ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52903

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.005, 0.030, 0.056, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.018, 0.047, 0.076, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.011, 0.042, 0.072, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.031, 0.067, 0.103, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.067 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.065, 0.184, 0.302, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.184 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.082, 0.214, 0.347, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.214 std_dev=0.133
C1' B 0, 0.152, 0.323, 0.493, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.323 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.156, 0.333, 0.511, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.333 std_dev=0.177
C4' A 0, 0.127, 0.313, 0.498, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.313 std_dev=0.186
C3' A 0, 0.098, 0.291, 0.485, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.291 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.183, 0.424, 0.666, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.424 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.105, 0.355, 0.604, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.355 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.127, 0.388, 0.649, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.388 std_dev=0.261
C5' A 0, 0.242, 0.538, 0.834, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.538 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.133, 0.433, 0.732, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.433 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.134, 0.447, 0.761, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.447 std_dev=0.314
C4 B 0, 0.110, 0.429, 0.747, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.429 std_dev=0.319
P A 0, 0.177, 0.555, 0.932, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.555 std_dev=0.377
O3' B 0, 0.280, 0.667, 1.055, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.667 std_dev=0.388
N3 B 0, 0.066, 0.493, 0.920, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.493 std_dev=0.427
O4 B 0, 0.108, 0.536, 0.965, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.536 std_dev=0.428
O2 B 0, 0.132, 0.591, 1.051, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.591 std_dev=0.460
C3' B 0, 0.007, 0.572, 1.137, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.572 std_dev=0.565
O5' A 0, 0.104, 0.677, 1.251, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.677 std_dev=0.573
OP1 A 0, 0.156, 0.795, 1.433, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.795 std_dev=0.639
C2' B 0, -0.088, 0.641, 1.371, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.641 std_dev=0.730
C4' B 0, -0.239, 0.767, 1.773, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.767 std_dev=1.006
O4' B 0, -0.244, 0.802, 1.847, 2.862 max_d=2.862 avg_d=0.802 std_dev=1.046
OP2 A 0, -0.181, 0.958, 2.097, 3.169 max_d=3.169 avg_d=0.958 std_dev=1.139
O2' B 0, -0.280, 1.129, 2.539, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.129 std_dev=1.409
C5' B 0, -0.611, 1.379, 3.368, 5.315 max_d=5.315 avg_d=1.379 std_dev=1.989
O5' B 0, -1.004, 1.768, 4.539, 7.293 max_d=7.293 avg_d=1.768 std_dev=2.772
P B 0, -1.523, 2.262, 6.048, 9.820 max_d=9.820 avg_d=2.262 std_dev=3.785
OP2 B 0, -1.695, 2.367, 6.429, 10.482 max_d=10.482 avg_d=2.367 std_dev=4.062
OP1 B 0, -1.671, 2.392, 6.455, 10.499 max_d=10.499 avg_d=2.392 std_dev=4.063

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.33 0.41 0.10
C2 0.08 0.00 0.14 0.12 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.18 0.16 0.08 0.22 0.48 0.72 0.12
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.11 0.14 0.06 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.25 0.27 0.47 0.15
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.03 0.08 0.07 0.11 0.12 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.36 0.20 0.44 0.22
C4 0.04 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.25 0.47 0.74 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.07 0.08 0.09 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.20 0.08 0.06
C5 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08 0.07 0.31 0.54 0.91 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.07 0.11 0.11 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.14 0.07 0.03
C6 0.04 0.02 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.10 0.06 0.29 0.57 0.92 0.17
C8 0.03 0.02 0.09 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.08 0.12 0.40 0.50 0.90 0.27
N1 0.07 0.00 0.11 0.11 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.14 0.06 0.26 0.53 0.84 0.15
N3 0.08 0.00 0.14 0.12 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.15 0.08 0.21 0.43 0.65 0.12
N6 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.09 0.30 0.64 0.99 0.19
N7 0.03 0.03 0.08 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.08 0.11 0.38 0.57 1.03 0.26
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.28 0.42 0.69 0.18
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.08 0.04 0.07 0.02 0.09 0.08 0.15 0.17 0.08 0.08 0.03 0.00 0.08 0.09 0.09 0.23 0.25 0.06
O3' 0.02 0.16 0.03 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.10 0.08 0.14 0.15 0.10 0.08 0.05 0.08 0.00 0.01 0.33 0.16 0.34 0.24
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.06 0.12 0.06 0.08 0.09 0.11 0.05 0.09 0.01 0.00 0.10 0.32 0.17 0.14
O5' 0.14 0.22 0.25 0.36 0.25 0.02 0.31 0.01 0.29 0.40 0.26 0.21 0.30 0.38 0.28 0.09 0.33 0.10 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.33 0.48 0.27 0.20 0.47 0.20 0.54 0.14 0.57 0.50 0.53 0.43 0.64 0.57 0.42 0.23 0.16 0.32 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.72 0.47 0.44 0.74 0.08 0.91 0.07 0.92 0.90 0.84 0.65 0.99 1.03 0.69 0.25 0.34 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.15 0.22 0.15 0.06 0.19 0.03 0.17 0.27 0.15 0.12 0.19 0.26 0.18 0.06 0.24 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.42 0.82 0.28 0.31 0.64 0.13 0.70 0.12 0.12 0.46 0.63 1.12 0.17 0.38 0.80 0.67 0.44 0.51 0.61
C2 0.16 0.29 0.54 0.31 0.31 0.36 0.24 0.31 0.26 0.13 0.43 0.43 0.48 0.13 0.41 0.60 0.22 0.17 0.26 0.24
C2' 0.09 0.43 0.83 0.32 0.33 0.60 0.15 0.65 0.15 0.13 0.49 0.66 1.14 0.20 0.41 0.75 0.62 0.31 0.39 0.52
C3' 0.08 0.41 0.83 0.36 0.31 0.47 0.17 0.47 0.17 0.15 0.45 0.61 1.13 0.28 0.37 0.60 0.40 0.14 0.18 0.27
C4 0.14 0.39 0.68 0.38 0.31 0.35 0.17 0.23 0.19 0.10 0.47 0.56 0.62 0.11 0.39 0.61 0.10 0.10 0.14 0.08
C4' 0.10 0.35 0.76 0.21 0.24 0.60 0.13 0.68 0.16 0.12 0.37 0.55 1.21 0.22 0.29 0.65 0.62 0.37 0.40 0.53
C5 0.15 0.38 0.57 0.47 0.32 0.10 0.18 0.19 0.21 0.11 0.46 0.50 0.30 0.12 0.39 0.36 0.53 0.68 0.78 0.66
C5' 0.17 0.34 0.69 0.26 0.22 0.36 0.14 0.34 0.16 0.18 0.34 0.52 1.07 0.29 0.25 0.42 0.24 0.09 0.11 0.14
C6 0.16 0.32 0.45 0.43 0.34 0.09 0.24 0.29 0.25 0.11 0.45 0.42 0.18 0.15 0.43 0.29 0.64 0.76 0.92 0.79
C8 0.14 0.40 0.72 0.54 0.28 0.15 0.12 0.16 0.12 0.14 0.42 0.55 0.53 0.16 0.33 0.39 0.48 0.71 0.74 0.62
N1 0.16 0.28 0.46 0.36 0.33 0.18 0.26 0.11 0.26 0.13 0.43 0.39 0.25 0.15 0.44 0.41 0.27 0.34 0.41 0.35
N3 0.14 0.34 0.64 0.30 0.29 0.46 0.19 0.47 0.22 0.10 0.45 0.52 0.70 0.11 0.38 0.71 0.43 0.33 0.45 0.44
N6 0.16 0.28 0.34 0.45 0.32 0.19 0.23 0.59 0.23 0.11 0.39 0.35 0.30 0.20 0.43 0.15 1.07 1.24 1.52 1.32
N7 0.15 0.38 0.58 0.56 0.30 0.09 0.14 0.44 0.15 0.13 0.43 0.50 0.22 0.12 0.35 0.22 0.88 1.09 1.22 1.07
N9 0.13 0.41 0.78 0.41 0.30 0.40 0.14 0.30 0.14 0.11 0.45 0.59 0.80 0.13 0.36 0.64 0.14 0.09 0.11 0.07
O2' 0.13 0.46 0.81 0.20 0.36 0.77 0.14 0.97 0.09 0.15 0.53 0.70 1.28 0.18 0.45 0.86 1.04 0.78 0.86 1.01
O3' 0.09 0.40 0.80 0.32 0.31 0.53 0.17 0.58 0.17 0.14 0.46 0.61 1.17 0.31 0.38 0.63 0.54 0.21 0.26 0.41
O4' 0.10 0.35 0.79 0.21 0.24 0.70 0.13 0.79 0.15 0.11 0.37 0.56 1.23 0.21 0.29 0.76 0.76 0.56 0.59 0.69
O5' 0.30 0.24 0.32 0.08 0.24 0.61 0.12 0.51 0.09 0.12 0.28 0.34 0.52 0.03 0.30 0.60 0.22 0.07 0.11 0.09
OP1 0.38 0.24 0.05 0.09 0.38 0.10 0.47 0.48 0.46 0.33 0.29 0.20 0.06 0.05 0.39 0.20 0.71 1.11 0.80 0.89
OP2 0.05 0.45 0.14 0.11 0.69 0.09 0.66 0.35 0.53 0.38 0.59 0.41 0.09 0.02 0.77 0.11 0.95 1.05 1.26 1.09
P 0.23 0.17 0.13 0.05 0.15 0.11 0.07 0.17 0.07 0.07 0.19 0.25 0.13 0.02 0.20 0.20 0.54 0.71 0.68 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.13 0.04 0.30 0.03 0.01 0.08 0.29 0.27 0.09
C2 0.06 0.00 0.14 0.16 0.03 0.09 0.04 0.22 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.18 0.19 0.64 0.72 0.46
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.18 0.11 0.04 0.09 0.27 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.46 0.32 0.21
C3' 0.03 0.16 0.00 0.00 0.26 0.01 0.29 0.01 0.26 0.16 0.20 0.16 0.04 0.01 0.28 0.03 0.35 0.04 0.18 0.20
C4 0.02 0.03 0.04 0.26 0.00 0.20 0.01 0.37 0.02 0.01 0.01 0.04 0.46 0.18 0.00 0.12 0.66 0.32 0.50 0.59
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.39 0.11 0.03 0.28 0.27 0.04 0.22 0.01 0.04 0.10 0.14 0.04
C5 0.03 0.04 0.09 0.29 0.01 0.38 0.00 0.71 0.00 0.02 0.03 0.06 0.66 0.24 0.02 0.31 1.14 0.88 1.18 1.18
C5' 0.04 0.22 0.18 0.01 0.37 0.01 0.71 0.00 0.68 0.16 0.03 0.62 0.08 0.20 0.40 0.02 0.01 0.11 0.08 0.02
C6 0.04 0.03 0.11 0.26 0.02 0.39 0.00 0.68 0.00 0.01 0.03 0.05 0.62 0.26 0.02 0.35 1.08 0.74 0.96 1.04
N1 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.11 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.05 0.22 0.20 0.02 0.07 0.34 0.08 0.04 0.16
N3 0.03 0.01 0.09 0.20 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.19 0.15 0.02 0.10 0.13 0.34 0.34 0.12
O2 0.13 0.01 0.27 0.16 0.04 0.28 0.06 0.62 0.05 0.05 0.02 0.00 0.42 0.16 0.04 0.37 0.79 1.30 1.58 1.20
O2' 0.04 0.07 0.00 0.04 0.46 0.27 0.66 0.08 0.62 0.22 0.19 0.42 0.00 0.06 0.49 0.21 0.19 0.38 0.32 0.12
O3' 0.30 0.14 0.02 0.01 0.18 0.04 0.24 0.20 0.26 0.20 0.15 0.16 0.06 0.00 0.18 0.16 0.43 0.37 0.31 0.39
O4 0.03 0.03 0.05 0.28 0.00 0.22 0.02 0.40 0.02 0.02 0.02 0.04 0.49 0.18 0.00 0.13 0.71 0.41 0.61 0.67
O4' 0.01 0.18 0.02 0.03 0.12 0.01 0.31 0.02 0.35 0.07 0.10 0.37 0.21 0.16 0.13 0.00 0.07 0.22 0.33 0.13
O5' 0.08 0.19 0.08 0.35 0.66 0.04 1.14 0.01 1.08 0.34 0.13 0.79 0.19 0.43 0.71 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.29 0.64 0.46 0.04 0.32 0.10 0.88 0.11 0.74 0.08 0.34 1.30 0.38 0.37 0.41 0.22 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.72 0.32 0.18 0.50 0.14 1.18 0.08 0.96 0.04 0.34 1.58 0.32 0.31 0.61 0.33 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.09 0.46 0.21 0.20 0.59 0.04 1.18 0.02 1.04 0.16 0.12 1.20 0.12 0.39 0.67 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00