ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52905

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.001, 0.028, 0.054, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.002, 0.026, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.006, 0.037, 0.068, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.003, 0.040, 0.077, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.040 std_dev=0.037
C4 A 0, 0.003, 0.043, 0.083, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.040
N1 A 0, 0.001, 0.041, 0.081, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.041 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.003, 0.044, 0.084, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.044 std_dev=0.040
C1' A 0, -0.004, 0.039, 0.082, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.039 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.004, 0.049, 0.094, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.049 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.006, 0.064, 0.121, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.064 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.015, 0.338, 0.661, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.338 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.360 std_dev=0.360
N1 B 0, 0.001, 0.362, 0.723, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.362 std_dev=0.361
N3 B 0, 0.010, 0.382, 0.754, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.382 std_dev=0.372
C6 B 0, 0.007, 0.379, 0.752, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.379 std_dev=0.372
O2 B 0, 0.002, 0.385, 0.768, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.385 std_dev=0.383
C2' A 0, -0.060, 0.324, 0.709, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.324 std_dev=0.384
C4 B 0, 0.015, 0.400, 0.786, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.400 std_dev=0.385
C5 B 0, 0.013, 0.402, 0.791, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.402 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.008, 0.412, 0.816, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.412 std_dev=0.404
O4 B 0, 0.025, 0.443, 0.862, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.443 std_dev=0.418
O4' A 0, -0.164, 0.379, 0.921, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.379 std_dev=0.543
C3' A 0, -0.089, 0.707, 1.504, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.707 std_dev=0.796
O3' B 0, -0.056, 0.754, 1.563, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.754 std_dev=0.810
C4' A 0, -0.182, 0.686, 1.555, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.686 std_dev=0.869
O3' A 0, -0.047, 1.134, 2.314, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.134 std_dev=1.180
C2' B 0, -0.108, 1.133, 2.374, 3.017 max_d=3.017 avg_d=1.133 std_dev=1.241
O4' B 0, -0.249, 1.033, 2.314, 3.160 max_d=3.160 avg_d=1.033 std_dev=1.281
C3' B 0, -0.243, 1.175, 2.592, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.175 std_dev=1.418
C5' A 0, -0.265, 1.169, 2.604, 3.537 max_d=3.537 avg_d=1.169 std_dev=1.434
C4' B 0, -0.267, 1.418, 3.103, 4.156 max_d=4.156 avg_d=1.418 std_dev=1.685
O5' A 0, -0.533, 1.191, 2.916, 4.155 max_d=4.155 avg_d=1.191 std_dev=1.725
O2' B 0, -0.121, 1.619, 3.359, 4.228 max_d=4.228 avg_d=1.619 std_dev=1.740
P A 0, -0.727, 1.313, 3.352, 4.840 max_d=4.840 avg_d=1.313 std_dev=2.040
OP1 A 0, -0.740, 1.365, 3.471, 5.005 max_d=5.005 avg_d=1.365 std_dev=2.105
OP2 A 0, -0.677, 1.564, 3.805, 5.418 max_d=5.418 avg_d=1.564 std_dev=2.241
C5' B 0, -0.574, 2.214, 5.001, 6.859 max_d=6.859 avg_d=2.214 std_dev=2.788
O5' B 0, -0.899, 2.488, 5.874, 8.248 max_d=8.248 avg_d=2.488 std_dev=3.386
P B 0, -1.398, 3.166, 7.730, 10.999 max_d=10.999 avg_d=3.166 std_dev=4.564
OP1 B 0, -1.401, 3.477, 8.354, 11.812 max_d=11.812 avg_d=3.477 std_dev=4.878
OP2 B 0, -1.681, 3.649, 8.979, 12.807 max_d=12.807 avg_d=3.649 std_dev=5.330

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.10 0.52 0.39
C2 0.08 0.00 0.27 0.41 0.01 0.07 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.51 0.16 0.08 0.31 0.78 0.49
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.17 0.00 0.11 0.03 0.14 0.11 0.21 0.28 0.12 0.06 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.18 0.45 0.25
C3' 0.03 0.41 0.01 0.00 0.29 0.01 0.29 0.01 0.34 0.21 0.39 0.37 0.34 0.23 0.16 0.03 0.02 0.02 0.02 0.34 0.39 0.15
C4 0.04 0.01 0.17 0.29 0.00 0.08 0.00 0.22 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.32 0.09 0.07 0.38 0.78 0.57
C4' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.15 0.15 0.08 0.07 0.04 0.01 0.02 0.28 0.24 0.10
C5 0.03 0.02 0.11 0.29 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.32 0.04 0.14 0.60 0.91 0.72
C5' 0.06 0.20 0.03 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.31 0.31 0.26 0.16 0.35 0.34 0.21 0.06 0.01 0.03 0.01 0.31 0.17 0.01
C6 0.06 0.01 0.14 0.34 0.02 0.12 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.40 0.08 0.12 0.63 0.93 0.71
C8 0.02 0.01 0.11 0.21 0.00 0.15 0.01 0.31 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.09 0.22 0.63 0.85 0.80
N1 0.08 0.01 0.21 0.39 0.03 0.09 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.48 0.14 0.07 0.47 0.87 0.60
N3 0.08 0.01 0.28 0.37 0.00 0.05 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.45 0.16 0.09 0.22 0.71 0.44
N6 0.05 0.02 0.12 0.34 0.03 0.15 0.02 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.41 0.05 0.18 0.79 1.00 0.81
N7 0.01 0.02 0.06 0.23 0.00 0.15 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.26 0.06 0.23 0.77 0.96 0.86
N9 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.09 0.35 0.71 0.57
O2' 0.00 0.14 0.00 0.03 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.15 0.08 0.06 0.04 0.00 0.14 0.10 0.06 0.29 0.40 0.24
O3' 0.06 0.51 0.06 0.02 0.32 0.04 0.32 0.01 0.40 0.22 0.48 0.45 0.41 0.26 0.14 0.14 0.00 0.05 0.05 0.65 0.34 0.16
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.03 0.08 0.09 0.14 0.16 0.05 0.06 0.02 0.10 0.05 0.00 0.03 0.10 0.42 0.34
O5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.12 0.22 0.07 0.09 0.18 0.23 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.10 0.31 0.18 0.34 0.38 0.28 0.60 0.31 0.63 0.63 0.47 0.22 0.79 0.77 0.35 0.29 0.65 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.78 0.45 0.39 0.78 0.24 0.91 0.17 0.93 0.85 0.87 0.71 1.00 0.96 0.71 0.40 0.34 0.42 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.49 0.25 0.15 0.57 0.10 0.72 0.01 0.71 0.80 0.60 0.44 0.81 0.86 0.57 0.24 0.16 0.34 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.38 0.19 0.06 0.23 0.08 0.42 0.05 0.04 0.07 0.09 0.64 0.22 0.05 0.36 0.33 0.69 0.12 0.45
C2 0.18 0.10 0.66 0.31 0.10 0.46 0.13 0.58 0.07 0.07 0.10 0.13 1.07 0.29 0.08 0.74 0.50 0.51 0.17 0.18
C2' 0.35 0.22 0.31 0.16 0.10 0.55 0.18 0.68 0.26 0.28 0.12 0.22 0.61 0.28 0.03 0.72 0.55 0.54 0.16 0.32
C3' 0.27 0.13 0.19 0.13 0.13 0.60 0.06 0.79 0.11 0.17 0.09 0.18 0.49 0.24 0.25 0.72 0.65 0.44 0.34 0.14
C4 0.12 0.05 0.36 0.07 0.11 0.51 0.16 0.74 0.12 0.06 0.02 0.08 0.78 0.18 0.10 0.67 0.76 0.54 0.54 0.23
C4' 0.14 0.22 0.43 0.23 0.44 0.16 0.41 0.43 0.31 0.23 0.33 0.14 0.65 0.24 0.55 0.20 0.30 0.80 0.15 0.55
C5 0.15 0.11 0.22 0.17 0.19 0.78 0.22 1.19 0.19 0.13 0.12 0.11 0.79 0.14 0.18 0.86 1.32 1.01 1.33 0.92
C5' 0.32 0.43 0.40 0.23 0.67 0.21 0.61 0.42 0.50 0.42 0.55 0.35 0.63 0.21 0.81 0.27 0.32 0.68 0.24 0.29
C6 0.15 0.09 0.31 0.19 0.16 0.94 0.21 1.43 0.18 0.12 0.11 0.08 0.98 0.15 0.14 1.02 1.56 1.22 1.61 1.21
C8 0.14 0.13 0.11 0.20 0.21 0.66 0.23 1.03 0.18 0.14 0.15 0.14 0.57 0.15 0.24 0.69 1.17 0.88 1.16 0.74
N1 0.15 0.03 0.56 0.09 0.11 0.78 0.16 1.08 0.12 0.01 0.07 0.09 1.17 0.23 0.09 0.99 1.08 0.73 0.97 0.66
N3 0.15 0.09 0.55 0.28 0.09 0.36 0.11 0.48 0.05 0.06 0.08 0.11 0.88 0.25 0.08 0.59 0.37 0.65 0.06 0.36
N6 0.17 0.17 0.22 0.41 0.21 1.20 0.24 1.93 0.23 0.18 0.18 0.14 1.00 0.13 0.19 1.12 2.17 1.94 2.47 1.99
N7 0.17 0.18 0.06 0.31 0.25 0.84 0.25 1.33 0.22 0.18 0.20 0.17 0.63 0.15 0.27 0.83 1.54 1.32 1.68 1.23
N9 0.11 0.06 0.27 0.04 0.11 0.46 0.15 0.70 0.11 0.07 0.03 0.09 0.65 0.16 0.12 0.57 0.72 0.52 0.50 0.17
O2' 0.33 0.24 0.58 0.42 0.19 0.41 0.22 0.64 0.26 0.28 0.20 0.23 0.81 0.41 0.16 0.49 0.50 1.04 0.78 0.96
O3' 0.36 0.13 0.34 0.28 0.17 0.69 0.15 0.91 0.19 0.22 0.05 0.18 0.58 0.39 0.32 0.77 0.72 0.51 0.48 0.46
O4' 0.26 0.28 0.48 0.33 0.44 0.04 0.46 0.26 0.40 0.32 0.34 0.21 0.70 0.34 0.48 0.07 0.14 0.89 0.24 0.61
O5' 0.51 0.53 0.53 0.36 0.81 0.14 0.81 0.23 0.71 0.59 0.64 0.39 0.74 0.43 0.94 0.22 0.12 0.84 0.06 0.53
OP1 0.09 0.14 0.23 0.38 0.23 0.53 0.33 0.87 0.21 0.01 0.04 0.35 0.26 0.29 0.34 0.40 0.86 0.45 0.91 0.39
OP2 0.25 0.19 0.37 0.60 0.27 0.84 0.22 1.31 0.11 0.16 0.17 0.32 0.36 0.51 0.45 0.66 1.27 0.68 1.50 0.87
P 0.07 0.09 0.20 0.35 0.27 0.52 0.31 0.87 0.18 0.04 0.08 0.25 0.27 0.28 0.41 0.39 0.82 0.37 0.87 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.01 0.06 0.47 0.10 0.26
C2 0.00 0.00 0.20 0.28 0.03 0.34 0.03 0.60 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.05 0.26 0.78 0.57 0.61 0.44
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.01 0.15 0.16 0.18 0.06 0.17 0.31 0.01 0.00 0.15 0.02 0.44 0.57 0.23 0.32
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.03 0.00 0.22 0.01 0.29 0.01 0.22 0.53 0.05 0.00 0.07 0.01 0.40 0.62 0.23 0.46
C4 0.01 0.03 0.12 0.03 0.00 0.06 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.05 0.21 0.13 0.01 0.02 0.22 0.73 0.33 0.56
C4' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.06 0.00 0.32 0.01 0.39 0.03 0.24 0.67 0.20 0.07 0.05 0.01 0.01 0.24 0.06 0.13
C5 0.02 0.03 0.15 0.22 0.01 0.32 0.00 0.62 0.01 0.01 0.01 0.03 0.27 0.13 0.03 0.22 0.67 1.44 1.10 1.29
C5' 0.08 0.60 0.16 0.01 0.28 0.01 0.62 0.00 0.69 0.20 0.49 1.14 0.07 0.21 0.28 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.29 0.02 0.39 0.01 0.69 0.00 0.00 0.02 0.01 0.23 0.14 0.03 0.28 0.73 1.38 1.10 1.27
N1 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.20 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.01 0.01 0.14 0.58 0.21 0.38
N3 0.01 0.00 0.17 0.22 0.02 0.24 0.01 0.49 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.17 0.05 0.16 0.62 0.42 0.43 0.20
O2 0.01 0.01 0.31 0.53 0.05 0.67 0.03 1.14 0.01 0.02 0.03 0.00 0.23 0.22 0.08 0.47 1.51 1.36 1.45 1.29
O2' 0.05 0.07 0.01 0.05 0.21 0.20 0.27 0.07 0.23 0.09 0.11 0.23 0.00 0.10 0.23 0.13 0.38 0.72 0.20 0.40
O3' 0.14 0.18 0.00 0.00 0.13 0.07 0.13 0.21 0.14 0.13 0.17 0.22 0.10 0.00 0.14 0.11 0.25 0.56 0.22 0.46
O4 0.01 0.05 0.15 0.07 0.01 0.05 0.03 0.28 0.03 0.01 0.05 0.08 0.23 0.14 0.00 0.02 0.22 0.71 0.29 0.53
O4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.02 0.28 0.01 0.16 0.47 0.13 0.11 0.02 0.00 0.18 0.65 0.20 0.43
O5' 0.06 0.78 0.44 0.40 0.22 0.01 0.67 0.01 0.73 0.14 0.62 1.51 0.38 0.25 0.22 0.18 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.47 0.57 0.57 0.62 0.73 0.24 1.44 0.07 1.38 0.58 0.42 1.36 0.72 0.56 0.71 0.65 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.10 0.61 0.23 0.23 0.33 0.06 1.10 0.12 1.10 0.21 0.43 1.45 0.20 0.22 0.29 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.26 0.44 0.32 0.46 0.56 0.13 1.29 0.01 1.27 0.38 0.20 1.29 0.40 0.46 0.53 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00