ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52902

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.011, 0.035, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.005, 0.035, 0.064, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.035 std_dev=0.029
N1 B 0, 0.192, 0.492, 0.792, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.492 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.237, 0.559, 0.880, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.559 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.283, 0.651, 1.018, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.651 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.242, 0.647, 1.053, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.647 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.226, 0.699, 1.172, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.699 std_dev=0.473
O4' B 0, 0.297, 0.774, 1.251, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.774 std_dev=0.477
C5 B 0, 0.292, 0.778, 1.264, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.778 std_dev=0.486
C4 B 0, 0.262, 0.751, 1.241, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.751 std_dev=0.490
O2 B 0, 0.121, 0.711, 1.301, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.711 std_dev=0.590
O4' A 0, -0.072, 0.640, 1.352, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.640 std_dev=0.712
O4 B 0, 0.185, 0.941, 1.698, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.941 std_dev=0.757
C2' A 0, -0.063, 0.697, 1.457, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.697 std_dev=0.760
C3' A 0, 0.185, 1.013, 1.841, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.013 std_dev=0.828
O3' A 0, 0.526, 1.385, 2.245, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.385 std_dev=0.860
C4' B 0, 0.127, 1.040, 1.952, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.040 std_dev=0.912
C4' A 0, 0.113, 1.109, 2.104, 2.575 max_d=2.575 avg_d=1.109 std_dev=0.995
C2' B 0, -0.146, 0.955, 2.056, 3.094 max_d=3.094 avg_d=0.955 std_dev=1.101
O2' A 0, 0.012, 1.127, 2.242, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.127 std_dev=1.115
C5' B 0, 0.175, 1.394, 2.612, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.394 std_dev=1.218
O5' B 0, 0.270, 1.527, 2.784, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.527 std_dev=1.257
C3' B 0, -0.196, 1.090, 2.376, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.090 std_dev=1.286
O2' B 0, -0.218, 1.140, 2.498, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.140 std_dev=1.358
P B 0, 0.014, 1.407, 2.800, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.407 std_dev=1.393
OP2 B 0, 0.007, 1.624, 3.240, 4.381 max_d=4.381 avg_d=1.624 std_dev=1.616
O3' B 0, -0.423, 1.351, 3.125, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.351 std_dev=1.774
C5' A 0, 0.011, 1.798, 3.586, 4.950 max_d=4.950 avg_d=1.798 std_dev=1.788
OP1 B 0, 0.324, 2.171, 4.019, 4.536 max_d=4.536 avg_d=2.171 std_dev=1.848
O5' A 0, -0.414, 2.153, 4.720, 6.884 max_d=6.884 avg_d=2.153 std_dev=2.567
P A 0, -0.986, 2.675, 6.335, 9.656 max_d=9.656 avg_d=2.675 std_dev=3.660
OP2 A 0, -0.702, 3.035, 6.772, 9.375 max_d=9.375 avg_d=3.035 std_dev=3.737
OP1 A 0, -0.877, 3.451, 7.780, 11.515 max_d=11.515 avg_d=3.451 std_dev=4.328

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.60 0.84 0.23 0.55
C2 0.05 0.00 0.35 0.27 0.01 0.40 0.02 0.62 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.59 0.27 0.50 0.32 0.73 0.60 0.27
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.16 0.15 0.17 0.29 0.35 0.10 0.10 0.01 0.02 0.03 0.03 0.65 0.76 0.29 0.65
C3' 0.03 0.27 0.00 0.00 0.26 0.00 0.33 0.03 0.34 0.29 0.35 0.23 0.36 0.33 0.23 0.03 0.01 0.01 0.18 0.11 0.13 0.17
C4 0.03 0.01 0.17 0.26 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.18 0.27 0.52 1.08 0.33 0.48
C4' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.17 0.00 0.18 0.00 0.19 0.42 0.29 0.38 0.20 0.36 0.16 0.25 0.02 0.01 0.02 0.04 0.14 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.33 0.00 0.18 0.00 0.35 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.23 0.12 0.82 1.55 0.69 0.91
C5' 0.09 0.62 0.16 0.03 0.23 0.00 0.35 0.00 0.32 0.80 0.46 0.57 0.38 0.71 0.31 0.13 0.11 0.01 0.01 0.09 0.27 0.03
C6 0.03 0.03 0.15 0.34 0.01 0.19 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.26 0.23 0.62 1.38 0.64 0.67
C8 0.01 0.01 0.17 0.29 0.00 0.42 0.00 0.80 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.44 0.18 0.24 1.39 2.07 1.11 1.55
N1 0.06 0.00 0.29 0.35 0.04 0.29 0.02 0.46 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.50 0.29 0.37 0.27 0.92 0.57 0.16
N3 0.05 0.00 0.35 0.23 0.00 0.38 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.55 0.25 0.51 0.33 0.70 0.48 0.26
N6 0.02 0.03 0.10 0.36 0.00 0.20 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.30 0.16 0.80 1.68 0.85 0.94
N7 0.00 0.02 0.10 0.33 0.00 0.36 0.00 0.71 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.24 0.12 1.29 2.16 1.14 1.52
N9 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.16 0.01 0.31 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.84 1.32 0.50 0.85
O2' 0.02 0.59 0.02 0.03 0.33 0.25 0.32 0.13 0.39 0.44 0.50 0.55 0.39 0.39 0.19 0.00 0.08 0.28 0.47 0.57 0.22 0.53
O3' 0.17 0.27 0.03 0.01 0.18 0.02 0.23 0.11 0.26 0.18 0.29 0.25 0.30 0.24 0.11 0.08 0.00 0.12 0.43 0.59 0.50 0.44
O4' 0.01 0.50 0.03 0.01 0.27 0.01 0.12 0.01 0.23 0.24 0.37 0.51 0.16 0.12 0.02 0.28 0.12 0.00 0.36 0.56 0.22 0.27
O5' 0.60 0.32 0.65 0.18 0.52 0.02 0.82 0.01 0.62 1.39 0.27 0.33 0.80 1.29 0.84 0.47 0.43 0.36 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.84 0.73 0.76 0.11 1.08 0.04 1.55 0.09 1.38 2.07 0.92 0.70 1.68 2.16 1.32 0.57 0.59 0.56 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.23 0.60 0.29 0.13 0.33 0.14 0.69 0.27 0.64 1.11 0.57 0.48 0.85 1.14 0.50 0.22 0.50 0.22 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.55 0.27 0.65 0.17 0.48 0.03 0.91 0.03 0.67 1.55 0.16 0.26 0.94 1.52 0.85 0.53 0.44 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.11 0.42 0.66 0.19 0.46 0.18 0.56 0.10 0.10 0.05 0.19 0.28 0.88 0.29 0.21 0.48 1.46 0.33 0.52
C2 0.27 0.12 0.38 0.10 0.34 0.04 0.30 0.27 0.25 0.20 0.21 0.09 0.56 0.17 0.49 0.16 0.68 1.75 0.33 0.69
C2' 0.19 0.41 0.32 0.58 0.70 0.26 0.54 0.37 0.39 0.33 0.62 0.34 0.24 0.91 0.87 0.14 0.47 1.31 0.50 0.43
C3' 0.21 0.10 0.67 0.92 0.67 0.61 0.54 0.70 0.29 0.10 0.41 0.12 0.65 1.31 0.98 0.23 0.15 1.03 0.47 0.09
C4 0.10 0.08 0.05 0.35 0.21 0.28 0.23 0.49 0.18 0.12 0.13 0.04 0.20 0.51 0.25 0.12 0.57 1.60 0.25 0.63
C4' 0.57 0.45 0.94 1.04 0.40 0.79 0.36 0.77 0.07 0.31 0.25 0.75 0.99 1.37 0.73 0.48 0.25 1.16 0.39 0.26
C5 0.17 0.18 0.12 0.33 0.21 0.28 0.25 0.55 0.19 0.17 0.17 0.22 0.36 0.46 0.23 0.11 0.62 1.59 0.23 0.69
C5' 0.97 0.75 1.42 1.44 0.41 1.15 0.40 1.04 0.10 0.58 0.35 1.22 1.61 1.83 0.90 0.81 0.36 0.93 0.38 0.20
C6 0.34 0.22 0.49 0.05 0.27 0.07 0.33 0.43 0.23 0.25 0.16 0.29 0.70 0.16 0.35 0.12 0.67 1.70 0.22 0.76
C8 0.16 0.10 0.45 0.79 0.24 0.56 0.16 0.70 0.12 0.08 0.24 0.11 0.23 1.00 0.31 0.26 0.56 1.41 0.28 0.61
N1 0.36 0.14 0.55 0.22 0.33 0.08 0.33 0.28 0.24 0.23 0.17 0.18 0.74 0.27 0.49 0.17 0.69 1.77 0.19 0.74
N3 0.15 0.10 0.14 0.16 0.27 0.14 0.26 0.36 0.21 0.14 0.19 0.06 0.31 0.30 0.37 0.10 0.61 1.68 0.36 0.64
N6 0.49 0.32 0.78 0.26 0.25 0.06 0.35 0.45 0.25 0.33 0.20 0.44 0.98 0.27 0.33 0.17 0.75 1.69 0.42 0.87
N7 0.08 0.24 0.22 0.68 0.20 0.49 0.18 0.71 0.16 0.12 0.28 0.31 0.09 0.84 0.21 0.21 0.63 1.46 0.34 0.69
N9 0.13 0.05 0.32 0.61 0.20 0.44 0.19 0.58 0.13 0.09 0.11 0.05 0.13 0.80 0.26 0.20 0.52 1.49 0.27 0.58
O2' 0.35 0.57 0.21 0.50 0.58 0.23 0.45 0.29 0.41 0.44 0.66 0.63 0.22 0.76 0.64 0.31 0.75 1.61 0.61 0.71
O3' 0.18 0.15 0.64 0.92 0.62 0.61 0.48 0.71 0.25 0.09 0.43 0.07 0.62 1.33 0.90 0.21 0.25 1.20 0.37 0.23
O4' 0.48 0.50 0.70 0.78 0.32 0.60 0.32 0.58 0.18 0.33 0.38 0.74 0.68 1.00 0.50 0.40 0.40 1.39 0.52 0.49
O5' 1.65 1.43 2.08 2.06 0.77 1.77 0.69 1.55 0.86 1.29 1.06 1.84 2.30 2.48 0.96 1.45 1.11 1.72 0.56 0.97
OP1 3.04 2.61 3.47 3.29 1.54 3.08 1.56 2.73 1.97 2.53 2.01 3.13 3.87 3.72 1.40 2.79 2.24 2.62 1.64 2.03
OP2 1.39 1.01 2.01 2.01 0.71 1.64 0.56 1.43 0.20 0.82 0.61 1.61 2.44 2.67 1.33 1.14 0.71 0.78 0.39 0.38
P 2.00 1.61 2.53 2.45 0.69 2.15 0.59 1.85 0.88 1.47 1.07 2.16 2.92 2.99 0.97 1.75 1.24 1.56 0.44 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.17 0.64 0.63 0.27
C2 0.02 0.00 0.18 0.23 0.03 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.25 0.01 0.05 0.31 1.06 0.70 0.41
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.15 0.28 0.00 0.04 0.08 0.01 0.20 0.53 0.43 0.22
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.20 0.00 0.11 0.05 0.06 0.13 0.24 0.28 0.01 0.01 0.21 0.01 0.26 0.48 0.27 0.20
C4 0.03 0.03 0.08 0.20 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.01 0.43 1.44 0.72 0.52
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.02 0.11 0.02 0.01 0.21 0.39 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.04 0.47 1.49 0.68 0.54
C5' 0.03 0.14 0.03 0.05 0.24 0.01 0.25 0.00 0.22 0.15 0.18 0.11 0.08 0.05 0.25 0.02 0.01 0.30 0.32 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.42 1.28 0.64 0.49
N1 0.01 0.00 0.04 0.13 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.02 0.31 1.02 0.66 0.40
N3 0.02 0.00 0.15 0.24 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.28 0.01 0.05 0.39 1.28 0.75 0.49
O2 0.04 0.01 0.28 0.28 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.29 0.01 0.06 0.22 0.90 0.69 0.34
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.09 0.06 0.08 0.07 0.01 0.04 0.15 0.00 0.09 0.03 0.08 0.06 0.33 0.48 0.16
O3' 0.03 0.25 0.04 0.01 0.26 0.02 0.15 0.05 0.08 0.13 0.28 0.29 0.09 0.00 0.28 0.01 0.14 0.36 0.16 0.08
O4 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.00 0.02 0.47 1.52 0.76 0.54
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.08 0.01 0.02 0.00 0.09 0.48 0.64 0.22
O5' 0.17 0.31 0.20 0.26 0.43 0.01 0.47 0.01 0.42 0.31 0.39 0.22 0.06 0.14 0.47 0.09 0.00 0.06 0.05 0.01
OP1 0.64 1.06 0.53 0.48 1.44 0.21 1.49 0.30 1.28 1.02 1.28 0.90 0.33 0.36 1.52 0.48 0.06 0.00 0.03 0.01
OP2 0.63 0.70 0.43 0.27 0.72 0.39 0.68 0.32 0.64 0.66 0.75 0.69 0.48 0.16 0.76 0.64 0.05 0.03 0.00 0.00
P 0.27 0.41 0.22 0.20 0.52 0.08 0.54 0.01 0.49 0.40 0.49 0.34 0.16 0.08 0.54 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00