ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C4' A 0, 0.000, 0.209, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O3' A 0, 0.000, 0.261, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O5' A 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.000, 0.409, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.409 std_dev=0.409
N1 B 0, 0.000, 0.431, 0.862, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C2 B 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
O2 B 0, 0.000, 0.461, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.461 std_dev=0.461
N3 B 0, 0.000, 0.500, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C4 B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C5' A 0, 0.000, 0.541, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O4 B 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
C1' B 0, 0.000, 0.624, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.624 std_dev=0.624
C2' B 0, 0.000, 0.788, 1.575, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.788 std_dev=0.788
C3' B 0, 0.000, 1.088, 2.176, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.088 std_dev=1.088
O4' B 0, 0.000, 1.234, 2.467, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.234 std_dev=1.234
O2' B 0, 0.000, 1.240, 2.481, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.240 std_dev=1.240
C4' B 0, 0.000, 1.313, 2.627, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.313 std_dev=1.313
P A 0, 0.000, 1.318, 2.637, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.318 std_dev=1.318
O3' B 0, 0.000, 1.570, 3.140, 3.140 max_d=3.140 avg_d=1.570 std_dev=1.570
OP1 A 0, 0.000, 1.924, 3.847, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.924 std_dev=1.924
OP2 A 0, 0.000, 2.009, 4.019, 4.019 max_d=4.019 avg_d=2.009 std_dev=2.009
C5' B 0, 0.000, 2.581, 5.161, 5.161 max_d=5.161 avg_d=2.581 std_dev=2.581
O5' B 0, 0.000, 3.524, 7.048, 7.048 max_d=7.048 avg_d=3.524 std_dev=3.524
P B 0, 0.000, 4.823, 9.645, 9.645 max_d=9.645 avg_d=4.823 std_dev=4.823
OP2 B 0, 0.000, 5.001, 10.003, 10.003 max_d=10.003 avg_d=5.001 std_dev=5.001
OP1 B 0, 0.000, 5.282, 10.565, 10.565 max_d=10.565 avg_d=5.282 std_dev=5.282

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.78 0.06 0.28
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.62 0.38 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.14 0.48 0.18 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.13 0.30 0.16
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.61 0.30 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.41 0.22 0.21
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.50 0.43 0.01
C5' 0.02 0.13 0.02 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.17 0.09 0.16 0.11 0.19 0.13 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.19 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.48 0.51 0.04
C8 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.50 0.27 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.55 0.48 0.01
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.67 0.28 0.10
N6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.40 0.58 0.09
N7 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.41 0.43 0.04
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.64 0.18 0.14
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.64 0.05 0.20
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.27 0.05 0.34 0.24
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.85 0.32 0.44
O5' 0.01 0.04 0.14 0.25 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.27 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.78 0.62 0.48 0.13 0.61 0.41 0.50 0.13 0.48 0.50 0.55 0.67 0.40 0.41 0.64 0.64 0.05 0.85 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.38 0.18 0.30 0.30 0.22 0.43 0.19 0.51 0.27 0.48 0.28 0.58 0.43 0.18 0.05 0.34 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.28 0.05 0.05 0.16 0.08 0.21 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.09 0.04 0.14 0.20 0.24 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.52 0.19 0.36 0.63 0.27 0.95 0.14 0.05 0.33 0.08 0.52 0.50 0.42 0.86 1.29 1.38 1.76 1.61
C2 0.33 0.15 0.22 0.36 0.24 0.19 0.17 0.19 0.02 0.18 0.07 0.25 0.01 0.58 0.35 0.53 0.03 0.15 0.34 0.19
C2' 0.20 0.08 0.51 0.27 0.31 0.57 0.22 0.88 0.09 0.00 0.25 0.00 0.49 0.62 0.37 0.84 1.21 1.32 1.70 1.55
C3' 0.16 0.13 0.58 0.36 0.31 0.50 0.23 0.79 0.11 0.04 0.28 0.08 0.57 0.74 0.36 0.78 1.17 1.20 1.56 1.47
C4 0.32 0.00 0.39 0.37 0.31 0.34 0.22 0.42 0.06 0.08 0.22 0.12 0.19 0.64 0.36 0.70 0.46 0.49 0.79 0.63
C4' 0.09 0.22 0.58 0.23 0.36 0.61 0.26 0.97 0.15 0.10 0.35 0.19 0.64 0.57 0.41 0.79 1.43 1.47 1.80 1.74
C5 0.39 0.05 0.31 0.50 0.24 0.15 0.18 0.10 0.00 0.14 0.15 0.15 0.01 0.75 0.29 0.56 0.01 0.04 0.18 0.09
C5' 0.10 0.21 0.55 0.26 0.30 0.53 0.19 0.84 0.09 0.08 0.31 0.22 0.62 0.59 0.33 0.71 1.31 1.24 1.56 1.53
C6 0.43 0.16 0.14 0.54 0.17 0.03 0.12 0.21 0.08 0.23 0.04 0.22 0.23 0.73 0.23 0.38 0.47 0.51 0.40 0.45
C8 0.28 0.09 0.48 0.38 0.28 0.41 0.20 0.51 0.07 0.02 0.24 0.01 0.33 0.71 0.32 0.74 0.68 0.56 0.86 0.78
N1 0.39 0.20 0.13 0.45 0.16 0.02 0.11 0.12 0.08 0.24 0.01 0.27 0.18 0.63 0.25 0.39 0.40 0.36 0.27 0.34
N3 0.29 0.05 0.34 0.32 0.31 0.34 0.22 0.45 0.05 0.10 0.20 0.18 0.16 0.57 0.40 0.67 0.45 0.58 0.87 0.68
N6 0.44 0.18 0.01 0.62 0.08 0.25 0.04 0.57 0.14 0.26 0.02 0.22 0.46 0.77 0.14 0.18 0.95 1.09 1.06 1.04
N7 0.37 0.01 0.37 0.53 0.23 0.18 0.16 0.13 0.02 0.09 0.17 0.06 0.05 0.84 0.27 0.58 0.14 0.01 0.25 0.18
N9 0.25 0.09 0.48 0.31 0.32 0.48 0.24 0.67 0.09 0.01 0.28 0.00 0.38 0.61 0.37 0.80 0.86 0.86 1.20 1.06
O2' 0.18 0.09 0.49 0.16 0.32 0.68 0.23 1.08 0.10 0.01 0.26 0.00 0.53 0.49 0.40 0.89 1.46 1.72 2.10 1.92
O3' 0.16 0.11 0.58 0.36 0.30 0.52 0.22 0.84 0.10 0.02 0.26 0.05 0.57 0.75 0.36 0.80 1.26 1.33 1.68 1.60
O4' 0.06 0.25 0.58 0.18 0.39 0.65 0.30 1.03 0.19 0.14 0.38 0.22 0.67 0.48 0.44 0.80 1.48 1.52 1.86 1.77
O5' 0.22 0.11 0.43 0.17 0.28 0.64 0.19 0.91 0.06 0.00 0.25 0.07 0.46 0.52 0.34 0.81 1.34 1.19 1.43 1.48
OP1 0.87 0.75 0.19 0.57 0.56 1.42 0.58 1.88 0.65 0.75 0.64 0.85 0.07 0.10 0.51 1.57 2.50 2.43 2.68 2.76
OP2 0.16 0.12 0.51 0.27 0.43 0.61 0.39 0.94 0.24 0.09 0.30 0.04 0.52 0.67 0.51 0.77 1.40 1.30 1.38 1.57
P 0.41 0.18 0.24 0.06 0.05 0.89 0.00 1.24 0.11 0.22 0.03 0.28 0.35 0.35 0.11 1.04 1.74 1.61 1.78 1.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.31 0.02
C2 0.00 0.00 0.22 0.02 0.00 0.24 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.14 0.00 0.33 0.27 0.62 0.92 0.56
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.01 0.10 0.06 0.20 0.31 0.00 0.02 0.12 0.01 0.21 0.09 0.04 0.12
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.19 0.00 0.23 0.01 0.21 0.09 0.10 0.08 0.01 0.00 0.21 0.01 0.29 0.15 0.13 0.21
C4 0.00 0.00 0.10 0.19 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.24 0.00 0.00 0.47 0.06 0.03 0.27
C4' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.07 0.00 0.28 0.00 0.32 0.03 0.14 0.50 0.04 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.21 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.23 0.00 0.28 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.21 0.00 0.23 0.97 0.64 0.71 0.88
C5' 0.02 0.42 0.01 0.01 0.07 0.00 0.43 0.00 0.48 0.01 0.29 0.82 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00
C6 0.00 0.00 0.10 0.21 0.00 0.32 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.14 0.00 0.31 0.97 0.65 0.63 0.85
N1 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.00 0.28 0.00 0.20 0.10
N3 0.00 0.00 0.20 0.10 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.21 0.00 0.22 0.06 0.49 0.70 0.36
O2 0.00 0.00 0.31 0.08 0.01 0.50 0.00 0.82 0.00 0.00 0.01 0.00 0.44 0.09 0.01 0.62 0.88 1.20 1.64 1.23
O2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.04 0.04 0.15 0.04 0.21 0.02 0.20 0.44 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.12 0.12 0.05
O3' 0.00 0.14 0.02 0.00 0.24 0.03 0.21 0.04 0.14 0.10 0.21 0.09 0.00 0.00 0.28 0.02 0.21 0.20 0.23 0.21
O4 0.00 0.00 0.12 0.21 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.28 0.00 0.01 0.49 0.07 0.07 0.30
O4' 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.01 0.31 0.00 0.22 0.62 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.44 0.12
O5' 0.11 0.27 0.21 0.29 0.47 0.01 0.97 0.01 0.97 0.28 0.06 0.88 0.09 0.21 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.62 0.09 0.15 0.06 0.04 0.64 0.04 0.65 0.00 0.49 1.20 0.12 0.20 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.92 0.04 0.13 0.03 0.21 0.71 0.16 0.63 0.20 0.70 1.64 0.12 0.23 0.07 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.56 0.12 0.21 0.27 0.02 0.88 0.00 0.85 0.10 0.36 1.23 0.05 0.21 0.30 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00