Doublet Group distance statistics: 52908

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7	A	0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C8	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N6	A	0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O4'	A	0, 0.099, 0.420, 0.742, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.420 std_dev=0.322
C2'	A	0, 0.119, 0.519, 0.918, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.519 std_dev=0.399
C6	B	0, 0.211, 0.720, 1.230, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.720 std_dev=0.509
C5	B	0, 0.215, 0.738, 1.261, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.738 std_dev=0.523
C4'	A	0, 0.135, 0.666, 1.198, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.666 std_dev=0.532
N1	B	0, 0.241, 0.824, 1.407, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.824 std_dev=0.583
C4	B	0, 0.235, 0.820, 1.406, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.820 std_dev=0.585
N3	B	0, 0.244, 0.851, 1.459, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.851 std_dev=0.608
C2	B	0, 0.251, 0.874, 1.497, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.874 std_dev=0.623
O4	B	0, 0.257, 0.916, 1.575, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.916 std_dev=0.659
C1'	B	0, 0.275, 0.944, 1.613, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.944 std_dev=0.669
C3'	A	0, 0.222, 0.918, 1.615, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.918 std_dev=0.696
O2	B	0, 0.275, 0.976, 1.678, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.976 std_dev=0.702
O2'	A	0, 0.219, 0.923, 1.626, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.923 std_dev=0.703
OP2	A	0, 0.291, 0.996, 1.700, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.996 std_dev=0.704
P	A	0, 0.323, 1.102, 1.881, 1.658 max_d=1.658 avg_d=1.102 std_dev=0.779
OP1	A	0, 0.309, 1.107, 1.905, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.107 std_dev=0.798
O5'	A	0, 0.320, 1.210, 2.100, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.210 std_dev=0.890
C5'	A	0, 0.261, 1.209, 2.157, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.209 std_dev=0.948
O3'	A	0, 0.351, 1.435, 2.520, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.435 std_dev=1.085
O4'	B	0, 0.341, 1.552, 2.762, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.552 std_dev=1.210
C2'	B	0, 0.149, 1.734, 3.320, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.734 std_dev=1.585
O2'	B	0, 0.208, 1.942, 3.676, 4.210 max_d=4.210 avg_d=1.942 std_dev=1.734
C4'	B	0, 0.231, 2.184, 4.137, 4.740 max_d=4.740 avg_d=2.184 std_dev=1.953
C3'	B	0, 0.054, 2.337, 4.621, 5.435 max_d=5.435 avg_d=2.337 std_dev=2.283
C5'	B	0, 0.040, 3.153, 6.266, 7.390 max_d=7.390 avg_d=3.153 std_dev=3.113
O3'	B	0, -0.117, 3.064, 6.244, 7.447 max_d=7.447 avg_d=3.064 std_dev=3.180
O5'	B	0, 0.086, 3.468, 6.849, 8.053 max_d=8.053 avg_d=3.468 std_dev=3.381
P	B	0, -0.027, 4.398, 8.823, 10.452 max_d=10.452 avg_d=4.398 std_dev=4.425
OP2	B	0, -0.219, 4.276, 8.771, 10.488 max_d=10.488 avg_d=4.276 std_dev=4.495
OP1	B	0, 0.073, 5.474, 10.874, 12.824 max_d=12.824 avg_d=5.474 std_dev=5.401

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.04	0.26	0.16
C2	0.03	0.00	0.17	0.08	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.28	0.15	0.03	0.03	0.01	0.23	0.13
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.08	0.02	0.04	0.01	0.07	0.09	0.12	0.17	0.05	0.07	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.26	0.06	0.05
C3'	0.02	0.08	0.00	0.00	0.06	0.00	0.15	0.00	0.12	0.28	0.05	0.08	0.16	0.26	0.13	0.01	0.01	0.00	0.08	0.36	0.14	0.18
C4	0.01	0.01	0.08	0.06	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.05	0.02	0.05	0.03	0.24	0.12
C4'	0.01	0.02	0.02	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.10	0.20	0.05	0.03	0.14	0.19	0.10	0.08	0.03	0.00	0.01	0.16	0.04	0.03
C5	0.01	0.00	0.04	0.15	0.00	0.12	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.15	0.02	0.13	0.07	0.21	0.10
C5'	0.02	0.06	0.01	0.00	0.11	0.00	0.20	0.00	0.19	0.28	0.12	0.03	0.24	0.29	0.14	0.08	0.03	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00
C6	0.02	0.00	0.07	0.12	0.01	0.10	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.11	0.03	0.12	0.06	0.19	0.09
C8	0.00	0.00	0.09	0.28	0.00	0.20	0.00	0.28	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.30	0.01	0.21	0.11	0.23	0.13
N1	0.03	0.00	0.12	0.05	0.01	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.23	0.08	0.03	0.06	0.02	0.20	0.10
N3	0.03	0.00	0.17	0.08	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.27	0.15	0.03	0.05	0.02	0.25	0.14
N6	0.02	0.00	0.05	0.16	0.01	0.14	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.18	0.03	0.18	0.09	0.16	0.10
N7	0.00	0.00	0.07	0.26	0.00	0.19	0.00	0.29	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.29	0.01	0.23	0.12	0.21	0.13
N9	0.00	0.01	0.02	0.13	0.00	0.10	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.12	0.01	0.07	0.04	0.25	0.13
O2'	0.01	0.28	0.00	0.01	0.14	0.08	0.09	0.08	0.14	0.06	0.23	0.27	0.11	0.01	0.03	0.00	0.01	0.10	0.05	0.40	0.05	0.13
O3'	0.01	0.15	0.01	0.01	0.05	0.03	0.15	0.03	0.11	0.30	0.08	0.15	0.18	0.29	0.12	0.01	0.00	0.03	0.18	0.65	0.37	0.41
O4'	0.00	0.03	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.10	0.03	0.00	0.16	0.09	0.34	0.26
O5'	0.08	0.03	0.01	0.08	0.05	0.01	0.13	0.00	0.12	0.21	0.06	0.05	0.18	0.23	0.07	0.05	0.18	0.16	0.00	0.02	0.00	0.00
OP1	0.04	0.01	0.26	0.36	0.03	0.16	0.07	0.03	0.06	0.11	0.02	0.02	0.09	0.12	0.04	0.40	0.65	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.26	0.23	0.06	0.14	0.24	0.04	0.21	0.01	0.19	0.23	0.20	0.25	0.16	0.21	0.25	0.05	0.37	0.34	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.13	0.05	0.18	0.12	0.03	0.10	0.00	0.09	0.13	0.10	0.14	0.10	0.13	0.13	0.13	0.41	0.26	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.16	0.83	0.74	0.15	0.23	0.13	0.55	0.13	0.15	0.16	0.17	0.76	1.14	0.14	0.73	0.49	0.99	0.76	1.00
C2	0.14	0.17	0.47	0.64	0.17	0.07	0.15	0.14	0.15	0.15	0.19	0.18	0.36	0.96	0.18	0.37	0.29	0.51	0.45	0.46
C2'	0.20	0.19	0.83	0.80	0.13	0.26	0.10	0.58	0.13	0.18	0.17	0.22	0.76	1.30	0.14	0.84	0.48	1.03	0.71	1.01
C3'	0.33	0.24	0.79	0.91	0.14	0.16	0.21	0.38	0.27	0.28	0.17	0.27	0.68	1.51	0.09	0.87	0.27	0.66	0.39	0.69
C4	0.11	0.10	0.59	0.80	0.06	0.16	0.08	0.19	0.09	0.10	0.08	0.10	0.42	1.13	0.04	0.37	0.41	0.46	0.51	0.41
C4'	0.36	0.30	0.80	0.77	0.21	0.33	0.24	0.61	0.29	0.32	0.24	0.32	0.77	1.33	0.16	0.99	0.49	0.89	0.64	0.93
C5	0.11	0.12	0.50	0.93	0.14	0.42	0.10	0.58	0.10	0.11	0.14	0.12	0.25	1.21	0.15	0.12	0.88	0.85	1.06	0.73
C5'	0.53	0.38	0.66	0.86	0.32	0.15	0.39	0.26	0.45	0.46	0.32	0.35	0.57	1.54	0.27	0.93	0.19	0.36	0.25	0.47
C6	0.14	0.18	0.40	0.85	0.22	0.44	0.17	0.65	0.15	0.16	0.22	0.17	0.17	1.12	0.26	0.06	0.96	0.99	1.21	0.85
C8	0.06	0.02	0.71	1.14	0.08	0.48	0.06	0.59	0.03	0.03	0.06	0.01	0.40	1.44	0.10	0.20	0.88	0.77	0.94	0.67
N1	0.15	0.20	0.40	0.72	0.22	0.26	0.18	0.36	0.16	0.17	0.23	0.19	0.23	1.01	0.25	0.19	0.61	0.60	0.75	0.47
N3	0.12	0.14	0.56	0.64	0.12	0.07	0.12	0.26	0.12	0.13	0.13	0.14	0.47	0.99	0.10	0.49	0.28	0.69	0.54	0.67
N6	0.15	0.21	0.31	0.90	0.28	0.62	0.22	0.99	0.18	0.18	0.25	0.19	0.13	1.13	0.34	0.13	1.34	1.54	1.79	1.38
N7	0.07	0.09	0.53	1.13	0.13	0.64	0.08	0.91	0.06	0.07	0.12	0.08	0.20	1.39	0.15	0.06	1.25	1.26	1.47	1.14
N9	0.09	0.06	0.72	0.89	0.06	0.16	0.07	0.19	0.07	0.08	0.05	0.06	0.55	1.24	0.06	0.45	0.39	0.47	0.47	0.46
O2'	0.26	0.27	0.77	0.54	0.26	0.56	0.20	1.05	0.19	0.24	0.29	0.31	0.78	1.02	0.30	1.05	0.91	1.69	1.22	1.58
O3'	0.40	0.28	0.75	0.83	0.15	0.29	0.22	0.55	0.30	0.32	0.21	0.33	0.66	1.47	0.10	0.99	0.38	0.85	0.48	0.85
O4'	0.20	0.25	0.86	0.71	0.17	0.32	0.17	0.67	0.18	0.22	0.21	0.26	0.83	1.12	0.15	0.87	0.59	1.03	0.82	1.06
O5'	0.28	0.14	0.84	1.40	0.17	0.48	0.25	0.57	0.28	0.23	0.11	0.09	0.53	2.07	0.15	0.39	0.72	0.70	0.72	0.50
OP1	0.05	0.07	1.04	1.80	0.16	1.03	0.21	1.26	0.19	0.11	0.10	0.08	0.74	2.67	0.17	0.08	1.34	1.53	1.41	1.21
OP2	0.23	0.33	0.99	2.07	0.39	1.48	0.40	1.99	0.37	0.32	0.37	0.32	0.44	2.63	0.40	0.54	2.17	2.48	2.35	2.14
P	0.10	0.18	1.03	1.91	0.23	1.14	0.24	1.42	0.22	0.17	0.21	0.19	0.61	2.69	0.24	0.21	1.52	1.67	1.57	1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.12	0.09	0.03	0.02
C2	0.02	0.00	0.12	0.15	0.00	0.37	0.01	0.59	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.09	0.01	0.38	0.55	0.79	0.82	0.86
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.04	0.02	0.16	0.00	0.18	0.02	0.07	0.26	0.00	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.22	0.15
C3'	0.02	0.15	0.00	0.00	0.11	0.00	0.30	0.02	0.33	0.08	0.07	0.35	0.01	0.00	0.11	0.01	0.21	0.07	0.25	0.21
C4	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.13	0.00	0.03	0.33	0.18	0.24	0.15
C4'	0.00	0.37	0.02	0.00	0.09	0.00	0.42	0.00	0.49	0.05	0.23	0.75	0.09	0.02	0.08	0.00	0.01	0.08	0.05	0.04
C5	0.02	0.01	0.16	0.30	0.00	0.42	0.00	0.73	0.00	0.01	0.00	0.00	0.31	0.27	0.00	0.32	1.02	1.02	1.13	1.00
C5'	0.01	0.59	0.00	0.02	0.16	0.00	0.73	0.00	0.79	0.07	0.40	1.23	0.08	0.03	0.15	0.01	0.00	0.09	0.03	0.02
C6	0.02	0.00	0.18	0.33	0.00	0.49	0.00	0.79	0.00	0.00	0.00	0.01	0.34	0.27	0.01	0.41	1.07	1.02	1.04	1.00
N1	0.00	0.00	0.02	0.08	0.00	0.05	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.07	0.01	0.01	0.21	0.10	0.07	0.04
N3	0.01	0.00	0.07	0.07	0.00	0.23	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.02	0.00	0.24	0.34	0.63	0.66	0.68
O2	0.05	0.00	0.26	0.35	0.01	0.75	0.00	1.23	0.01	0.01	0.01	0.00	0.46	0.24	0.01	0.71	1.27	1.63	1.61	1.70
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.10	0.09	0.31	0.08	0.34	0.05	0.11	0.46	0.00	0.03	0.10	0.08	0.02	0.12	0.13	0.03
O3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.13	0.02	0.27	0.03	0.27	0.07	0.02	0.24	0.03	0.00	0.14	0.02	0.30	0.10	0.30	0.25
O4	0.01	0.01	0.04	0.11	0.00	0.08	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.14	0.00	0.02	0.30	0.16	0.24	0.13
O4'	0.00	0.38	0.01	0.01	0.03	0.00	0.32	0.01	0.41	0.01	0.24	0.71	0.08	0.02	0.02	0.00	0.19	0.14	0.07	0.08
O5'	0.12	0.55	0.09	0.21	0.33	0.01	1.02	0.00	1.07	0.21	0.34	1.27	0.02	0.30	0.30	0.19	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.09	0.79	0.01	0.07	0.18	0.08	1.02	0.09	1.02	0.10	0.63	1.63	0.12	0.10	0.16	0.14	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.03	0.82	0.22	0.25	0.24	0.05	1.13	0.03	1.04	0.07	0.66	1.61	0.13	0.30	0.24	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.02	0.86	0.15	0.21	0.15	0.04	1.00	0.02	1.00	0.04	0.68	1.70	0.03	0.25	0.13	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00