0.273, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.152 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.080, 0.201, 0.323, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.201 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.041, 0.169, 0.297, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.128
O2 B 0, 0.135, 0.266, 0.396, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.266 std_dev=0.131
OP2 A 0, 0.058, 0.190, 0.322, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.190 std_dev=0.132
O2' B 0, 0.074, 0.211, 0.347, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.211 std_dev=0.136
C6 B 0, 0.101, 0.240, 0.379, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.240 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.027, 0.166, 0.305, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.166 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.111, 0.255, 0.399, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.255 std_dev=0.144
C4 B 0, 0.071, 0.219, 0.366, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.219 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.043, 0.195, 0.346, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.195 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.033, 0.185, 0.336, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.185 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.052, 0.218, 0.385, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.218 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.031, 0.201, 0.370, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.201 std_dev=0.170
C5' B 0, 0.060, 0.233, 0.405, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.233 std_dev=0.172
O4 B 0, 0.069, 0.257, 0.445, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.257 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.030, 0.219, 0.408, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.219 std_dev=0.189
OP2 B 0, 0.160, 0.352, 0.544, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.352 std_dev=0.192
P B 0, 0.066, 0.264, 0.462, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.264 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.054, 0.307, 0.560, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.307 std_dev=0.253
O5' B 0, 0.045, 0.319, 0.593, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.319 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.080, 0.374, 0.668, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.374 std_dev=0.294

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.13 0.05
C2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.12 0.06 0.11 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.15 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.07
C4 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.11 0.05 0.12 0.05
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03
C5 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.14 0.05 0.11 0.05
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03
C6 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.14 0.06 0.10 0.06
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.14 0.06 0.12 0.06
N1 0.05 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.14 0.07 0.10 0.06
N3 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04 0.10 0.05 0.12 0.05
N6 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.04 0.15 0.08 0.11 0.07
N7 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.06 0.11 0.06
N9 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.04 0.13 0.05
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.15 0.08
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.13 0.06
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.04
O5' 0.05 0.12 0.03 0.03 0.11 0.02 0.14 0.02 0.14 0.14 0.14 0.10 0.15 0.15 0.10 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.11 0.15 0.14 0.12 0.08 0.11 0.02 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.13 0.15 0.13 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.08 0.06 0.05 0.14 0.17 0.03
C2 0.05 0.03 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.04 0.04 0.07 0.06 0.08 0.08 0.15 0.05 0.11 0.06 0.25 0.09
C2' 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.10 0.09 0.06 0.09 0.11 0.16 0.06
C3' 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.04 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.11 0.14 0.13 0.05
C4 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.08 0.11 0.03 0.08 0.08 0.20 0.05
C4' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.12 0.08 0.06 0.09 0.05 0.12 0.16 0.16 0.05
C5 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.11 0.03 0.08 0.04 0.20 0.05
C5' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.15 0.09 0.04 0.09 0.06 0.16 0.17 0.16 0.07
C6 0.05 0.06 0.05 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.08 0.08 0.05 0.14 0.05 0.10 0.04 0.23 0.08
C8 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.10 0.15 0.04
N1 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.07 0.09 0.09 0.07 0.16 0.05 0.11 0.05 0.25 0.09
N3 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.09 0.13 0.06 0.10 0.08 0.22 0.07
N6 0.08 0.10 0.07 0.05 0.11 0.05 0.10 0.06 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.06 0.16 0.10 0.12 0.07 0.22 0.09
N7 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.17 0.05
N9 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.05 0.11 0.17 0.03
O2' 0.07 0.05 0.07 0.09 0.06 0.09 0.05 0.10 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.11 0.10 0.08 0.08 0.13 0.16 0.05
O3' 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.09 0.06 0.03 0.04 0.08 0.07 0.08 0.07 0.05 0.13 0.13 0.12 0.05
O4' 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.11 0.07 0.09 0.09 0.06 0.06 0.16 0.17 0.04
O5' 0.08 0.10 0.10 0.05 0.13 0.02 0.14 0.04 0.12 0.10 0.12 0.13 0.10 0.02 0.13 0.05 0.16 0.16 0.17 0.08
OP1 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.12 0.11 0.17 0.10 0.08 0.07 0.15 0.06 0.02 0.09 0.12 0.20 0.27 0.10 0.11
OP2 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.03 0.11 0.03 0.09 0.03 0.06 0.09 0.05 0.02 0.06 0.06 0.19 0.14 0.17 0.14
P 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.09 0.05 0.08 0.03 0.04 0.10 0.05 0.01 0.05 0.03 0.15 0.18 0.12 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.09 0.05 0.30 0.10
C2 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03 0.02 0.17 0.03 0.26 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.11 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.06 0.29 0.10
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.10 0.22 0.09
C4 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.25 0.07 0.19 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.10 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.12 0.22 0.07
C5 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.04 0.27 0.08 0.19 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.00 0.09 0.05 0.07 0.08 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.17 0.11 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.04 0.23 0.05 0.26 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.17 0.03 0.28 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.23 0.05 0.21 0.04
O2 0.09 0.01 0.11 0.09 0.02 0.10 0.02 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.16 0.12 0.03 0.08 0.12 0.06 0.31 0.13
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.08 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.08 0.16 0.00 0.04 0.10 0.03 0.03 0.10 0.28 0.09
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.12 0.04 0.00 0.04 0.02 0.12 0.16 0.18 0.08
O4 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.09 0.03 0.04 0.02 0.03 0.10 0.04 0.00 0.04 0.25 0.10 0.18 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.05 0.33 0.13
O5' 0.09 0.17 0.02 0.05 0.25 0.02 0.27 0.02 0.23 0.17 0.23 0.12 0.03 0.12 0.25 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.03 0.06 0.10 0.07 0.12 0.08 0.17 0.05 0.03 0.05 0.06 0.10 0.16 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.30 0.26 0.29 0.22 0.19 0.22 0.19 0.11 0.26 0.28 0.21 0.31 0.28 0.18 0.18 0.33 0.02 0.03 0.00 0.03
P 0.10 0.07 0.10 0.09 0.06 0.07 0.07 0.01 0.05 0.06 0.04 0.13 0.09 0.08 0.08 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00