ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.008, 0.038, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C4 A 0, -0.001, 0.031, 0.063, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.031 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.013, 0.045, 0.078, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.016, 0.056, 0.095, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.056 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.020, 0.067, 0.114, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.067 std_dev=0.047
C1' A 0, 0.020, 0.070, 0.119, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.070 std_dev=0.049
O2 B 0, 0.182, 0.634, 1.085, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.634 std_dev=0.452
C2 B 0, 0.225, 0.770, 1.314, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.770 std_dev=0.544
C1' B 0, 0.248, 0.855, 1.463, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.855 std_dev=0.607
N3 B 0, 0.253, 0.865, 1.477, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.865 std_dev=0.612
N1 B 0, 0.254, 0.868, 1.482, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.868 std_dev=0.614
C4 B 0, 0.294, 1.005, 1.716, 1.546 max_d=1.546 avg_d=1.005 std_dev=0.711
C6 B 0, 0.296, 1.019, 1.742, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.019 std_dev=0.723
O4 B 0, 0.311, 1.068, 1.824, 1.656 max_d=1.656 avg_d=1.068 std_dev=0.756
C5 B 0, 0.313, 1.076, 1.838, 1.684 max_d=1.684 avg_d=1.076 std_dev=0.763
C2' A 0, 0.449, 1.534, 2.619, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.534 std_dev=1.085
O4' A 0, 0.457, 1.563, 2.668, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.563 std_dev=1.105
C2' B 0, 0.508, 1.739, 2.969, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.739 std_dev=1.230
C4' A 0, 0.547, 1.869, 3.192, 2.862 max_d=2.862 avg_d=1.869 std_dev=1.323
O4' B 0, 0.557, 1.907, 3.257, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.907 std_dev=1.350
C3' A 0, 0.596, 2.038, 3.479, 3.101 max_d=3.101 avg_d=2.038 std_dev=1.441
O3' B 0, 0.662, 2.260, 3.858, 3.392 max_d=3.392 avg_d=2.260 std_dev=1.598
O3' A 0, 0.671, 2.294, 3.916, 3.477 max_d=3.477 avg_d=2.294 std_dev=1.622
O2' B 0, 0.692, 2.370, 4.048, 3.670 max_d=3.670 avg_d=2.370 std_dev=1.678
C3' B 0, 0.699, 2.388, 4.076, 3.587 max_d=3.587 avg_d=2.388 std_dev=1.688
O2' A 0, 0.707, 2.414, 4.121, 3.650 max_d=3.650 avg_d=2.414 std_dev=1.707
C4' B 0, 0.710, 2.427, 4.144, 3.702 max_d=3.702 avg_d=2.427 std_dev=1.717
C5' A 0, 1.101, 3.759, 6.417, 5.674 max_d=5.674 avg_d=3.759 std_dev=2.658
C5' B 0, 1.156, 3.946, 6.736, 5.952 max_d=5.952 avg_d=3.946 std_dev=2.790
O5' A 0, 1.407, 4.807, 8.207, 7.296 max_d=7.296 avg_d=4.807 std_dev=3.400
O5' B 0, 1.510, 5.157, 8.804, 7.750 max_d=7.750 avg_d=5.157 std_dev=3.647
P A 0, 1.972, 6.734, 11.497, 10.171 max_d=10.171 avg_d=6.734 std_dev=4.762
P B 0, 2.011, 6.866, 11.721, 10.358 max_d=10.358 avg_d=6.866 std_dev=4.855
OP1 B 0, 2.043, 6.978, 11.913, 10.554 max_d=10.554 avg_d=6.978 std_dev=4.935
OP2 A 0, 2.118, 7.233, 12.349, 10.967 max_d=10.967 avg_d=7.233 std_dev=5.116
OP1 A 0, 2.296, 7.844, 13.393, 11.942 max_d=11.942 avg_d=7.844 std_dev=5.549
OP2 B 0, 2.430, 8.297, 14.164, 12.478 max_d=12.478 avg_d=8.297 std_dev=5.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.20 0.01 0.24 0.26 0.40 0.33
C2 0.05 0.00 0.29 0.57 0.03 0.31 0.04 0.58 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.33 0.04 0.51 0.61 0.52 0.40
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.10 0.13 0.20 0.22 0.28 0.12 0.14 0.03 0.00 0.02 0.03 0.33 0.35 0.67 0.47
C3' 0.02 0.57 0.00 0.00 0.33 0.00 0.24 0.02 0.34 0.12 0.48 0.54 0.29 0.10 0.09 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.30 0.16
C4 0.03 0.03 0.15 0.33 0.00 0.17 0.02 0.27 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.11 0.04 0.10 0.02 0.17 0.13
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.17 0.00 0.13 0.01 0.17 0.10 0.25 0.30 0.14 0.08 0.05 0.14 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.02
C5 0.04 0.04 0.09 0.24 0.02 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.17 0.09 0.05 0.12 0.20 0.39 0.35
C5' 0.03 0.58 0.10 0.02 0.27 0.01 0.19 0.00 0.30 0.16 0.47 0.52 0.25 0.12 0.05 0.04 0.12 0.00 0.00 0.11 0.25 0.01
C6 0.04 0.03 0.13 0.34 0.02 0.17 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.14 0.15 0.05 0.07 0.04 0.19 0.17
C8 0.05 0.04 0.20 0.12 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.32 0.24 0.04 0.51 0.68 0.92 0.78
N1 0.04 0.01 0.22 0.48 0.02 0.25 0.02 0.47 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.27 0.03 0.34 0.39 0.30 0.18
N3 0.05 0.00 0.28 0.54 0.02 0.30 0.03 0.52 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.27 0.03 0.43 0.47 0.38 0.30
N6 0.06 0.03 0.12 0.29 0.03 0.14 0.02 0.25 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.21 0.13 0.07 0.05 0.17 0.34 0.32
N7 0.05 0.04 0.14 0.10 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.30 0.16 0.05 0.41 0.59 0.82 0.71
N9 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.14 0.11 0.02 0.26 0.32 0.50 0.43
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.14 0.17 0.04 0.14 0.32 0.03 0.07 0.21 0.30 0.14 0.00 0.02 0.09 0.17 0.21 0.63 0.31
O3' 0.20 0.33 0.02 0.00 0.11 0.02 0.09 0.12 0.15 0.24 0.27 0.27 0.13 0.16 0.11 0.02 0.00 0.12 0.23 0.35 0.21 0.23
O4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.09 0.12 0.00 0.16 0.19 0.12 0.20
O5' 0.24 0.51 0.33 0.11 0.10 0.02 0.12 0.00 0.07 0.51 0.34 0.43 0.05 0.41 0.26 0.17 0.23 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.26 0.61 0.35 0.06 0.02 0.06 0.20 0.11 0.04 0.68 0.39 0.47 0.17 0.59 0.32 0.21 0.35 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.52 0.67 0.30 0.17 0.14 0.39 0.25 0.19 0.92 0.30 0.38 0.34 0.82 0.50 0.63 0.21 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.40 0.47 0.16 0.13 0.02 0.35 0.01 0.17 0.78 0.18 0.30 0.32 0.71 0.43 0.31 0.23 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.16 0.64 0.43 0.27 0.15 0.30 0.22 0.27 0.18 0.21 0.15 0.91 0.44 0.29 0.47 0.38 0.69 0.23 0.38
C2 0.06 0.05 0.36 0.09 0.09 0.61 0.12 1.02 0.12 0.07 0.08 0.11 0.87 0.07 0.11 0.65 1.43 1.95 1.74 1.69
C2' 0.46 0.41 0.26 0.09 0.28 0.49 0.27 0.46 0.33 0.40 0.35 0.45 0.44 0.08 0.25 0.80 0.54 0.73 0.25 0.46
C3' 0.39 0.44 0.33 0.13 0.30 0.49 0.23 0.50 0.25 0.36 0.40 0.52 0.63 0.23 0.29 0.79 0.69 0.83 0.43 0.61
C4 0.08 0.09 0.56 0.24 0.19 0.32 0.21 0.56 0.19 0.12 0.15 0.11 0.90 0.23 0.21 0.54 0.79 1.26 0.85 0.92
C4' 0.18 0.09 0.92 0.74 0.07 0.15 0.04 0.08 0.10 0.08 0.10 0.17 1.31 0.87 0.11 0.20 0.22 0.44 0.11 0.22
C5 0.13 0.02 0.55 0.29 0.15 0.21 0.17 0.48 0.16 0.09 0.10 0.08 0.77 0.26 0.18 0.39 0.66 1.26 0.76 0.84
C5' 0.56 0.28 1.29 1.20 0.20 0.58 0.35 0.48 0.47 0.42 0.20 0.29 1.69 1.43 0.13 0.21 0.09 0.15 0.15 0.07
C6 0.17 0.06 0.43 0.14 0.06 0.32 0.11 0.69 0.14 0.12 0.01 0.11 0.72 0.14 0.09 0.39 0.94 1.67 1.20 1.23
C8 0.09 0.09 0.68 0.57 0.25 0.07 0.26 0.08 0.21 0.10 0.18 0.09 0.74 0.51 0.29 0.27 0.14 0.62 0.05 0.19
N1 0.11 0.03 0.35 0.05 0.04 0.52 0.08 0.97 0.11 0.08 0.03 0.10 0.77 0.04 0.06 0.52 1.34 2.05 1.71 1.68
N3 0.09 0.10 0.46 0.08 0.16 0.53 0.19 0.83 0.18 0.13 0.13 0.12 0.94 0.10 0.18 0.66 1.17 1.57 1.31 1.32
N6 0.24 0.18 0.39 0.17 0.09 0.22 0.15 0.60 0.20 0.20 0.12 0.17 0.60 0.16 0.02 0.24 0.78 1.63 1.11 1.13
N7 0.15 0.01 0.62 0.49 0.18 0.03 0.19 0.16 0.18 0.10 0.11 0.07 0.68 0.43 0.24 0.23 0.23 0.82 0.23 0.36
N9 0.08 0.13 0.65 0.43 0.25 0.16 0.27 0.28 0.24 0.15 0.19 0.13 0.87 0.41 0.27 0.45 0.43 0.85 0.36 0.49
O2' 0.59 0.38 0.07 0.12 0.23 0.61 0.29 0.54 0.41 0.45 0.28 0.40 0.14 0.22 0.15 0.87 0.52 0.67 0.20 0.41
O3' 0.55 0.46 0.09 0.20 0.31 0.75 0.29 0.76 0.36 0.45 0.39 0.53 0.41 0.18 0.26 0.95 0.91 0.98 0.67 0.82
O4' 0.38 0.15 1.11 0.89 0.06 0.33 0.12 0.22 0.19 0.22 0.04 0.24 1.50 0.95 0.11 0.09 0.14 0.43 0.13 0.17
O5' 0.73 0.48 1.44 1.39 0.59 0.74 0.77 0.70 0.84 0.68 0.46 0.36 1.70 1.60 0.54 0.39 0.39 0.23 0.49 0.42
OP1 1.14 0.86 1.72 1.82 1.06 1.26 1.31 1.35 1.37 1.12 0.86 0.64 1.88 2.03 1.01 0.91 1.02 0.96 1.16 1.10
OP2 1.41 1.12 2.06 2.11 1.33 1.39 1.62 1.37 1.70 1.42 1.12 0.88 2.12 2.16 1.26 1.07 1.13 0.82 1.10 1.11
P 1.30 1.00 1.96 2.03 1.13 1.38 1.37 1.38 1.46 1.26 0.98 0.82 2.11 2.23 1.06 1.01 1.06 0.86 1.09 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.17 0.04 0.01 0.10 0.13 0.17 0.08
C2 0.06 0.00 0.13 0.11 0.00 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.17 0.00 0.12 0.24 0.68 0.30 0.40
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.11 0.13 0.02 0.10 0.22 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.15 0.26 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.17 0.01 0.34 0.01 0.35 0.11 0.04 0.30 0.02 0.00 0.17 0.02 0.22 0.12 0.44 0.21
C4 0.03 0.00 0.02 0.17 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.04 0.00 0.05 0.28 0.26 0.30 0.22
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.00 0.24 0.01 0.27 0.06 0.11 0.38 0.17 0.01 0.07 0.01 0.03 0.04 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.34 0.00 0.24 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.15 0.01 0.13 0.61 0.29 0.73 0.62
C5' 0.04 0.35 0.11 0.01 0.07 0.01 0.31 0.00 0.35 0.05 0.25 0.70 0.05 0.13 0.06 0.02 0.01 0.10 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.27 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.13 0.00 0.16 0.63 0.32 0.73 0.61
N1 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.06 0.01 0.03 0.19 0.20 0.23 0.14
N3 0.05 0.00 0.10 0.04 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.16 0.11 0.01 0.08 0.12 0.63 0.20 0.28
O2 0.09 0.00 0.22 0.30 0.01 0.38 0.01 0.70 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.31 0.02 0.24 0.68 1.14 0.79 0.90
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.21 0.17 0.23 0.05 0.20 0.11 0.16 0.14 0.00 0.02 0.23 0.11 0.18 0.06 0.37 0.11
O3' 0.17 0.17 0.01 0.00 0.04 0.01 0.15 0.13 0.13 0.06 0.11 0.31 0.02 0.00 0.05 0.11 0.25 0.26 0.62 0.33
O4 0.04 0.00 0.02 0.17 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.05 0.00 0.05 0.27 0.30 0.28 0.21
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.02 0.16 0.03 0.08 0.24 0.11 0.11 0.05 0.00 0.05 0.09 0.09 0.06
O5' 0.10 0.24 0.10 0.22 0.28 0.03 0.61 0.01 0.63 0.19 0.12 0.68 0.18 0.25 0.27 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.13 0.68 0.15 0.12 0.26 0.04 0.29 0.10 0.32 0.20 0.63 1.14 0.06 0.26 0.30 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.30 0.26 0.44 0.30 0.15 0.73 0.16 0.73 0.23 0.20 0.79 0.37 0.62 0.28 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.40 0.05 0.21 0.22 0.04 0.62 0.02 0.61 0.14 0.28 0.90 0.11 0.33 0.21 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00