ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52909

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.013, 0.048, 0.083, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.048 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.003, 0.042, 0.080, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.038
C8 A 0, -0.001, 0.044, 0.088, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' A 0, -0.016, 0.218, 0.452, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.218 std_dev=0.234
O4' A 0, -0.062, 0.222, 0.506, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.222 std_dev=0.284
O4 B 0, 0.144, 0.506, 0.867, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.506 std_dev=0.361
C4 B 0, 0.150, 0.513, 0.875, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.513 std_dev=0.363
C5 B 0, 0.155, 0.539, 0.923, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.539 std_dev=0.384
N3 B 0, 0.158, 0.554, 0.950, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.554 std_dev=0.396
C6 B 0, 0.159, 0.577, 0.995, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.577 std_dev=0.418
OP1 A 0, 0.123, 0.582, 1.041, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.582 std_dev=0.459
N1 B 0, 0.155, 0.615, 1.075, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.615 std_dev=0.460
C2 B 0, 0.161, 0.624, 1.086, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.624 std_dev=0.463
O2 B 0, 0.148, 0.698, 1.248, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.698 std_dev=0.550
C1' B 0, 0.151, 0.701, 1.252, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.701 std_dev=0.551
O2' A 0, -0.088, 0.527, 1.141, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.527 std_dev=0.615
C4' A 0, -0.120, 0.535, 1.190, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.535 std_dev=0.655
P A 0, -0.049, 0.657, 1.363, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.657 std_dev=0.706
O5' A 0, 0.092, 0.816, 1.541, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.816 std_dev=0.725
C5' A 0, -0.034, 0.697, 1.427, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.697 std_dev=0.731
C2' B 0, 0.079, 0.831, 1.584, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.831 std_dev=0.753
C3' A 0, -0.175, 0.632, 1.438, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.632 std_dev=0.806
OP2 A 0, 0.027, 1.008, 1.989, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.008 std_dev=0.981
O2' B 0, -0.026, 0.959, 1.945, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.959 std_dev=0.985
O3' B 0, 0.042, 1.163, 2.285, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.163 std_dev=1.122
C3' B 0, -0.046, 1.371, 2.788, 3.322 max_d=3.322 avg_d=1.371 std_dev=1.417
O3' A 0, -0.369, 1.086, 2.541, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.086 std_dev=1.455
O4' B 0, -0.042, 1.513, 3.067, 3.651 max_d=3.651 avg_d=1.513 std_dev=1.554
C4' B 0, -0.090, 1.668, 3.426, 4.099 max_d=4.099 avg_d=1.668 std_dev=1.758
C5' B 0, -0.434, 2.630, 5.693, 6.926 max_d=6.926 avg_d=2.630 std_dev=3.064
O5' B 0, -0.616, 2.942, 6.500, 7.948 max_d=7.948 avg_d=2.942 std_dev=3.558
P B 0, -1.006, 3.884, 8.775, 10.782 max_d=10.782 avg_d=3.884 std_dev=4.891
OP1 B 0, -1.171, 4.045, 9.261, 11.409 max_d=11.409 avg_d=4.045 std_dev=5.216
OP2 B 0, -1.120, 4.356, 9.832, 12.080 max_d=12.080 avg_d=4.356 std_dev=5.476

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.16 0.27 0.20 0.15
C2 0.04 0.00 0.15 0.13 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.35 0.09 0.16 0.17 0.08 0.08
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.17 0.11 0.02 0.13 0.14 0.10 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.36 0.46 0.38 0.39
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.19 0.00 0.29 0.01 0.29 0.31 0.21 0.09 0.34 0.35 0.20 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.08 0.06
C4 0.02 0.00 0.10 0.19 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.20 0.04 0.17 0.19 0.06 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.09 0.18 0.04 0.03 0.13 0.18 0.08 0.24 0.02 0.00 0.00 0.12 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.06 0.02 0.27 0.12 0.16 0.20
C5' 0.05 0.06 0.17 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.17 0.21 0.11 0.05 0.21 0.24 0.09 0.07 0.18 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.09 0.04 0.29 0.10 0.21 0.24
C8 0.02 0.00 0.02 0.31 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.08 0.07 0.26 0.17 0.08 0.13
N1 0.03 0.01 0.13 0.21 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.23 0.08 0.23 0.13 0.15 0.17
N3 0.03 0.00 0.14 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.38 0.08 0.13 0.21 0.08 0.02
N6 0.01 0.01 0.10 0.34 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.30 0.01 0.03 0.36 0.08 0.30 0.34
N7 0.01 0.01 0.02 0.35 0.01 0.18 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.10 0.04 0.34 0.09 0.20 0.26
N9 0.00 0.00 0.03 0.20 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.13 0.00 0.15 0.23 0.08 0.01
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.24 0.24 0.27 0.07 0.29 0.19 0.29 0.22 0.30 0.25 0.17 0.00 0.03 0.18 0.26 0.39 0.27 0.33
O3' 0.32 0.35 0.04 0.00 0.20 0.02 0.06 0.18 0.09 0.08 0.23 0.38 0.01 0.10 0.13 0.03 0.00 0.22 0.28 0.14 0.34 0.27
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.08 0.03 0.04 0.00 0.18 0.22 0.00 0.08 0.18 0.16 0.07
O5' 0.16 0.16 0.36 0.05 0.17 0.00 0.27 0.01 0.29 0.26 0.23 0.13 0.36 0.34 0.15 0.26 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.27 0.17 0.46 0.13 0.19 0.12 0.12 0.10 0.10 0.17 0.13 0.21 0.08 0.09 0.23 0.39 0.14 0.18 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.08 0.38 0.08 0.06 0.12 0.16 0.14 0.21 0.08 0.15 0.08 0.30 0.20 0.08 0.27 0.34 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.08 0.39 0.06 0.07 0.03 0.20 0.01 0.24 0.13 0.17 0.02 0.34 0.26 0.01 0.33 0.27 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.34 0.40 0.16 0.31 0.16 0.67 0.14 0.10 0.12 0.08 0.29 0.40 0.20 0.54 0.43 2.05 0.18 0.92
C2 0.09 0.14 0.75 1.11 0.09 0.45 0.01 0.63 0.03 0.09 0.14 0.17 0.41 0.86 0.10 0.12 1.21 0.32 1.90 1.15
C2' 0.13 0.12 0.33 0.41 0.16 0.35 0.18 0.66 0.17 0.14 0.13 0.11 0.27 0.41 0.17 0.62 0.33 1.89 0.03 0.78
C3' 0.10 0.04 0.27 0.25 0.17 0.51 0.16 0.93 0.11 0.07 0.09 0.05 0.29 0.26 0.26 0.66 0.63 2.33 0.49 1.17
C4 0.12 0.17 0.52 0.64 0.23 0.18 0.23 0.36 0.20 0.16 0.20 0.16 0.42 0.58 0.24 0.59 0.07 1.25 0.40 0.30
C4' 0.11 0.12 0.31 0.23 0.21 0.49 0.20 1.03 0.18 0.14 0.15 0.07 0.39 0.29 0.24 0.56 0.88 2.74 0.92 1.56
C5 0.26 0.31 0.56 0.58 0.31 0.39 0.32 0.64 0.32 0.30 0.31 0.28 0.58 0.60 0.29 0.87 0.24 1.42 0.12 0.59
C5' 0.16 0.13 0.14 0.08 0.15 0.84 0.14 1.53 0.14 0.14 0.12 0.14 0.34 0.11 0.18 0.86 1.43 3.39 1.72 2.24
C6 0.21 0.23 0.74 0.88 0.24 0.14 0.26 0.22 0.27 0.24 0.23 0.21 0.67 0.82 0.22 0.72 0.37 0.57 0.61 0.19
C8 0.34 0.42 0.29 0.18 0.39 0.78 0.36 1.29 0.36 0.38 0.44 0.41 0.47 0.33 0.38 1.07 1.06 2.66 1.13 1.66
N1 0.06 0.13 0.83 1.17 0.12 0.38 0.12 0.56 0.09 0.08 0.13 0.15 0.57 0.95 0.13 0.28 1.14 0.37 1.64 1.05
N3 0.04 0.09 0.61 0.88 0.05 0.21 0.07 0.23 0.06 0.02 0.10 0.13 0.34 0.69 0.09 0.23 0.70 0.44 1.32 0.54
N6 0.32 0.29 0.78 0.84 0.26 0.31 0.28 0.39 0.32 0.32 0.26 0.27 0.84 0.89 0.23 0.93 0.22 0.56 0.28 0.17
N7 0.41 0.47 0.37 0.23 0.40 0.82 0.39 1.29 0.41 0.44 0.45 0.47 0.59 0.40 0.37 1.20 0.99 2.36 1.07 1.51
N9 0.17 0.22 0.38 0.40 0.28 0.42 0.26 0.78 0.24 0.21 0.27 0.20 0.39 0.43 0.30 0.73 0.49 2.01 0.31 0.97
O2' 0.09 0.03 0.49 0.73 0.07 0.04 0.10 0.15 0.11 0.06 0.08 0.08 0.31 0.70 0.15 0.27 0.19 1.27 0.69 0.16
O3' 0.54 0.61 0.79 0.82 0.85 0.14 0.82 0.24 0.72 0.63 0.72 0.51 0.75 0.77 0.98 0.05 0.10 1.60 0.29 0.41
O4' 0.12 0.09 0.33 0.27 0.16 0.43 0.17 0.95 0.16 0.13 0.11 0.04 0.39 0.34 0.18 0.54 0.84 2.66 0.83 1.49
O5' 0.37 0.31 0.08 0.22 0.12 1.11 0.13 1.81 0.22 0.30 0.21 0.38 0.28 0.07 0.06 1.18 1.63 3.52 1.99 2.44
OP1 0.53 0.55 0.21 0.47 0.41 1.39 0.39 2.27 0.43 0.50 0.49 0.63 0.37 0.22 0.39 1.41 2.25 4.21 2.96 3.24
OP2 0.41 0.31 0.15 0.46 0.17 1.39 0.19 2.29 0.26 0.32 0.22 0.37 0.42 0.22 0.16 1.33 2.20 4.15 3.00 3.20
P 0.55 0.49 0.16 0.48 0.30 1.44 0.31 2.28 0.40 0.48 0.39 0.57 0.26 0.22 0.24 1.46 2.14 4.05 2.78 3.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.29 0.02 0.00 0.06 0.57 0.12 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.32 0.02 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.01 0.32 0.67 1.77 0.37 0.94
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.19 0.09 0.01 0.05 0.17 0.00 0.01 0.03 0.02 0.40 0.67 0.21 0.47
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.30 0.01 0.50 0.00 0.50 0.18 0.07 0.39 0.01 0.00 0.30 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.30 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.04 0.00 0.01 0.28 0.90 0.93 0.15
C4' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.10 0.00 0.41 0.00 0.47 0.07 0.19 0.69 0.25 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.18 0.02
C5 0.01 0.02 0.08 0.50 0.01 0.41 0.00 0.61 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.11 0.01 0.23 0.96 0.07 1.74 0.97
C5' 0.06 0.62 0.19 0.00 0.07 0.00 0.61 0.00 0.68 0.01 0.44 1.24 0.06 0.19 0.05 0.00 0.01 0.14 0.37 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.50 0.02 0.47 0.00 0.68 0.00 0.00 0.02 0.01 0.36 0.06 0.02 0.31 0.99 0.17 1.55 0.97
N1 0.00 0.01 0.01 0.18 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.19 0.11 0.01 0.00 0.11 0.73 0.46 0.04
N3 0.03 0.00 0.05 0.07 0.00 0.19 0.01 0.44 0.02 0.02 0.00 0.02 0.17 0.07 0.01 0.22 0.41 1.71 0.09 0.72
O2 0.03 0.00 0.17 0.39 0.02 0.69 0.02 1.24 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.31 0.02 0.56 1.49 2.63 1.33 1.86
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.32 0.25 0.40 0.06 0.36 0.19 0.17 0.13 0.00 0.02 0.33 0.17 0.32 0.56 0.20 0.42
O3' 0.29 0.17 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.19 0.06 0.11 0.07 0.31 0.02 0.00 0.07 0.18 0.12 0.37 0.12 0.17
O4 0.02 0.01 0.03 0.30 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.07 0.00 0.03 0.27 0.99 0.98 0.14
O4' 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.00 0.31 0.00 0.22 0.56 0.17 0.18 0.03 0.00 0.09 0.37 0.07 0.04
O5' 0.06 0.67 0.40 0.07 0.28 0.00 0.96 0.01 0.99 0.11 0.41 1.49 0.32 0.12 0.27 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.57 1.77 0.67 0.01 0.90 0.04 0.07 0.14 0.17 0.73 1.71 2.63 0.56 0.37 0.99 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.37 0.21 0.01 0.93 0.18 1.74 0.37 1.55 0.46 0.09 1.33 0.20 0.12 0.98 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.94 0.47 0.06 0.15 0.02 0.97 0.01 0.97 0.04 0.72 1.86 0.42 0.17 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00