ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52906

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2' B 0, 0.018, 0.243, 0.469, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.243 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.022, 0.287, 0.552, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.287 std_dev=0.265
O2 B 0, -0.013, 0.253, 0.518, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.253 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.003, 0.289, 0.576, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.289 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.015, 0.319, 0.623, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.319 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.009, 0.326, 0.643, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.326 std_dev=0.317
N3 B 0, -0.003, 0.351, 0.705, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.351 std_dev=0.354
C6 B 0, -0.005, 0.418, 0.841, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.418 std_dev=0.423
C4 B 0, -0.007, 0.432, 0.871, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.432 std_dev=0.439
O4' B 0, -0.025, 0.429, 0.884, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.429 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.032, 0.494, 0.956, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.494 std_dev=0.462
C5 B 0, -0.011, 0.464, 0.939, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.464 std_dev=0.475
O3' B 0, 0.097, 0.572, 1.048, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.572 std_dev=0.476
O4 B 0, -0.011, 0.498, 1.008, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.498 std_dev=0.509
O4' A 0, -0.046, 0.502, 1.051, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.502 std_dev=0.548
C2' A 0, -0.081, 0.540, 1.161, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.540 std_dev=0.621
C4' B 0, -0.072, 0.550, 1.172, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.550 std_dev=0.622
C3' A 0, -0.124, 0.672, 1.468, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.672 std_dev=0.796
C5' B 0, -0.143, 0.740, 1.623, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.740 std_dev=0.883
C4' A 0, -0.174, 0.717, 1.608, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.717 std_dev=0.891
O3' A 0, -0.048, 0.888, 1.824, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.888 std_dev=0.936
O5' B 0, -0.234, 0.732, 1.698, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.732 std_dev=0.966
O2' A 0, -0.072, 0.952, 1.976, 2.374 max_d=2.374 avg_d=0.952 std_dev=1.024
O5' A 0, -0.081, 1.097, 2.275, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.097 std_dev=1.178
P B 0, -0.313, 0.914, 2.141, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.914 std_dev=1.227
OP2 B 0, -0.324, 0.969, 2.263, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.969 std_dev=1.293
C5' A 0, -0.281, 1.012, 2.306, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.012 std_dev=1.293
OP1 B 0, -0.427, 1.153, 2.733, 3.387 max_d=3.387 avg_d=1.153 std_dev=1.580
OP2 A 0, -0.200, 1.683, 3.567, 4.312 max_d=4.312 avg_d=1.683 std_dev=1.883
P A 0, -0.471, 1.459, 3.389, 4.187 max_d=4.187 avg_d=1.459 std_dev=1.930
OP1 A 0, -0.444, 1.816, 4.076, 5.001 max_d=5.001 avg_d=1.816 std_dev=2.260

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.09 0.06 0.22 0.10
C2 0.01 0.00 0.35 0.36 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.10 0.22 0.33 0.54 0.36
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.17 0.02 0.06 0.12 0.14 0.19 0.26 0.35 0.08 0.11 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.19 0.26 0.22
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.29 0.00 0.31 0.01 0.36 0.16 0.38 0.31 0.36 0.24 0.18 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.31 0.16
C4 0.00 0.00 0.17 0.29 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.05 0.19 0.21 0.32 0.22
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.14 0.09 0.04 0.14 0.15 0.08 0.23 0.02 0.00 0.02 0.05 0.18 0.05
C5 0.00 0.00 0.06 0.31 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.14 0.02 0.26 0.26 0.31 0.27
C5' 0.03 0.13 0.12 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.22 0.21 0.18 0.10 0.25 0.25 0.13 0.12 0.11 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.36 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.18 0.04 0.30 0.35 0.44 0.37
C8 0.00 0.00 0.19 0.16 0.00 0.14 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.05 0.09 0.19 0.06 0.24 0.05
N1 0.01 0.00 0.26 0.38 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.17 0.08 0.27 0.38 0.54 0.40
N3 0.01 0.00 0.35 0.31 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.10 0.17 0.25 0.43 0.27
N6 0.00 0.00 0.08 0.36 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.21 0.02 0.33 0.38 0.43 0.39
N7 0.00 0.00 0.11 0.24 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.12 0.05 0.27 0.18 0.17 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.05 0.01 0.13 0.08 0.19 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.15 0.23 0.27 0.12 0.25 0.34 0.14 0.04 0.31 0.37 0.19 0.00 0.04 0.16 0.18 0.08 0.26 0.15
O3' 0.20 0.14 0.00 0.00 0.09 0.02 0.14 0.11 0.18 0.05 0.17 0.10 0.21 0.12 0.05 0.04 0.00 0.11 0.23 0.47 0.62 0.45
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.08 0.10 0.02 0.05 0.01 0.16 0.11 0.00 0.11 0.07 0.27 0.16
O5' 0.09 0.22 0.24 0.12 0.19 0.02 0.26 0.01 0.30 0.19 0.27 0.17 0.33 0.27 0.13 0.18 0.23 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.33 0.19 0.11 0.21 0.05 0.26 0.03 0.35 0.06 0.38 0.25 0.38 0.18 0.08 0.08 0.47 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.22 0.54 0.26 0.31 0.32 0.18 0.31 0.08 0.44 0.24 0.54 0.43 0.43 0.17 0.19 0.26 0.62 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.36 0.22 0.16 0.22 0.05 0.27 0.01 0.37 0.05 0.40 0.27 0.39 0.17 0.07 0.15 0.45 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.29 0.22 0.30 0.28 0.26 0.25 0.33 0.24 0.25 0.31 0.29 0.02 0.26 0.26 0.23 0.42 0.54 0.56 0.48
C2 0.36 0.29 0.33 0.53 0.34 0.53 0.43 0.67 0.42 0.36 0.28 0.23 0.17 0.54 0.28 0.44 0.76 1.00 0.96 0.88
C2' 0.06 0.18 0.11 0.06 0.36 0.06 0.27 0.11 0.16 0.10 0.32 0.13 0.38 0.10 0.45 0.05 0.28 0.43 0.52 0.39
C3' 0.09 0.15 0.17 0.31 0.29 0.19 0.30 0.31 0.24 0.17 0.22 0.06 0.11 0.29 0.32 0.11 0.48 0.66 0.69 0.57
C4 0.31 0.29 0.31 0.46 0.26 0.43 0.30 0.52 0.32 0.32 0.26 0.26 0.13 0.45 0.17 0.36 0.60 0.77 0.72 0.67
C4' 0.01 0.05 0.16 0.26 0.04 0.11 0.05 0.18 0.04 0.01 0.05 0.09 0.03 0.29 0.04 0.02 0.29 0.42 0.42 0.33
C5 0.32 0.22 0.32 0.50 0.09 0.48 0.19 0.57 0.28 0.29 0.12 0.20 0.17 0.51 0.04 0.38 0.64 0.80 0.70 0.68
C5' 0.14 0.22 0.13 0.24 0.13 0.06 0.08 0.10 0.08 0.14 0.20 0.30 0.07 0.30 0.14 0.14 0.22 0.34 0.34 0.24
C6 0.34 0.19 0.34 0.56 0.07 0.56 0.23 0.68 0.33 0.30 0.08 0.16 0.20 0.59 0.10 0.43 0.77 0.98 0.86 0.85
C8 0.22 0.19 0.25 0.34 0.05 0.30 0.08 0.35 0.13 0.19 0.11 0.23 0.09 0.33 0.01 0.24 0.40 0.50 0.44 0.43
N1 0.36 0.24 0.34 0.56 0.21 0.57 0.36 0.72 0.40 0.34 0.17 0.19 0.20 0.59 0.08 0.45 0.81 1.07 0.99 0.93
N3 0.33 0.32 0.31 0.48 0.37 0.46 0.40 0.58 0.39 0.35 0.33 0.26 0.13 0.47 0.32 0.39 0.67 0.87 0.85 0.76
N6 0.32 0.11 0.32 0.58 0.11 0.60 0.07 0.74 0.25 0.23 0.04 0.11 0.23 0.64 0.28 0.44 0.83 1.07 0.88 0.91
N7 0.27 0.15 0.30 0.45 0.04 0.40 0.02 0.46 0.13 0.20 0.02 0.18 0.16 0.45 0.13 0.31 0.50 0.61 0.49 0.51
N9 0.25 0.27 0.26 0.37 0.21 0.33 0.22 0.40 0.24 0.26 0.25 0.27 0.08 0.34 0.15 0.28 0.47 0.60 0.57 0.52
O2' 0.09 0.30 0.17 0.14 0.38 0.12 0.23 0.10 0.13 0.15 0.43 0.33 0.36 0.26 0.48 0.09 0.18 0.29 0.38 0.27
O3' 0.05 0.07 0.15 0.30 0.16 0.17 0.18 0.28 0.14 0.08 0.11 0.07 0.09 0.32 0.18 0.07 0.43 0.64 0.62 0.51
O4' 0.07 0.02 0.19 0.27 0.05 0.15 0.02 0.20 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.28 0.08 0.07 0.26 0.36 0.35 0.28
O5' 0.33 0.41 0.03 0.14 0.24 0.11 0.17 0.02 0.19 0.31 0.36 0.56 0.26 0.25 0.23 0.31 0.13 0.30 0.27 0.17
OP1 0.66 0.58 0.39 0.23 0.32 0.51 0.29 0.39 0.39 0.54 0.45 0.74 0.71 0.19 0.25 0.67 0.15 0.05 0.07 0.09
OP2 0.79 0.60 0.68 0.45 0.29 0.64 0.30 0.46 0.44 0.60 0.42 0.75 1.09 0.43 0.21 0.75 0.18 0.09 0.14 0.08
P 0.69 0.62 0.43 0.22 0.33 0.49 0.30 0.34 0.40 0.56 0.48 0.78 0.78 0.14 0.27 0.66 0.11 0.11 0.11 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.07 0.16 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.09 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.11 0.19 0.26 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.12 0.20 0.26 0.18
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.13 0.07 0.08 0.02 0.05 0.03 0.12 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.10 0.14 0.18 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.13 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.01 0.08 0.13 0.21 0.11
O2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.08 0.07 0.06 0.00 0.08 0.01 0.15 0.16 0.13 0.15
O4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.12 0.22 0.29 0.17
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06
O5' 0.02 0.05 0.02 0.08 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.08 0.02 0.05 0.15 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.03 0.07 0.19 0.05 0.20 0.09 0.14 0.06 0.13 0.02 0.06 0.16 0.22 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.16 0.03 0.07 0.26 0.02 0.26 0.00 0.18 0.13 0.21 0.13 0.05 0.13 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.02 0.08 0.16 0.01 0.18 0.01 0.13 0.06 0.11 0.02 0.06 0.15 0.17 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00