ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52910

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N1 A 0, -0.004, 0.019, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.002, 0.028, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.008, 0.036, 0.063, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.003, 0.031, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.011, 0.044, 0.076, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.044 std_dev=0.033
C1' A 0, -0.008, 0.031, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.052 std_dev=0.040
O2 B 0, 0.021, 0.073, 0.124, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.073 std_dev=0.052
O4' B 0, 0.020, 0.116, 0.212, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.116 std_dev=0.096
C2 B 0, 0.028, 0.126, 0.223, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.126 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.020, 0.130, 0.239, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.130 std_dev=0.109
O4' A 0, -0.013, 0.104, 0.221, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.104 std_dev=0.117
N1 B 0, 0.021, 0.148, 0.275, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.148 std_dev=0.127
C4' B 0, 0.020, 0.149, 0.277, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.149 std_dev=0.128
C1' B 0, 0.015, 0.145, 0.274, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.145 std_dev=0.130
O2' A 0, -0.003, 0.134, 0.271, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.134 std_dev=0.137
C5' B 0, 0.024, 0.162, 0.301, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.162 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.033, 0.181, 0.329, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.148
C3' A 0, -0.006, 0.149, 0.303, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.149 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.011, 0.171, 0.331, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.171 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.020, 0.184, 0.349, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.184 std_dev=0.165
C3' B 0, 0.018, 0.184, 0.350, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.184 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.025, 0.196, 0.367, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.196 std_dev=0.171
O3' B 0, 0.011, 0.187, 0.362, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.187 std_dev=0.176
C6 B 0, 0.020, 0.204, 0.388, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.204 std_dev=0.184
O2' B 0, 0.021, 0.207, 0.393, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.207 std_dev=0.186
P B 0, 0.032, 0.232, 0.431, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.232 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.027, 0.236, 0.445, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.236 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.038, 0.248, 0.459, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.248 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.030, 0.252, 0.474, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.252 std_dev=0.222
P A 0, 0.014, 0.237, 0.460, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.237 std_dev=0.223
OP1 A 0, 0.024, 0.252, 0.481, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.252 std_dev=0.228
OP1 B 0, 0.040, 0.281, 0.522, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.281 std_dev=0.241
O4 B 0, 0.044, 0.302, 0.560, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.302 std_dev=0.258
C4' A 0, -0.064, 0.279, 0.622, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.279 std_dev=0.343
OP2 A 0, -0.065, 0.453, 0.971, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.453 std_dev=0.518
C5' A 0, -0.148, 0.556, 1.260, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.556 std_dev=0.704

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.10 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.03 0.18 0.13
C2 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.00 0.05 0.13 0.13 0.29 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.12 0.13
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.05 0.05 0.02 0.08 0.07 0.03 0.00 0.00 0.02 0.21 0.10 0.02 0.13
C4 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.13 0.14 0.29 0.19
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.13 0.20 0.08 0.00 0.17 0.21 0.10 0.07 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.07
C5 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.14 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.09 0.17 0.30 0.18
C5' 0.10 0.27 0.05 0.02 0.30 0.00 0.42 0.00 0.43 0.44 0.36 0.21 0.49 0.50 0.28 0.05 0.06 0.01 0.01 0.12 0.33 0.03
C6 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.13 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.08 0.17 0.30 0.17
C8 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.10 0.17 0.29 0.18
N1 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.02 0.03 0.10 0.15 0.30 0.18
N3 0.06 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.06 0.15 0.13 0.28 0.19
N6 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.17 0.00 0.49 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.18 0.30 0.16
N7 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.50 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.18 0.30 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.13 0.27 0.19
O2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.00 0.13 0.13 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.09 0.09 0.03 0.03
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.15 0.02 0.10 0.04
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.08 0.04 0.11 0.08
O5' 0.13 0.13 0.17 0.21 0.13 0.01 0.09 0.01 0.08 0.10 0.10 0.15 0.06 0.06 0.14 0.09 0.15 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.13 0.06 0.10 0.14 0.12 0.17 0.12 0.17 0.17 0.15 0.13 0.18 0.18 0.13 0.09 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.29 0.12 0.02 0.29 0.17 0.30 0.33 0.30 0.29 0.30 0.28 0.30 0.30 0.27 0.03 0.10 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.19 0.13 0.13 0.19 0.07 0.18 0.03 0.17 0.18 0.18 0.19 0.16 0.17 0.19 0.03 0.04 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01
C2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.07
C2' 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00
C3' 0.06 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.05 0.01 0.05 0.08 0.07
C4 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02
C4' 0.11 0.03 0.09 0.10 0.04 0.09 0.02 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.17 0.08 0.09 0.01 0.07 0.14 0.11
C5 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01
C5' 0.32 0.16 0.25 0.24 0.18 0.22 0.27 0.05 0.32 0.27 0.12 0.09 0.29 0.35 0.15 0.28 0.03 0.12 0.18 0.17
C6 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02
C8 0.09 0.05 0.09 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.03 0.05 0.08 0.09 0.03 0.07 0.06 0.08 0.03 0.04
N1 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05
N3 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06
N6 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01
N7 0.09 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.06 0.08 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.03 0.04
N9 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.17 0.03 0.14 0.03 0.10 0.07 0.16 0.08 0.01 0.05 0.20 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02
O3' 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.10 0.07 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03
O4' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.08 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.06 0.09 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.08 0.10 0.08 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.09 0.10 0.14 0.10 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05
OP1 0.03 0.07 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.00 0.01 0.09 0.04 0.11 0.14 0.12 0.12
OP2 0.32 0.35 0.33 0.33 0.34 0.33 0.32 0.31 0.31 0.33 0.35 0.36 0.33 0.32 0.33 0.34 0.28 0.25 0.28 0.27
P 0.10 0.17 0.08 0.07 0.16 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.18 0.18 0.07 0.05 0.17 0.13 0.06 0.02 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.00
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02
N3 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.07
O2 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.05 0.11 0.10
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.09 0.01 0.03
O3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
O4 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
O5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.07 0.09 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.06 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.09 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.10 0.11 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.10 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00