ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52911

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O2 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C2' A 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.000, 0.353, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C4' A 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
N3 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C6 B 0, 0.000, 0.424, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.424 std_dev=0.424
OP1 A 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C3' A 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
O2' A 0, 0.000, 0.477, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.477 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C4 B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C5 B 0, 0.000, 0.493, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.493 std_dev=0.493
O3' B 0, 0.000, 0.499, 0.998, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.499 std_dev=0.499
P A 0, 0.000, 0.559, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C4' B 0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583
OP1 B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
O4 B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
OP2 B 0, 0.000, 0.617, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.617 std_dev=0.617
OP2 A 0, 0.000, 0.661, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.661 std_dev=0.661
O3' A 0, 0.000, 0.683, 1.367, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.683 std_dev=0.683
P B 0, 0.000, 0.746, 1.491, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.746 std_dev=0.746
O5' A 0, 0.000, 0.760, 1.521, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.760 std_dev=0.760
C5' B 0, 0.000, 0.773, 1.545, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.773 std_dev=0.773
C5' A 0, 0.000, 0.779, 1.559, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.779 std_dev=0.779
O5' B 0, 0.000, 1.030, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.030 std_dev=1.030

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.04 0.26 0.05
C2 0.04 0.00 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.01 0.27 0.11 0.11 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.06 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.22 0.18 0.13 0.07
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.10 0.15 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.30 0.05 0.18
C4 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.30 0.11 0.12 0.08
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.32 0.07
C5 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.38 0.15 0.04 0.14
C5' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.18 0.07 0.18 0.14 0.18 0.12 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.15 0.35 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.38 0.15 0.01 0.15
C8 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.04 0.41 0.15 0.06 0.15
N1 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.33 0.13 0.06 0.12
N3 0.04 0.00 0.07 0.15 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.02 0.24 0.09 0.15 0.05
N6 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.03 0.42 0.17 0.05 0.19
N7 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.04 0.44 0.17 0.02 0.19
N9 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.30 0.11 0.15 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.03 0.10 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.22 0.05
O3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.14 0.08 0.15 0.05 0.13 0.03 0.01 0.00 0.02 0.23 0.36 0.00 0.20
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.37 0.14
O5' 0.14 0.27 0.22 0.30 0.30 0.01 0.38 0.00 0.38 0.41 0.33 0.24 0.42 0.44 0.30 0.05 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.18 0.30 0.11 0.06 0.15 0.15 0.15 0.15 0.13 0.09 0.17 0.17 0.11 0.08 0.36 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.11 0.13 0.05 0.12 0.32 0.04 0.35 0.01 0.06 0.06 0.15 0.05 0.02 0.15 0.22 0.00 0.37 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.07 0.18 0.08 0.07 0.14 0.00 0.15 0.15 0.12 0.05 0.19 0.19 0.07 0.05 0.20 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.13 0.05 0.07 0.09 0.02 0.00 0.04 0.12 0.12 0.19 0.19 0.04 0.10 0.13 0.35 0.13 0.19 0.29
C2 0.01 0.03 0.01 0.10 0.11 0.08 0.18 0.20 0.14 0.04 0.00 0.12 0.08 0.08 0.06 0.04 0.14 0.01 0.02 0.11
C2' 0.13 0.15 0.09 0.03 0.02 0.02 0.06 0.10 0.03 0.08 0.12 0.24 0.20 0.04 0.07 0.08 0.28 0.01 0.06 0.17
C3' 0.03 0.05 0.05 0.17 0.00 0.15 0.10 0.26 0.11 0.03 0.06 0.10 0.02 0.19 0.08 0.08 0.19 0.14 0.03 0.05
C4 0.03 0.08 0.00 0.09 0.03 0.07 0.12 0.18 0.10 0.00 0.07 0.15 0.08 0.09 0.04 0.02 0.19 0.01 0.06 0.15
C4' 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.12 0.02 0.33 0.05 0.15 0.22
C5 0.00 0.09 0.03 0.14 0.00 0.13 0.13 0.26 0.12 0.02 0.11 0.16 0.04 0.14 0.09 0.07 0.13 0.03 0.03 0.10
C5' 0.17 0.04 0.20 0.21 0.09 0.25 0.05 0.25 0.03 0.08 0.05 0.09 0.30 0.26 0.19 0.21 0.26 0.04 0.13 0.15
C6 0.02 0.06 0.04 0.15 0.06 0.15 0.18 0.29 0.15 0.04 0.06 0.14 0.03 0.14 0.02 0.09 0.09 0.05 0.01 0.06
C8 0.03 0.15 0.01 0.12 0.12 0.11 0.00 0.21 0.03 0.05 0.18 0.17 0.03 0.14 0.19 0.03 0.22 0.02 0.10 0.18
N1 0.01 0.03 0.03 0.13 0.11 0.13 0.20 0.25 0.16 0.05 0.01 0.12 0.06 0.12 0.05 0.07 0.09 0.04 0.01 0.07
N3 0.03 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05 0.14 0.16 0.11 0.02 0.02 0.13 0.10 0.06 0.03 0.01 0.18 0.02 0.06 0.15
N6 0.04 0.06 0.05 0.17 0.04 0.19 0.18 0.33 0.16 0.05 0.08 0.14 0.01 0.17 0.06 0.12 0.04 0.09 0.05 0.02
N7 0.00 0.13 0.04 0.16 0.10 0.16 0.07 0.28 0.09 0.01 0.18 0.17 0.00 0.17 0.20 0.08 0.15 0.03 0.04 0.11
N9 0.07 0.13 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.14 0.04 0.05 0.12 0.17 0.09 0.07 0.10 0.02 0.25 0.05 0.11 0.20
O2' 0.27 0.23 0.23 0.11 0.06 0.19 0.01 0.08 0.07 0.18 0.16 0.32 0.36 0.10 0.08 0.24 0.39 0.13 0.16 0.30
O3' 0.01 0.07 0.02 0.16 0.02 0.13 0.12 0.26 0.12 0.02 0.06 0.14 0.08 0.18 0.05 0.06 0.19 0.20 0.08 0.01
O4' 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.06 0.11 0.06 0.38 0.15 0.22 0.31
O5' 0.11 0.16 0.07 0.12 0.24 0.10 0.27 0.19 0.25 0.18 0.19 0.12 0.05 0.02 0.20 0.11 0.24 0.11 0.12 0.03
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.45 0.05 0.12 0.22
OP2 0.06 0.13 0.13 0.00 0.10 0.14 0.03 0.34 0.01 0.07 0.14 0.15 0.13 0.01 0.14 0.07 0.26 0.22 0.10 0.01
P 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.16 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.34 0.07 0.01 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.14
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.12 0.18
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.06 0.07 0.18
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.06 0.05 0.19
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.09 0.18 0.19 0.23
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.13 0.20 0.20 0.26
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.03 0.00 0.05 0.12 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.17 0.15 0.25
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.11 0.19
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.15 0.20
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.16
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.02 0.12
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.01 0.01 0.14
O4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.07 0.18 0.18 0.20
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.06 0.06
O5' 0.01 0.03 0.17 0.28 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.06 0.00 0.09 0.29 0.07 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.11 0.06 0.06 0.18 0.04 0.20 0.05 0.17 0.12 0.15 0.09 0.01 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.12 0.07 0.05 0.19 0.10 0.20 0.21 0.15 0.11 0.15 0.09 0.02 0.01 0.18 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.18 0.18 0.19 0.23 0.04 0.26 0.01 0.25 0.19 0.20 0.16 0.12 0.14 0.20 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00