ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52904

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.001, 0.026, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.006, 0.035, 0.064, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.019, 0.058, 0.097, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.058 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.017, 0.057, 0.096, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.057 std_dev=0.040
O2' A 0, -0.004, 0.040, 0.083, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.040 std_dev=0.043
O3' A 0, 0.024, 0.079, 0.134, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.079 std_dev=0.055
C5' A 0, 0.041, 0.099, 0.156, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.099 std_dev=0.057
OP2 A 0, 0.029, 0.086, 0.144, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.086 std_dev=0.058
O5' A 0, 0.026, 0.096, 0.167, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.096 std_dev=0.071
O5' B 0, 0.048, 0.125, 0.202, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.125 std_dev=0.077
C5' B 0, 0.071, 0.169, 0.267, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.169 std_dev=0.098
P A 0, 0.028, 0.130, 0.233, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.130 std_dev=0.102
O4' B 0, 0.055, 0.161, 0.267, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.161 std_dev=0.106
C4' B 0, 0.070, 0.187, 0.303, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.187 std_dev=0.117
C6 B 0, 0.066, 0.189, 0.311, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.189 std_dev=0.123
C5 B 0, 0.072, 0.209, 0.347, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.209 std_dev=0.137
N1 B 0, 0.073, 0.216, 0.360, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.216 std_dev=0.144
C1' B 0, 0.067, 0.215, 0.362, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.215 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.090, 0.244, 0.398, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.244 std_dev=0.154
P B 0, 0.065, 0.221, 0.378, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.221 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.095, 0.265, 0.436, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.265 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.093, 0.271, 0.449, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.271 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.120, 0.302, 0.483, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.302 std_dev=0.181
O2 B 0, 0.103, 0.290, 0.477, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.290 std_dev=0.187
N3 B 0, 0.105, 0.292, 0.479, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.292 std_dev=0.187
OP1 A 0, 0.087, 0.277, 0.467, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.277 std_dev=0.190
O3' B 0, 0.057, 0.266, 0.475, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.266 std_dev=0.209
O4 B 0, 0.103, 0.333, 0.562, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.333 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.164, 0.416, 0.669, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.416 std_dev=0.253
OP2 B 0, -0.069, 0.738, 1.545, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.738 std_dev=0.807
OP1 B 0, -0.079, 0.749, 1.577, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.749 std_dev=0.828

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.08 0.06 0.15 0.11 0.12 0.10 0.13 0.08 0.07 0.10 0.06 0.17 0.14 0.13 0.10 0.11 0.47 0.30 0.11
C2 0.05 0.06 0.06 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.13 0.09 0.14 0.10 0.08 0.72 0.40 0.11
C2' 0.04 0.06 0.05 0.15 0.10 0.12 0.08 0.13 0.07 0.05 0.09 0.05 0.16 0.15 0.15 0.09 0.10 0.52 0.35 0.10
C3' 0.06 0.07 0.06 0.15 0.10 0.13 0.08 0.15 0.07 0.06 0.09 0.07 0.18 0.16 0.14 0.10 0.12 0.46 0.37 0.10
C4 0.02 0.03 0.05 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.06 0.03 0.06 0.02 0.18 0.09 0.11 0.09 0.09 0.60 0.40 0.10
C4' 0.09 0.11 0.10 0.19 0.12 0.16 0.10 0.18 0.10 0.10 0.12 0.10 0.17 0.19 0.14 0.13 0.15 0.38 0.31 0.12
C5 0.04 0.01 0.10 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.03 0.02 0.02 0.21 0.05 0.07 0.08 0.09 0.60 0.50 0.07
C5' 0.10 0.11 0.10 0.19 0.11 0.17 0.09 0.20 0.10 0.10 0.11 0.11 0.20 0.20 0.12 0.14 0.16 0.29 0.32 0.12
C6 0.03 0.03 0.11 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.04 0.19 0.04 0.06 0.07 0.08 0.70 0.57 0.06
C8 0.07 0.05 0.11 0.08 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08 0.06 0.06 0.04 0.26 0.07 0.08 0.08 0.10 0.41 0.40 0.07
N1 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.15 0.06 0.09 0.08 0.08 0.74 0.49 0.09
N3 0.04 0.06 0.05 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.05 0.09 0.06 0.14 0.11 0.15 0.10 0.09 0.66 0.36 0.11
N6 0.06 0.04 0.14 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.20 0.02 0.04 0.04 0.08 0.69 0.68 0.03
N7 0.07 0.04 0.14 0.04 0.04 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.03 0.03 0.26 0.04 0.06 0.07 0.09 0.46 0.50 0.06
N9 0.04 0.05 0.05 0.12 0.09 0.11 0.09 0.12 0.07 0.05 0.07 0.03 0.21 0.11 0.11 0.09 0.10 0.50 0.36 0.10
O2' 0.04 0.07 0.07 0.15 0.12 0.11 0.10 0.11 0.07 0.06 0.10 0.05 0.13 0.14 0.16 0.08 0.09 0.52 0.30 0.10
O3' 0.06 0.08 0.07 0.16 0.11 0.14 0.08 0.15 0.07 0.07 0.11 0.08 0.17 0.17 0.15 0.11 0.11 0.47 0.39 0.09
O4' 0.09 0.10 0.09 0.18 0.12 0.16 0.11 0.17 0.11 0.10 0.12 0.09 0.18 0.18 0.13 0.13 0.14 0.37 0.28 0.12
O5' 0.06 0.07 0.07 0.13 0.07 0.14 0.06 0.18 0.06 0.06 0.07 0.07 0.23 0.15 0.09 0.10 0.14 0.27 0.34 0.09
OP1 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.09 0.04 0.15 0.05 0.05 0.06 0.05 0.25 0.12 0.09 0.06 0.13 0.19 0.31 0.07
OP2 0.09 0.07 0.13 0.05 0.07 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.07 0.07 0.28 0.06 0.10 0.06 0.08 0.22 0.47 0.02
P 0.07 0.05 0.10 0.06 0.04 0.08 0.04 0.13 0.05 0.06 0.05 0.06 0.27 0.09 0.07 0.05 0.11 0.21 0.35 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.28 0.26 0.10
C2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.47 0.14 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.21 0.12 0.08
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.14 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.12 0.62 0.07 0.08
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.34 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.13 0.62 0.08 0.08
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.05 0.06 0.02 0.03 0.03 0.10 0.01 0.01 0.20 0.29 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.12 0.54 0.08 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.44 0.16 0.10
N3 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.56 0.07 0.09
O2 0.01 0.00 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.03 0.04 0.42 0.18 0.10
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.16 0.17 0.06
O3' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.11 0.20 0.04
O4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.66 0.11 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.24 0.41 0.15
O5' 0.06 0.07 0.09 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.09 0.04 0.06 0.05 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.47 0.21 0.09 0.62 0.03 0.62 0.20 0.54 0.44 0.56 0.42 0.16 0.11 0.66 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.14 0.12 0.14 0.07 0.34 0.08 0.29 0.08 0.16 0.07 0.18 0.17 0.20 0.11 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09 0.10 0.06 0.04 0.07 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00